十一月十日上午，蒋介石召集何应钦、白崇禧、南京卫戍司令汤恩伯开会研究对策。他让陈布雷将所有的信函念了一遍，首先表明自己的观点：
“冈村，唵，既是凶恶的敌酋，又是和善的朋友！这个这个，因为他指挥日军屠杀了几十万中国人，唵，因为他在对待共党问题上与我们心心相印，唵！”
他接着说：“他究竟是功大于过，还是过大于功？这在朋友中有不同的看法。这个这个，平心而论，应该是功大于过，唵！仅说他确保百余万日军的各种武器全部交给了我们这一点，唵，这个功劳就了不得！当然啦，唵，在我们的敌人共党看来，他一点功也没有，只有罪恶，唵！”
他喝了口白开水（他提倡新生活运动不喝茶），又说：“对冈村，唵，我是不忍心逮捕的，这个这个，那么，面对这些要求逮捕他的信函，我们该怎么办，唵？”
“可以置之不理。”汤恩伯说，“两个国际组织，苏联政府，九国驻日军事代表团，总不至于直接派人到中国来抓人吧！再说，有了麦克阿瑟将军的支持，就确保冈村平安无事。”
“置之不理恐怕不行，总得给人家一个答复。”何应钦说：“还是过去说的，日军联络班的工作仍然没有结束，目前不能逮捕他。”
“同意敬之兄的意见。就说等日军联络班的工作结束，中国政府会依法逮捕他和审理他。”白崇禧不偏不倚，“克勤兄的分析也是对的，谁也不能到中国来抓人。有了麦克阿瑟将军的支持，冈村可以安心地配合敬之兄打好鲁南战役这一仗。”
“那就，唵，请彦及兄给两个国际组织，给苏联政府，分别写个复函。这个这个，也给麦克阿瑟将军写个信，对他表示感谢，唵！”蒋介石说，“至于鲁南这一仗，唵，暂时缓一缓！这个这个，待宿北战役结束，部队进行一次整顿之后，再进行鲁南战役，唵！”
因此，鲁南这一仗推迟到一九四七年一月下旬才进行。
一月二十六日早饭后，冈村宁次身穿国民党高级将领制服，佩戴上将胸章和领章，站在穿衣镜前照了照，一种消失已久、亲临前线督战的豪迈感，又死灰复燃地在心胸中升腾起来。
下午四点，他与何应钦飞抵山东济南。第二天下午三点左右，他们驱车来到山东中部偏南的孔子故里、文化名城曲阜县。也许是想有个幽静的环境，便于思考作战中的种种问题，抑或是这里与这场战争南北两线的距离大抵一样，他们把鲁南战役总指挥部设在祭祀孔子的孔庙里。
孔庙始建于公元前四百七十八年，西汉以后历代封建帝王不断给孔子加封追谥，孔庙的规规模也越来越大。现在的孔庙，是明清两代建的，高而厚实的红墙圈地三百二十七亩八分，其建筑物包括三殿、一阁、一坛、三祠、两庑、两堂、两斋宿所、十七亭和五十四门坊，布局严谨，气势雄伟，古柏参天，郁郁葱葱。住在这里，即使是思想迟钝的人，也会有几分开窍。
年纪都不过四十岁的欧震、李仙洲和二十多名团级工作人员早已等候在这里。
何应钦和冈村宁次稍事休息，就由欧震、李仙洲等人陪同去参拜孔子塑像。
孔子塑像为明代弘治年间塑成，身高九尺六寸，腰大十围，头戴十二旒之冕，身穿十二章之服，手执镇圭，道貌岸然地站在神龛上。这尊塑像居中，左边立着颜回、曾参的塑像，右边立着子思、孟子的塑像，称为“四配”。
何应钦和冈村及陪同人员，怀着虔诚的心情，先对孔子塑像三鞠躬，再向“四配”塑像各一鞠躬，既是对孔孟之道的推崇，也是祈求这些偶像保佑他们在鲁南战役中打胜仗。
然而，等待他们的却是失败。
