刘瑾这一系列措施，激起了官员们强烈的反感。
正德三年（1508）夏天，在宫内的大道上发现了匿名信，信中揭发、抨击了刘瑾的所作所为。刘瑾便假传圣旨，召集全体官员跪在奉天门下，自己站在门的东面责问他们。傍晚，又把五品以下的官全部关到监狱里。当时，京城百姓汹汹罢市。各官被解送锦衣狱途中，卖饭的百姓纷纷把饭免费送给他们。第二天，大学士李东阳为被捕的官员申诉，设法营救，刘瑾听到一点风声，才说这封信是宦官中的人干的，释放了这些官员。但主事何钱，顺天推官周臣，进士陆伸已经中暑死了。
这天天气酷热，太监李荣把冰镇的瓜分给官员们吃，刘瑾很恨他。太监黄伟愤慨地对官员们说：“匿名信里所写的都是为国为民的事，写的人自己站出来承认；虽然死了也算得上男子汉大丈夫，何必无辜连累他人。”刘瑾知道后大怒，当天就强迫李荣离职，把黄伟放逐到南京。
刘瑾又改荣府旧仓地为内办事厂，即京师所称之内行厂，由他自己直接指挥，权力在东、西厂之上，不仅侦察、镇压反对他的一切官民，而且东西二厂也要受他监视。两厂为了争得刘瑾的青睐，保住自己的地位，各自纷纷派出特务四处活动，以至穷乡僻壤的老百姓见到骑着高头骏马，衣饰华丽，操京师口音的人，就吓得四散躲避；地方官员一得到这风声，就赶快去献贿赂，谁也不敢打听这些人的来历和任务。于是一些流氓乘机招摇撞骗，敲诈勒索，弄得天下纷扰，百姓连大气也不敢喘。
内行厂侦缉用刑，也比东西厂更残酷，罪无轻重皆决杖，永远充军边境，或给戴上重一百五十斤的枷发配。官民即使犯很小的过失，也难逃他的惩罚，以致非法枉死者达到数千人，大臣也有被他们抄家的。锦衣卫使石文义又是刘瑾的死党，于是厂卫相助为虐，厂卫之称遂由此始。
刘瑾还命令把在京师谋生的外地佣工全部轰走；寡妇一律要嫁人；未葬的尸体都要火化。以致京师骚动，外地到京的佣工如酒保、磨工、卖水者等一千多人，相聚于城外东郊，公开抢劫，声言拼死也要刺杀刘瑾。刘瑾害怕出大乱子，只得虚张声势地杀了为首的一个人，便草草收场。
刘瑾贪财无厌，纳贿其门者谓万为“方”，千为“干”。原在焦芳手下的西安人韩范，就是专门帮刘瑾收受贿赂、讨价还价的爪牙中最著名的一个。当时官员凡进京朝见皇帝，或从外地出差归来，都得先见过刘瑾，送上份厚礼，才能去见皇帝。布政使上京送礼的分例是两万两，拿不出来的，就先在京师借，然后回到地方上设法偿还，时人称为“京债”。给事中周钥出差归来，因借不到钱送礼，急得在途中自杀。刘瑾的党羽张彩是较有政治眼光的人，他不仅劝刘瑾加强对宦官的约束，而且对他说：“现在人们送给您的，不一定是他自己的东西，往往是在京借了钱，然后回去用公款偿还的。您何必因此结怨，留下后患。”刘瑾认为讲得有道理，刚好御史欧阳云等十几个人又按惯例送来贿赂，刘瑾于是把他们都判了罪。
刘瑾派给事中张衿等，御史房瀛等十四人分头到各地查盘。各地方各部门为此加紧搜刮，以充实库金。刘瑾派出的人为了讨好他，专门充当打手，弹劾了尚书顾佐、侣钟、韩文和他们以下的几十个人。给事中安奎等，御史张等因为没有重大的问题可弹劾，也被关到监狱里。安奎、张受枷刑濒死，李东阳上疏营救，才被释放，削职为民。其余的人分别受到杖打、申斥。官员即使对刘瑾稍有不满，也要遭到申斥、降职、流放等处分。
刘瑾还假造圣旨，抄了已去世的都御史钱钺，礼部侍郎黄景，尚书秦的家。凡刘瑾逮捕的人，一家犯法，邻里均受牵连。在河边住的居民犯法，甚至株连到河对岸。刘瑾屡次制造大案，使冤号遍道。《孝宗实录》编成，参加编纂的翰林都应该得到提升，刘瑾却恨翰林们从来不来巴结自己，把侍讲吴一鹏等十六人，全部调到南京的六部去。
这时内阁的焦芳、刘宇，吏部尚书张彩，兵部尚书曹元，锦衣卫指挥杨玉、石文义，都是刘瑾的心腹。刘宇首先献万金，开重贿刘瑾的先例。曹元对将校的升降任免，全部听从刘瑾的意旨。杨玉在考选军职时擅自决定去留，滥派旗校侦缉，成了刘瑾得力的帮凶。石文义是太监石岩的养子，负责北镇抚司事，被捕官员凡纳贿数量未能满足刘瑾要求的，他都不予审理。
刘瑾这一伙人还改变关于官吏考选、升迁的制度，打破京官六年、外官三年考察一次的制度，准许吏部不定期考核。有司粮未完时，升迁或调动者不能离任。在举人、监生选官时，增试时务策及行移告事。因为满剌加国使臣亚刘原系江西人，曾企图谋反，便裁减江西乡试五十个名额，又增加陕西乡试一百个名额，河南乡试九十五个名额，以拉拢他自己和焦芳的同乡士人。对翰林的考核，则除翰林院本院的考核外，还要会同吏部考察。
