先是，日本有船在台湾遭风破坏，土人救出难民，官为护送，交回上海领事。是月初三日，忽有日本船一号来后山沿海地，备载糖、酒、哔吱诸物，云欲与生番联和，立马头通市。续有刘穆斋等雇墨西哥国人啤噜之船，亦来后山岐莱，至花莲港触礁船破。时有加礼宛及七交川等五社生番助之拖曳，船人因以湿物分给各番，且求寄住番庄。嗣有成富清风及啤噜经头围，语县丞邹祖寿，云：此次失去洋银千余圆，意藉向生番寻衅。至是，突以兵船三路进攻番社，一由风港、一由石门、一由四重溪，路各五、六百人。生番纷纷逃窜，牡丹、高士佛、加芝来、竹仔各社咸被焚，又声言进攻龟仔舟社。其时尚有兵轮泊厦门。于是台湾戒严。
命船政大臣沈葆桢渡台湾设防。
台湾报至，总理衙门王大臣请派大员查看情形；上以李鹤年事繁，命沈葆桢领轮船，声言巡阅台湾，相机筹办。葆桢遂密奏：『日本越境称兵，此其意有所图，尚何待问。即示以挞伐之威，并不得谓衅开自我。惟近来议洋务者，非一意畏葸苟安目前、不恤贻患将来，则专务高谈，义愤快心，不妨孤注一掷，于国家深远之计，均何当焉！臣夙夜思维，谨以管见所及，为皇上陈之。一曰：联外交。倭人狡谲非常，其称兵也，西人曾斥其非。我将情形照会各国领事，请其公评曲直；如其怵于公论，敛兵而退，上也。否亦展转时日，我得集备设防；其鬼蜮端倪，亦可随时探悉。一曰：储利器。日本之敢于鸱张者，恃美国暗中资助。又有铁甲船二号虽非完璧，而以推寻常轮船，则绰绰有余；彼有而我无之，水师气为之夺，则两号铁甲船不容不购。他如洋煤、洋火、合膛之开花弹以及火龙、火箭之类，尤须多办。明知所费不赀，必有议其不量力者；然备则或可不用，不备则必启戎心。乘军务未兴之时，尚可为牖户绸缪之计；迟则无及矣。一曰：储人才。此时欲消除萌蘗，须得折冲樽俎之才。黎兆棠胆识兼伟，洞悉洋情；臣请调之前来，以期集思广益，毋失机宜。一曰：通消息。台洋之险，甲诸海疆；欲消息常通，断不可无电线。由福州陆路至厦门、由厦门水路至台湾，水路之费较多、陆路之费较省，合之不及造一轮船之赀；瞬息可通，事至不虞仓卒矣』。
日本攻生番纲索、加芝来等社。
初，日本有数兵船寄碇琅〈王乔〉。是月二十日，以一船载生番俘馘及伤亡兵回国，余船续赴厦门；又以一船赴后山载兵百余，过噶玛兰入鸡笼口买煤，琅〈王乔〉遂无倭船。其登岸之兵二千余人，分驻大浦、琅〈王乔〉、龟山。时以轮船运粮械济军，又以财物诱降番社。其牡丹各社已破者，番众逃匿绝巘。遂移兵胁龟仔角社，社番誓死不降。网索等十一社社给一旗，加芝来社番目复导之攻八磘社。二十八日，以二百人从石门入、八十人从风港入，破三社，杀生番数人；倭兵死者二十余，伤者五十余人。
命福建布政使潘霨赴台湾会商设防。
时上厪虑台疆，命福建布政使潘霨赴台湾帮同沈葆桢筹划，并会商福州将军文煜、巡抚李鹤年、提督罗大春等办理。谕云：『现在日本兵船登岸，各国船只复驶往福建洋面，较李鹤年所奏情形尤为吃紧。着沈葆桢懔遵前旨，与潘霨慎密筹划，随时会商。文煜、李鹤年等悉心布置，毋令日本侵越，并预杜各国觊觎，方为妥善。着文煜等将拨饷、拨兵事宜妥速筹办，毋误事机！日本是否回兵？台湾镇、道如何与之理论？即着据实奏闻』。
