很快，花房义质知道了发生在“旭日丸”上的冲突：事件造成包括船长在内，15名日本船员受伤，6人伤势严重，船只已被扣押。
花房非常吃惊，只能赶去求见夏云桐，指控其手下野蛮无理，要求惩治相关人等，尽快放船出港。
夏云桐表示这一定是场误会，对受伤的船员表达慰问，并且答应一定会详细调查、严肃处理，尽快拿出一个令人满意的答复。
见他表态积极，花房义质才感觉好了一些。
可是到了晚上，调查结果没出来，却等来了岩崎弥太郎，说不但未归还旭日丸，连名古屋丸、伊吕波丸和千岁丸三艘船也被扣了，理由都是千奇百怪，要么是船上的大副污辱了搬运工的妻子，要么是有个船员欠下赌债不还，反正一艘船都走不了。
这完全打乱了三菱的运输计划，岩崎一脸的惶急。
花房义质顿感不妙，这时若还没看出不对劲，那就太幼稚了，一艘是意外，四艘就是刻意了。
他再次前往元首府，但却吃了闭门羹，说是元首身体突然不适，不宜见客。
这下花房真的慌了。
他连夜召集会议，桦山资纪、别府晋介等都认为夏云桐一定是听到了什么风声，知道皇军已经出动，因此坐地起价，借机扣船想再勒索一把，实在是可恶，可恨，可杀！
众人正在大骂，只有水野遵突然问花房义质：“当初是怎么回事，你们真的确信这夏云桐会与帝国合作？”
大家顿时一阵寂静。
是啊，凭什么相信这个人呢？
只是这若是精心的骗局，那对方的胆量可就太大了，一个小小的清朝地方官，敢玩弄欺骗整个日本帝国，难道不怕报复吗？
这难道是一个正常人的思维吗？
而且对方怎么可能一开始，就能预判到今天的发展呢？
对清王朝稍有了解的，都会知道这个国家的官员是多么的愚昧无知，颟顸贪婪，真会有这样阴险狡诈、计算深远、神一般的存在吗？
这一切都太疯狂，太不可思议了，会议笼罩在一片诡异的气氛里。
但是大家马上就不得不信了，岩崎满头大汗地进来，报告了一个新情况：
轮船“龟田丸”不知道港内发生了什么，仍按原计划驶入了基隆港，船上装着一批弹药、建材，甚至还有战马，当场就被严阵以待的义勇军给控制了。
此时港内已经集结了数百名全副武装的军人，就是白痴也看得出来什么意思。
花房义质冷汗直冒：“这简直是瓮中捉鳖啊，港内消息出不来，港外的人又不知道，一个个自动撞进网里。”
桦山资纪怒道：“事到如今，说什么也无济于事，我们立刻撤离此地，那姓夏的小人会后悔的！”
这时涩谷荣一也赶来了，他说第一国立银行支行的门口，被人贴了一副偌大的对联：
“风声鹤唳鸟兽散，天罗地网无处逃。”
众人一听面如死灰，别府晋介大喊：“我们一定被盯上了，大家各自逃亡，赶紧传出消息，尽量减少损失。”
花房义质失了魂般回到了住处，想起初见夏云桐时，对方满嘴“大东亚共荣圈”如何如何，那副慷慨激昂的模样仍然历历在目。
“这人是个疯子”，他摇摇头，原本以为自己能立下不世奇功，在皇国历史上留下光辉的一笔，现在看是要留下笑柄了，即便逃回日本，也是千夫所指的奇耻大辱。
想到这，他万念俱灰，连逃跑的欲望都没了，这时听到外面喧哗，一阵呐喊声过来，他索性闭上了眼睛……
与此同时，桦山资纪也在住处，被一群破门而入的士兵团团包围，面对七八个黑洞洞的枪口，他只能颓然放下手中的武士刀。
清水右兵卫和岩崎弥太郎都是被堵在了门口，束手就擒。
别府晋介则是企图反抗，腿上中了一枪。
水野遵眼看无法逃脱，想要剖腹自杀，结果被一拥而上的义勇军打晕了。
只有涩谷荣一化妆成老太太，居然逃过了围捕，直到企图登上客轮连夜出逃时，在码头被封锁的军官识破。
到了3月30日，包括第一国立银行、三菱商行、仓田屋在内，几乎所有的日本企业商铺全部被查封，资产被没收，加上被扣押的五艘轮船以及相应货物，总价值数千万日元，一夜之间被夏云桐全部拿下，大批日本商人、浪人被驱逐，日本在淡水厅经营许久的势力，几乎被一网打尽。
甚至到了31日，又有一艘日本轮船“健顺丸”入港，这已经是第六艘，不过之后就没有轮船进来，也许是后续的轮船总算发现了异常。
夏云桐下令将六艘轮船连同货物，全部转运到沪尾港！
31日，夏云桐向基隆城发布公告：
日本帝国已经入侵台南，很快也会入侵基隆，到时候难免烧杀抢掠，为避免悲剧发生，要求全部居民弃城南撤，退到月眉山南侧，那里已经兴建了大批居民点，可以进行临时安置。
同时要求基隆居民尽量带走一切物质，不给敌人留下一粒米、一根柴草。
夏云桐知道等日本政府反应过来，大举进攻，还有一段时间，但现在就开始撤离，时间上会从容许多，等敌人攻进来，发现只是一座空城，表情一定会很忧伤。
他还向上海发电，让郑观应联络《申报》，准备刊登重磅新闻。
身处台南的日本远征军，对于远端发生的事情一无所知，西乡从道只是感到奇怪，按照计划，这几天应该会有轮船送来补给，为什么到现在一艘也看不到。
当地番民也已经知道日军登陆，惊惧不已，瑯峤十八社的大头目周劳束，率领小麻里社、蚊蟀社、龙兰社、加知来社等，前来问候日军，并手捧牛、鸡示好，唯独不见高士佛社和牡丹社，正是这两社被日军认定为凶手。
4月1日，西乡从道不愿傻等，命令部队“进剿”。
日军兵分三路，分别由少将谷干城、少将赤松则良、中佐佐九间左马太率领，越过四重溪，向牡丹社出发。
4月2日，中路谷干城一部在石门，与埋伏在此的牡丹社、高士佛社发生激战，杀死了许多番人，击毙了牡丹社酋长阿禄父子，日军也有数人阵亡。
到了4月4日，牡丹社与高士佛社终于派人来求和，声称原先杀死渔民，只是误以为他们是汉人，还把所有的责任都推到了失去的阿禄父子身上。
这些番人既没有中国人或清朝人的概念，甚至也没有台湾人的概念，见日军势大便曲意逢迎，愿意听从日本帝国的命令。
