（嘉靖二十九年七月壬子），诏逮巡视浙、福都御史朱纨至京讯鞫，下福建都司都指挥佥事卢镗、海道副使柯乔狱论死。先是，纨奏海夷佛朗机国人行劫至漳州界，官军迎击之于走马溪，生擒得贼首李光头等九十六人，已遵便宜斩首讫。章下，兵部请俟核实论功。会御史陈九德疏论纨专杀，滥及无辜；法司覆请遣官会勘，上从之。遂革纨职，命兵科都给事中杜汝祯往。至是，汝祯及御史陈宗夔勘上：『前贼乃满剌伽国番人，每岁私招沿海无赖之徒往来海中，贩鬻番货；未尝有僭号流劫之事。二十七年，复至漳州月港、浯屿等处。各地方官当其入港，既不能羁留人货，疏闻庙堂；反受其私赂，纵容停泊，使内地奸徒交通无忌。及事机彰露，乃始狼狈追逐，以致各番拒捕杀人，有伤国体。其后诸贼已擒，又不分番民、首从，擅自行诛，使无辜并为鱼肉；诚有如九德所言者。纨既身负大罪，反腾疏告捷；而镗、乔复相与佐成之：法当首论。其冒功坐视诸臣，通判翁灿、指挥李希贤等次之，指挥佥事汪有临、知府卢璧、参将汪大受又次之。拒捕番人方叔摆等四名，当处死；余佛南波二者等五十一名，当安置。见存通番奸徒，当如律发配、发遣』。于是，兵部、三法司再覆如汝祯等言；纨、镗、乔遂得罪，翁灿等下巡按御史提问，汪有临等夺俸有差。纨为人清廉，勇于任事；开府闽、浙，首严通番之禁，海中为之肃清。走马溪之役，虽张皇太过；然勘官务入其罪，功过未明。纨竟坐忧恐，未就讯，仰药而死。公论惜之！
（嘉靖三十一年四月丙子），漳、泉海贼勾引倭奴万余人，驾船千余艘自浙江舟山、象山等处登岸流劫台温、宁、绍间 ，攻陷城塞，杀虏居民无数。
（五月戊戌），福建巢贼李文彪等寇南安，提督军务都御史张烜遣兵御之于聂都岭，败绩。清军御史沈宠劾奏烜措置乖方，自取败衄；且干没盐课，以巨万计：宜论如律。部覆：『剧寇未平，需才甚急；请姑下诏督烜，令其悉心抚剿，务底平定。 御史所言，待事平之日，通计功罪以闻』。报可。
（七月）壬寅，改巡抚山东都察院右佥都御史王忬提督军务，巡视浙江兼管福、兴、漳、泉地方。仍敕许便宜调发兵粮、临阵按军法从事，巡按御史毋得干预挠沮；贼中有胁从愿降者，不得一概混杀，滥及无辜。于是并设分守浙、直参将各一员，以琼崖参将署都指挥佥事俞大猷、中都留守司管操指挥佥事汤克宽为之；大猷温、台、宁、绍等处，克宽福、兴、漳、泉等处：俱听忬节制。
（嘉靖三十二年闰三月）甲戌，海贼汪直纠漳、广群盗勾集各岛倭夷大举入寇，连舰百余艘，蔽海而至；南自台、宁、嘉、湖以及苏、松至于淮北滨海数千里，同时告警。
（四月丙子朔），巡视浙、福都御史王忬条上海防事宜：『一、禁近海豪民通引倭夷，以绝祸本。二、照各边例，惟以奋勇血战为功，不以损伤折军为罪。三、选调闽、浙兵相兼操习，以资防御。四、通行两广、南直巡抚、操江官远行哨探，分布兵舡，彼此夹攻。五、两省守、巡兵备官查照原定地方，常川驻札，以便责成。六、宽禁令以开自新，如胁从贼犯，准令投首；积年渠魁，亦听归降。七、闽、浙鱼舡量议收税，并议漳州桥房拖欠税课及查理盐课，以助军饷。八、滨海顽民接济夷寇及走漏消息者，乞以正犯处之极刑，全家发边卫充军』。部覆，俱从之。