五月，沈葆桢、潘霨至台湾。
沈葆桢、潘霨奉命后，均于是朔率洋将日意格、斯恭塞格由马尾启程，分乘「安澜」、「伏波」、「飞云」各轮船，霨船直放大洋，葆桢暨日意格等两船沿各口查察。抵南日（山岛名，在兴化海中），海坛镇总兵黄联开巡洋亦至，葆桢询悉洋面情形。越三日，抵澎湖，登勘炮台形势。翼日，抵安平，霨已先二日至。既接台湾镇、道，具悉日本侵扰情事。遂奏称：『辰下所宜行者三，曰理谕、曰设防、曰开禁。开禁非旦夕所能办，必外侮稍定，乃可节次图之。理谕一节，则臣霨过沪时，业与彼国公使柳原前光往复辩论。该酋始则推诿，继忽自陈追悔为西人所卖，商允退兵；有手书可据。乃到台后，察其情状，恐未足信；则设防，万不容缓。台地亘千余里，固防不胜防，要以郡城为根本。城去海十里，而近洋船炮力及之有余。海口安平，沙水交错，望之坦然。中一小阜突出，俗呼红毛台，盖明季荷兰国揆一王踞台湾时筑也；为地震所圯，而砖石坚厚，遗址尚存，炮亦锈而不适用。近日西洋炮火猛烈，砖石炮台虽坚，不足恃。臣拟仿西洋新法，于是处筑三合土大炮台一座，安放西洋巨炮，使海口不得停泊兵船，而后郡城可守。又北路淡水、噶玛兰、鸡笼一带物产殷厚，苏澳民番关键，尤他族所垂涎；故日意格谓急须派兵船驻扎。且去郡千里，有事鞭长莫及；臣等商派「靖远」轮船，迎提督罗大春镇之。并饬「长胜」轮船，同通晓算法之艺生转入山后，周回量水浅深，探其形势；镇、道等添招劲勇，着力训练，多筹子药、煤炭，以备不虞』。又称：『防务方始，费用殷繁。臣等既驻台地，时有动支；若俟省城展转拨解，恐难应手，致误事机。可否将台湾盐课、关税、厘金等款应行解省者，尽数截留，归台湾道衙门支销？俾遇事得迅速举行。再有不足，则由省城拨解而来，以免支绌』。又称：『台、澎之用内地班兵也，当时以新入版图、民情浮动，若用在地之兵，恐其联为一气；计弭内变，非计御外侮也。积久生弊，班兵视为畏途，往往雇倩而来；伍籍且不符，何有于技勇！臣昨到澎湖踏勘，陂陀周回数十里，无一山、一田、一树，为向来未见之瘠壤。然台飓作时，台南数百里舍此更无泊船之处。地则极要，守则极难。守将吴奇勋谓此地班兵七百余人，皆疲苶不可用。该处不生五谷，民以捕鱼为业；自少至老，衽席风涛。诚招此辈以易班兵，民间既开生途，防务尤为得力。臣等商诸镇、道，咸谓全台均宜照此办理；否则，弁兵缺额候内地募补而来，动淹累月，缓不应亟。且台地，闽、粤两籍互相箝制，可无意外之虞；即使弊端踵生，事平不难改归旧制。可否将台、澎班兵疲弱者先行撤之归伍，其旷饷招在地精壮充补，以固边防』？皆奉旨允行。
潘霨、夏献纶赴倭营。
