在攻占了集庆城之后，徐达又四出征战，先巩固了江南根据地，又先后灭掉了陈友谅、张士诚等武装力量，接着挥师北伐，推翻了元朝政权，辅佐朱元璋建立了大明王朝，徐达也因功被封为左相国。
徐达和朱元璋占领应天以后，并没有被眼前的胜利冲昏头脑。江南行中书省目前只是以应天为中心，西起滁州到芜湖，东起句容至潥阳这么一块狭小的地盘，在群雄并起之际，不过是有了一块自己的立足之地。他清醒地认识到自己所面临的形势，地盘不大、兵力不强、四面受敌，随时都有被灭掉的危险。朱元璋当时所处位置是：东边有元将定定据镇江；西面徐寿辉的势力已达池州（今安徽贵池）；南边元将八思尔不花扼守徽州（今安徽徽县）和宁国（今安徽宜城）；东南张士诚占据平江、常州和浙西地区；东北边青衣军张明鉴据有扬州（今江苏江都）。除此以外，元将石抹宜孙守处州（今浙江丽水），其弟厚孙据婺州（今浙江金华），宋伯颜不花占衙州（今浙江衢州），形势很不乐观。
但朱元璋处危不乱。他认为，军事形势虽然严峻，但不是没有发展的机遇。从当时全局的形势看，元朝自从脱脱死后，统治阶级内部更加腐败，元顺帝整天游玩享乐，热衷于造龙舟、造宫殿、建房屋，玩天魔舞女。大臣们则互相倾轧，争权夺利。元朝统治危机四伏，各地农民起义军趁机大举反攻。1356年2月，张士诚将平江改为隆平府，以承天寺为宫室，设置百官。不久又攻占了无锡、常州、潮州等地。7月，又攻占杭州，浙西大部分地区为张士诚占有，元朝失掉了江南的鱼米之乡。1357年6月，刘福通决定进攻汴梁，并亲率大军北进；同时，分三路大军进攻北线。东路军由毛贵率领，年底已攻占了山东大部州县；中路军由关先生（关铎）、破头潘（潘诚）、王士成、沙刘二（扫地王）、冯长舅率领，九月自曹州过太行山攻入山西境内，入河北，然后北上；西路军由白不信、大刀敖、李喜喜等率领西进关中，十月占领兴元（今陕西汉中），北上风翔，后转入四川，又进兵秦陇，占领巩昌。
农民起义军的频频出击，特别是刘福通的三路北伐，将元朝的主力部队几乎全部牵制在北方，使他无暇顾及地处东南的朱元璋。刘福通在北面、徐寿辉在西面、张士诚在东面，三路大军为朱元璋筑起了三面屏障，将元朝的主力部队隔在外围。朱元璋抓住机遇，正确地分析了形势，制定出主动出击、巩固应天、站稳脚跟、谋求发展的正确战略。达此目的要解决两个问题：一是要确保应天府，廓清周围敌对势力，攻取镇江、宁国等要地；二是要解决军队长期粮草供应问题，这样才能安定军心、民心。
应天府在六朝时叫金陵城，是三国东吴、东晋、宋、齐、梁、陈、五代南唐的故都。历代修建，不但有长江天险，城池坚固，素有虎踞龙蟠之誉，更有沃野千里，丰富的物产。城中楼堂殿阁，栉比鳞次，雕梁画栋，琳琅满目。大街小巷，车水马龙。街道两旁，店铺如云，牌匾招幌，高悬映日。凤凰台前，玉树琼花，莺歌燕舞。莫愁湖畔，绿柳荷花，十里秦淮一笼烟，碧水画舫游人醉。舞榭歌台，笙箫彻夜不停，那一派繁华景象，真可谓人间天堂。朱元璋的军队进入应天府，简直像到了神仙的境界。这些来自淮西，饱受黄河水患、天灾人祸，贫苦出身的红巾军将士，从未见过如此美好的锦绣温柔之乡。许多人逛大街，终日流连忘返，再也不想拼命去厮杀了。更有人放出口风说：“攻下应天，安享天年。”还有一些土匪地痞出身的人，恶习难改，竟背地里干起了偷鸡摸狗、采花盗柳的勾当。
