门阀士族凭借政治、经济特权，把握朝政，独享高官厚禄，排斥寒门庶族，甚至欲分享皇权，这就加剧了士族与庶族、皇权的矛盾，这也是魏晋南北朝时期社会动荡不安的原因。这些大族们凭借门第，平步青云，他们无需才能与作为，很快便步入权力中枢。他们胡作非为，无所事事，只关心家族利益和争权夺势，对治理国家淡漠处之。这就使掌握朝政的统治集团迅速腐化、堕落，成为一个特权的寄生阶层。经济上，门阀大族的疯狂掠夺土地和人口，使得大批自耕农破产，成为门阀世族的各类依附人口，从而形成一种自给自足的以宗族乡里为纽带的世族豪强集团。他们不仅拥有强大的经济实力，而且还拥有私人武装，形成一个个小范围的地方割据势力，与中央统一政权相抗衡，这也是西晋政权迅速四分五裂及以后长期分裂割据的重要原因。
晋武帝一面放纵门阀士族，一面又担心司马氏政权被异姓所篡夺，便错误地大批分封同姓宗室王，并且不断扩大宗室诸王的经济、军事权力。这些宗室王如同一颗颗定时炸弹，随时都可能将西晋王朝化为灰烬。这些宗室王血管中流淌的都是司马氏之血，只要有机遇，他们都可能成为九五至尊，过把皇帝瘾。所以，他们都瞪圆双眼，盯视着皇位。
公元290年（太熙元年），晋武帝终因荒淫过度，成了风流之鬼。然而，他却把无穷的祸患留给了后代。当时朝廷所面临的局面是痴君、悍后，诸侯王虎视眈眈，各种矛盾犹如一座火山，随时都可能爆发。就在晋武帝尸骨未寒时，便由外戚党争引发了历史上规模最大、历时最长的统治阶级内部皇权争夺战——“八王之乱”。这场战争长达十六年之久，战场遍及洛阳、长安及黄河南北。其人口死亡之多，破坏性之强，是历史上所罕见的。从三国以来逐渐恢复的北方经济再次被摧毁殆尽，无论是城市还是乡村，老百姓都无法生存下去。他们或死于战乱，或死于饥饿，残存下的人也只好背井离乡，到南方讨条活路。所以，形成西晋末年流民狂潮。
八王之乱给西晋王朝以致命打击，它在内耗中走向自我毁灭，很快便结束了它年轻的生命。由于统治阶级内部的相互厮杀，自坏藩篱，失去了对早已迁入中原地区少数民族的控制能力，胡族军事贵族乘机揭竿而起，称孤道寡，形成一个个胡族军事贵族的割据政权。匈奴族军事贵族刘渊首举大旗，建立匈奴汉国。胡族军事贵族的铁骑踏碎了西晋王朝的宗庙和神器，使西晋王朝成为历史。存活下的司马氏宗室及门阀大族们纷纷避难南逃，在江左建立起偏安政权——东晋。北方成为少数民族的天下，北方的历史进入了一个新的时期，即五胡十六国时期。
十六国时期长达一百二十年，其民族不只是匈奴、鲜卑、羯、氐、羌五个，政权也不只十六个。其间只有氐人的前秦政权昙花一现地建立过统一国家，绝大部分时间北方都处于混战状态。从西晋末年至南北朝时期，是继春秋战国之后，中国历史上第二次大分裂时期，亦是继春秋战国之后第二次民族大融合时期。在这时期，许多少数民族离开原来居住地，进入汉族文化发达地区。他们纷纷登上历史大舞台，建立起自己的民族政权，并且在杂居、混战中完成了各个民族的封建化和汉化，融入汉民族大家庭之中。这是那一时代的主旋律，也是那个动荡时代的曙光和希望。
西晋灭亡后，司马睿在琅玡王氏的支持下，在建康建立起侨寓的偏安政权，即东晋。东晋是西晋政权的继续，是以北方大族为主体，南北大族的联合政权。因北方大族有翼助之功，在政权中占主导地位。无论北方大族，还是南方巨姓，在东晋政权中都得到了充分的发展，门阀政治成为东晋政权的政治特色。门阀士族的权限发展到了顶峰，出现了所谓的“王与马，共天下”的局面。司马氏表面上仍为天下之主，实际上政权已由司马氏独揽转变为司马氏与门阀大族共有，并随时间推移，门阀世族的权限大于皇权，凌驾于皇权之上。终东晋一朝，琅玡王氏、颍川庾氏、谯国桓氏、陈郡谢氏这些北方大族轮流坐庄，执掌朝政。这种现象一直和东晋王朝相终始，这在中国古代是极为罕见的历史现象。
北南大族共同支撑的东晋政权从建立之日起，就在盘根错节的矛盾包围之下，小心翼翼地生息残喘。从外部来看，与它仅有一水之隔的北方胡族政权虎视眈眈，不断扰其北边，时刻准备将铁蹄踏到江南，民族矛盾成为当时社会的主要矛盾。这就使当政者迫于形势，不得不分出部分精力做好防范，或反击，甚至出师北伐，出现了从祖逖到桓温及刘裕的多次不同目的的北伐和保卫江南的淝水之战。在政权内部，由于政治权力与经济利益分配不公，各种势力的矛盾斗争十分激烈，如南北大族间的矛盾、大族与皇权间的矛盾、北方大族渡江先后间的矛盾、士族与庶族间的矛盾等等。诸种矛盾此起彼伏，先后出现过江南大族周氏叛乱，北方大族王敦、桓玄叛乱，及庶族出身的苏峻叛乱等，贯穿于东晋王朝的始终。处于权力峰巅的门阀大族成为历次斗争的对象和中心，他们的势力在内耗中消损，不论是北方大姓王、庾、桓、谢，还是南方大族周、沈，都在一次次战乱中受到冲击，使他们逐步退出历史舞台。门阀士族亦丧失昔日独揽朝政之辉煌，随着东晋政权的衰亡，走向衰落，寒门素族开始崛起。