甲辰，倭攻福宁州〈山上泰下〉屿所，破之；大掠而去。
（五月）庚午，……已乃命分守福、兴、漳、泉参将汤克宽充海防副总兵，提督金山等处。
（十月壬寅），有倭舟失风飘至兴化府南日旧寨，登岸流劫，杀千户叶巨卿；把总指挥张栋督舟师冲击，倭走据山；知府董士弘纠民兵、猎户，与栋等围而歼之。是时，海洋并岸诸岛多栖寇舟：有真倭阻风汛，不获归者；有沿海奸民抢舡南旋，候来岁倭至者。未几，南日寨复有三舟登岸，栋、士弘击之，引去；擒贼数人，皆真倭。比泉州舟兵巡海，攻贼于石圳澳、深泥湾等处；凡再战，擒贼四十余人：则皆浙江临海、福建漳浦、广东揭阳等县人。盖江南海警，倭居十三，而中国叛逆居十七也 。
（嘉靖三十三年三月癸丑），巡抚浙江兼管福、兴、泉、漳都御史王忬以三十二年九月后倭寇二次犯兴化府南日旧寨及十一月后泉州府兵出洋剿杀石圳澳、深泥湾等处贼船事闻，因叙上诸文武将吏功罪；谓『兴化知府董士弘、泉州知府童汉臣保障有功，当旌奖；把总指挥张栋先败后功，宜准赎；千户叶巨卿、百户张养正死事，宜恤录』。得旨：『栋，赦勿问。士弘、汉臣，均赉以银、币；巨卿、养正，下抚臣优恤』。
（五月庚子朔），南京兵部尚书张经等言：『国初洪武间，以倭夷不靖，遣信国公汤和经略海防；凡闽、浙滨海之区，陆有城守、水有战舡。故百余年来，寇不为害。其后法弛弊生，军士有纳科放班之弊。于是强富者散遣、老弱者哨守，战舡损坏亦弃不修，以致寇得乘之而入。请行各处巡抚严督所属预集兵舡，以守要害；追捕纳科军士，以实行伍；清理积岁料银，以造战舡』。……下兵部议覆，从之。
（丁巳），给事中王国祯、贺泾、御史温景葵等以倭寇猖獗，逼近留都；各上疏乞调兵给饷及推选总督大臣，重其事权——如往年征剿华林、麻阳诸寇故事。下兵部集廷臣议，俱称便；……。议入，上允行之。乃命（张）经不妨原务兼都察院右副都御史，总督南直隶、浙江、山东、两广、福建等处军务；一应兵食，俱听其便宜处分。临阵之际，不用命者，武官都指挥以下、文武五品以下，许以军法从事。
乙丑，兵科给事中王国祯等言：『比本兵议上御倭方略，欲以重赏招降贼首王直等；臣窃疑之。臣闻胜国末，海滨多警，东南巨寇有秩至漕运万户及行省参政者；且叛服不常，迄终无救。何者？其心不服，而爵禄不足以歆之也。故至今议者，以招抚最为误国；殷鉴具存，奈何复欲效之！今四方群盗，所在蜂起；皆幸朝廷不诛，无所创艾。就使部议得行，降一王直，未必不生一王直；将来贻患，更有不可言者。且古帝王所谓「招抚」，不过曰「胁从罔治」耳，渠魁未尝宥之也。使渠魁来归，既宥之，复赏以爵；是赏以劝恶，人谁不为！夫使吾民皆趋为恶之利，非国家之福也』。疏下兵部，覆言：『海屿贼，与山贼异。山贼有定巢，可以遣将出师，攻而取之；海屿贼乘风飘忽，瞬息千里，急之则遯去、乘间则复来，有非兵力所能取必者。臣闻王直本徽人，故与浙人徐惟学、李大用辈通番入海，既而悔之。嘉靖二十九年八月中，尝为官军捕斩海寇陈屿主等及余党二 、三百人欲以自赎；而是时有司不急收之，遂贻今日大害。故臣等欲仿岳飞官杨么党黄佐故事悬以重赏，使之归为我用，以贼攻贼；非敢轻授官爵以示之弱也』。上以国祯等言为是，令总督张经一意剿贼；胁从愿降者待以不死，贼首不赦。