朱元璋对红巾军入城以后发生的变化感到忧心忡忡。他清醒地认识到目前形势的严峻性。于是，召集红巾军大小将领，反复教育说：“我们虽然攻占了应天府，却处于四面受敌、随时挨打的局面。我们处在敌对势力的包围之中，岂容乐观？现在红巾军中，有的将士以为得了应天府，就可以马放南山，刀枪入库，做个安乐公了。这种想法大错特错，应天府势如危卵，随时都有被人攻占的可能。东面张士诚虎视眈眈，窥伺镇江已经很久了。镇江若落在他的手里，便可以直捣应天府了；南面宁国不拔，有如背插尖刀。在这关系到应天府生死存亡之际，我红巾军不可贪图安逸享乐，应该继续战斗，东克镇江，南拔宁国。诸将以为如何？”
红巾军大小将领听了朱元璋的训导，提高了觉悟，一些松懈斗志，想过安乐日子的人也都暗自咂舌，想不到这锦绣繁华之地，危机四伏，随时都有覆没的危险。诸将无不佩服朱元璋的远见卓识和对形势的透辟分析，一致赞同主动出击。
于是，朱元璋派大将徐达统领10万红巾军，东攻镇江，主动出击，以攻为守，确保应天府安全。
这天，朱元璋在大元帅府正与诸将商议攻打镇江事宜。亲兵进来禀告：“近日不断有百姓告状，说红巾军中有的将士抢掠民财，公然调戏民女。”
朱元璋听了大怒，拍案而起，愤愤地说：“岂有此理！初进城时我就当众宣布，不准扰民，后来又三令五申，还有人胆大妄为，违纪者斩首示众！”于是吩咐冯国用说：“你速去查明，无论是官是兵，格杀勿论！”
在场诸将听了，无不骇然。
冯国用待要进言，见朱元璋怒气未消，料想气头上的朱元璋未必能纳谏，只得作罢，诺诺领命，退出议事厅，悄悄进入侧室。等到众将散去，朱元璋的气也消了，头脑也冷静下来了，冯国用才回到大厅，见了朱元璋深深地鞠躬施礼，口称：“冯国用特来请罪！”
朱元璋疑惑不解地问：“国用说哪里话，何故自言有罪？”
冯国用说：“明公适才令我查处扰民将士未能执行，请明公治罪。”
朱元璋闻听，顿时把脸拉了下来，说：“何意竟敢违抗军令？”
冯国用说：“明公息怒，国用即使斗胆，也不敢违抗军令，实在是为大局着想。明日大军就要东征镇江，人马未动，先斩杀自家将士，大开杀戒，我担心军心不稳，于东征不利。况且此事非一夜之间便能查清。不如令将领们各自严加管束部下，重申军纪为好。”
朱元璋听了，觉得在理，沉思片刻，说：“国用所言不无道理，就依你所言，传下话去，将那些百姓反映的将士一律编入东征军中，令他们立功赎罪。”
冯国用领命去后，朱元璋前思后想，心中烦恼，信步踱到庭院。清风徐徐，月挂中天，繁星闪烁，一扫白天的闷热，精神为之振奋。想自己投奔红巾军以来，率兵南征北战，6年之间，北据濠泗滁和四州，直捣集庆，一鼓作气，所向披靡。皆因广纳谋臣武将，赏罚分明，严肃军纪，为民请命，得到百姓拥护，才有今日。可是，红巾军将士自进应天府以后，思想作风都发生了变化，若不严加管束，百姓必然厌弃，没有了百姓的支持，如何打胜仗，统一天下？可眼下将士整装待发，准备东征镇江，不可延误战机，虽然如此，民心如何得安？朱元璋左右为难，心中七上八下的理不出个头绪来。这时亲兵报告：“大将军徐达求见。”
