克娄巴特拉戴上王后桂冠后，并没像以前的王后那样只是辅佐国王参政议政，而是行使国王的权力——毕竟她的丈夫、埃及国王托勒密十三世年纪太小了。当然，行使国王的权力确实也是克娄巴特拉一直以来的野心。大权在握的克娄巴特拉立即对埃及王朝作了整体的规划和构想，她将全部的精力用于治理国事上：首先，她整顿上层机构，整饬吏治，让官吏在其职谋其政；其次，她体恤臣民，减轻赋税，安定民心，致力于发展生产；再次，她训练兵士，完善装备，以抵御外敌的侵扰。克娄巴特拉力图改变埃及日渐萎缩的现状，重现埃及的辉煌。但是她的努力遭到了托勒密十三世和大臣波狄诺斯的反对：不是因为措施的得当与否，而是关系到埃及权力的归属问题。波狄诺斯尤其对克娄巴特拉不满，因为王后的新政大大地“损害”了他的利益。他使出浑身解数，挑拨是非，极尽诬陷、陷害之能事，终于使本来就心存顾虑的托勒密十三世决心对既是自己夫人同时也是自己姐姐的克娄巴特拉下手。但聪明的克娄巴特拉早已看出端倪，因为实力不足以与国王对抗，她趁夜逃出亚历山大，躲到了埃及东端的宾夕奥城，积蓄力量，准备东山再起。时隔一年，19岁的克娄巴特拉成功地组建了一支军队，并率领军队向亚历山大进军。就在她的军队快要与托勒密十三世的大军交战之际，变故发生了。
在罗马，联合元老院企图铲除恺撒的统帅庞培反而被恺撒杀得大败。他率领残兵败将逃到亚历山大，希望托勒密十三世能够收留，而恺撒正亲率大军在后紧追不舍。托勒密十三世和大臣们更害怕恺撒，于是他们诱杀了庞培，并把他的头颅献给恺撒。消灭了对手的恺撒并没有就此离去，他借口要为准备开战的克娄巴特拉姐弟俩调解，占据了亚历山大王宫，住在那里不走了。克娄巴特拉与恺撒的初次见面驻扎在附近的克娄巴特拉对亚历山大所发生的一切了如指掌。她深知，自己的军队很可能打不赢丈夫的军队，如果托勒密十三世再说动恺撒帮忙，那自己就更无路可走了。她觉得目前惟一可以利用的，并且也是惟一能够扭转自己败局的，就是突然到来的恺撒。这样一来自己就必须见到恺撒，说服他帮忙，但这必须躲过丈夫的重重卫兵的盘查，否则不等见到恺撤，自己就已经身首异处了。想来想去，克娄巴特拉终于想到了一个大胆的办法：她召来侍从首领，让他将一卷珍贵的地毯亲自送给恺撒，并命令在地毯送到恺撒面前之前，任何人不准打开装地毯的箱子。地毯被搬上马车后，克娄巴特拉又巧妙地支开看守马车的士兵，迅速地藏进了地毯中。当天晚上，一卷巨大的地毯被送到了恺撒面前。地毯徐徐展开，只见里面躺着冰肌玉肤的美人。她全身几乎一丝不挂，仅有一根鲜红的丝带束在美人高耸的双乳下。那根红丝带本是埃及皇族祭神时绑在人牲身上的。眼前的情景令恺撒大吃一惊，他没有想到克娄巴特拉下令奉献的巨幅地毯里会有一个美女，更没有想到这位美女竟是克娄巴特拉女王本人。而克娄巴特拉却十分镇静，没有丝毫的羞赧之情，如同上帝的使女一样高贵典雅。她镇定自若地对恺撒说，埃及政权落到了叛徒手中，如果罗马远征军愿意帮助她消灭叛徒，恢复埃及的秩序，她本人连同裹着她的价值连城的地毯将作为奉献给最高司令官的礼物；如果远征军不答应她的请求，则希望自己和地毯一起焚烧而死，作为祭奠埃及最高神——太阳神的祭品。