（六月庚辰），福建官兵捕得漳州通倭贼苏老等三十余人，诛之。
（七月庚子），广东番贼纠倭寇千余剽掠海上，官军击败之，擒贼首方四溪等；余党遁去。
（十月戊寅），海贼犯广东潮州之柘林，指挥黑孟阳引舟师歼之，生擒贼首方四溪、夷目咤过啰等一百三十名，斩首三十九级；其贼首徐碧溪等，悉沈海死。事闻，诏赏巡抚南、赣、汀、漳等处都御史谈恺银三十两、纻丝二表里，广东海道副使汪柏及指挥黑孟阳等各银有差。
（嘉靖三十四年四月）辛巳，巡按浙江御史胡宗宪言：『往时日本入贡，多不及期。请待其复来，得以便宜谢遣；仍令有司移檄其王，问以岛夷入寇之状』。疏下礼部，覆言：『倭夷犯顺，穷凶无过今日；苟轻容再贡，殊损国体。请如宗宪议，遵例阻回；谕以「贡有常期，必当遵守」。仍当委曲开导，使之心服；不得轻情直率，致拂夷心。至于彼国僻居穷海。岛夷背其君长借口为倭，沿海奸民互相勾结；揆之理势，请因其入贡，即令抚按衙门移谕日本国王责问：「连年犯顺，何人倡乱」？
令于半年之间立法钤制，号召还国，即见效顺忠款；虽使贡期未及，亦必速为奏请。如或不能钤服，则是阳为入贡、阴蓄异谋，仍遵禁例径自阻绝』。上是其议。
（甲申），先是，广东贼徐铨、方武、陈文伯、李明贵等与海酋王五峰纠结倭夷，纵横海上；督臣檄海道副使汪柏、岭南兵备杜璁及参将张裕、指挥黑孟阳等督战，铨等就戮，前后斩首千二百余级，汪应奎招下余党三百五十余人，海滨颇靖。……提督侍郎鲍象贤等并上其功；诏……升副使汪柏……各一级、佥事杜璁等、……通判汪应奎、……各俸一级、参将张裕、……
各署职一级，……复指挥黑孟阳职。
（五月）壬寅，南京湖广道御史屠仲律条上御倭五事：『一、绝乱源。海贼称乱，起于负海奸民通番互市，夷人十一、流人十二、宁绍（人）十五、漳泉福人十九；虽概称「倭夷」，其实多编户之齐民也。臣闻海上豪势为贼腹心，标立旗帜，勾引深入；阴相窝藏，辗转贸易：此所谓乱源也。曩岁漳、泉滨海居民各造巨舟，人谓「明春倭必大至」；臣初未信，既乃果然。故御盗之标，在腹里防之，弭盗之本，当边海制之。诸处漳、泉、福为始，而宁、绍次之。其一，禁放洋巨舰；其二，禁窝藏巨家；其三，禁下海奸民：三法者立而乱源塞矣。即使旧贼未尽殄灭，然而后无所继，其势自孤；退无所归，其情知惧：与今日往来自若者，必不同矣……。（接二、三、四、五各事均从略）』。兵部覆其议悉是，诏允行之。
