1926年9月上旬，蒋介石在督师强攻武昌而不克的情况下，愤而离去，转赴江西。他虽然口口声声说不要两湖了，但是，他是绝对不会舍弃两湖不管的。因为他深知两湖战略地位的重要，要想使革命沿着他设想的方向发展，就必须牢牢地控制两湖特别是武汉这个“政治中心”。然而，令他不安的是，湖南已被唐生智囊括，湖北的大部分地区又落入唐生智之手。而且，作为北伐军前敌总指挥和中路军总指挥的唐生智，本来是负责指挥两湖地区作战的，由他控制两湖应该是名正言顺的。可是，唐生智又是一个手握重兵、桀傲不驯的人物，他不把蒋介石这个总司令放在眼中，且有取而代之之意。蒋介石意识到他自己是难于控制两湖的，但他又不甘心让两湖落入唐生智之手，于是，就想方设法利用各种手段来牵制、驾驭唐生智。
唐生智的部队一攻下汉阳、汉口，蒋介石就在9月9日打电报给广州的张静江、谭延闿，表示了将来要迁都武汉的意向，“务请政府常务委员先来主持一切，应付大局。否则迁延日久，政治恐受影响，请勿失机”。9月15日，湖北临时政治会议在汉口宣告成立，唐生智又兼任代理主席职务，为他控制湖北党政事务提供了依据。18日，蒋介石再次致电张静江、谭延闿，声称“中（正）离鄂之后，武汉政治恐不易办，非由政府委员及中央委员先来数人，其权恐不能操之于中央”。该电文还要求中央来人另组湖北政治委员会，代替以唐生智为代理主席的临时政治会议。10月18日，蒋介石电催在武昌的北伐军总政治部主任邓演达迅速着手组织湖北省政府，以便湖北政治“从速整理”。蒋介石想利用中央北迁武汉或另组湖北政治委员会、湖北省政府的办法来压制唐生智。此外，广东地区工农运动方兴未艾，国民党左派的迎汪复职运动（汪精卫是在3月中山舰事件之后称病出国的）正在紧锣密鼓地进行，那里的形势对他是十分不利的。因此，他想利用迁都武汉之机，使国民党中央和国民政府脱离工农运动，使国民党左派失去群众基础。
蒋介石赴北伐前线后，由张静江代理国民党中央常务委员会主席职务，谭延闿代理中央政治会议主席职务。张、谭接到蒋介石的电报后，急忙筹划迁都之事。中共中央及时识破了蒋、张的图谋，便联合国民党左派反对迁都武汉。10月中旬，国民党中央执监委员及各省市党部代表联席会议在广州举行，会议主要议题是国民政府的迁都问题。“国民党左派的一些重要人士邓演达、孙科、徐谦和当时左倾的唐生智、张发奎等主张迁都武汉，但吴玉章、恽代英等认为迁都的时机尚未成熟，当前主要任务是巩固各省革命势力的基础”。因占多数的国民党左派和中共党员主张暂不迁都，会议作出了国民政府仍暂设广州和请汪精卫销假复职的决定。
蒋介石仍不甘心，又于10月22日致电张、谭和联席会议，提出了两个方案：要么让中央党部与国民政府机关仍留在广州，而让执行委员会迁至武昌；要么把国民政府留在广州，而让中央党部迁到武汉。蒋介石想方设法也要利用其中任何一个权威机构的迁鄂来压制唐生智。可是，联席会议并未接受蒋的提议。这之后，蒋仍在为尽快迁都武汉而努力，一面对外界大造迁都武汉的舆论，一面派人赴广州催促国民政府及中央党部迁移武汉。
鲍罗廷本来是反对迁都武汉的。10月底，在武昌的苏联顾问铁罗尼在给他的报告中透露：武汉目前“任唐生智一人任意摆布”，如果国民党中央不派要员去那里并建立机构，就难以树立党的权威并处理重大事务。于是，鲍的态度发生了急剧的转变。11月16日，鲍罗廷与国民政府外交部长陈友仁、司法部长徐谦、交通部长孙科、财政部长宋子文等离粤北上。中共中央也明确意识到，随着北伐向东南的进军，迁都武汉乃大势所趋，便制定了迎汪复职与蒋分权、发展湖北革命力量和调处唐蒋关系、“确定唐在政府中一定地位”等具体措施，以防止武汉中央政权完全落入蒋介石之手。
11月26日，在广州召开的国民党中央政治会议正式决定中央党部及国民政府北迁武汉。12月7日，国民党中央发表迁都通电，宣布国民党中央和国民政府即日停止在广州办公，中央委员和政府委员分两批离粤赴鄂。13日，第一批抵达武汉的国民党中央委员和国民政府委员孙科、徐谦、蒋作宾、柏文蔚、吴玉章、宋庆龄、陈友仁和顾问鲍罗廷与唐生智等人举行紧急会议。鉴于国民政府和中央党部已停止在粤办公、而政府和国民党的工作不能中断，会议决定成立“中国国民党中央执行委员国民政府委员临时联席会议”，宣布在国民党中央执行委员会政治会议未在鄂开会以前执行最高职权。唐生智为临时联席会议成员。当时在江西的蒋介石得知武汉临时联席会议成立后，并未对其合法权力表示任何异议，而且复电赞成。
