由于会馆是集中各地来京人员的主要场所，对于维系京城社会秩序有重要影响。京师外城地方行政机构历来对此十分重视。从早期的五城御史到清末的外城巡警厅再到民初的京师警察厅对于会馆的管理都有规定。如1915年京师警察厅颁布的《管理会馆规则》就规定：由各地旅京同乡选举“有正当职业而乡望素孚”的董事、副董事加以管理。如果没有确定的董事负完全责任，警察厅可以径自管理或暂予封锁，等按照要求选定董事后，才可开馆。但是，由于会馆建设基本上属于民间自发行为，都是各州县人的自己经营，官方对会馆内部的具体事务一般不直接过问。作为公共财产，会馆由本籍或本业公举德高望重、有管理能力的同乡京官一人担任馆长，作为该馆事务的管理人员，具体负责制订会馆章程并监督其实施，召集会议以决定重大馆务，对外代表会馆进行馆务工作等。对于馆长，在清末会馆调查表中统称为“管理人”，此外尚有“值年”、“馆主”、“执事”、“值馆”、“值会”等称谓。为确保本籍或本行人的公共利益，馆长一职多实行轮流值掌的制度，即在某一约定时间内由某人任事，到期交卸。任事时间，各馆长短不一，而以一年最为常见，所以馆长又有“值年”之称。当然也有任职多年的，如河间会馆，“原定值年一年一换，迨后全在得人，不拘年限”，但仍称“值年”。
对馆长人选，掌管外城治安的五城察院要求“各省会馆，必有京官管理”，各会馆起初多按照规定由本籍京官担任值年，如绩溪会馆馆规中明确规定，由现职京官担当馆长，“投供候选及应武会试来京者”只能担任协理。其他会馆也有类似规定。但由于有的地方现职京官人数有限，这就必然要求逐步扩大馆长人选范围。一些有影响的本籍在京人士，虽不现职，但仍可能被推为馆长。还有一些馆长是由来京候补的官员或者在京学校的学生担任的。清末具名管理会馆的京官中，有一些是名望素著的现职官僚，如孙家鼐、戴鸿慈、沈家本、李联芳、挥毓鼎、阎锡龄等，但在一般情况下均由主事、主政、郎中、员外郎，翰林院庶吉士、编修、侍读、侍讲等中级官职充任馆长。人手不敷时，也有下级官员甚至一般公务人员来暂时管理会馆的，如都阳会馆刘熙庸为“七品小京官”、望江会馆韩宝忠为“六品警官”、绩溪会馆汪炯为“医院医官’’、福清会馆黄师普为闽学堂“教习’’、萍乡会馆吴鼎臣为“警务学堂教习”等。
会馆位在京城，对于维系京师风教具有重要影响。作为民间自治组织，与政府部门对城市的直接管理职能不同，它主要奉行一种在制度上刚性配合官方管理，在礼俗上自主开展风教活动的双重路线。从刚性管理来看，京师警察系统对会馆维持地方社会秩序的职能非常明确，会馆要向官方负责稽查住馆人员。1915年京师警察厅颁布的《管理会馆规则》规定：会馆管理者对住馆人员“有妨碍同寓安宁之举动及其他过当之行为者，应即劝止或禁止之”。并要求对六种人应禁止住馆并报警察厅，即：携带违禁品及枪支子弹者语言动作形迹可疑者，违犯烟赌等禁令者，招致娼妓到馆住宿或侑酒弹唱者，患传染病者，审知为未发觉之匪人或犯罪之在逃者。为此，馆长要督促长班加以稽查。如绩溪会馆“凡应乡会试朝考来京及外任人觑者，俱准住居馆内，如或人多房少，乡试年分先尽乡试者居住，会试年分先尽会试者居住，不得任意占据。若遇房屋空闲时，无内眷之候补选人员，亦准居住。其余一切人等概不得住居会馆。”河间会馆制订了住客登记的详细办法：“设立寓馆登记簿一本，凡有到馆者，馆役察知值客，发给某房钥匙，支发什器，随将姓名、籍贯，及官职、科分、到馆日月，一一填入簿内。及出馆之日，亦于簿内登明，仍行报知值年。”并规定：“会馆客寓或容留匪人，或郡属书手潜入会馆客寓冒充誊录，招摇撞骗，或藏设戏具，及家人赌博、酿酒等事，值客查明，通知值年，即照例辞去；同居之人，如有拘隐，一并辞出。”径县会馆也规定：“会馆不得蓄违禁物品，不得容娟优出人，不得赌博、酗酒，并不得借贮货物，及粘贴医卜星相招牌，不得在内做手艺。其一切不安本分有实迹者，跟官服役者，俱不得居住。更有来京评讼，先以不知，容留一觉，即行辞出。如有违抗不遵者，长班察明值年人，值年出知，公集馆内，勒令搬出。”并坚持定期巡查的制度，“每月初一、十五日，值年人敬诣两馆神前拈香，即借以稽查一切。前一夕令长班先请。”此外，会馆发生案件，馆长要配合有关衙门进行调查等等。
