在进攻台湾之前，郑成功做了非常周密的部署。从郑成功开始有攻台的想法到最后敲定要攻台的这段时间里，他尽管没有发过一兵一卒到台湾，但是他很早就开始在厦门忙着制造战船和采买军械。而这些消息，很快就传到了荷兰殖民者那里，在台湾的荷兰殖民者积极修筑工事，准备抵抗郑军。
当时在台湾的荷兰殖民者最高长官，也就是总督，叫揆一。得知这个情报后，他多次写信给巴达维亚东印度公司的总评议会，要求拨付经费，重建已经倒塌的炮台，增修工事，派兵援助。总评议会没有得到郑成功东渡的确切消息，可是又经不住揆一的一再催促，于是就派在巴达维亚最有声望的樊德朗任远征军司令官，带着600名远征军，分乘12条战舰，到台湾考察虚实。
然而，这支援军刚到台湾海域，就因为水土不服，一下子就病倒了200多人，一时间军心浮动。司令官樊德朗看到这样的情形，感觉这种情况对自己很不利。于是就想离开台湾，返回自己的驻地。但是，此时的揆一将这支援军看作是救命的稻草，他说什么也不同意这支部队离开。于是，两人经常为这件事争吵不休，军队中更是混乱。后来，他们又都找评议会来解决这件事。评议会对他们的争吵不好下决断，就决定派使臣带着礼物和信件到厦门窥探虚实，再决定远征军的去留。没过多久，荷兰人的使者到了厦门。
这个时候，郑成功也随时关注着荷兰人的动向。事实上，郑成功早就看透了荷兰人的用意。于是，他将计就计，依山布阵，接连十多里尽是兵营。荷兰使者到郑成功驻地，只见漫山遍野战旗鲜艳，刀枪耀眼，数万士兵身披铠甲，正在操练。郑家军负责接待的官员还特地领着他们在戎旗兵的阵地停留了一会儿。戎旗兵是郑军精锐，7000将士身披黄灿灿的“金龙甲”，弓上弦，刀出鞘，威猛无比。
荷兰使者看到这种架势，吓得倒吸冷气，可是到了中军帐，看到的却是一派和平宁静的景象。但见一位30多岁的男子端坐中央，身材不高，两眼清亮，显得果断而文雅。使者猜出这人就是威震海上的郑成功。在郑成功身边，有几位官员，个个垂手站立，十分恭敬。
看到这种情形，荷兰使者摘下帽子，躬身施礼，说：“尊敬的殿下，我代表荷兰东印度公司向您致以最诚挚的敬意！”接着，他按照事前经过精心准备的方式，进行交涉。他先直接就郑成功与清廷的战争和厦门的战备情况提出质问，说：“我们的总督大人提醒殿下注意，近来听说殿下要整顿师旅东征台湾，谣言充耳，使台湾居民惶惶不安。数月以来，贵处的贸易船舶顿减，东印度公司也感到十分忧虑。外面流传的谣言是否可信，还请殿下明白告知。”
听完使者的话，郑成功微微一笑，态度温和地把使者的话截住，说：“我每逢打仗之前，常在做完最后的准备之后，使用声东击西的计谋，故意放出一些风声搅乱人们的注意力。我从不公开发表自己的真实意图，别人也无法猜测我到底想什么。不料你们轻信流言蜚语，说我断绝航路，这就是你们的不仗义了。”
使者本想套出郑成功的用意，没想到却被郑陈功的这一反问弄得局促不安。荷兰使者感觉到再说下去也没有什么好处，并且刚开始来的时候看到的阵势已经让他输了三分胆。于是，荷兰使者灰溜溜地回到了驻地。他回到台湾驻地后，对眼巴巴地等待消息的评议会议员们说：“郑成功不但是勇敢的战士，也是一位高明的政治家。他炫耀武力，可是却看不出他要来台湾的迹象。这是他的回信，请各位先生过目。”
郑成功的回信果然十分高明。他在信中说：“多年以前，当荷兰人来台湾附近居住时，我父亲一直统治台湾，并大力发展此地与大陆的贸易，一切井井有条，十分顺利。后来，我接替了父亲的事业，在我的管理与促进下，此项贸易并未减少，双方商船往来频繁，便是明证。阁下当然也会明白这是我善意的表示。”然而，关于荷兰人最担心的收复台湾一事，郑成功只笼统地说：“虽然台湾与大陆大海相隔，但是，有我国人民在那里捕鱼耕田，经营商业，我怎么会对它不闻不问呢？”对大陆商船到台湾越来越少一事，他指出是因为荷兰人苛捐杂税太重。“倘若台湾当事者善于体恤商人的苦衷，减少苛捐杂税，不久之后，台湾和大陆是可以恢复贸易往来的。”最后，郑成功以“谣言固然不可以尽信，但是人言可畏啊”！巧妙地结束了复信，给荷兰人留下了一个悬念。