被罗马人称为“秃头的淫棍”和“所有女人的男人”的恺撒立刻被眼前这个风情万种的妩媚女人迷住了，尤其是她话语中流露出的坚强和勇气更让恺撒赞赏不已。但恺撒毕竟不是普通人，他没有急于与克娄巴特拉亲热，而是找来华丽的衣服给她穿上。克娄巴特拉毫无顾忌地敞开心扉，向恺撒讲述了埃及的传统和她与托勒密十三世之间的恩怨。她泣涕涟涟，哀怨至极，令恺撒的怜悯之情油然而生。克娄巴特拉望着恺撒的眼神说：“亲爱的将军，请您主持公道，还我清白。”她庄重而楚楚动人的祈求，让恺撒体味到一种与众不同的高贵风姿。他的感情天平已经失衡，在他听来，克娄巴特拉的每句话都饱含真情与冤屈。克娄巴特拉隐隐感到，猎物要上钩了。她款步向前极其妩媚地吻了一下恺撒的手背，撒娇道：“伟大的恺撒王，只要您出面，所有的事情都是可以解决的。”此时的恺撒已经情迷意乱，决心想办法帮助这个美人。他将克娄巴特拉扶起来，克娄巴特拉则顺势倒在他的怀里。独特的冒险性格，成就了她人生中一大赌局：恺撒被她轻易地俘获，当晚便成了她的情夫。然而纸包不住火，克娄巴特拉回来的消息不胫而走。托勒密十三世怎么也想不通，克娄巴特拉是如何通过士兵盘查的。更令他迷惑的是，整箱地送金银珠宝给恺撒怎么就敌不过玩空手道的克娄巴特拉·波狄诺斯一语道破：“国王陛下，克娄巴特拉把自己送给了恺撒啊！”旧恨未消，又添新仇，国王非常愤怒，恨不得马上亲手宰了王后。一天，托勒密十三世和众臣抵达议事厅，准备参加事先安排好的会议，他突然发现，恺撒和克娄巴特拉已经亲密无间地公然同时出现了。他无法容忍法定妻子和侵略埃及者的暧昧关系，却又无计可施。克娄巴特拉整天吹枕边风，使恺撒决定插手他们姐弟之间的纷争。一个晴朗的上午，恺撒在下榻的王宫大摆酒宴，托勒密十三世和众臣应邀而至。克娄巴特拉满面春风地坐在恺撒的身边。恺撒扫了一眼托勒密十三世，说：“我恺撒不忍心看到埃及王后四处流浪，有家难归，更不希望看到国王夫妇间自相残杀。我做见证人，大家冰释前嫌吧！让王后回到王宫，继续协助国王执政！”恺撒还充分施展他的鼓动之辞，从托勒密十二世的遗嘱说起，强调克娄巴特拉与国王同脉相传，言之有理又暗含威吓。最后，他以严厉的口吻恐吓：克娄巴特拉是罗马的朋友，谁反对她，就是和罗马过不去。托勒密十三世迫于无奈，不得不同意恺撒的调和。因为恺撒的帮助，克娄巴特拉底气十足地回到了久违的王宫。对于恺撒的鼎力相助，她自然感激不尽，只能把自己作为奖赏送给恺撒。而且她也只愿意这样做，并希望通过成为恺撒的情人而牢牢地控制住他，以通过对他的利用，实现已故的老国王和自己的共同心愿。克娄巴特拉热爱自己的国家，也不愿放弃王权，她不想让罗马的铁骑践踏埃及的土地。恺撒是一棵大树，借助他可以自在乘凉，但她始终小心防范着恺撒的野心，因为她才是埃及真正的王者，她希望最终将罗马人赶出埃及。但现在最要紧的，还是稳住恺撒，借助他来增强自己的实力，也可以消除他对埃及的贪念。恺撒时年52岁，多年玩弄政治阴谋，久经沙场争斗，使之形成了雄心勃勃、驾驭一切的性格，他很有可能把克娄巴特拉视为暂时的玩物。 克娄巴特拉意识到了这一点，她要把“万妇之夫”驯服为她一个人的。恺撒雕像从史料中的描述来看，克娄巴特拉并不是那种倾国倾城的美女，但容貌的美丽却不一定能拴住男人的心。