除了配合官方维持社会治安这种被动的风教功能，会馆常常是以祭祀的方式自觉开展风俗教化活动。作为侨寓者的同乡组织，共同的精神纽带是将同乡聚在一起的原则。特别是那些客居京城的工商业人士，他乡谋生，风险常在，自然需要在精神上找到一个可以归依的信仰，会馆里奉祭神灵就成为一种团体精神生活的常态。主要有三种情况：（一）公共神灵奉祭。关公以其忠信、正直、义勇的精神，受到许多在京会馆的推崇，成为一个跨越地域文化的公共神灵。通过对关公的奉祀，同乡之间达到“联乡谊，敦信义”的目的。（二）地方神灵奉祭。对家乡地方神的祭祀，是凝聚同乡的有效精神载体。为了崇本思源，促进乡谊乡情，各地会馆往往特别喜欢祭祀本地特色神灵，如江西会馆供奉许真君，作为道教神灵，许真君“以净明忠孝，为高明大使。故迄今称忠孝神仙。而驱孽屏妖，泽流万世，尤庸夫稚子所共知”，供奉他“庶几休戚相关，缓急可恃，无去国怀乡之悲”，以此为这些漂泊在外的游子找到共同的精神家园。（三）多神共祭。清代会馆多神共祭的现象是较多。如北京晋翼会馆“中厅关夫子像，左间火神金龙大王，右间玄坛财神”。这些神灵不论其出自佛教或道教系统，各司其职，各尽其责，满足了这些身在异乡的人们的多种精神需求。会馆每年都要举行一些围绕祭神展开的重大活动，邀请旅京同乡参加，借以联络乡谊。如绩溪会馆“每年正月十三日上灯恭祀众神，正月十八日恭祀越国公，二月初三日恭祀文昌帝君，五月十三日恭祀关圣帝君，九月十七日恭祀福德财神”，每次都“祭毕散福”，大会同乡，“年十五以上者均衣冠齐集拜祭”。还有十二月二十六B腊祭能干祠、除夕上年供、元旦香烛敬神、清明及七月十五日中元两次“预备冥仪酒饭鸡豚，值年率众诣坟园祭奠”。中国传统文化向来以“敬天法祖”、虬嗅终追远”作为风俗教化的旨归，会馆将同乡聚在一起，在虔诚开展敬神的宗教活动过程中，无形中也在年复一年地巩固着一种醇厚质朴的民俗。
会馆的风俗教化不仅是精神上的祭祀活动，还表现在非常具体的公益活动上。更准确地说，精神的祭祀按其旨归，必然要落实在现实的慈善活动上。同乡来京遇到贫病无以维继的状况，馆长要与同乡相商，会馆要酌量给予资助，保证外籍来京同乡在京期间的生活来源。很多会馆还有固定机构进行常态性公益活动。如办义园。其目的是使本籍在京同乡中死后不能归葬原籍的，可殡葬于本籍的义园，作为会馆的一项义举。有的义园在灵枢运回原籍时，会馆还给予一定的补助。有的义园还可以让死者家属留住，以便于送葬、祭扫。义园有专人管理，由会馆支付各项费用。还有办义学。为使本籍在京人员的子女得到受教育的机会，许多会馆都出钱资助教育事业。其中比较多的是对本籍在京人员子女上学的，按学龄不同，定期给予补助。清末兴学运动中，不少会馆直接设立学校，保证本乡子女受到新式教育。如1905的河南会馆设立的豫学堂，1906年安徽会馆设立的皖学堂，四川会馆设立的四川女学堂，以至广西、陕甘、江西等学堂和山西中学堂等。除了帮助同乡及其亲属，会馆还常常在饥荒年代，配合京师地方行政机构，对所在地界的饥民积极开展发放寒衣、办粥厂等慈善活动，对于维持京师风教，起到了实实在在的支撑作用。
如果说会馆是清代北京地方社会维系的传统势力，那么商会可说是北京新兴的社会势力。它主要反映了清末社会政治经济的发展态势。自西方列强以坚船利炮闯入中国后，各国商人争相在华建工厂、办银行、设商会，使我国民族工商业受到了极大的冲击，加上清政府对工商业的苛捐杂税使工商业者苦不堪言，他们迫切要求成立起自己的组织，保护自身的利益。为此，民族工商业纷纷提出兴商学、办商报、建商会的主张。在外压内促的合力之下，1903年，清政府设立商部，颁布《商会简明章程》，民族工商业较为集中的沿海城市率先成立商会。1906年，清政府批准成立“京师商务总会”，会址在正阳门外西柳树井大街陈氏古藤花馆（今宣武区纪晓岚故居），会首称“总理”、“协理”，此为北京市商会的发端。1908年，京师商务总会成立两年之后，“附入总会者已达一百二十个行业”。为适应商会影响和资力不断扩大的需要，各行业商会筹集白银1.4万两，在西珠市口路南购地建商会新址。此后，北京商会历经清末、民国、日伪等不同时期，尽管名称几经更换，一直在该址办公。
