商鞅，不仅是一位政治家、军事家，还是一位思想家。他的思想集中体现在《商君书》中。《商君书》现存24篇，是商鞅及其后学的著作汇编，是法家学说的代表作之一。
《商君书》侧重记载了法家革新变法、重农重战、重刑少赏、排斥儒术等言论，主要反映了法家的政治思想。
首先是革新变法思想，这是法家思想的精髓。《更法》篇详细记述了商鞅与甘龙、杜挚在秦孝公面前争论变法的问题。
针对秦孝公怕变更法度、改革礼制受天下人非议的想法，商鞅说：“行动迟疑就不会有名，做事犹豫就不会成功。我劝君王还是赶快下决心变更法度吧，不要怕别人的批评议论。法度是爱护人民的，礼制是利于国事的。所以圣人治国，只要能使国家强盛，就不必沿用旧的法度；只要有利于人民，就不必遵守旧的礼制。”
针对甘龙“因袭人民的旧礼俗去施行教化，不费什么事就能成功。依据旧法度治理国家，官吏既很熟悉，人民也能相安”的说法，商鞅说：“这都是俗人的言论。夏、商、周三代的礼制不同，而都成就了王业；春秋时五霸的法度也不同，而都成就了霸业。所以聪明的人创造法度，而愚昧的人受法度的制裁；贤人改革礼制，而庸人受礼制的约束。我们不能和受礼制约束的人商讨大事，不能和法度制裁的人计议变法。”
针对杜挚“效法古人就没有错误，遵守旧礼就没有奸邪”的说法，商鞅说：“古代的政教不同，我们效法哪个古人？帝王不相因袭，我们拘守谁的礼制？礼制、法度要随着时代而制定，命令要符合实际的需要。所以我说，治理人民，并非一个方法；为国家谋利益，不必效法古人。”
“三代不同礼而王，五霸不同法而霸”，“治世不一道，便国不必法古”成为商鞅倡导变法的名言。《开塞》篇从考察人类社会发展的不同阶段入手，论证了战国末年只能实行法治，才是唯一可行的治国道路。“圣人不法古，不修今。法古则后于时，修今则塞于势”。从而说明只有变法革新，才能使国家富强兴盛。
其次是重农重战思想，这是法家思想的重要内容。《商君书》中有关重农重战的论述最多。如《农战》说：“国之所以兴者，农战也。”“善为国者，仓廪虽满，不偷于农。”“国待农战而安，主待农战而尊。”《靳令》说：“农有余粮，使民以粟出官爵，官爵必以其力，则农不怠。”朝廷让人民拿剩余的粮食捐取官爵，农民就会卖力耕作。《算地》说：“故圣人之为国也，入令民以属农，出令民以计战……胜敌而革不荒，富强之功，可坐而致也。”国家富强的功效就在农战两项。
《去强》说：“兴兵而伐，则武爵武任，必胜。按兵而农，粟爵粟任，则国富。兵起而胜敌，按兵而国富者王。”《垦令》篇还提出了20种督促人民耕垦土地的办法。如国家按统一标准征收地税，农民负担的地税就公平了，国君讲求信用，百官不敢作弊，农民就会积极耕种土地。可见。重农重战。是法家治国的根本大计。
第三是重刑少赏的思想。对轻罪施以重刑，使人畏惧，这是法家的一个鲜明特征。《错法》篇说：“明君之使其臣也，用必出于其劳，赏必加于其功。功常明，则民竞于功。为国而能使其尽力以竟以功，则兵必强矣。”《去强》篇说：“重罚轻赏，则上爱民，民死上；重赏轻罚，则上不爱民，民不死上。兴国行罚，民利且畏；行赏，民利且爱。”加重刑罚，减轻赏赐，就是君上爱护人民，人民就肯为君上死。加重赏赐，减轻刑罚，就是君上不爱护人民，人民就不肯为君上而死。《去强》又说：“以刑去刑，国治；以刑改刑，国乱。故曰：行刑重轻，刑去事成，国强；重重而轻轻，刑至事生，国削。”也就是说，用刑罚来免除刑罚，国家就治；用刑罚来招致刑罚，国家就乱。《开塞》说：“治国刑多多而赏少，故王者刑九而赏一，削国赏九而刑一。”可见法家是重刑而轻赏的。
对如何执行刑罚时，法家主张要统一刑罚。《赏刑》说：“所以壹刑者，刑无等级，自卿相将军以至大夫庶人，有不从王令，犯国禁，乱上制者，罪死不赦。有功于前，有败于后，不为损刑。有善于前，有过于后，不为亏法。”这就是说，执行刑赏对谁都一样。
其四是重本抑末，反对儒术。这也是法家思想的重要组成部分。《壹言》篇说：“能事本而禁末者，富。”所谓“末”就是指的商业和手工业。《农战》篇说：“农战之民千人，而有《诗》、《书》辩慧者一人焉，千人者皆怠于农战矣。农战之民百人，而有技艺者一人焉，百人者皆怠于农战矣。”“豪杰务学《诗》、《书》，随从外权，要靡事商贾，为技艺，皆以避农战。民以此为政，则粟焉得无少，而兵焉得无弱也。”可见，法家对儒家的儒术是排斥的。
法家是先秦诸子百家中的重要一家。此后的历代封建帝王标榜以儒治国，其实很重视法家思想。他们是“外儒内法”。因为法家思想有利于建立帝王的无上权威，让臣民敬畏。在这一点上，儒与法是一致的。