朱元璋闻听，心生一计，说：“快请徐大将军！”
徐达明日就要带兵东征，特来与朱元璋道别，请示军机。见朱元璋在庭院徘徊，急忙上前施礼问安。
朱元璋见了，上前拉住徐达的手，说：“将军来得正好，快到后堂叙话。”
二人来到后堂，朱元璋喝退左右，说：“将军与我情同手足，共谋大业，肝胆相照。今有一事相求，还望将军合作，千万不要推辞。”
徐达大惑不解，说：“明公说哪里的话，你对我有知遇之恩，徐某虽肝脑涂地，尚且不足以相报，说什么求与不求的？有事只管吩咐，我一定努力效命。明日东征，不知明公有何决胜之策教我？”
朱元璋说：“我教你一事，不仅东征取胜，还可取胜天下。”于是，附耳授意，只见徐达不住地点头答应。
次日五更，三通鼓后，军校场上点卯。东征将士列队，10万人马盔甲生辉，刀枪闪光，旌旗招展，只等大将军徐达下令出发。一个时辰过去了，不见徐达到场，两个时辰过去了，还不见徐达人影。开始，人们还沉得住气，人们等的时间长了，议论纷纷，不知道发生了什么事情。后来有消息说，统兵大将军徐达因违犯军纪被抓起来了，就要开刀问斩。众将士不听则已，一听都吓得目瞪口呆，没了主张，半晌才缓过神来，互相打听：“大将军究竟犯了什么罪？竟要杀头！”有人说：“杀了大将军，谁来带兵东征？”有人说：“徐大将军屡立战功，爱护士卒，是个好将领，得罪谁了，竟陷害他于死地？”有些胆大的竟要跑出队伍去求情。人们正在慌乱之际，有人高喊：“徐大将军来了！”随着喊声，众将士抬眼望去，只见校场东门走来一群人，两名刽子手怀抱鬼头大刀在前面开路，众武士披挂整齐，戒备森严，挟持着一人，正是大将军徐达。将士们见了，唰地一声，闪开一条通路。徐达长发散乱，披枷戴锁，两臂被反绑在身后，踉踉跄跄地走来。武士把徐达押到队前，高声宣布：“奉朱元帅号令，徐达身为统兵大将军，不知约束部下、严肃军纪，军中屡次发生欺压良民、作践百姓之事，置若罔闻，败坏我红巾义军的名声。身为统兵大将军，玩忽职守，放纵部下，无视军纪，军法不容，特按军法处置，现奉朱元帅将令，处以极刑，以正军法，严肃军纪。”
将士们听了，个个吓得面如土色，灵魂出壳，有人放声大哭，高喊：“徐将军冤枉啊！不能杀啊！”有人破口大骂：“哪个王八蛋杂种坑害百姓，连累了徐大将军送死！”有人高喊：“刀下留人，待我们找朱元帅求情后再做处理。”
朱元璋府上，李善长、冯国用、陶安等一帮幕僚们也都慌作一团。战前杀一兵卒尚且于军不利，更何况问斩的是一军统领呢！大家纷纷求情赦免。朱元璋拉长了脸，就是不允。众人无奈，公推李善长进表求赦，说：“徐大将军素来品行端正，作战英勇，眼下军务正需大将，如何因部下违纪而杀主将？恳请元帅宽容，许他戴罪立功。”
朱元璋板着黑脸，听李善长说完，用鼻子哼了一声，说：“自古用兵，贵在纪律严明，对百姓秋毫无犯，上梁不正下梁歪，岂能饶他。”
说话之间，汤和、常遇春、胡大海、邓愈、花云等武将一起来到帅府，里里外外跪了一地，都来请愿。
李善长声泪俱下地说：“徐大将军为红巾军立下了汗马功劳。他出谋划策，跟随大元帅出生入死打定远，攻滁州，取太平，拔集庆，处处身先士卒，每战必胜，每攻必克，施展经天纬地之才。念他往日功劳，就宽恕这一次吧！正所谓三军易得，一将难求，眼下东征待发，临阵斩将乃是兵家大忌，若惹起兵变，不可收拾，望元帅三思。”
