（1）三元杂交方式。也称终端公牛杂交方式，是指普通牛种公牛同母牦牛杂交所生的母犏牛，再与普通牛种公牛（第三品种）交配，所生的尕利巴牛为三元杂种。牧民俗称这种杂交为“断子绝孙”的杂交，公犏牛和尕利巴、公母牛均用于育肥肉用。这种尕利巴牛不再进一步杂交，或停止用第三品种公牛杂交，故称为“终端”公牛杂交，可获得较大的杂种优势或经济效益。在四川、甘肃等牦牛产区，先用奶用或奶肉兼用型品种公牛同母牦牛杂交，所产犏牛做奶用，这种犏牛产奶量成倍高于牦牛，可提高鲜奶及奶品厂原料奶的供给。
三元杂交方式的特点：能使参配的三品种的优良性状互补，使杂种牛的商品性更完善；尕利巴牛不留作继续繁殖，杂交用母牛由牦牛和犏牛组成，不仅可减轻牦牛群提供母牛的压力，也便于参与杂交母牛群的管理；将大型肉用公牛同母犏牛交配，可减少难产，母犏牛产奶量高，有利于尕利巴牛哺乳期培育及提早出售；可与二元杂交和轮回杂交配套，避免生产传统级进杂交二代。
（2）轮回杂交方式，也称交叉杂交。先用普通牛种（一品种或两品种）公牛同母牦牛、犏牛交配，所生尕利巴牛（牦牛基因组成仅25％）用公牦牛交配，所生杂种（或称轮杂牛）又用普通牛种公牛交配，这样，普通牛种公牛和公牦牛对相继世代的杂种母牛轮回（或交叉）交配，即形成轮回杂交。
轮回杂交方式的特点：4～5年进入交叉循环或普通牛种公牛和公牦牛对相继世代的杂种母牛轮回交配后，杂种母牛留作繁殖，无须由母牦牛补充，不影响母牦牛群的数量或牛群扩大；杂交用的母牛及所生犊牛都是杂种，固定地轮回杂交下去，杂种优势有所降低，但轮交牛的基因组成中，普通牛种和牦牛大约互以67％∶33％偏向于父本。杂种含牦牛基因始终不低于25％，或比尕利巴牛要高；种间生殖隔离机制缩小，轮回杂交所生杂种母牛的受胎率要比母牦牛高，还可减少难产；要提高杂交效果，必须保证轮回杂交所用的公牛和杂种母牛无血缘关系；还可与“终端”公牛杂交配套，即含牦牛基因组成67％的轮交母牛，产2胎后可与“终端”公牛杂交，所生杂种牛无论公、母均育肥供肉用。
