按照******的设想，要把整风运动开展成为全党的学习运动，通过整风，使全党的马克思主义水平有较大的提高。1942年5月下旬，****中央政治局决定成立中央总学习委员会，领导整风运动。******担任总学委主任。在他的主持下，集中把党的历史上代表正确路线和代表错误路线的文件，在上年编出《六大以来》的基础上，又编辑成《六大以前》，供干部研究党的历史经验用。并列出《社会主义由空想发展为科学》等十余部著作，组织学习，联系实际，开展讨论。
经过深入学习讨论，弄清了在第二次国内革命战争期间，何以纠正了瞿秋白的错误，又出现了李立三的错误；纠正了李立三的错误，又出现了王明的错误，而且错误的程度一次比一次更严重，形态一次比一次更完备。从思想方法上讲，就是以主观主义反主观主义，以教条主义反教条主义。其共同点是：理论脱离实际，主观不符合客观。分析和处理问题的方法，不是从实际出发，而是从本本出发，从主观愿望出发，或照抄照搬外国的经验。对于全党取得上述共识，******感到由衷的高兴。
但在整风过程中，出现一种倾向掩盖另一种倾向，引起了******的注意和忧虑。一些同志不把主要精力放在总结历史经验上，而是提出对党内历史上的错误要寻根究底，追查责任。或者说，把主要精力放在查明历史上的那份文件是谁起草的？起草人的动机与意图是什么？如何犯这样或那样的错误？大有追查个人责任之势。******及时觉察到这种倾向。他在不同场合下多次强调，整风学习的主要目的，是弄清问题，提高认识，而不是追查个人责任。整风的方针是“惩前毖后”、“治病救人”，从团结的愿望出发，经过批评和自我批评，在新的基础上达到新的团结。******的提醒对保证整风运动的健康发展起了重要作用。
******在领导全党整风的过程中，还随时注意运动中出现的偏差。他针对运动中出现的极端民主化的干扰，于1942年3月底在改进《解放日报》工作座谈会上指出，绝对平均主义、极端民主化观念和“冷嘲暗箭”的办法，是从不正确的立场说话的。批评应该是严正的尖锐的，但又应该是诚恳的坦白的与人为善的。他的讲话，防止和纠正了极端民主化的倾向。
在整风运动期间，****中央各部委和延安的一些机关、学校还从1942年12月开始，进行了审查干部工作。本来，通过学习提高以后，党的组织对自己的干部进行审查既是正常的，也是必要的。但是一些预想不到的原因使审干发展成反特斗争。特别是在1943年7月15日中央总学委副主任、中央社会部部长康生在延安干部会上作报告，提出“抢救失足者”以后，错误进一步发展，形成了所谓的“抢救失足者运动”。审干，特别是“抢救失足者运动”，虽然也清查了一些真正的特务，但严重扩大化了，通过“逼、供、信”的错误方法，制造了一大批冤假错案，使许多革命者和进步青年蒙受不白之冤。
毋庸讳言，******对此也应负有一定的责任。1943年8月15日，******主持制定的《****中央关于审查干部的决定》，开宗明义，第一句话就是“特务之多，原不足为怪”，并说：“特务是一个世界性群众的问题，不认识此点，就不能采取正确的方针。”这反映了******对形势估计过于严重。随着审干运动和“抢救失足者运动”的发展，党内和根据地内受到打击的对象越来越多，对立情绪也越严重。任弼时发现问题后及时报告给******，任弼时在反映情况的基础上，并提出制止错误做法的意见。******采纳了任弼时的建议，并着手纠正那些错误做法。但在关键时刻，******又犹豫了一下，认为不能给群众运动泼冷水。这样，尽管隋况有所缓和，但事态并没有彻底扭转过来。
******经历过第二次国内革命战争时期恶劣环境的严峻考验。那的根据地肃反扩大化的教训永远难以队他的记忆中抹去。******经过瞋重考虑，于1943年7月1日提笔写信给康生，指出，防奸工作的两条路线——正确路线是：百长负贡，自己动手，钡导骨十与厂大群众相结合，一般号召与个别指导相结合，调查研究，分清是非轻重，争取失足者，培养干部，教育群众。错误路线是：逼、供、信。我们应该执行正确路线，反对错误路线。7月30日，******再次重申了防好工作的正确路线，指示要停止“抢救失足者运动”。****中央根据******提出的防奸工作的正确路线，制定了审查干部的九条方针。8月15日，****中央通过《关于审查干部的决定》，重申了九条方针。但是，康生不执行正确路线，大搞逼、供、信，而且开始大量抓人和杀人。******知道这些消息后，及时制止，并于1943年10月9日明确提出“一个不杀，大部不抓”的肃反方针，避免了更严重后果的出现。
从1944年春起，****中央开始对受冤屈的同志进行甄别平反。4月，******约见李克农、周兴和师哲等人，专门谈论逼、供、信的问题。******开门见山地表示对各类口供的真实性持怀疑态度。他回忆起江西肃反的经验教训，说，在江西反****时，每一个犯人也都有口供。半夜三更，我睡不着觉，悄悄地走到审问犯人的地方，用舌头将窗纸舔了一个洞，偷偷地看，看见审讯人员正在摘逼供信，我才知道了****是怎样出来的。******问李克农等是否也在搞逼供信。当******知道审讯科长是江西过来的，送给他的口供材料是这位审讯科长提供的时，******似乎明白了什么。他说，你们送来的6份口供，我只看了1份，第二份我就看不下去了。以后也不要给我送来了。******继续解释他为什么不想看这些口供，说，是因为这些口供像写文章、小说，不像口供。他反问李克农、周兴和师暂，这些口供，每一句话，每一字都是真实的？没有一句话、一个字是错的。有人回答，一句两句错，恐怕难免，但这无关紧要。******听后说，如果有一句是假话，会不会有十句假话？有十句假话，会不会有一段假话？有一段假话，会不会全篇是假话？写口供不是写小说，不能编假的。你们回去对犯人说，一个字如果是假的，就改正一个字；一句话是假的，改正一句话；一段话是假的，改正一段话；全篇是假的，那就全部推翻。你们把他们的口供交给他们，叫他们自己改，要说明一个字、一句话都不要假的。******最后强调，我们要弄清的是真反革命，不是假反革命；要的是真材料，不是假材料。你们要搞清楚，口供是从哪里来的，绝对禁止用刑逼供。要让犯人讲真话，绝不允许讲假话。保卫工作要坚决一个不杀，大部不抓。要严格把好关，不要冤枉一个好人。******的一席话使李克农等深受教育，茅塞顿开，也使全党受到教育。
******还亲自抓各种案子的甄别工作，一边甄别，一边平反。1943年底，延安大学合并到行政学院。这里被审查过的同志意见很大，有些同志给******、******写信申诉，说他们不是特务，不是国民党，不是三青团，但挨了整，被戴上特务、国民党、三青团的帽子，要求党给他们作出实事求是的结论。******投到信后，亲自到行政学院，在1000多名教职员工和学员大会上讲话，说在审于中，伤害了不少好同志，冤枉了好人。这像洗澡，为了消毒，在水里放些灰锰氧，但放多了，烧坏了皮肤，这很快会好的。他还说，有些好同志被戴了帽子，我们党是实事求是的，帽子戴错了就要把它摘下来。并说，有反必肃，有错必纠，这叫实事求是。现在要对审查过的同志进行复查，甄别定案，错了的平反纠正，帽子戴错了摘下来，放下包袱，轻装前进。听了******讲话以后，学院选调了一批干部，和专门机关相结合，开展甄别定案工作。这项工作在******的关心下进行得很顺利。
