那么，既然“灵魂和肉体”互相结合在一起才构成了完整意义上的人，那么，它们必然在某些方面相互作用，相互影响。否则的话，它们的结合便没有意义了。对此，笛卡尔从生理的角度来作了解释。笛卡尔认为，人的肉体上有一种特殊的功能即松果腺，是沟通灵魂与肉体的桥梁。
笛卡尔认为，灵魂主要有“觉”和“欲”两种活动。
首先，感觉本身是一种本能，而并不能帮助我们认识事物的本质。但是感觉在我们面对特殊的事情的时候，能帮助我们采取相应的措施，例如：当我们的手碰到火的时候，感觉会立刻告诉我们，我们根据感觉会立刻作出相应的举措——立刻把手缩回。很显然，我们在这里所讲的“灵魂的感觉”是由于外界扩展的肉体直接或间接地刺激末梢神经，这些末梢神经聚合成为一种神经管，然后通到松果腺的空腔中，末梢神经的刺激被输送到空腔中时，居于脑中间松果腺亦随之振动。在空腔中的灵魂于是有所感觉，松果腺每动一次，灵魂就相应地有一次感觉。
其次，“欲”包括意愿和情感。笛卡尔认为，“欲”是由生命精神在灵魂中所激起的感觉，是由情感或冲动所组成的，也就是说，“欲”也是感觉，是肉体内的一些机械的能力。继而，笛卡尔还对这些机械的能力进行了分类。笛卡尔认为，在所有这些能力或情感中，有六种是基本的——惊奇、爱恨、欲望、快乐和忧愁。从这里我们可以看出，灵魂的长处在于它能够克制制情感，以及能够控制随情感而来的****冲动；灵魂的弱点在于无法控制情感，任由他们玩弄，出尔反尔，使灵魂走向自我冲突的途径，最终沦于极为可怜、尴尬的地步。
我们上面已经说过，灵魂的本质是思想，实际上正如笛卡尔所说的那样，“我肯定，人的灵魂，不管在何处，即使在海底也时常在思想。我这样的肯定是有道理的，因为我已经证明了它的本性或本质就是思想。就好像物体的本质是‘扩展’一样。人们是否希望获得比这些更确实、更明显的证明理由呢？世界上不存在没有其本质的东西，所以我认为我不应相信有人因为他不记得自己在思想之故就否认自己的灵魂在思想，就好像我不相信有人因为感觉不出来他自己肉体的扩展，而否认他自己的肉体是扩展的一样。但是，这并不是说我因此就相信小孩的精神在母胎时就已作形而上学的沉思。相反，如果你允许我做一个无法证实的猜测，我要说既然我们经验到我们的精神是如此密切地和我们的肉体结合在一起，甚至于几乎依赖它，虽然一位成年人和健康者的精神，其行动具有某种自由，能想一些异于感官所提供的事物，但这种自由，在病人和沉睡中的人以及孩童身上就无用武之地了。在一般情形下，年纪越幼小，这种自由就越渺小，所以最合理的说法是，刚刚和婴孩的肉体相结合的灵魂，它仅有苦痛、冷热的模糊感觉，和其他一些与身体结合及掺杂而生的观念。这个时候，他内心的上帝、自我以及自明的真理观念，并不少于一位不重视它们存在的成年人，因为这些观念不是因为年岁的增长而获得的。我不怀疑，一旦灵魂脱离肉体的纠缠，人就会立即发现它们是在自己的身上。”笛卡尔还说：“我相信灵魂之所以常常思想的理由，和我相信光之常常照耀相同，虽然没有人注意它；这和我相信热之常常温暖，虽然没有人靠它取暖相同；同时也和我相信物体或扩展之实体具有体积一样。总之，当一物存在时，一切组成该物的本性因素常常同它一起存在。因此，当有人说灵魂停止思想时，对我来说，我宁可说它停止存在，而不说它存在但不思想。灵魂是不能停止思想的，它时时刻刻在思想着，如果不能思想，那么它就不是灵魂。”
但是，当我们研究到这里的时候，有的人就会产生疑问：既然灵魂的本质是思想，我们又都是灵魂与肉体的结合体，那么，“我怎么就没有感觉到自己时时刻刻是在思想的呢”？对此，笛卡尔也有相当精到的论述。
笛卡尔认为，之所以我们不能感觉到灵魂时时刻刻在思想，是因为灵魂受到了肉体的影响而分心的缘故。每当灵魂处于一种纯精神状态的时候，它就会在最短的时间内，清晰地抓住一切内存的观念，这些内存的观念都是构成它的最基本元素。之所以这些观念并不是每时每刻都十分清楚，是因为灵魂与肉体结合以后，灵魂的注意力从内在的观念转移到了它的外在的基本形式，诸如疼痛、饥饿、口渴、快乐、悲哀等。