荷兰使者带回的报告自相矛盾，郑成功的回信又模棱两可，揆一和评议会一时下不了决断，只是静待其变。但是，尽管评议会和揆一都有耐心，而巴达维亚来的远征军司令樊德朗却是个狂傲自大的军人。他看到回信后，马上得出了郑成功不会出兵的结论，说什么也不肯再在这个小岛上待下去了。他一再和揆一争吵，还常常给巴达维亚的总评议会写信，告揆一的状。终于，有一天，他忍无可忍和揆一吵翻了，随后就心怀愤恨地带着一部分士兵离开了台湾岛。
由于局势的迅速变化，揆一已经确信郑成功会发兵收复台湾了。他尽可能地采取了一些防范措施。他命令台湾的百姓迁出森林，携带全部行李到热兰遮堡周围居住。把拿不走的粮食烧掉，把城外空房屋的门窗拆下来。荷兰人还在城堡内备足够烧10个月的木柴，用石条和木柱重修了城堡的墙角和外围的垒墙。
此时，凡是中国人都受到荷兰人的怀疑和不公正对待。长老和有钱有势的中国人都被他们拘留起来，作为人质关进城堡，常常被他们拷打审问。中国船只只要出现在台湾附近海面，就会遭到他们的拦截和炮击。他们这样做，一方面是封锁消息，同时也避免这些船只为郑成功运送士兵。他们还认为大陆来的船只的船长都是郑成功的探子，把船长们抓起来，拷打审讯，搜寻“通敌”罪证。
此时的郑成功也没有闲着，而是积极的部署军队。郑成功已经有了确切的情报，并且对岛上的地理位置也是了如指掌，一切攻台的前期准备工作马上就能够完成。一场战争正在酝酿着，随时都可能爆发。
很快，在顺治十八年（1661）四月三十日早晨，台湾岛上开始了一场恶战。荷兰殖民者兵分三路，水路是四条战舰全部出动，陆路是贝德尔上尉和阿尔多普上尉率领的两支队伍。在这里，他们首先要较量的就是水军。在广阔的江面上，荷兰人的主力舰“赫克托”号和“斯格拉弗兰”号是大型战舰。这种船甲板上有5个桅杆，帆樯可以八面受风，每船装有20门至30门大炮。它的特点是行驶速度快，火力猛烈。而郑成功的战舰只有它的1/3大，每艘船上也只有2门炮。
战斗打响之后，荷兰人仗着船坚炮利，有恃无恐，气焰很嚣张。开着炮向郑军水师猛冲过来。虽然荷兰军的舰艇来势汹汹，但是郑成功凭借着多年的海上作战经验，从容应对着，并且不失时机的予以反击。这第一次战斗中，郑成功的水师出动了60条木船。这些船虽然小，但比较灵活，炮手们又目标明确，他们一心要破坏敌舰的航行能力，所有的炮弹都集中射向敌人的船帆。水手们还用一种头上点着火的箭，不停地射向敌舰。同时郑成功还派出了许多小火船，小火船船小灵活，装满了火药和引火物，士兵划着小火船靠近敌舰，用铁链将小火船拴在敌船上，点燃小火船上的火药，然后再跳水游回。虽然刚开始的时候，荷兰军舰的攻势非常猛烈，郑成功的水师遭受了很大的打击，但是很快局势就有所好转了。在战斗中，荷兰主力舰“赫克托”号的火药库被击中了。随着“轰隆”一声巨响，烈火和黑烟冲天而起，“赫克托”号霎时间就被炸成了碎片，消失在海面上。舰上的100多名水手也同时葬身海底。郑军水手见敌舰起火爆炸，劲头更足了，他们一边欢呼，一边猛攻“斯格拉弗兰”号和“白鹭”号。荷兰殖民者做梦也没有想到他们的战舰会被炸碎，顿时慌了手脚，调转船头，准备退却。“斯格拉弗兰”号上的水手在慌乱中突然发现他们船上的斜桅已经被中国人的小火船钩住，火势正蔓延过来。荷兰人不敢恋战，赶紧灭火收兵，逃回热兰遮堡，再也不敢轻易出战。不到半个小时，海上的这场战斗就结束了，陆上的战斗对荷兰人来说，结局就更悲惨了。
荷兰军的陆军主力是贝德尔上尉率领的240人。贝德尔上尉是台湾评议会的评议员，他受过西方正规军事训练，为人勇敢，但傲慢狂妄，根本不把郑成功放在眼里。当贝德尔上尉接到命令后，他也连夜作了充分的准备，挑选了最优秀的射手，预备了充足的枪支和子弹，还带了霰弹炮和小铳炮。第二天一大早，他们就乘船到达北线尾。贝德尔上岸之后，先对士兵训话。他说：“中国人是受不了火药的气味和打枪的声音的，只要放一阵枪，打中几个人，他们就会吓得四散逃命，全军瓦解！”荷兰士兵也没把他们的对手放在眼中，听了长官的训话，大笑起来。在作了一个简短的祷告后，士兵们12个人排成一排，击鼓吹号，奏起军乐，列队前进。听到鼓号声，郑成功知道敌人已经发起了进攻。他对身边将领说：“红毛鬼没有别的伎俩，不过依仗炮火猛烈，咱们用藤牌兵迎战。”
以往的惨痛的失败经历让郑成功变得非常谨慎。现在对于他来说，只能成功不能失败，在这次的交战中，他首先派了4000人迎战。正面迎敌的是“藤牌兵”和弓箭手。此外，还有700人奉命从侧翼的小山绕到敌人背后，对敌人形成夹击的态势。
