那人走后，黄宗羲越想越不对，李实必然还会行贿他人，如让其翻供，岂不前功尽弃。当下，黄宗羲奋笔疾书，把当晚之事，再写了一本奏章，向朝廷揭露李实欲施贿赂之罪。
刑院的新任院长乔允升，原刑部尚书，上奏崇祯，请旨定夺。以前有内阁批复就可以了，现在刑院院长直接向皇帝负责，但这位“乔老爷”显然对于司法独立限度的把握，始终存疑。
崇祯知道，这怨不得人家刑院院长，在皇权至上的明朝，刑院已经壮着胆子判了皇亲的斩刑，现在又出现贿赂之罪，自然是要判明皇帝的态度，才好再做决定。
崇祯为此，专门于早朝之中，向诸位大臣们再次明示：大明律法是根本，刑院不再是原来意义的刑部，其独立司法权不受侵犯，即使是朕也不得影响刑院依法断案，何况皇亲；督察院、六科各负其监督之责，如有贪赃枉法者，可直接立案调查取证，罪责查明后，交付刑院依法审理。
众朝臣对崇祯的此番解释，终于深刻理解了，仿照地方省府，政刑兵三司，各自独立、互不统属；此番变革，又更进一步，朝廷之中“政法兵察四院”各自独立，至于六科虽职级不变，但也与这四院分庭抗礼。
第一任刑院院长乔允升，有了皇帝的撑腰打气，顿时挺直了腰板，真正觉着不再低内阁一筹了。
得了乔允升的批复，审理的法官再次提审李实，严词令其老实交待贿赂罪责。
刑院大堂上，李实见法官的态度转趋强硬，知道自己是难逃一死了，但对于贿赂罪他还是想狡辩，冀图抵赖过去。
然而，只有黄宗羲的人证，没有物证，又不能动用大刑，这让主审官员很是为难，感觉既放开了权力，也束缚住了手脚。
黄宗羲从老师那里，知道以后断案不让用刑了，这让少年黄宗羲有些不解，“不对阉党余孽动刑，对谁动”。看来，还是要自己出手才行，于是从袖中再次抽出利锥，刑院官员见此，四顾左右而言他。
李实见黄宗羲又抽出了这把铁锥，再见法官此时却视若未见，吓得脚软筋麻，虽是最终难逃一死，但也希望能够多挨上一刻，连忙喊道：“愿招！愿招！”
由于这非普通案子，许显纯、李实两逆被判即日斩首。批文往复，当几日后，许显纯被押上刑场时，遭黄宗羲锥刺的他，已奄奄一息；但黄宗羲锥刺部位实非要害，是不可能致命的，但其高烧昏迷、苟延残喘的样子，令众人皆谓天意。如果是现代人见了，多数会知道这应该是破伤风了，在那时这就是绝症了；即使是现代，如不提前打个破伤风针，事后补救多数也是来不及的了。
真不知，黄宗羲是知道这个常识，而有意为之；还是，郁愤忧心，没那个心思去磨光铁锥；如果黄宗羲不说，这还就真成为一个迷案了。
两逆斩首当日，黄宗羲偕同其他被害朝官的子弟，来到当时羁押的监狱门前，设立祭台，祭奠忠魂。一时间，香烟缭绕，哭声震天，被害官员的家属激愤难禁。
黄宗羲率领众人，将看守众狱卒召集一起，意欲揪出其中从犯。
黄宗羲述说朝廷新政，追究阉党余孽，同时也对众狱卒晓以大义，最后问道：“你等作恶，虽属受人指使，但罪责难卸。只要你等讲出谁是杀害黄尊素的凶手，其余免究。”
众狱卒知道，前朝时把这些人的父兄给整惨了，自己这些人虽奉命行事，但也多有见利忘义辈；冤狱平反，众情汹汹，便把两个吓黄了脸的狱卒推了出来。
有狱卒大着胆子，颤声说道：“是叶咨和颜文仲亲手用毒药害死黄尊素的。”那两个狱卒，也顾不上是谁推了他们一把，踉跄出列吓得软倒在地，不住磕头求饶，大喊“饶命！”
仇人相见，分外眼红，黄宗羲再也忍不住心中的悲愤之情，大喝一声：“恶贼！岂可饶你！”抽出那把屡建功勋的铁利锥猛刺，便把两个狱卒刺死狱中，以祭奠先灵。
第二天，适逢朝会，早朝中，听得昨日斩首阉党余孽时，还有祭忠魂刺狱卒的事情，其中黄宗羲是出尽了风头，也算是亲手为父报了仇，崇祯实在是佩服黄宗羲的血气与勇武；但也对其不按大明律法行事，有些郁闷，真按后世的法律观念说事儿，在这时肯定是说不通的。可任人自报私仇，又把刚成立的刑院放在哪里；再说了，真处理黄宗羲，崇祯也是舍不得的，总不能让一代思想家，夭折在自己的手中吧？
崇祯命刑院审理，狱卒残害忠良案，追判两狱卒死刑；同时宣黄宗羲，金殿见驾。