关于灵魂会不会死的问题，笛卡尔也有详细的论述。
笛卡尔认为，也许关于灵魂的很多属性我们是不可以确定的，但是我们绝对可以肯定的一点就是灵魂的命运与肉体没有任何关系，它不会随着肉体的死亡而死亡。笛卡尔说，肉体是由不同的部分排列组织而成的，因此，肉体是可以分割的，即组成肉体的各个部分是可以分离的，并且肉体会随着它的形态的变化或者灭亡而灭亡。但是，与肉体相反，灵魂既没有部分，也没有确定的形体，它是不可以被分割的，所以它不能像肉体那样发生形态上的任何变化，或者是灭亡。正如笛卡尔所说，“自然的知识告诉我们，心物是有分别的，心是一实体。人的身体之所以异于其他物体，就于它是由某种形态的肢体与其他类似的偶有物所组成。最后，身体的死亡，也只是由于形态的分离或改变。”也就是说，灵魂是不死不灭的。
那么，灵魂在肉体死后又是怎么继续存在下去的呢？
笛卡尔认为，灵魂是一个实体，它会在肉体死亡后继续存在，不会灭亡。笛卡尔在这里所讲的继续存在，是指作为单纯的实体，没有部分可言的实体，它的继续存在可以有一些彼此不相连的瞬息时间所组成。笛卡尔认为，组成时间的分秒是彼此独立的，前一瞬时间的存在本身无法保证下一瞬时间的存在，也无法限定它的存在。但是笛卡尔说，“时间的性质或我们寿命的性质，既然有这种性质，前一部分无法保证后一部分，后一部分不能依赖前一部分，彼此相互独立，无法一起存在，则我们现在的存在未必能保证下一时刻的存在；除非有一原因即产生我们的同一个原因，继续产生我们，保证我们。”从这里可以看出，笛卡尔认为，灵魂不能一瞬一息继续存在，除非依靠产生它的同一原因，继续产生它。这样看来，灵魂的下一瞬息的存在不是由前一瞬息的存在而来，下一瞬息是被接到上一瞬息去的。正因为灵魂是一实体的缘故，所以它能永恒存在。这就是灵魂不死的全部理由。
但是，深究起来，笛卡尔关于灵魂不死的观点是有破绽的，至少从哲学观点上看是这样的。例如，根本没有任何证据能使我们相信灵魂不继续存在，但是这并不是能证明灵魂继续存在的理由；况且，这根本无法证明，它必须继续存在。
既然时间不是自然连续的，前一瞬息不能保证后一瞬息。那么，为了肯定或否定此时间的延续，必须先知道一切事物的最后情形。但是，我们并没有能力知道这些“知识”。假如我们能知道一切事物的最终结果，这也是上帝赋予我们的能力。当然，如果上帝真的这样启示我们灵魂不会同身体一般停止存在，如果真的是这样，我们当然深信不疑。但是，这只是信仰的问题，而不是从哲学本身的角度来相信这一切的。如果我们研究了这么长时间，还要回到信仰的层面来解决问题，那么，哲学研究就没有任何意义了。
灵魂与肉体的区别
笛卡尔二元论把灵魂和肉体第一次尖锐地对立起来。笛卡尔所说的灵魂是指独立的纯精神体，和肉体是根本不同的两回事。例如，笛卡尔说，当“我”在怀疑我的肉体是否存在时，“我的精神”之存在是无可怀疑的。笛卡尔认为，如果不能很清楚地把灵魂和肉体区别开来，我们就不能很好地认识“灵魂和肉体”、“物质和精神”；有一种传统观念认为，“物质能够思维”，笛卡尔认为要从根本意义上反驳这种观点，我们就必须对灵魂和物质进行明显的区分；笛卡尔的第一哲学就是要证明上帝的存在和灵魂不死，如果不能把灵魂从它与物质或者肉体的混沌关系中解放出来，笛卡尔的第一哲学就无法展开。基于这三点，笛卡尔认为必须把灵魂和肉体区分开来。紧接着，笛卡尔又分别从怀疑的角度、从本体的角度、从三认识论的角度证明了灵魂和肉体之间的区别。总而言之，笛卡尔认为灵魂与肉体，一个在彼岸，一个在此岸，中间似乎隔着一道鸿沟。