李善长和众将如此求情，朱元璋慢慢地舒展了眉头，缓缓地说：“都起来吧！看在众人的情分上，权且饶过这一回，削发代首，统兵东征，立功赎罪。”
消息传出，三军整肃，人人小心谨慎从事，不敢扰民滋事。应天府百姓有口皆碑，无不钦佩朱元璋执法严明，奔走相告，极力称赞朱元璋是个明主。
当徐达领兵攻镇江时，将士们果然个个奋勇，一举攻克此城。元军守将段武、平章定定均战死。徐达号令严明，将士听命，城中百姓未受骚扰，深受百姓拥护，和元朝军队形成鲜明对比。随后又分兵攻占了金坛、丹阳等县，从而解除了张士诚来自东面的威胁。同年六月，元璋又命邓愈等领兵攻占了广德，使应天东南有了屏障。接着他又派儒士杨宪，带着朱元璋亲笔信和张士诚通好。当时，张士诚还未把朱元璋放在眼里，他不仅扣留了使者杨宪，而且还花重金诱降了徐达手下将官陈保二，并命陈保二率水军攻镇江。朱元璋大怒，命徐达在龙潭（今江苏句容县北）痛击陈保二，陈保二大败逃窜；张士诚又派兵攻宜兴，守将耿君用战死。朱元璋得知张士诚派兵攻打镇江的消息后，决定放弃和平方式，以武力对付张士诚。他命徐达、汤和率军攻常州，因兵力不足，久攻不下，朱元璋增兵三万，张士诚也增兵数万守城。徐达决定智取，他首先在城外埋伏精兵，自己亲率大军迎击援兵，命王均用用铁骑横冲敌阵，敌军大乱，策马反走，正中埋伏，惨遭失败。
八月，张士诚的元帅江通海来投降。张士诚恼羞成怒，他再命史文炳率水师数万进攻嘉兴，又惨遭失败，被焚烧的舟师长达四十余里。此时，张士诚才感到朱元璋不可小视。于是他派孙居寿携带书信向元璋求和。信中说道：“前蒙你遣使通好，而我却愚昧不明事理，以致贻误时机。现在你发兵围我昆陵（今江苏常州），愿与贵军讲和，以解围厄。情愿年给粮二十万石，黄金五百两，白金三百斤，作为犒赏三军之资。从此各守封疆，则我不胜感恩。”朱元璋回信讲：“让他归还扣留的使臣和将校，并每年送粮五十万石，则即刻班师。”张士诚见信后，觉得要价过高，没有答应。截至第二年上半年，耿炳文攻占了长沙，徐达、常遇春、廖永安等攻占了常州，赵继祖、吴良等攻占了江阴，张鉴等攻占了泰兴。长兴和江阴乃军事要地，朱元璋说：“得长兴，则士诚步骑不敢出广德窥宣歙；得江阴，则士诚舟师不敢溯大江、上金（金山，在镇江西北面江中）、焦（焦山，在镇江东北面江中）。”朱元璋派大将耿炳文守长兴，又命吴良、吴祯兄弟守江阴。至此，张士诚西犯镇江的道路被截断。
1357年7月，徐达又率兵取宜兴，并令其先锋赵德胜攻常熟。守常熟的是张士诚的弟弟张士德，此人智勇善战，是张士诚的谋主。赵德胜遵照徐达的嘱咐，设伏兵智擒张士德并解往应天。朱元璋欲用士德逼张士诚投降，因此对士德以礼相待。以后，张士诚的部将在太湖俘虏了朱元璋的爱将廖永安。张士诚的母亲疼儿心切，要张士诚以每年以粮食十万石、布一万匹的代价与朱元璋修好，用廖永安换回张士德，遭到朱元璋的拒绝。这对张士诚是一个致命的打击。张士诚在西线与朱元璋的军事较量中屡遭惨败。东线他几次派兵攻打嘉兴、杭州，也是大败而归。万般无奈，他竟投靠了元朝，元朝封他为太尉。