是月初八日，潘霨偕台湾兵备道夏献纶、随员张斯桂、洋将日意格、斯恭塞格等乘轮船，由安平冒风涛出海；日昳，抵琅〈王乔〉登岸，宿车城。诘朝，抵倭营，晤其中将西乡从道，以葆桢照会并柳原前光书函，与之辩论；及来报谒，复逐条穷话，中将词屈。霨旋复造其营，中将辞以病。霨及献纶遂遣人传各社番目，惟牡丹、中社、里乃三社以避倭不出，至者凡十五社、百五六十人，服饰诡陋，言语啁啾；通事译传大意，皆谓日本欺凌，恳求保护。因谕令具状，均愿遵约束，不敢劫杀。霨等宣示国家德意，加以赏犒；番目等咸求设官经理，永隶编氓，遂欢欣鼓舞而去。霨等因中将不出，将还；中将内惭，复来谒，仍坚以生番非中国版图为词。及示以「台湾府志」所载生番岁输番饷之数与各社所具结状，倭将羞愤。霨等厉声晓譬，乃复婉谢，以耗费无复为言。及复以理斥，倭将请遣人附我轮船，一至上海致书柳原前光、一请厦门电报寄音回国暂止添兵。霨等遂返，而风潮愈厉，轮船已退入澎湖；改由番社陆行，鸟道兽蹊蜿蜓如线，舆从饥惫，止宿风港。翼日，抵枋藔，始出番境。及回府城，往返凡十日。
日本与牡丹社番议和。
日本逐牡丹社番，遂踞其地。旋有轮船二，先后至。一径往后山射藔港；一载兵二百、倭妇十余泊射藔港（在龟山下），携食物、什具、农器及花果、草木各种，分植龟潭后湾，为久居计。复购土人，约牡丹社番目于保力庄议和。其北路「王」字番不肯和者，成富清风请兵往攻；盖欲兼营南、北两路诸番也。有倭兵数人在柴城挑一民妇，其家人斥之，为所戳伤；乡邻一时愤集，争投以石。倭兵被击伤遁去，思率党寻仇；其魁谓众怒难犯，且将与番社议和，何可遽启衅端，力阻之。盖至是，日本亦畏番之地险而民悍矣。
沈葆桢请派水师提督彭楚汉率师来台湾。
时日本见我严防，番地皆登版籍，番民久已归化，难尽诱；又自知力不能敌，诡谋已无所逞。然犹虚声恫喝，冀幸有功。适沈葆桢奉谕云：『日本若能就我范围，敛兵回国，自当消弭衅端；倘再肆志妄为，即当声罪致讨，不得因循迁就，转误事机。沈葆桢与潘霨当相度机宜，悉心筹办！应如何调拨之处？着会同文煜、李鹤年妥速布置，以维大局』。葆桢覆称：『倭奴虽有悔心，然窥我军械不精、兵力不厚，贪鸷之念，积久难消：退兵不甘，因求贴费；贴费不允，必求通商。此皆有万不可开之端、不可胜穷之弊，非益严儆备，断难望转圜。倘恃其款词，日延一日，奸民乘隙构煽，必致事败垂成。班兵惰窳性成、募勇训练无素，拟请于北洋大臣借拨久练洋枪队三千、于南洋大臣借拨久练洋枪队二千；如蒙俯允，请饬其雇轮船来台，乃有剿敌之军。前接新任福建水师提督彭楚汉天津函，云是月可以抵闽；所有臣等请拨北洋洋枪队三千人，如该提督尚在津门，应恳饬令统带来台，以资各营表率。提督罗大春，经臣鹤年奏留内地，不能不从新改图。南路迫近倭营，则以镇臣张其光专其任；该镇原有部勇一营并内地调剿廖有富之两营，更增募五营，以遏冲突。台北之要甚于台南，常有倭人窥伺，则以台湾道夏献纶专其任；该道原有部勇一营，拟添募一营，以杜旁窜。又据张其光称前南奥镇总兵吴光亮打仗勇敢、夏献纶称浙江候补道刘璈甚有勇略，各请奏调前来；合无仰恳饬两广总督、浙江巡抚派令刻日东行，俾收臂助。台民尚义而难持久，且漳、泉、粤三籍气类不同，须得人联络。前署台湾镇曾元福熟悉民情，乡评亦好；臣等拟令其倡南北乡团以资保固，并分招后山乡道，谕致屯番、生番各头人与之要约。此布置陆路诸军情形也。闽厂轮船，除来往各口传递信件外，不敷调遣。拟于沪局添调数号，由统领吴大廷督带来台，弥补空隙。此续筹布置水军情形。北洋畿辅重地、南洋财赋奥区，所借洋枪队，倭兵退后即令归防；彼时召募勇营，亦当渐臻驯熟。至倭情叵测，更当随时侦探。一切防务宜更区画者，续当驰奏』。