联席会议因大多数成员不满蒋介石搞军事独裁、阻止汪精卫复职的做法，表现出限制其专权的倾向。而且自10月以后，湖北的工农运动得到很快发展，“革命与民主的空气弥漫了武汉”。“在武汉各军将领及国民党比较进步的人士很自然地不知不觉地跟着革命的新形势走，而形成了与蒋介石军事独裁的局面相对立的革命民主的集团”。这样，蒋介石的愿望完全落空了。他本来想“把中央党部和国府装在荷包里，以达挟天子以令诸侯之意”，即通过迁都来控制武汉、压制唐生智、独揽大权。其结果却是事与愿违：他不但未能控制中央，而且要受“执行最高职权”的临时联席会议的制约；他不仅未能制服唐生智，而且让唐成了联席会议的实力支持者。此时，蒋介石痛切地感到迁都武汉已变得对他极为不利。可是，迁都武汉是国民党中央政治会议决定的，也是他一直坚持的，他不好马上公开发表反对意见，只能在暗地里积蓄力量。于是，蒋介石便加紧营建其南昌中心，不遗余力地加强其总司令部的地位。
1927年1月1日，蒋介石以国民革命军总司令的名义在南昌召集军务善后会议，讨论军制、军政并制定了肃清长江下游的作战计划。会议决定：委任蒋介石、何应钦为中央军、东路军总指挥，率主力东进，击破孙传芳部；委任唐生智为西路军总指挥，负责拱卫两湖并防范河南之敌。唐生智参加了这次会议，他见蒋介石私心很重，对蒋更加不满。
1月3日，蒋介石截留途径南昌去武汉的第二批国民党中央委员和国民政府委员，并抓紧时机召集了中央政治会议临时会议，公开宣称中央党部及国民政府暂驻南昌，一手制造了南昌政治会议与武汉临时联席会议的对立。
蒋介石要想迁都南昌，就必须铲除武汉临时联席会议。接着，蒋介石两次操纵南昌政治会议做出决议，要武汉方面成立武汉政治分会，以宋庆龄、孙科、陈友仁、唐生智、李宗仁、徐谦等为分会委员，试图以政治分会来取代临时联席会议。而武汉方面却认为武汉已有代表中央的机关即临时联席会议，无须再成立政治分会。
1月中旬，蒋介石亲赴武汉游说，试图引诱那里的中央委员前往南昌参加所谓的中央全会。可是，武汉方面开展了声势浩大的提高党权、反对个人独裁的群众运动，群众纷纷责问蒋介石为何出尔反尔违抗国民党中央关于迁都武汉的决定，为何扣留中央委员，直问得蒋介石面红耳赤，无言以答。唐生智在其招待武汉各界之宴会上“除了代表军界反映士兵的痛苦以外，对他这个总司令毫无恭维之意”。总顾问鲍罗廷则对蒋介石直言：“革命要依靠群众，实行民主，独裁是不行的。”蒋介石在武汉四面碰壁，成为众矢之的，他在那里做短暂停留后，便扫兴而归。
随着蒋介石一天天走向反动，唐生智的言论变得越来越“左”了，他大发感慨，“我现在知道国民党是怎么回事了。这不是党，而是蒋介石的独裁。”他一针见血地指出蒋介石之所以执意要留在南昌，“第一，因为他们怕我（我的兵力比他们强大）；第二，我在湘鄂开展了由中国共产党领导的社会运动，对此他们害怕。他们把国民政府视作财产，把它藏在南昌。”唐生智还认为，“蒋现在是在十字路口：他的先遣队——戴季陶和张静江已经向右转了，我想他也会向右转，变成反革命的。局势不妙，但不是没有希望。如果我们是真正的革命者，我们就不会被击溃。我们要和人民一起前进，武装和教育人民。”
唐生智的言论引起了蒋介石的警觉，“蒋介石在权力之争中不能不考虑到唐的剧烈竞争，他千方百计力求束缚竞争者的军事主动性”。2月初，蒋以总司令名义命令唐占领防御阵地，监视河南之敌的行动，试图让唐生智卷入河南错综复杂的纠纷之中而不能自拔，以便让他自己在上海地区站稳脚跟。唐生智识破了蒋介石的圈套，加上河南的将领只要求唐供应武器和军费而不希望唐的军队开入河南并答应用自己的力量阻止张作霖南下，于是，唐生智找到了推迟进军河南的借口。
面对武汉方面的压力，加上在南昌的中央委员的不满和南昌方面在财政上对武汉的依赖，蒋介石不得不做出让步。2月8日，南昌政治会议决定中央党部及国民政府迁至武汉。21日，武汉方面决定，结束临时联席会议，中央党部、国民政府即日开始在武汉办公，并重申即将在武汉召开国民党二届三中全会的决议。23日武汉国民党中央常务委员会增选唐生智等五人为政治委员，组织中央政治委员会。于是，在迁都问题上，武汉方面暂时挫败了蒋介石的企图。
