1913年3月20日，国会开会前夕，袁世凯派人暗杀国民党代理理事长宋教仁。4月，又非法签订善后大借款，准备发动内战，消灭南方革命力量。孙中山看清袁的反动面目，从日本回国，力主武装讨袁，但因国民党内部意见分歧，未能及时发动。袁世凯却借口江西都督李烈钧、安徽都督柏文蔚、广东都督胡汉民曾通电反对善后大借款，是不服从中央，便设法排斥。6月9日，袁在做好了政治、军事准备以后，指责李烈钧“不称厥职”，悍然下令罢免李的江西都督职务，任命黎元洪兼领江西都督，任命欧阳武为江西护军使，贺国昌为护理民政长，陈廷训为江西要塞司令官。李烈钧，字协和，江西武宁县人，1902年入江西武备学堂学习，1904年被选送日本学习陆军，1907年经张继等人介绍加入同盟会。1910年回国后任江西新军管带，后到云南，先后任讲武堂教官、后备道提调等职，九江光复后，被推为九江军政分府参谋长，策动北洋舰队部分军舰起义，被举为安徽都督。旋参加保卫武昌，任五省联军总司令。1912年出任江西都督后，坚持革命立场，与袁坚决斗争，被誉为民党急先锋。李烈钧被罢免，成了二次革命的导火线。
当时孙中山竭力主战。张继及马君武、邵元冲、白逾恒四人到赣，动员李烈钧讨袁。但李烈钧鉴于他的同盟反袁的主张得不到响应，顾虑重重，无意起兵讨袁。6月15日，李烈钧卸职离开南昌前往上海。路过湖口时，九江一线的军官们向他建议讨袁，但李烈钧说：“外面局势实在闹不清楚，到上海后再和孙、黄诸要人商议，并询各省意见，再行发动。”6月19日，李到达上海时，孙中山已离沪赴澳门。
在李烈钧离开南昌的当天，欧阳武致电黎元洪，表示拥护中央。旋即就任江西护军使，并根据黎的要求，代理江西都督。6月18日，欧阳武从九江赶赴南昌，20日接管都督印信，履行职权。欧阳武上任后，开始破坏李烈钧的备战体制；下令“取消军政司，裁撤总务厅，停止征兵，解散兵站”，将前沿部队撤回江西腹地。这是李烈钧草率卸职离赣所造成的恶果。
在李离赣的前一天，即6月14日。袁世凯撤去胡汉民的广东都督职务，任命陈贻范、胡汉民为西藏宣抚使，任命陈炯明为广东都督，陈昭常为广东民政长。胡汉民于16日通电接受任命。
广东局势很微妙。革命党人指望陈炯明起兵讨袁，而广东高级军官们则希望倒向陈一边，双方都希望早日接任都督。陈进退两难，即害怕讨袁失败，又害怕被袁利用。6月16日，陈向袁提出高价：“（1）中央政府须即汇款二千万元，以为收回地方纸币之用；（2）不得任命政府私人为粤省护军使及民政长，从中牵制一切；（3）如政府为一时权宜计，暂以炯明充粤督，则不如速去。”如此高价袁难以接受。
6月20日，孙中山抵达香港、澳门。22日，胡汉民偕汪精卫离粤赴港。孙中山遂约见陈炯明，“征得陈炯明对四省独立，广东同时宣布的同意”。7月4日，陈接都督任，调集军队，准备独立。
赣、粤两督的罢免，使革命党内武力讨袁的呼声高涨。黄兴着手规划倒袁的实际布署。他把行动的方向定在湖北。湖北著名革命党人詹大悲、王宪章、季雨霖、王华国、熊炳坤等在黄兴支持下，纷纷回鄂运动，前军务司长蔡济民也密谋内应。黄兴又派宁调元、熊樾山前往联络，敦促起义。正当湖北革命党人广泛联络，准备起兵之际，先前发动上海制造局之役的柳人环、文仲达、卢汉生被解赴湖北，并于6月23日转解北京。途中，文仲达变节招供：“起义机关在汉口《民国日报》馆。”24日，黎元洪饬令军警会同法租界巡捕查封《民国日报》馆，搜获文件布告多件，逮捕曾毅等4名报馆编辑。负责起义全局的詹大悲，看到机关被破，急令起义部队于25日夜于南湖集合暴动。但还没发动便流产了。翌日，宁调元、熊樾山在汉口德租界被黎的军警会同德租界巡捕逮捕。是日晚，詹大悲鲁莽行动，到处派人纵火，但一事无成。仅驻扎天门、潜江一带的章裕昆一营于25日夜如期起义，因孤立无援而溃散。事后，黎元洪大肆搜捕、屠杀。湖北革命党人被摧残殆尽。
