2451年的3月1日，方舟舰队司令部，在第一批念能战士训练完毕之后，舰队司令部，就在这一天心灵部队成立，陈禹将军向心灵部队授予军旗。
方舟舰队的人类看到了新的时代的来临，念能时代的到来标志着人类的文明提升了一个级别，但是一些地方潜藏着的暗流，也在慢慢的地聚会。
张涛，马尔斯，格里高利等人正在策划阴谋夺权的活动，方舟舰队巴比伦号T区的一个房间内举行了秘密集会。
张涛说道：“如今科学家委员会将全力都交给了军方，现在军方正在将我们带向绝路，我们必须将权力夺过来，至少是将巴比伦号的权力夺过来，带着我们的飞船离开这个没有希望的编队，你们说对不对啊。”
其他几人均附和道：“对，必须这样，我们不能再跟下去了。”
马尔斯说道：“我们必须开始行动，将我们发展起来的人控制战舰的指挥权，然后再离开编队，我们必须这么做，再不这么做，我们就没有希望。”
张涛说道：“我们就开始行动吧，第十三舰队的部分部队控制在我们的手里，陆战队里有三位团长是我们的人，立刻发动吧。”
张涛拍拍手，三位团长走了进来，三位中校看着张涛，便问道：“是不是现在开始？”
张涛点点头，三位团长陈维高，何翰，斯特劳已经将部队集结在巴比伦号指挥部的旁边，但是萨肯少将没有察觉。
因为这些星际舰队并不归他管辖，而是归方舟部队司令卡洛斯管辖，方舟部队此时也蒙在鼓里，方舟部队此时正在接受心灵部队的指挥权，正在这个时候政变发生了。
三位团长突然闯进萨肯的司令部，扣留了舰长萨肯，陆战队在接管了战舰的指挥权之后，向旗舰发出了最后通牒。
陈禹正在向心灵部队授旗的时候，心灵部队已经成立了，此时旗舰接到了巴比伦号战舰发来了一个信号，这个时候，这个信号传到了陈禹的耳朵里。
陈禹惊得半晌都没说话，突然一位参谋急急吼吼地跑进了司令部，说道：“司令，不好啦，巴比伦号离开编队了，巴比伦离开编队了。”
陈禹急了：“什么，离开编队了，NND我们的部队怎么分裂了，赶紧联系巴比伦号。”
通讯参谋向陈禹报告，无法联系巴比伦号。
陈禹无法相信，方舟军团内部有人要政变，有野心家，陈禹立刻接通了卡洛斯的通讯，向卡洛斯说道：“卡洛斯将军，你知不知道你的部下有人叛变了？”
卡洛斯说道：“我知道，刚刚知道，我正在处理，如果不信，我就像服从我的部队下达平乱的命令。”
陈禹又打了个电话给林辉煌，林辉煌也震惊了，答应到司令部向巴比伦号的官兵们通话。
林辉煌使用精神念波迅速移动，很快就出现在了舰队司令部中，军队的头头们紧张得流着大汗。
卡洛斯将军正在联系巴比伦号第十三舰队陆战队服从自己的部队，在巴比伦号上的指挥部。
第十三舰队司令被他的部下拿着核铳对着自己的脑袋，还有巴比伦号舰长也被别人用核铳对着自己。
战舰正在脱离编队，陆战队控制了战舰内部的控制权，张涛使用舰内的广播系统发表了讲话：“巴比伦号的市民们，鉴于我们的舰队控制在军队的手中，而不是一个文人指挥部，所以我们在这里建立了由文人控制的指挥部，我们应该离开编队，离开这个邪恶的指挥部，我们要独立建立自己的文明，现在就得体系已经瓦解，新的体系已经成立，请市民们相信我们的领导能力。”
巴比伦号的市民有些恐慌了，难道政变分子说的是真的？
此时巴比伦号内部传来了林辉煌的声音，林辉煌是用精神念波通讯来发布自己的讲话：“巴比伦号的官兵市民们，我是科学家委员会主席，现在你们的战舰发生了野心家发动的政变，请你们服从科学家委员会的命令，我以科学家委员会的名义宣布，政变无效。”
张涛吼道：“快，关闭那些音频。”
可是何翰说道：“无法关闭啊，这些系统我已经关闭了，这声音我也不知道从哪里来的。”
陈禹看到了林辉煌用精神念波向巴比伦号上的官兵发出信息的时候，心里想着，不是有心灵部队啊，出动心灵部队，就可以搞定这些问题。
陈禹下令心灵部队出击，心灵部队使用精神念波开始控制巴比伦号里的控制系统，而且平叛的部队开始朝着巴比伦号移动。
心灵部队开始控制着战舰重新回到编队中，而政变部队的士兵被精神封锁，他们无法用大脑思想。
他们的精神力就在被吸取，他们已经无法行动了，平叛部队进入了巴比伦号，叛乱很快被平息，张涛被击毙，巴比伦号重新被司令部控制了。
马尔斯正在发动群众，将不明真相的群众煽动起来，对抗舰队司令部，一些激动的人开始打砸管理机构，治安部队开始严厉控制人们的行动。
在居民区的某些地区发生暴乱，部队开始进入混乱的地方，军队开始介入当地的叛乱，陈禹亲自来到巴比伦号战舰上。
看着激动的民众开始对着民众发布了自己的讲话：“市民们，你们应该回到家中，回到应该回到的地方，我们的民众是被有心人煽动的，我知道，在漫漫地航路上，我们肯定能够带着你们到达一个新的家园。”
有人吼道：“别相信他的鬼话，我们要见科学家委员会的人。”
赵伟也在军队当中，对群众说道：“我是科学家委员会主席团的成员，我代表这个机构说明，有人在煽动叛乱。”
那人说道：“别相信他的鬼话。”随后拿起了一支核铳对着赵伟就是一枪，赵伟被打伤了。
林洋看着视频：“父亲，看来我们要干预一下了，必须将这里混乱平息下去。”
林洋和林辉煌来到了巴比伦号上，来到混乱的居民区，看到维持治安的军队被人冲击，林洋开启了自己精神控制的能力。
人们的精神和思想被领洋控制了，林洋用精神念波对着闹事的群众们说：“回去吧，好好地工作，好好地生活，你的家人，你的子女都靠着你们的努力啊，回去吧！”
思想上受到林洋控制的众人，纷纷回到了自己的家，林洋通过强大的精神念波抹掉了这些人脑海中的关于这次事件的所有记忆，居民区的人们平静下来了。
陈禹看到的心灵部队的巨大作用，做出了扩大心灵部队的决定，在巴比伦事件之后，司令部加大了对各舰的控制，在各舰上部署了心灵部队，各舰的情况由心灵部队通过精神念波传递到旗舰上，方舟舰队的局势最终平定下来。
方舟舰队朝着银河系的另一个悬臂上飞行，而且是在悬臂的边缘地带，飞船继续朝着最终的目标飞去，政变被平息了。
方舟舰队的民众更加团结一致，最终下定决心，支持舰队向着未来的希望前进着。
飞船进入了一个危险的地带，这里的黑洞很多，就在这个时候，新的护盾系统研制成功，飞船在加装了新的护盾之后，黑洞就没有再影响飞船的飞行。
飞船摆脱了那些小型黑洞的影响，朝着航线飞行着，然后又启动了超光速，飞船进入了超空间。
在科大科研基地，经过众人的努力，新的超光速发动机研制出来，飞船获得了更强大的动力，当所有人得知，只需要十年的时间就能到达新的世界，很多人看到了希望。