正德二年（1507）闰正月，刘瑾假传圣旨，令吏、兵二部凡进退文武官员，先要到刘瑾处议论通过，才准上奏本。于是官员公开进行贿赂，有些今日升职，因谢礼太薄，明日又革职或强迫退休的；也有因送了贿赂而起用或滥加提升的。如都督神英因重贿刘瑾，自己上报边功，得以提封为阳伯，给予诰券，俸禄增至八百石。武状元安国应任用为指挥使，赴陕西三边立功，但因为他与同年六十人均无钱行贿，刘瑾便将他们编入行伍戍卒中。平江伯陈雄不送贿赂，被刘瑾诬为贪污，不仅夺了先朝赐给的免死诰券，而且削爵抄家，全家被押送到海南充军。边境的将官违法，只要送来厚礼，便不予追究，甚至反而被提升。又令全国各地巡抚均要到北京来接受敕封，以便勒索他们。延绥巡抚刘宇拒绝进京，被捕下狱；宣府巡抚陆完到迟了，几乎获罪，赶快送厚礼给刘瑾，才让他作为试用人员上任。
二年（1507）三月，刘瑾又下令裁革各衙门官员数百人。但各处镇守太监、总兵、巡抚、副参、游击等官，只要是由他门下出身的，不论贪污、年老、有病，一概保留。都指挥以下一级官员，只要刘瑾写个“委任××为×官”的纸条，兵部就立即照办，不敢再奏。因为谢迁是浙江余姚人，因而不准余姚人担任京官；因为焦芳讨厌江西人彭华，亦不准江西人担任京官。
在刘瑾权势极度膨胀时，他连皇帝宣布的大赦都不予理会，严刑峻法如故。刑部尚书刘无所弹劾，遭到刘瑾痛骂，只得赶快弹劾自己下属王尚宾等三人。给事中郗夔查核榆林战功，刘瑾托他徇私，被他严词拒绝了。次日，刘瑾又派使者在途中威胁他，遭到郗夔的痛斥，使者立即出示逮捕令，以致郗夔气得自杀。许多官员因此更加奉承、讨好刘瑾。兵科给事中屈铨、祭酒王云凤曾先后请求将刘瑾处理各种事情的文件，按六部的顺序编集成书，作为法令，在全国颁布。王云凤被刘瑾斥为“何物祭酒，一口猪毛”后，不仅惶恐谢罪，而且请刘瑾到太学视察。刘瑾之兄，后军同督府同知刘景祥死时，不仅武宗赐祭葬加等，公卿百官更是争先恐后前往吊唁，至第宅前车马拥塞，道不通行。将要下葬时，百官们又往设祭，重致钱帛，称为“辞灵”，以讨好刘瑾。
刘瑾还派党羽清丈土地，尤其注意清丈各边的屯田。从正德元年（1506）十月至四年（1509）二月，对庄田、屯田等分别进行了九次局部的清丈。四年（1509）八月更大规模地遣官四出丈量屯田，涉及的地区有辽东、宣府、大同、延绥、宁夏、蓟州、沧州。大规模的清丈屯田虽然在一定程度上加强了朝廷对屯田的控制，查出了一些被官豪势要侵吞的土地，但与此同时，也出现了有关人员溢额邀功和敛银送给刘瑾，任意劾治官员等问题，甚至拷打边军的妻子。给事中高在沧州丈量，劾治了六十一人，其中包括了他的父亲高铨。以致不仅蒙受损失的官豪势要反应强烈，屯军亦发生骚动。辽东锦州、义州的屯军焚烧官署，殴打官员，而宁夏武官则参与安化王的变乱。因而宁夏变乱发生几天后，只好把丈量的官员撤回来。
明代宦官都十分迷信，刘瑾亦不例外。为了炫耀富贵，表示孝顺，祈求长生，刘瑾在陕西原籍大兴土木，为父母兴建了有碑亭石器的祠堂、坟茔；建义勇永安王庙，请得武宗赐额“忠义”，令地方官每年祭拜，并颁敕加以保护，立石碑刻上祭器、房屋的数字，以防止被侵占偷盗。又于京师朝阳门外霸占了几百顷地，用数十万银子盖玄明宫，供奉玄天上帝。玄明宫规模极为宏大壮丽，时人记为：“千门万户谁甲乙，玄明之宫推第一。”这里“九仞为台十仞池”，“两观悬朱日，三梁架彩虹。蛟螭蟠楝赤，琥珀挂帘红。凿水规溟渤，为山象泰嵩。千门迷紫雾，十阁概玄穹。丘垅围丹竹，祠堂列锦枫。深林游鹿豕，仙域守罴熊”。这浩大的工程耗去无数人力物力，起盖时“千人举杵万人和”，“千人力尽万牛死”；“南国樟尽，西峰土石穷”。盖好后，武宗又赐给祠额。以后，又奏请朝阳门外猫竹厂地以供香火。所谓猫竹厂地，原系堆放猫竹木料的五十多顷空地，后陆续有官民在那里居住、营生、庐墓。为了取得这地，刘瑾拆毁了官民房屋一千九百余间，发掘了民坟两千五百余冢。居民虽已他迁，但力能徙葬骸骨者无几，以致白骨垒垒暴露于野，冤号之声沸于郭外。