鲁南战役于一月三十日上午打响。解放军在华东野战军司令员陈毅的指挥下，针对国民党的进攻态势，避开南线国民党军主力，主动放弃临沂，仅以两个纵队的兵力伪装为主力，在临沂附近阻击南线敌人，造成决战之假象；主力七个纵队迅速隐蔽北进，在新泰和莱芜两侧集结，围歼李仙洲部于莱芜。
二月二十日凌晨四点，解放军围歼李部的战斗开始近一个小时，李仙洲才通过无线电收发报机向何应钦报告。何应钦和冈村宁次都大吃一惊，慌忙命令远在一百六十多公里的苍山、临沂、莒南一带的欧部北上莱芜，为李仙洲部解围。
可是，解放军在沿途设下伏击，使欧部的大部分兵力不能自拔；其中有八个旅日夜兼程，绕道滕州，经泗水和楼德，于二月二十三日抵达新泰北面的化师店、泰安东面的司马河时，李仙洲的二十三个旅已被解放军全部歼灭，李仙洲也当了解放军的俘虏。
现在，何应钦和冈村慌乱而烦躁地坐在孔庙总指挥部里，谁也不说话。幽静的环境，帮助他们思考与督战完全相反的问题。何应钦想得最多的是怎样向蒋介石交代，怎样保住冈村一条命。冈村想到这回以自己的实际指挥，否定了自己的战略战术的正确，若因此在蒋介石面前失去庇护价值，一切都完了。
人的一生，是不断地折磨自己，不断地折磨别人，不断地被别人折磨的一生。何应钦和冈村正在受折磨。何应钦被折磨得焦头烂额，冈村被折磨得做出一副垂危者的怪脸。
“我对不起蒋委员长，对不起何学长、汤学长和白部长！”冈村垂头丧气，“联络班的工作已经结束，我等待国际法庭对我的审判。”
“请老同学不必焦虑，蒋委员长那里我自有办法应付。”何应钦终于想好了对策，“可以把一切责任推到李仙洲身上，就说他违背了你提出的作战方案。即使他不被共党处死，也等于死无对证。欧震与我的交情很深，我给他打招呼，就说他按照你的部署出击，消灭了多少多少共军。”
“何学长……”冈村眼泪夺眶而出，“对你，对你的恩德，我，我没齿不忘！”他说得如此艰难，也是一种折磨。
就这样，冈村宁次正式成了蒋介石的军事顾问。从此，他直接参与了蒋介石在内战中发动的大部分战役。但是历史证明，他的战略战术在人民解放军面前被碰得头破血流！尽管如此，蒋介石仍然将他保护在南京，直到一九四八年三月二十九日。
这天下午三点左右，国民党政府收到远东国际军事法庭一封信，第一次提出传讯冈村宁次去东京出庭作证的事。三月二十九日，是蒋介石、李宗仁、程潜等人竞选总统的第一届国民代表大会召开的头一天。虽然蒋介石通过金钱和封官许愿拉到了不少选票，但竞选尚未揭晓，鹿死谁手尚难预料。蒋介石一颗心悬着，没心思考虑冈村的问题，只将国际法庭的信看了看，就交给何应钦和汤恩伯去处理。他只吩咐一句：
“如果让冈村先生去东京出庭作证，唵，他就完了！究竟怎么处理好，由你们决定，唵！”
何应钦和汤恩伯想到冈村宁次患有肺病，虽然不那么严重，但是个很好的借口。于是，他们以冈村患病为由，将他秘密送往上海，第二天，《中央日报》发了则消息，说冈村肺病复发，咯血不止，病情严重，已于半个月前送往某地医治；待他的病情好转，再由南京审判战犯军事法庭进行审判。同时，以同样的理由复信给国际法庭。
冈村在三月二十九日的日记中写道：