己酉，诏锦衣卫遣官校逮总督南直隶、浙、福军务右都御史张经及参将汤克宽械系来京——以侍郎赵文华劾其畏巽失机、玩寇殃民故也。倭自去岁据松江柘林、川沙洼二处为巢，纵横肆掠；周回数百里间，焚屠殆遍，水陆兵无敢近者。本年三月初，广西田州土官妇瓦氏及东兰、南丹、那地、归顺等州狼兵六千余名承经调至；狼兵轻慓嗜利，闻倭富有财货，亟欲取之。居民亦苦倭寇暴，朝夕冀幸一战。文华既至嘉兴，屡趣经亟檄狼兵剿贼；经曰：『贼狡且众；今檄召四方兵，独狼兵先至耳。此兵勇进而易溃，万一失利，即骇远近观听。姑俟保靖、永顺土兵至，合力夹攻，庶保万全』。文华再三言，经终守「便宜」不听。文华乃疏言：『经养寇糜财，屡失进兵机宜。惑于参将汤克宽谬言，欲俟寇饱载出洋，以水兵掠余贼报功塞责耳。宜亟治，以纾东南大祸』。疏至，上以问大学士严嵩。嵩对具如文华言；谓『苏、松怨经，不可复留；宜与克宽俱逮京鞫讯，以惩欺怠』。经、克宽遂并得罪。寻升巡抚应天右佥都御史周珫为兵部右侍郎仍兼原职，代经总督。
（六月）壬午，勒总督直隶、浙、福军务都御史周珫、巡抚浙江都御史李天宠为民，改南京户部右侍郎杨宜为兵部右侍郎兼右佥都御史代珫、升巡按浙江御史胡宗宪为右佥都御史代天宠。先是，上闻琉疾甚，又以天宠嗜酒废事，遂并黜之；仍敕工部右侍郎赵文华悉心督察，命礼部铸「督察军务」关防驰赐之。
（十一月）乙未，倭二百余人犯福建莆田县镇海、镇东等卫，千户戴洪、高怀德、张銮俱战死。
（庚申），倭寇犯福建兴化府涵头铺等处，平海卫正千户丘珍、副千户杨一茂与战，死之。已复犯福清海口，泉州卫指挥佥事童干震直奔其垒，斩十余贼；亦被害。事闻，诏各立祠其地，有司春、秋祭享；袭升其子二级。
（闰十一月）己丑，督察浙、直军务侍郎赵文华陈区画海防三事，大要言松江宜守、浙江宜攻、福建宜抚。而所谓守与攻者，在籍闲田给兵屯种以扼寇；所谓抚者，请增设经略总督专官。兵部覆言：『战、守、抚相须为用，均不可废；三省皆然。其言乡官领兵，恐督责不便；给兵田百万亩，未审何所从出？恐滋纷扰。闽中更置专官，亦非其时：俱碍施行』。报罢。
（十二月乙已），督察浙、直军（务）侍郎赵文华疏乞还京，（允）之。……
（嘉靖三十五年正月癸亥），福建倭寇流入浙江界，与钱仓寇合。原任留守王伦督癸亥），福建倭寇流入浙江界，与钱仓寇合。原任留守王伦督容美土司田九霄等兵扼之于曹娥江，贼不得渡，还走；官兵追及之于三江民舍，连战，斩首二百级； 后追至黄家山，尽歼之。
（二月己亥），罢总督南直隶、浙、福军务南京兵部右侍郎杨宜。……
（壬寅），升南京户部右侍郎王诰为兵部左侍郎兼都察院右佥都御史，总督南直隶、浙、福等处军务。革分守福建参将尹凤、备倭指挥刘炌职，充为事官，戴罪立功。去年冬，倭自白湖江登岸，流劫莆田、福清，攻镇东卫，千户戴洪、高怀德被杀；凤督兵与战于东岳洋，大败，阵亡千户白仁、丘珍、杨一茂等。已凤复部分泉州指挥童干震及炌等为 左右翼攻贼，炌逗挠不进，干震战死。事闻，兵部参核，因有是命。戊午，……胡宗宪升兵部左侍郎兼都察院左佥都御史，总督军务。
