先师著述，除宗论外，其释论，则有阿弥陀要解（一卷），占察玄疏（三卷），楞伽义疏（十卷），盂兰新疏（一卷），大佛顶玄文（十二卷），准提持法（一卷），金刚破空论附观心释（二卷），心经略解（一卷），法华会义（十六卷），妙玄节要（二卷），法华纶贯（一卷），斋经科注（一卷），遗教解（一卷），梵网合注（八卷）后附授戒法、学戒法、梵网忏法问辩（共一卷），优婆塞戒经受戒品笺要（一卷），羯磨文释（一卷），戒本经笺要（一卷），毗尼集要（十七卷），大小持戒犍度略释（一卷），戒消灾经略释（一卷），五戒相经略解（一卷），沙弥戒要（一卷），唯识心要（十卷），八要直解（八卷），起信裂网疏（六卷），大乘止观释要（四卷），大悲行法辩讹（一卷）附观想偈略释、法性观、忏坛轨式（三种），四十二章经解（一卷），八大人觉经解（一卷），占察行法（一卷），礼地藏仪（一卷），教观纲宗并释义（二卷），阅藏知津（四十四卷），法海观澜（五卷），旃珊录（一卷），选佛谱（六卷），重订诸经日诵（二卷），周易禅解（十卷），辟邪集（二卷）。共四十七种（板俱在嘉兴府楞严寺），是为灵峰二论目录。（大记，明咒行法，四书蕅益解未行。）
宗论全部，可取其中赞戒者，别为戒波罗密之书，赞净土者，别为秘藏指南之书。或合上二者，别为不昧因果之书。傥能尽美尽善，则有大利而无害。未遑别刻，附记于此。
灵峰蕅益大师宗论总目录卷首自传续传附记私谥窃议序序序说总目第一卷卷一之一愿文一卷一之二愿文二卷一之三愿文三卷一之四愿文之四第二卷卷二之一法语一卷二之二法语二卷二之三法语三卷二之四法语四卷二之五法语五第三卷卷三之一答问一卷三之二答问二卷三之三答问三第四卷卷四之一普说茶话卷四之二说文卷四之三偶录第五卷卷五之一书一卷五之二书二卷五之三论辩议记第六卷卷六之一缘起序一卷六之二序二卷六之三序三卷六之四序四第七卷卷七之一题跋一卷七之二题跋二卷七之三疏一卷七之四疏二第八卷卷八之一传卷八之二寿序卷八之三塔志铭祭文第九卷卷九之一颂一卷九之二颂二铭箴词卷九之三赞一卷九之四赞二第十卷卷十之一诗偈一卷十之二诗偈二卷十之三诗偈三卷十之四诗偈四