宁国是应天的南大门，抢占宁国是朱元璋在军事上保卫应天的又一关键。宁国现被元军占据，长期下去或落入徐寿辉手中，从宁国发兵随时可进取应天。更重要的是它堵住了朱元璋出击东南、夺取浙江的战略通道。1357年4月，徐达、常遇春奉命进占宁国。当时宁国有重兵把守，城小但很坚固。元将别不花、杨仲英、朱亮祖率军死守，徐达等久攻不下，猛将常遇春在与元将交战过程中中箭受伤。朱元璋获悉后，亲自到宁国督战，并下令造飞车。朱元璋身穿铠甲，令将士驾飞车数路并进，猛攻宁国。守将杨仲英抵挡不住，开门请降。徐达率军乘势攻入城内，生擒朱亮祖，得降卒20万。接着邓愈、胡大海等也挥师南下，连克绩溪、徽州、休宁和婺源等城。5月，徐寿辉的池州路总管陶起祖投降了常遇春，并告之池州城中守军不多，可攻而取之。池州是应天西边的军事重镇，占有池州，“上以规取安庆，下以规取太平”。朱元璋令常遇春率军攻占。10月，常遇春与廖永安、吴桢一起出兵，攻克池州。同时，缪大亨奉命攻取了扬州，青军元帅张明鉴投降。
经过一年多的征战，朱元璋率众将官先后攻占了镇江、广德、长兴、常州、宁国、江阴、常熟、徽州、池州、扬州等重要军事重镇，从军事上确保了应天，巩固了江南根据地。
这日，朱元璋叫来徐达说：“我久闻镇江有一贤士，名叫秦从龙，字元之，才器老成，名满江南，烦请你为我查访，请来共事如何？”
徐达领命来到镇江。镇江守将周德兴出城迎接，问明来意。周德兴说：“我在镇江，都说镇江藏龙卧虎，难道这龙就是秦从龙不成？此事好办，叫地保来一问便知。”
二人一边说着一边来到幕府，叫来地保问道：“你们知道镇江的秦从龙这个人吗？”
地保张椽说：“回禀大人，这你就问着了，要说别人或许不知，提起秦从龙秦大人我了如指掌。秦大人本是洛阳人，自幼饱读诗书，胸有韬略，纵论天下大事，见解精辟，滔滔不绝，自比管仲、乐毅。先前在元朝为官，由校官一步步升到江南行台侍御史。因不满元朝统治者对南人的歧视，眼见红巾军遍地四起，元朝统治摇摇欲坠，秦大人以老迈为由辞官避居镇江，现住在城东。在下对秦大人十分敬重，不时过府请安。大人找他可有事吗？”
徐达听了大喜，说：“今特专程拜访，请你代为通知引见。”
张椽说：“这个不难，现在就去。”
徐达说：“请你事先告知秦大人，待我沐浴更衣，约明日拜见。”
次日，徐达随地保来到东城秦从龙府前，只见大门紧闭，悄然无声。张椽上前叩门，不多一时，从门里走出一位老管家，见是地保张椽，说：“怎么昨日来过，今日又来？”
张椽说：“快去通报秦大人，就说红巾军徐达元帅拜访来了。”
老管家听了，向徐达深深鞠了一躬，说：“大人稍候，待我禀告老爷去。”不多时，转回来说：“我家老爷有请。”于是，引导徐达绕过影壁，穿过院落，进了一间大堂屋。只见一老者，站在阶前，鹤发童颜，头戴儒巾，三缕长须在胸前飘洒，晨光中更显得神采奕奕，精神矍铄，气度不凡。徐达见了，趋向前来，深深鞠躬施礼，说：“不才徐达参见先生。”
秦从龙双手扶住，说：“久闻徐元帅大名，今日得见乃是人生快事，快厅里请。”二人你谦我让来到堂上分宾主落座。
徐达说：“明公雄才大略，龙资凤质，礼贤下士，仰慕先生已久，特遣不才请先生去应天府，辅佐明公吊民伐罪，早日完成大业，实乃天下之幸也。”说罢长揖不起。
