管子在整顿居民编制的同时，层层设置了各级官吏，形成了与“三国五鄙”相适应的官吏系统。官吏是国家行政的主体，足各级政权机构的实际操作者，因此，吏治是国家兴衰的关键因素之一。吏治是否整肃、清明，是国家能否振兴的决定性条件之一。管子深知其中的道理，所以他在“定民之居”的同时致力于整肃吏治。
管子认为整肃吏治的关键是君主应该正人先正己，以身作则。这样上行下效，官吏们才不至于胡作非为。在管子的眼里，礼义廉耻是关乎国家生死存亡的根本。但是，这些道德规范要真正变为人们行动的准则，发挥其维护统治的功能，就要求统治者首先要做到，所谓其身正不令而行，其身不正虽令不从。管子认为统治老百姓的秘诀就在于想让老百姓做什么，君主就应该先做什么，把老百姓往哪条路上引，就看君主喜欢什么、厌恶什么。君主的言行对于老百姓具有很大的示范引导作用。
在《立政》篇中，管子论述了君主在用人的问题上应当慎重对待的三种情况：德操不能与其位置相当，功劳不能与其俸禄相当，才能不能与其官位相当。这三种情况都是社会动乱的根源，而这三种情况大多都是由君主造成的，人们在抱怨的同时自然会联想到君主的用人不当。对于那些德行笃厚而地位卑微的人，人们会说这是君主的过失；对于那些德行浅薄而地位很高的人，人们会认为是君主的失误。这样一来，那些德行操守人们还不清楚的人身居高位，品质优良的官吏就不会为君主尽力；那些功绩不大的人享受较高的俸禄，勤勉辛劳的官吏就不思进取；那些无能的人做了大官，才能超群的人就不会为君主服务。因此，君主在用人时必须慎重从事，对于那些德行不厚的人不能将国家大权交给他们；见到比自己贤能的人不能谦让虚位的，不能让他处于高位；不能公正执法的人不能让他带兵；不重视农业、趋利胡为的人不能让他做地方官吏。
君主在任用官吏时必须举公废私，选拔那些以国家利益为重的人，“任公不任私”、“无私者可置以为政”（《牧民》）。君主与天下同心，以天下万民为重，社稷就会稳固。对于各级官吏来说，爱民无私同样重要。各级官吏上代表君王，下面临平民百姓，上令下达，下情上传，是君主与平民之间联系的纽带。如果他们心中没有国家社稷，没有为民谋利的意识，想到的只是谋取私利，投合君王的所好，尽量地搜刮民脂民膏，想尽一切办法往上爬，那他就不可能受到老百姓的欢迎与爱戴，对于这样的官吏必须清除。
管子认为，如果国君举公废私，那么各级官吏就会望影随形，尽忠职守，不怀二心。对于各级官吏来说，不要侍奉君主左右的宠臣，要听从君主的任用升免毫无怨言，想国家利益之所想，勤勉尽力，遵循法制，明辨顺逆，推荐贤人，能使邪佞之人不敢猖獗；侍奉国君有义，任用部下有礼，贵贱相亲，忠于国家，使上下之人各得其所。无论身处朝廷还是供职荒蛮之地，都尽心尽力完成职责，以义交人，以谦处事；执行公务，恪尽职守，遇到危难，九死未悔；不诽谤国君，不隐瞒观点；国君有过，直谏不疑；国君有忧，勇于承担。如此，则吏风清明，国家繁荣。
围绕整肃吏治，管子采取了不少措施。首先，注重提高官吏的工作效率，特别是在反映民情民意上，要求迅速解决，决不允许扣押或者拖延不办，否则官吏就要受到严厉的惩罚。管子主张，凡是平民要到乡里去陈诉事实的，官吏不准他们前往，扣押超过七天，官吏就要受到囚禁。士要与上面交往，官吏不准他们前往，扣押超过五天，官吏就要受到囚禁。贵族子弟要与上面交往，官吏不准他们前往，扣押超过两天，官吏就要受到囚禁（《大匡》）。
其次，管子主张建立严格的官吏考核制度，由鲍叔负责对各级官吏的考核。对于那些劝勉国事无功而有过的，从政没有政绩缺乏能力的，原野荒废、办案骄横轻慢的，这三种官吏要严加惩处，决不姑息。在定期考核的同时，建立督导、儆戒制度，宫廷对官吏、上级对下级，层层督导，严加儆戒，使那些平庸者受到鞭策甚至丢官（《大匡》）。
再次，坚持以法治吏与民众监督相结合，广开言路，鼓励民众畅所欲言，发表意见，以补为政之失（《国语·齐语》）。管子通过这些行之有效的措施，整肃吏治，形成了奉公守法、清廉自律的官吏队伍，这对于富国强兵发挥了重要作用。