给予门阀大族致命一击的是东晋末年孙恩、卢循所领导的农民起义。门阀大族对土地和人口的疯狂掠夺，使广大劳动者更加贫困，无以聊生，继而奋起反抗。他们斗争的主要对象是王、谢等一流大族，使他们在斗争中遭到沉重打击。他们丧失了军事权力，政治地位失去了保障，门阀制度开始衰落下去。以刘裕为首的庶族集团掌握了北府军，进而结束了门阀统治的东晋政权，南方的历史进入了寒人做皇帝的南朝时期。
南朝包括宋、齐、梁、陈四个朝代，这四个朝代都是短命王朝，统治时间最长的是刘宋，不到六十年；最短的是萧齐，只有二十三年。南朝政权更迭频繁，它们有一个共同之处，那就是门阀士族日益衰落，寒门庶族逐渐崛起。南朝的皇帝出身寒门，成为寒门在政治上的代表。寒门庶族掌握军权，出任典签和中书舍人，掌握着从中央到地方的实际权柄。他们把门阀大族供奉在庙堂之上，让王、谢家族人物替自己奉玺绶装点门面。旧时王谢堂前燕，飞入寻常百姓家。统治阶级内部阶层力量发生了根本的转变。
自从东晋建立以来，江南地区虽然朝代更迭频繁，但是，除了东晋末年孙恩起义和梁朝末年侯景之乱两次较大规模战乱之外，江左一带相对来说是比较安定的。北方人口的大量南迁，不仅增加了江南的劳动人口，也带去了北方先进的生产技术，使这一时期江南地区得以开发，经济获得长足发展。南朝时期的江南，竟出现了“膏腴之地，亩值一金”、“鱼盐杞梓之利，充牣八方；丝棉布帛之饶，覆衣天下”的富足繁荣局面。
南方经济的发展与政权的稳定并未成正比，政权的频繁更迭，统治阶级内部争斗与厮杀，使得南方政治日益衰落，在北方强大政权的进攻下，国力衰弱，疆域缩小，北强南弱的局面成为定局，最终被兴起于北方的隋朝所吞并。
北方经过十六国时期长时间动荡、战乱后，最晚进入中原的鲜卑拓跋部以其本民族的勇猛和剽悍，战胜各个强敌，完成北方的统一大业，建立起继前秦之后北方又一个统一政权——北魏，北方历史进入北朝时期。一个野蛮落后的民族凭借武力统一天下易，真正统治天下却极难。拓跋鲜卑建立政权后，就面临着如何统治政治、经济、文化都远远高于自己的中原地区的难题。拓跋统治者鉴于其他少数民族政权的经验和极其严酷的现实，走上了胡汉合作、共同治理天下的道路。经过几代人的努力，在各方面条件都具备的前提下，出现了历史上著名的孝文帝改革，完成了北魏政权的汉化和封建化的进程。
北魏孝文帝改革的历史意义极其深远，它不仅使拓跋鲜卑等少数民族融合于汉族，也是江南文化、河西文化、中原文化及少数民族文化在中原大地上一次大汇合，为隋唐文化的繁荣奠定了坚实的基础。这是中国历史经过几百年分裂后，各民族发展、融合的总结。不过，孝文帝改革留有死危，留守北边的六镇鲜卑族和已经胡化的汉人没有完成这一进程。当北魏中央政权腐化危机时，他们揭竿而起，冲毁北魏统一的堤坝，北方再次分裂为东魏和西魏，继而被北齐、北周所代替。但是，这种分裂已不同于十六国时期的大分裂了，它继承和保留了北魏的文化，虽有一些胡化波折，但汉化的强大春风还是吹到了北边这块冰封的土地。经过不到半个世纪的再碰撞、再融合，北方又出现了更强大的统一王朝——隋朝，并以破竹之势，一举消灭南陈，真正完成了祖国统一大业，结束了四百多年分裂、动荡的历史，进入更加繁盛辉煌的隋唐时代。
魏晋南北朝时期虽然是中国历史中政治上最混乱的时代，然而由于战乱冲破了自汉武帝以来独尊儒术的樊篱，大一统思想被彻底打碎，思想文化领域获得了一次解放，各种思想文化如雨后春笋般地蓬勃发展起来。人们不断开辟新的文化领地，创造新的文化观念，人性、智慧、热情得以自由的释放。这一时期不仅佛教、道教、玄学尽展它们的风姿，哲学、文学、艺术及史学也都取得丰硕成果。此外，如钟繇、王羲之、王献之父子的书法，顾恺之的绘画，云岗、龙门石窟的雕刻，都在艺术上达到了登峰造极的地步。这一时期是秦汉文化与隋唐文化两个高峰期间的纽带与桥梁，各种思想文化在这里得以丰富积淀，为隋唐时期新一轮的勃发积蓄了充分的力量。
