科学和宗教各有所长，各有其主宰层面。科学重物质，宗教重精神。科学重入世，宗教重超越。它们是人类智慧织锦的两个不同的侧面，皆有大用，也皆有糟粕。宗教的大善无疑有益于人类，但其宗教裁判所和十字军东征则是人类的噩梦。科学虽然改善了人类生活，但也刺激了欲望的膨胀。
好多人认为科学和宗教是完全对立的，但事实不是这样。几乎任何一个真正伟大的科学家都不会完全排斥宗教，哪怕他们可以拒绝宗教名相，却几乎无不具有宗教精神。有些科学家，或是哲学家，仅仅是将宗教换成另一种名相而已，如黑格尔的“绝对精神”，其实是另一种意义上的“上帝”。洞悉了宇宙某些真理的牛顿，更是在生命的最后阶段扑进了宗教的怀抱——当然，你也可以说他“退步”了，但这一行为本身，难道不是一种对宗教的巨大的认可和包容吗？
无数伟大的科学家，都将宗教智慧当成了自己的心灵滋养。
我们可以举出许多这样的例子：
在自然科学中，爱因斯坦的相对论明显闪烁着《华严经》的智慧光芒，他也在许多著作中谈到佛教，那毫不掩饰的欣赏，表明他对佛教有着相当深入的了解。霍金的某些理论也跟传统佛教智慧有着非常相似的表述。
在社会科学上，叔本华的哲学明显地受到佛教智慧的启迪，即使他创造了自己话语体系，但明眼人一眼便可以看出二者确实有过重要的相遇。叔本华指出：“在这个世界中，唯有痛苦才是唯一真实的东西，而幸福不过是痛苦暂时的缺乏，不过是欲望与无聊较为迅速的交替。”他在《作为意志与表象的世界》中开篇便点题：“世界是我的表象。”前者跟佛教的苦谛相若，后者跟“万法唯心造”相近。
心理学大师弗洛伊德的潜意识理论，同样也可以在佛教的唯识学中找到相似的种子，末那识和阿赖耶识的说法，显得比潜意识理论更为深刻。荣格的集体无意识，又何尝不是佛教所说的“共业”、“习气”的另一种表述？
海德格尔的某些理论，也跟我一向弘扬的大手印见和禅宗哲学有着惊人的相似。巴雷特在《铃木大拙选集》导言中描述说，海德格尔的一个朋友告诉他，有天他去看望海德格尔，海德格尔正在看铃木大拙的书。海德格尔说：“如果我理解正确的话，这正是我在我所有著作中要讲的。”
许多人并不知道，当代世界发现并让人类惊奇不已的东西，其实在两千五百多年前，就已进入佛教宝库了。
同样，科学在许多方面也印证了佛教的伟大，如天文学的诞生，印证了佛教“三千大千世界”说法的正确；显微镜的发明，证明了佛陀所说的水中的“细菌”——他说是肉眼看不到的小虫——的存在；暗物质和暗能量的发现，为佛国或是其他空间、六道等的存在提供了另外一种表述的可能。
现代基因学也同样提供了许多的例证，来证明宗教的存在理由。
2010年底，在四川举行的“香巴噶举文化论坛”上，笔者曾这样发问：你说佛教的修行可以升华自己，可以离苦得乐，可以得到智慧，这究竟是什么原理？你能不能回答？
基因学已告诉我们，只要你按照宗教方式生活和修炼，就会激活本来处于休眠状态的某个基因。这个基因平时一直沉睡着，一旦被激活，它就会像太阳一样，一直照耀你的人生。这个基因有益于人类的快乐、长寿、健康、智慧等等，所以，密勒日巴即使在吃草的时候，也有着常人无法比拟的快乐。基因学还告诉我们，有许多方法，可以激活这个基因，如宗教倡导的苦行和节食等等。比如持宝瓶气时，你的生命处于缺氧状态。而当生命面临危机的时候，生命的自我保护功能就会激活这个基因。笔者传承的香巴噶举文化中，也有许多方法，如拙火瑜伽、如幻身瑜伽、如光明瑜伽，都可以修复基因缺陷，升华生命，启迪智慧，实现终极超越。新香巴噶举学派的出现，其实就是传统佛教与科学文化接轨并与时俱进的产物。
现代基因学告诉我们，人类的许多烦恼其实也是生理的原因，藏传佛教称之为脉结，科学认为这跟基因和染色体有关。一个喜欢发怒的人，在他发怒时，血液中必然有一种让他发怒的激素或内分泌，而按传统的无上瑜伽修习，就可以修复基因缺陷，做到身心自在。因此，我们一定要面对科学。学习现代人认可的科学知识，能让更多人接受并认可佛教。
所以，科学要学会包容，要从古老的人类文明中汲取养分。这样，才能让科学这柄双刃剑，更好地造福人类，而不是祸害人类和毁灭人类。同样，宗教也要面对时代，面对科学，与时俱进。我认为，每一个教派就像一个池塘，里面的水经过千年的沉淀，其中有灰尘、垃圾等各种杂物。要是没有活水，它就会在岁月阳光的曝晒下发臭或者被蒸发。那么，如何让这个池塘活起来？方法只有一个：引进活水，让它与人类存在的大海沟通。当大海的水席卷而来的时候，会冲起池塘里沉淀的垃圾，让这个池塘显得更加的污浊，其中的鱼、鳖可能会有些窒息、难受，但不要紧。因为这时候池塘和大海已经融为一体了，它已经有了无穷的活力和可能性。我们的难受只是暂时的，我们已融入一个巨大的世界。所以，每一个教派，每一个人，只有和人类的伟大存在联系在一起的时候，才能实现永恒。因此，要面对时代，与时俱进，引进活水。不要抱残守缺，不要一直抱着自己认为的“宝贝”，当成自己的私家物品不放。真正的文化瑰宝不属于自己，不属于哪个人，不属于哪个教派，而是属于全人类。
科学的灵魂是与时俱进，宗教文化也必须与时俱进。佛教诞生于印度，后由历代的文化大师，将其智慧火种引向了中国汉藏两地，分别形成了各具特色的、丰富的汉藏佛教文化，正如当今的佛教走向世界。正是在一次次历史转折的冲击下，在阵痛中，佛教文化才传承了下来，实现了与时俱进，成为燎原的智慧之火。
当宗教遭遇了科学之后，也许会有一定程度的扬弃和阵痛，但这是一个不可回避的过程，宗教界必须承受这种阵痛。事实上，阵痛是打碎，打碎固有的观念、陈腐的意识，打碎障碍心灵自由的壁垒、习惯的理由与借口。文化困境的原因不在于历史遗留下的垃圾，不在于遇到的某些阻碍，一切要反观自身，从剖解自身开始。历史和现实都告诉我们，只有与时俱进，才能真正实现超越。
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