6月底，孙中山由港回沪。此时，各省的空气依然沉闷。孙中山召集军事会议，力促陈其美在上海独立。章梓在南京倡议，派朱卓文前往南京运动第八师的营连长赞成起兵。但谁也不敢先发。于是，孙中山、黄兴宴请李烈钧，动员江西起兵发难。席间，李“意气自豪，谓各省如能响应，赣事尚可为。中山极力怂恿，并以南京情形告之，李遂告奋勇”。当时，江西第一旅旅长林虎派团长李思广到上海向李烈钧及在沪的革命党人汇报了江西军队斗志高昂的情况，李烈钧决心发难。他令李思广赶速回报：“皖、宁、湘、粤均倚戈待命，若吾赣发难，一星期间各省即可响应，并出援军。”并密电赣中将领准备起兵。
当革命党人准备发动二次革命之际，袁世凯也在积极布署兵力，抢占江西的战略要地。7月5日，北洋军队在李纯率领下，开赴九江，与林虎所部仅距数里，南北两军虎视眈眈，战事一触即发。7月6日，袁世凯又派兵南下进驻上海制造局，在南方腹地插进一把尖刀。
决战即将来临，但革命党人还没有统一的作战计划和统一的指挥。本来，赣、皖联盟反袁，但柏文蔚认为大势已去，意志消沉。6月30日，袁世凯任命柏为陕甘筹边使，解除了他的安徽都督职务，任命孙多森为安徽民政长兼署安徽都督。柏拒绝了新任。安徽革命党人要求柏即时起义，他没有同意，也未赴沪参加军事会议。上海革命党人派龚振鹏回安徽策动反袁。7月6日，孙多森到安庆上任，安徽革命党人策划杀孙未成。柏文蔚竟在临战之际，于7月10日由安庆赴南京，“闭门谢客，藉以休息”。
7月8日，李烈钧悄然抵达湖口，部署起兵事宜。但无法掌握他的基干部队。他的有战斗力的老部队，即一师二旅三团当时被分割部署在九江、南昌两地，且被敌牵制，无法运动，他只能以九、十两团为基干力量。又调集辎重、工程两营，以湖口为基地，设立讨袁军司令部。9日晚，李烈钧电告欧阳武及江西各机关，“鄙人免官赴沪养疴，忽闻北军人赣，愤不欲生，现已回赣效力”。欧阳武竟严词答复：“此间皆不主战，请君速速返沪。否则，武即会同北军夹攻湖口。”并派代表三人劝李离境。李对代表说：“烈钧亦知南雷（欧阳武字南雷）素主和平，但烈钧已到此，决无返沪之理。请为南雷言，好则回头见，否则来生见可也。”李烈钧以生死的抉择示意欧阳不得阻挠起义。
11日，李纯得悉李烈钧已占领湖口。十一混成旅旅长马继增急报林虎正向九江开进，要求通过北军防地。李纯向京、鄂急电请援，袁世凯遂命黎元洪调拨海、陆各军迅速增援，令欧阳武“严束所部，勿受乱徒指挥”。欧阳武得悉李烈钧执意讨袁，企图调集两团兵力进攻湖口。但军队已不听他指挥，他的部下原是李烈钧旧部，支持革命。江西革命党骨干分子俞应麓控制了南昌的局面。欧阳武于11日晚上召集民政长、各司司长、都督府顾问、各报馆主笔、各公团各党派领袖开会，宣布已无调遣军队的能力，提出辞职，大家要他维持南昌秩序，才勉强留了下来。
同日，李烈钧密电委任林虎为讨袁军左翼司令，指挥一、二、七团攻击沙河、十里铺一线北军；任命方声涛为右翼司令，指挥三、九、十团攻击九江城南金鸡坡炮台北军；任命何子奇为湖口守备司令。当晚，林虎向所部下达了攻击令。12日拂晓，林虎所部向沙河北军侧翼发起猛攻，林军另一支向十里铺前进，企图包抄敌军。二次革命战争终于打响了。
在湖口，李烈钧令要塞鸣炮，宣布独立，并发布讨袁檄文，谴责袁世凯“乘时窃柄，帝制自为……近复盛暑兴师，蹂躏赣省，以兵威劫天下，视吾民若寇仇，实属有负国民之委托”，号召“我国民宜亟起自卫，与天下共击之”。7月13日，江西省议会开会，推举李烈钧为讨袁军总司令，欧阳武为都督，贺国昌为省长，俞应麓为兵站总监。唯欧阳武称病不出。这样，江西首先举起了讨袁大旗。7月15日，黄兴在南京独立，18日，陈炯明在广东独立。随后，陈其美在上海攻江南制造局，福建许崇智、湖南蒋翊武和重庆熊克武亦率部分军队独立。袁世凯以江西、南京为进攻重点。江西方面，湖口的讨袁军，遭北洋军的水陆夹攻，于7月25日败退。8月18日北洋军攻陷南昌，占领江西。9月1日，袁军张勋部攻占南京。上海的陈其美等已在8月13日弃吴淞炮台而去，安徽的柏文蔚也被袁军所逐。随后，其他各地相继取消独立，不到两个月的“二次革命”归于失败。袁世凯乘军事胜利，解散国民党，孙中山再次逃亡日本。