秦从龙说：“老夫早已耳闻明公作为，奈何闲居惯了，疏懒成性，恐不堪任用。”
徐达见秦从龙有意应允，也不多说，告辞出府，派人飞马回应天府报知朱元璋去了。
朱元璋闻报，派侄儿朱文正带着重礼请秦从龙来应天府相见。
朱元璋带着李善长等文官武将亲到龙江恭候。秦从龙下船，朱元璋亲自挽辔扶他上马，口称“先生请”。随后送到礼贤馆下榻，派亲兵服侍，设宴款待。
秦从龙见朱元璋如此谦卑恭敬，遂掏肺腑之言，论元朝失政、天下兴亡之理，使朱元璋顿开茅塞，坚定了混一天下的信心。
礼贤馆与朱元璋的官邸很近，朱元璋有事必问，秦从龙有问必答，知无不言，言无不尽。又每每以笔书于纸上，密封在漆盒里，让亲兵传递，左右皆不知二人盒中之事，只知朱元璋人前背后呼秦从龙为“先生”。
邓愈在攻占徽州时，向朱元璋推荐名儒朱升。朱升，休宁人，后移居徽州，有学问，曾中进士，出任过池州学正，后隐居家乡石门山。1357年4月，朱元璋效仿刘备亲顾茅庐的故事，“微服从连岭出石门，亲临其室”，向他请教夺取天下之策。朱升向元璋献计，他提出了“高筑墙，广积粮，缓称王”的著名策略，告诉朱元璋要建立巩固的后方，努力发展生产，增强经济实力，储备粮食，缩小目标，不要过早称王。朱元璋非常赞许他的见解，并诚请他做了自己的谋士。
要想真正巩固、稳定江南根据地，除了军事上的保卫之外，还必须要解决粮食问题。朱元璋占据应天后，队伍不断扩大，很快发展到十几万。兵不可一日无粮。常年征战，当时军需主要靠“捎粮”，也就是寨粮。他说：“凡入敌境，听从将士捎粮，如果攻城池时遇到抵抗，任凭将士抄掠，抄掠的财物归自己占有，如果投降不抵抗，要安民，不准掠抢，这样，将士们人人奋力向前，攻无不克，战无不胜。”对于这种获取粮草的办法，胡大海和常遇春早就提出过异议。他们认为，攻占一个城池容易，而巩固这个城池主要靠老百姓支持，粮、税都出自百姓，捎粮没个准数，老是捎粮，百姓承受不起，这绝不是长久之计。朱元璋也感到问题严重，他认为就目前情况而言，老百姓还是要拿一点，余下的需要部队自己着手解决。朱元璋借鉴了曹操当年屯田的经验，下令屯田。1358年2月，又任命康茂才为都水营田使，兴修水利，灌溉田地，恢复发展农业生产。他命令诸将开荒垦田，且耕且战，并以生产如何作为赏罚的标准。一年后，康茂才的屯区得粮丰厚，不仅解决了本部军需，而且减轻了当地百姓的负担。两年后，军屯和水利两项措施卓有成效，军队的给养得到保证。1360年5月，朱元璋明令禁止各州县再征收寨粮，这一举措深得百姓的拥护。
在设置营田使的同时，朱元璋还建立了管理民兵的万户府。朱元璋讲：“古时寓兵于农，有事则战，无事则耕，闲时练武。现在是兵争之际，应该因时制宜，所有郡县，抽取民间壮丁，编作民兵，由民兵万户府统领，农时耕种，闲时练习战阵，一且有事即可用之征战。战争结束，有功的封赏，无功的还职为民。这样，民无坐食之弊，国无不练之兵，战无不胜，守无不固，这就是寓兵于农的意思。”这样，朱元璋一方面把作战队伍和生产的队伍合而为一，另一方面又把保卫地方的队伍同出征作战的军队区别开来，不但提高了生产力而且也提高了战斗力，朱元璋终于在群雄并争的年代里站稳了脚跟。