这个现代女人常常忽略的常识，却被生活在2000多年前的克娄巴特拉所掌握了。她虽没有过人的容貌，但她有曼妙的身材、高雅的气质、撩人心弦的声音、千娇百媚的表情，恺撒完全被她迷住了。这时的恺撒，再也不是那个“万花丛中过，片叶不粘身”的大帝了，他想永远占有克娄巴特拉。所以他尽管已经没什么理由必须待在亚历山大，却仍旧没有起程回罗马，每日流连于克娄巴特拉的寝宫。托勒密十三世——埃及名义上的国王的自尊心随年龄的增长越发地强烈，而克娄巴特拉与恺撒的厮混和偷情刺激着他脆弱的神经。托勒密十三世第一次让人见识到了他男子汉的气魄：他召集众臣，商议如何一雪耻辱，铿锵有力的话语让群臣为之惊喜。大臣波狄诺斯知道，如果王后和国王联手执政，总是同王后做对的自己一定倒霉，所以他第一个说道：“国王陛下，请您布告天下，动员全埃及的力量，将恶魔恺撒和淫妇克娄巴特拉赶出埃及！”但是，托勒密十三世没有正面打败恺撒的信心。计议良久，国王和阴险的大臣们决定以暗害的方式送恺撒升天。可恺撒不是庞培，他识破了托勒密十三世的阴谋。在克特巴娄拉的鼓动下，恺撒割下了波狄诺斯的人头，并当众对克娄巴特拉说：“我的女人，我要把亚历山大献给你，把全埃及献给你。”面对这种情况，托勒密十三世再也不能装糊涂了，不蒸馒头也要争口气。他在卫士的保护下冲出了王宫，发布向恺撒开战的命令。埃及的军队涌向王宫，想驱逐占据这里的罗马人。势单力薄的恺撒坚守王宫，派人到罗马求援。不久，援军及时赶到，埃及军队大败。在逃到尼罗河时，托勒密十三世马失前蹄，跌入河中，听他父亲的责骂去了。这样一来，克娄巴特拉终于成为了埃及惟一的主人。 尽管她不得不遵循传统嫁给了另一个弟弟，也是托勒密王族惟一一个活着的男性——11岁的托勒密十四世，但她才是埃及真正的王。王妃谷墓室壁画埃及事了，恺撒有心回到罗马，却被克娄巴特拉倾尽全力留住。她希望能在恺撒离开之前留下一根能令这位野心勃勃的大帝有所顾忌的稻草。不久，罗马各派之间争斗不断，暗流湍急，恺撒深知不能再滞留埃及，执意要返回罗马。克娄巴特拉此时早已怀了恺撒的孩子，有了救命稻草，于是也不十分挽留。恺撒动身的前一天，克娄巴特拉顺利地生下了一个男孩，恺撒为他取名恺撒里昂，意为小恺撒。回到罗马后，恺撒很快平定了内乱，还被元老院委命为任期十年的独裁官，日子越过越顺利；而克娄巴特拉则不然。没有了恺撒坐镇，克娄巴特拉成为了埃及人的攻击标靶，成了恬不知耻、不守妇道、卖国求荣的典型，日子越过越艰难。于是，公元前46年，她不顾恺撒的劝阻，带着恺撒的儿子和名义上的丈夫——托勒密十四世，来到罗马寻求恺撒的支持。恺撒见到了久别的情人非常高兴，将她安顿在了自己私人的宫殿里。这时的恺撒，已因过分独裁引起了罗马的不满，而他对埃及女王的态度又使罗马人疑心他要将罗马的河山送给埃及。一时间，人心浮动，谣言四起。早对夺了自己权力的恺撒恨之入骨的元老院的元老们趁机动手了。公元前44年，元老院假意请恺撒来主持会议。恺撒进入元老院大厅刚刚坐定，元老们围了上来，拿出暗藏的利刃刺向恺撒。恺撒身中23刀，倒在了阴谋者的乱刃之下。乘凉的大树被砍倒了，得知消息的克娄巴特拉当机立断，迅速回到了亚历山大，冷眼观察罗马的态势，寻找下一棵大树。