“如果我能活下去，自然知道我这条命是谁给的。我在南京金银街住了一年又九个月，今日离去，无限感慨。”“青年时代我曾经住过的南京，由我指挥过百万大军的南京，由我签订投降书的南京，使我患过肺病的南京，再见！”
晚上八点三十分，冈村由国防部二处处长吴文华、科长吴永明和十名便衣武装保护驱车离开南京，第二天早晨七点抵达上海，住在黄渡路王文成家里。何应钦和汤恩伯让冈村住在这里不无原因。王文成出生于日本，在日本念完大学才回国在外交部任科长和司长。一九四二年春，受戴笠的派遣打入汪精卫政权，当了实业部次长。这期间，他与冈村过往甚密。抗战胜利后，他继续受到蒋介石的重用，任国民党上海市党部副主任委员。
王文成显得很亲热地对冈村说：“昨天下午我先后接何总司令和汤司令打来的电话，说冈村先生会住到寒舍来，兴奋不已。我呀，真是‘三生有幸’！”
“给王先生家添麻烦了。”冈村也很激动，“如果今生不能报答，只好来世变王先生家的坐骑相报！”
“快莫这样说，快莫这样说，冈村先生！”王文成手往楼上一指，“三楼四间房子全给冈村先生使用，一间卧室，一间会客室，一间浴室，一间书房。”我有上千种图书，有半数是日文版，阁下可以随便翻阅。
他说：“至于饮食方面，你想吃什么就吩咐女佣做什么。还有，与日籍医生中山省二郎博士约好了，每天上午来给你检查一次身体。”
冈村的眼睛红了，激动得不知说什么好。
王文成说：“关于冈村先生的安全问题，淞沪警备司令部已派来一个排的便衣武装保护你，其中四人住在我家一楼客房，其余的住在我这住宅四周。”
“谢谢王先生，谢谢关心我的中国朋友！”冈村禁不住热泪双流。
有一天，王文成在小学四年级念书的女儿王宝敏来到三楼，对冈村宁次说：“外公！我讲件事给你听，好吗？”
“好，好，宝敏讲，外公听。”冈村欢笑着，把十岁的王宝敏拉到自己身旁坐下。
王宝敏说：“今天上午，老师给我们读报时，念了篇《惩办战犯冈村宁次》的文章。”她见冈村浓眉紧锁在一起：“外公不愿意听？”
“愿意听，愿意听，宝敏继续说。”冈村一脸苦笑。
王宝敏说：“老师刚念完，有个男同学问：‘老师！冈村宁次现在哪里？’老师说：‘现关押在上海江湾战犯监狱里。’我听了忍不住笑出声来。”
冈村一惊，好像干坏事当场被人抓住似的惊慌和尴尬。
“你为什么笑？宝敏！”冈村脸色惨白，“那么，你说冈村宁次在哪里？”
“外公就是冈村宁次。”小姑娘说话直来直去。
“不，不，”冈村摇头否定，“我是宝敏的叔伯外公，我是中国人，名字叫李子贤呀！”
“外公说谎。”王宝敏说，“那天有个日本人来看望外公，他把自己的身份证给爸爸看过之后，悄声问爸爸：‘冈村宁次先生住在贵府吗？’爸爸点点头，手往三楼一指。”小姑娘说：“我正在写作业，隔着窗户看得很清楚。但我没有对任何人说过，也不敢问爸爸，不敢问妈妈。”
冈村宁次红着脸说：“是的，我是冈村宁次，宝敏，你恨我吗？”王宝敏没直接回答冈村，她说：“因为你住在我们家里，所以当老师说你被关押在上海江湾战犯监狱时，我就忍不住笑出声来。”
小姑娘又说：“老师问我笑什么，我也说了谎。我说，冈村宁次终于被关进战犯监狱，我感到非常高兴呢！老师说，对，应该感到高兴！”
冈村在日记里记述了这件事之后，感慨地说：“王宝敏，一个多么聪明的孩子！在上海这个错综复杂的社会环境中，我的住所能得以保密，实非易事啊！”