笛卡尔二元论把灵魂和肉体第一次尖锐地对立起来。笛卡尔所说的灵魂是指独立的纯精神体，和肉体是根本不同的两回事。如笛卡尔说，“当‘我’在怀疑我的肉体是否存在时，‘我的精神’之存在是无可怀疑的。”当然，这并不表明笛卡尔认为灵魂是独立于肉体而单独存在，只是要说明：灵魂是不依赖于肉体而存在的。例如，笛卡尔又说，“没有肉体，灵魂不能自然地存在。”实际上，正如笛卡尔所说：“我领悟到灵魂和肉体有很大的分别，就肉体的本性来说，它常常是可以分割的，而灵魂绝对不能分割。的确，当我观察心灵或‘我’时，由于‘我’只是思想之物而已，我不能在‘我之内’有部分的分割，我领悟到‘我’根本是单一的整体。虽然‘我’和肉体互相结合，但是我的肉体被削去一足或一臂或任何其他的部分，我不知道我的心灵会有什么损失。……这件事实，已足够证明灵魂和肉体是完全不相同的。”也就是说，当我们还不知道肉体是否存在时，我们已确知精神存在，并且还拥有灵魂的观念，这不但说明灵魂与肉体是互相独立的，而且还是彼此对立的。总而言之，笛卡尔认为灵魂与肉体，一个在彼岸，一个在此岸，中间似乎隔着一道鸿沟。
那么，笛卡尔为什么把灵魂和肉体，精神和肉体区分开呢？一般来讲，笛卡尔之所以将灵魂和肉体、精神和物质区分得这么明显，主要有以下几方面的原因：
首先，如果不能很清楚地把灵魂和肉体区别开来，我们就不能很好地认识灵魂和肉体，物质和精神。笛卡尔在《哲学原理》中说，“自从幼年时期，我就把精神和肉体领会为一个东西，进而把许多东西合成为一个，把他们当成一个东西，这基本上是所有不完满的认识都应该有的弊病。这就是我为什么会不厌其烦地把它们分开，并且通过更确实的检查，把它们更确切地分开的原因。”在这里，笛卡尔认为，我们在幼年时代，由于过分沉湎于自我的感觉，曾一度把主观的感受和客观的存在当成一模一样的物体加以接受，因此难免会在脑子里面形成很多错误的判断。相应地，我们在理解纯粹理智的东西时，也总是把它们当成物质性的东西来加以领会。这样就使我们对精神和物质有一个混淆的认识。为了祛除这些在我们脑子里由来已久的偏见或者错误，我们有必要对理智和物质，灵魂和肉体有一个更加清楚的认识，而要对它们有一个更加清楚的认识，我们就不能重蹈覆辙，首要任务就是要把它们区别开来，只有这样我们才不会再犯儿时的错误，才能对它们有一个正确的认识和理解。
例如，笛卡尔又说，“全部人类知识不是别的，就在于把这些概念区别开来，然后把其中的每一种正确地归于它们用于的事物，因为当我们用一个不适合的概念来解释一个难题时，我们不可能不犯错误。相应地，如果我们用一种原始概念去解释另一种原始概念时，我们也难免不犯错误。因为他们都是原始的，它们的每一个只能根据它们自身来理解，而不是靠其他的概念来解释。”在这里，笛卡尔所讲的原始概念就是指那些本源的概念，能派生新知识的概念。笛卡尔的这句话我们可以这样理解，如果我们不能把肉体和精神明显地区别开来，我们就会拿着物质的概念去解释精神，从而把精神和物质混淆在一起，从而在我们的脑子里形成偏见，形成错误。这是我们形成错误的最根本的原因。
其次，有一种传统观念认为，“物质能够思维”，笛卡尔认为要从根本意义上反驳这种观点，我们就必须对灵魂和物质进行明显的区分。有人认为，物质是能够思维的，思维也是物质的一种特性。笛卡尔认为这种观点非常荒谬。他认为，思维不仅与肉体毫无关系，而且是一种独立于肉体的活动。笛卡尔说，“我从来就没有看见过，也没有了解过人的肉体能够思维，而且看到并且了解到同一的人们，他们既有思维，同时又有肉体，而且我认识到这是由于思维的实体和物质性的实体组合到一起所造成的。因为单独考虑思维的实体时，我一点都没有看到它能够属于物体，而在物体的本性里，当我单独考虑它的时候，我一点也没有找到它的任何东西是属于思维的。”当然，笛卡尔反对“物体能够思维”并不是对物质和灵魂的统一的绝对否定。相反，笛卡尔认为，物质和思想是紧密地联系在一起的两个概念。但是承认“物质和精神是结合在一起的”并不能立即把它们等同起来，认为“物质就是思想”或者“物质能够思想”。所以还是应该把物质和思想分开来看，人们认为“物质和思想是等同的”或者“物质能够思想”的概念都是错误的。
