虽然钱谦益早有一妻二妾，但自从得柳如是后，对她尊敬有加。柳如是拥有巨大自由，婚后也经常穿儒服，出厅接待四方宾客，谈吐慷慨，钱谦益常在人前呼她为柳儒士。豪士李待问，曾与柳如是有深交，他们分别之时李待问曾赠送柳如是玉篆“问郎”一印作纪念。1643年，钱谦益在南京大宴宾客，柳如是听说李待问在座，取出那枚珍藏已久的玉印，让侍女送还给李待问。柳如是了断了这一段情缘，却不料这竟是永生之别。
晚明局势动荡，崇祯十七年三月十九日，李自成攻破北京城，崇祯帝手刃骨肉，在煤山自缢而亡。国君虽殇，拥立新君为当务之急，南京作为明朝的陪都，拥立新君的活动就在这里展开了。崇祯帝的三个儿子都随着北京沦陷而下落不明，地位较为尊贵的几个藩王之中，惠王、桂王和瑞王都远在西南，只有福王和潞王近在咫尺。钱谦益听说，自思平生所学实不下那些官员，他耐不住寂寞，想有一番作为，极力前往。
钱谦益急于求成，先暗中推举潞王，与拥戴福王的马士英不合，到福王朱由崧做了小皇帝时，他又为了保命，上疏颂扬马士英的功劳，马士英这才引荐钱谦益为礼部尚书。钱谦益又推荐阮大铖，阮大铖遂被提为兵部侍郎。得意的钱谦益携着柳如是前往南京就职，柳如是冠插雉羽，身穿戎服骑马入国门，钱谦益自谓：“好一幅昭君出塞图也。”
偏安一偶的南明弘光小朝廷诸臣沉湎酒色、醉声梦死，或争权夺利、互相倾轧。柳如是旧日情人陈子龙也被弘光朝廷招用，他曾上书防江之计，但未被采用。清兵扫荡江浙，弘光朝很快覆灭。柳如是听到此消息后，痛苦不已，又想起梁红玉，认为自己这一生定不能像梁红玉一般擂鼓助阵了。她感到绝望，想以死殉节。当晚，柳如是在家中水池边设一酒席，邀请钱谦益。酒过半晌，她手指池水，举杯向钱谦益说：“此时应当取义全节，以副盛名。”钱谦益听到年轻的夫人从容不迫说出此话，他面有难色，犹豫地说：“水太冷，奈何。”柳如是本想钱谦益应与她心意相通，但看到钱谦益举棋不定，她深绝望。未曾叹息，她毅然转身朝水池投去。钱谦益没有料到妻子竟真的投水，心慌意乱中幸好及时拉住了柳如是，柳如是没有死成。
1645年，清兵攻陷南京以后，松江陷落之时，李待问守城，城破而李待问不屈死，终被清兵杀害。陈子龙也在松江，但因为祖母尚在，为了躲避清兵的追杀，他躲到嘉兴水月庵为僧。明亡后，钱谦益与赵之龙率先迎降清师。柳如是看着钱谦益喜色融融，心冷如死灰。钱谦益忙着准备行装到北京觐见新主，听候任命，他本想携柳如是一同前往，但柳如是冷然拒绝，不愿随君北上，做降臣之命妇。钱谦益到了北京，清王朝也只复原他在崇祯朝的官秩，命以礼部侍郎管秘书院事，充修《明史》副总裁。钱谦益做了半年，实在难以忍受做降臣的羞愧滋味，终以疾病告假，从京师回到家乡。
柳如是对待已别半载的钱谦益非常冷谈，昔日的欢声笑语、幸福时光再也不曾出现，钱谦益自知有愧，也不敢发怒。有时想到半生失意之时，钱谦益自恨道：“要死，要死。”柳如是听说，立刻叱道：“君不死于乙酉之变，而死于今天，太晚了。”钱谦益无话以对，低头不敢看柳如是。不久，钱谦益邀柳如是到苏州游玩，那时恰是春天，佛水山庄的池水清澈可爱，钱谦益兴致来时，想脱鞋洗脚，柳如是站在一边看见此举，冷笑地道：“你以为这是秦淮河的水吗？”钱谦益又羞又窘。
明虽亡了，但陈子龙依然为复明奔波。他在松江一带联络志士，但不幸变乱为清兵俘获，而后被押往南京受审。途径松江时，陈子龙投水而死，年仅四十岁。柳如是听到噩耗，身心俱碎。她承受不住国家破亡夫君变节，不久生了大病，卧床不起。谁料此时，已回到常熟家中的钱谦益又被牵连到黄毓祺抗清复明的案件中，钱谦益被带入南京狱中。柳如是闻知此事，虽不知钱谦益为何被牵涉，但她毅然不顾病体，冒死赶到南京。她一面上书代钱谦益死，否则从死，一面四处奔波，寻找在清廷中有势力的官员。钱谦益在狱中四十天就被放出。出狱后，看到面容憔悴，但精神尚好的妻子，钱谦益流下眼泪，大叹一声：“恸器临江无壮子，徒行赴难有贤妻”，白发萧萧的钱谦益握住青发如丝的柳如是的双手，感激之情永怀心中。
柳如是在三十岁那年生下一女，隔年钱谦益的儿子生下一子，他们晚年得女得孙，儿孙承欢膝下之时，柳如是不忘劝告夫君为复明奔走。钱谦益也自觉有愧，晚年更积极联络郑成功和南明永历势力共商抗清大业，虽然都以失败告终，但世人也逐渐原谅了他。
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