六月，埤南番目陈安生、买远来归化。
埤南通牡丹社，水路由海道绕山南而东，轮船日半始至；陆路由下淡水穿山，百七十里可通。其地西准凤山，膏腴远胜琅〈王乔〉；番社七十有二，丁壮万人。倭久垂涎，畏某强悍，不敢逼；潜使人勾引，藉为声援。潘霨在琅琅〈王乔〉，已虑其煽诱埤南诸番，曾面诘倭将。至是，谍知番目陈安生等应之；亟商夏献纶，令同知袁闻柝往招安生等番目五人，立薙发随来叩谒，葆桢分给银牌、衣服遣归，派弁兵送之，令从山后探路出山前。闻柝又招来番目买远等五十六人，葆桢均抚谕犒赏，派船送归；番目等喜谓：『沐皇上深恩，小民得居山自食其力；今日本肆虐，心实不甘。乞派兵防护』！葆桢嘉其诚恳，令闻柝募士勇五百驻其地，无事以之开路，有事以之护番；名「绥靖营」。
日本移兵于风港三家厝。
时山后有大鸟万、千仔帛二社为倭胁诱，倭旋增兵驻风港，又遣谍至茄鹿塘（离风港二十四里）潜探。沈葆桢以地近枋藔宜防，急饬营将王开俊由东港进驻枋藔，以戴德祥一营由凤山驻东港为后应。倭知我有备，相戒益严；又由龟山分兵营于三家厝，而以轻〈舟勺〉自风港沿岸至枋藔测水，以轮船运衣粮接济。时葆桢遣驿夫赍文赴琅〈王乔〉，至平埔，倭兵阻之；葆桢因移书诘其中将西乡。而倭人水野遵入猪朥索、高士佛诸社，声言索前年琉球被戕人尸首，携远镜周览各山；又自后湾开道，达龟山巅。其风港之营，又将分驻平埔为援应。因遣其通事彭城中平来探，至琅〈王乔〉，谒委员周有基；讯以前日中国所议，柳原前光何以尚无覆书？并问中国四处布兵何意？有基以巡查漫应之。葆桢知其心已动，其气必馁，因照会倭将劝令回兵；否则，大兵云集，必将不利于尔。倭将志益沮退。
以提督唐定奎统军赴台湾助防
时李鸿章亦深虑台地兵单，及沈葆桢请借拨洋枪队，即奏以屯徐州之淮军十三营，令提督唐定奎统之，至瓜州以轮船分次赴台。葆桢遂奏称：『澎湖为台、厦命脉所关，守备弱处，臣等正四顾彷徨；及连接李鸿章覆函，如久旱得霖，大喜过望，臣等飞派轮船迎之。兵力既厚，彼族诡谋或有所慑而中沮。然东洋探报变态日增，勿恃其不来，恃我有以备之。但非大枝劲旅，仍无以壮民气而戢戎心！惟恳恩催其迅速前来。臣等非敢贪功好战，但倭情如此，不能不先事图维。仍请旨饬彭楚汉赴水师提督新任，庶台湾、澎湖气脉藉以灵通，金、厦诸防亦资巩固』。奉旨俞允。又潘霨先募前烟台税务司博郎练洋枪队，而嘱前署镇曾元福为招土著壮勇五百，交博郎教习；至是，霨偕元福、博郎等赴凤山旧城募土勇，并励乡团。因亲履海口之打鼓山、大科围、五块处踏勘要隘，建兵栅，以待淮军分驻。
沈葆桢抚降生番。
