政治体制方面的漏洞主要体现在中央和地方的关系上。中国古代的封建主义中央集权制随着社会的发展不断加强，至明代虽未发展到顶峰，但也到了前所未有的高度。在封建主义中央集权制下，一切权利都被收归中央，皇帝是最高主宰，有对一切事务做出最后决定的权力，各地方在行政上没有一点自主权。这种体制在救灾过程中也体现的比较明显。
首先，是明代救灾程序复杂、繁琐。以报灾与勘灾为例，明代报灾与勘灾的程序虽有严格的制度，但过于繁杂的手续却大大降低了救荒工作的效率。报灾是先由地方官上报中央户部，勘灾分两级，灾害发生时，当地地方官员先行勘灾，将灾伤情况上报户部，然后再由户部派遣官员前往灾害发生地进行核实而且对勘灾也有严格明确规定，洪武二十六年（1393年），定“凡各处田禾遇有水旱灾伤，所在官司踏勘明白，具实奏闻。仍申合干上司，转达户部立案，具奏。差官前往灾所覆勘是实，将被灾人户姓名、田地顷亩、该征税粮，数目造册缴报本部立案，开写灾伤缘由具奏”。这一过程往往需要耽误很多时间，但是“凶荒之民，枵腹以待哺，如涸辙之鲋，望斗升水于旦夕，犹不足以救。而彼文书往复，动经数月半年，岂其所堪哉”？复杂的审批程序也给各级官吏营私舞弊提供了机会，以勘灾为例，“官长踏荒……舟车所至，攀拥叫号，里排总甲，有伺候之费，有送迎之费，有造册之费，有愚民买荒之费……”“得钱做荒，出钱买荒，其弊种种不一”。“或云有司不恤灾民而以荒数送士大夫者；或云粮里自匿荒数，小民不得均沾者；或云书吏得贿则以熟作荒，不得则以荒为熟者……”报灾与勘灾如此繁琐，经常会耽误救灾措施的实行，以蠲免为例，本年度出现灾情，应征之钱粮，往往得等到下一年或几年后才能得到朝廷命令蠲免。如景泰元年（1450年）陕西肃州卫出现旱灾，直到第二年六月应征的钱粮才得到蠲免。而南京周围的水军左卫等三十二卫弘治九年（1496年）发生旱灾，应征的钱粮直到弘治十二年（1499年）才得到蠲免。之所以出现救灾程序的复杂化，说到底还是封建主义中央集权制在作怪，地方政府没有自主权，地方的一切重大事务都必须上报中央，中央对地方的一切事务都拥有决定权，这样往往就会错过处理事务的最佳时机。
其次，明代动用仓储对受灾地方进行赈济必须奏请皇帝审批，这是中央对地方加强经济控制的一种表现。如洪武十五年（1382年），苏州府嘉定县民饥，朱元璋“命发官廪米二万八千一百二十石贷之”。洪武二十五年（1392年），河南光州固始县民饥，地方官奏请“将本县仓预备粮二万五千六百余石”贷民。洪武二十六年（1393年），湖广德安府孝感县民饥，地方官奏请将该预各仓粮1.1万石贷民。明太祖为此降旨说：“朕尝捐内帑之资，令天下者民来粟以储，正欲备荒歉以济饥民也。若岁荒民饥，必候奏请，道途往返远者，动经数月，则民之饥死者多尔。尔户部即谕天下，有司自今，凡遇岁饥，则先发仓廪以贷民，然后奏闻，著为令”。从此，凡遇灾荒地方官虽然可以先发仓储给贷，而后奏闻，但在大多数情况下地方官须动用仓储时还是需要先请示，而有一些有作为官员，在重灾之时敢于挺身而出，以身家姓名担保，未请示而擅自开仓救民，如洪武朝之费振、景泰朝之王竤等，他们往往受到当朝皇帝的嘉奖。景泰时（1450～1456年）“徐淮大饥，民死者相枕藉”，且“山东河南流民猝至”，代宗获悉，惊曰：“奈何！百姓其饥死矣。”后得王竤奏：已“大发广运官储赈之，全活数百万人”。乃大言曰：“好御史！不然饥死我百姓矣”。