清末以前北京的商人组织大体可分为两种，一种是外省官僚与商人共建的会馆，多为该地商人集会议事的地方。另一种是同乡的商人为保护自身利益而建立起来的同业或多业的经济组织，这时的商业组织不仅规模很小，而且没有完备的规章，其成员的组成只注重血缘和地缘，在管理方面完全是家长式，因此，具有很强的封建性、排他性和迷信色彩。当时北京的许多行业就是被这种组织控制着，如山西帮控制着粮食、钱庄；山东帮控制着绸缎、饭庄；江西帮控制着南纸商店等等。这种会馆往往被当地官僚和绅商把持，在沟通商业交流和保护同乡商人方面起了一定的作用，但它的封闭性和排它性等封建的东西也具有某种负面作用。
清末成立的京师商务总会，其来源有民间商业组织与官商组织两个层面。从民间层面看，其成员中的油盐粮行公会就是从以前的临襄会馆直接转化而来，这是山西商人的同乡会，在成立油盐粮行公会以前控制着北京的钱庄、典当、粮食、颜料行业，成立之后这些行业的领导权仍然在它们的掌握之中，同以前相比基本上没有什么变化。再如它的帽业公会，也是在成立于乾隆年间的东晓市药王庙行会的基础上建立的，从其构成和性质而言，几乎没有什么不同。还有以官府为后台的典当业、土药行业，以及历史悠久的国药行业，为达官贵人服务的绸缎洋货行、靴鞋行、首饰行、玉器行、古玩行及利税较高的酒行等。但在京师商务总会最有影响的执事、商董中，以官商居多，这是由当时中国半封建、半殖民地的社会性质和北京作为一国之都的地位决定的。如会员中有大清银行、交通银行等及银号业、汇兑庄业、财庄业、炉房业、钱业、金银号业商会会员：有官督商办企业电报总局、自来水公司等，而众多中小行业公会则被排斥于京师商务总会之外。
京师商务总会虽为经济性组织，但却同时具有公共集合团体的性质。由于个会员企业雄厚的经济实力、广泛的社会影响力，成立之初即被视同辅助政府管理京师地界的最佳社会代表而备受官方重视。京师内外城巡警总厅向京师商务总会各成员企业发函，要求联合成立“联络官商，共谋公益”的市政公益研究所，理由是“凡一切市政，有利当兴，有弊当革，均应公同研究，议决施行”，期望“官商联为一气，互通情隐，以收地方自治之效”，并同京师商务总会商定了联合开会的地点、周期及原则，双方议定“集议之处，外城择在鹤儿胡同平介会馆，内城在东安市场图书馆内”，开会时间“每月以初二、十六日为集议淮期，初二日俱集于内城，十六日俱集于外城”，讨论内容以“地方公益事件为范围”，议题分交议、提议两项——“凡由部署交于本所集议之事件谓之交议，若由本所及各议员自行发起者谓之提议”，讨论原则不看议题出自官方还是民间，而以少数服从多数为准则——“无论交议提议事件，总以反复推论，经议员多数认可者为确当之”，这意味着京师地界官民共治的结构有了一个扎实的载体，为共同维系京师风教奠定了较好的合作基础。
京师商务总会之所以能实现与京师警察系统密切的官商联合共治机制，很重要的一个原因是，它与京师警察系统一样，都是在西方殖民主义势力催逼下新生的社会机关，对于挽救政府的衰退颓势有着比一般旧式机构更敏感的共识和思维，但与京师警察系统不同的是，京师商务总会由于是商业同人处于市场竞争的压力下而催生的民间自发组织，它对于实现按照社会自身发展态势制定符合实际的市场运作规则具有更多的自觉性和专业性，它的成员企业制订的行业规则所体现出来的伦理原则，在很多情况下正逐步取代传统社会士风影响民风的格局，而成为社会转型期影响社会风气演变的原动力。在社会进化论影响下，新商界人士认为“商战竞争之世界，优者胜而劣者败，此定理也。吾国商界不能立于不败之地，以无公共之思想，故其势常孤，势孤则胆怯，胆既怯，虽占常胜之地，欲其不败也可得乎？故有公共之思想者能尽义务。”在创立商会过程中他们猛烈抨击了旧商界各自为谋、不通信息的固陋，明确指出”商会之设，原所以结团体而联众心”，由此体现出商界人士急求突破旧商界隔阂狭隘的缺点而树立新商界广通声气之新伦理的迫切愿望。