崇祯这时已经知道，刘宗周是黄宗羲的老师了，以前虽无太多注意，但从众臣的口碑、吏部考评中，也通过平时的朝会，崇祯知道刘宗周是个坚持原则，刚正不阿之人。
在崇祯的感觉中，这满朝文武可用之人还是很多的，“昏迷前的崇祯”，所作的人事调整，在他的眼中，应该是比较成功的。真不知，是历史上的崇祯，多疑刚愎，或者大臣们争权夺利，党争不断；还是，他这个穿越的崇祯，看不清政治斗争的残酷，认不清臣僚们的本质。
真正说到崇祯的心思，是有些可惜黄宗羲还太年轻，无法付以重任。崇祯早就想办份报纸了，而不邸报那样狭窄的以官员群体为主，只是一直想不出合适的人选来。初见黄宗羲之名，还想助其报父仇，再封官来做这个报纸的总编，后来知道还不及弱冠之龄，只得停了这个念头。毕竟明朝的第一份报纸，总编只能由德高望重之人担任，再有前途的少年，他也是不合适的。
勉怀先人，抚慰后人了一番，崇祯接着说道：“卿少年有为，为父报仇，为国除奸，有功社稷，精神可嘉。朕……”
崇祯后话还未说出，父仇得报，心愿得偿，同时心高气傲的黄宗羲，即插言奏道：“为国除奸，为民雪恨，为父报仇，臣子之责，何功之有。宗羲不愿为官，愿扶榇南归，尽孝于乡。”
黄宗羲满腹学识，虽有报国之心，但眼高于顶的他不愿就此承袭父荫，入朝为一清闲小官；而宁愿科举考试，回乡习文练武，凭文武全才的真本事，做出番事业来。
崇祯是要给黄宗羲找个事儿做，但绝不是他想的封个官做；这件差事，多少还带有惩罚性质。崇祯有心略施薄惩，以诫其藐视律法的行为，只是黄宗羲一口回绝“不受封赏”，让崇祯有些哭笑不得，“封官不要没关系，能由着自己；惩诫，总不能说不要，就不要吧！”
“哦——，卿怎知，朕是要封官予卿，而不是对卿小有惩诫？”崇祯看着躬身站立的少年黄宗羲，有心捉弄于他。
“啊……”黄宗羲愣住了！要惩罚自己，难道告倒了皇亲，没办法的皇帝要拿自己出气？一旁的大臣们也愣住了，前边不是说得好好的么，看架势还要封赏，怎一会儿工夫，就变成要惩诫了呢，莫不是嫌这少年不识抬举？
不会吧，崇祯象是这么小气的人吗？
“卿为父报仇，以孝为先，这是对的。阉党余逆奸邪，死有余辜，然而卿代为行之，这却是有些不妥了。朕新设刑院，其重要性与政院等而视之，如不对卿施以征诫，大明律法岂不任人施为了，还要官府何用？”崇祯面色一整。
众臣听前面还好说，最后的一句话，就重得让人心头发颤。忠良之后，虽是血气之勇，但有情可原，一些东林旧友哪能见昔日好友之后，就这样前途尽毁，趁皇帝还没下断语之前，纷纷上前求情，认为这实在是“情有可原，百善孝为先”。
黄宗羲虽是惊愕于皇帝之语，但怀着“为父报仇、为国除奸”信念的他，却不肯为此低头认错。虽然自己是冲动了些，可是此等奸人，人人得而铢之，自己又哪里做错了？
崇祯见众朝臣有些当真了，玩笑也不好开得过火，忙道：“朕念卿孝心可嘉，就不做更多惩诫了。但卿须前往军中教导效力，不知卿可服气？”
众臣一听，原来是要让去作教导员，这是个好差事，哪是什么惩罚啊！
教导一职，虽服役于军中，但仍属文职，是不用落籍军户的。未来升迁，看皇帝的重视样子，想来速度不会慢了。
黄宗羲进京后，就听人议论教导一事，实是监军，受皇帝信重之职。
黄宗羲是有志成为文武全才的，历史上的他，以天下为己任，习文练武，在明亡后组织义军反清复明，只是事不能成，只得又归于乡野，才著书立说，成为一代大家。
黄宗羲也知道，这是皇帝对他的信重，皇帝并未在意自己的妄为，再要不接受的话，可就真是给自己找罪受了。但年少的他，一时间还有些转不过劲儿来，被人拽着跪地谢恩，道：“谢陛下，宗羲领罚。只愿能先扶榇南归，略尽孝心，后必返京，前往军中教导效力。望陛下恩准！”
崇祯自是恩准，只要能留住黄宗羲，就很满意了。古人的忠孝观念远强于后世，崇祯现在也理解一些了；这个黄宗羲，为表孝心，连皇帝这么重的话，他都想着来讨价还价。
黄宗羲父仇得报，扶榇回到余姚，将父亲的遗体安葬在化安山，守孝三月后，即奉命返回京师。
