出国前，清政府曾经指定这些学生弘文学院毕业后，一律进修高等师范院校。然而，将在外，君命有所不受，除了许寿裳和钱家治（钱学森的父亲）以外，大家都改选了他科。鲁迅既不愿意进军事和师范院校，更不想搞警察法政。这时，弘文学院一个关心中国学生的江口老师劝鲁迅和同学们改入医校。他介绍说，日本的医学质量在世界上比较先进，学校很多，可能有一些很好的留学生名额。
江口先生的话令鲁迅很动心。他曾经阅读了大量的史书，了解到日本的明治维新及近代自然科学的发展就是从向西方学习医学开始的。这一史实对正在寻求救国道路的鲁迅很有启发。另外，他在少年时代亲眼目睹了庸医误人的情形，那些千奇百怪、闻所未闻的“药方”、“药引”和父亲终于被治死的结局给他带来了永久的精神创痛。年轻的鲁迅还有一个梦想，他希望“将来能够救治像父亲似的被误病人的疾苦”，为同胞治病出力。当时，国家形势动荡，“战争时候便去当军医，一面又促进了国人对于维新的信仰”。
鲁迅一直蔑视头上顶着一个高高的“富士山”、整日浑浑噩噩的清朝留学生。就像当初迫切地离开“S城人”那样，他现在盼望着去一个没有清朝留学生的学校学习。于是，他决定报考仙台医学专门学校。
1904年9月，鲁迅离开东京，来到了日本东北部一个偏僻的小市镇——仙台，入仙台医学专门学校学习。这所学校从前从未招收过外国留学生，鲁迅一来，马上成了仙台市的新闻，地方报纸报道了这一消息。鲁迅受到了优待礼遇，不但学校不收学费，几个职员还为他的食宿操心。
鲁迅一到仙台，便静静地住在了监狱旁边的一家客店里。主人佐藤喜东治曾是一个有名的武士。如今已是年近六旬的老人了，很喜欢这个来自中国的年轻人。然而，客店的住宿条件很恶劣，又包办囚犯的饭食。学校的一位老师藤野先生帮助鲁迅联系了另外一家条件比较好的客店，再三催促他搬进去。不久，鲁迅珍藏起佐藤老人送给他的一把白壳日本短刀，离开了这家客店。
甲午战争之后，日本对中国越来越蔑视。1904年，日俄战争爆发，日本掀起了一阵阵军国主义浪潮，占据这个博大而贫弱的中国的野心愈发显露出来。无论在东京，还是在仙台，中国人都受到了公然的歧视。但也有一些善良、正直的日本人以无私的友谊温暖着鲁迅这个异国青年的心。严师和朋友藤野先生尤其令鲁迅终生难忘。
藤野先生是福井县人，1901年仙台医专成立时，他就来任讲师。鲁迅到校时，他已经是教授了。他在少年时期曾经跟一位藤坂先生学习汉文，窥见了中华文化的博大精深，从此很尊重中国，“也就觉得对那个国家的人也应该高看的”。因此，他关心这个来自中国的留学生。第一次上解剖学课时，他就仔细地端详了鲁迅。他注意到“周君身材不太高，圆脸，很聪明的样子。他当时的气色看起来也像很健康”。
与此同时，鲁迅也在静静地观察着这位走进教室的陌生的教师。他黑黑瘦瘦的，八字胡，戴着眼镜，腋下挟着一叠大大小小的书。一把书放在讲台上，便用缓慢而有顿挫的声调，向学生介绍自己道：
“我就是叫作藤野严九郎的……”
后面有几个人笑起来了。他们是由于学年考试不合格而插在班里的留级生，对严厉的藤野先生一直心怀不满。
由于仙台医专全日上课，共开设伦理学、生理学等8门课程，其中解剖学和组织学这两门课程，名词全是德语兼拉丁文。全校没有教科书，上课时，老师在前面朗读，学生在下面拼命地记，这样也难免经常疏漏。鲁迅对这种紧张的学习感到压力很大。
藤野先生了解这种情况，很关怀鲁迅的学习。开课一个星期以后，他把鲁迅叫到研究室，问道：
“我的讲义。你能抄下来吗？”
“可以抄一点。”
“拿给我看看。”
鲁迅把笔记本交给了藤野先生，过了两三天，便发回了。鲁迅打开讲义，不禁大吃一惊，同时也感到一种不安和感激。原来，他的讲义已经从头到尾，都用红笔涂改过了，不但增加了许多脱漏的地方，连文法的错误，也都一一订正。从这以后，藤野先生每周都让鲁迅送来笔记，进行修改，一直到他所担任的课程结束。
藤野先生是一个严谨的先生，对谁都一律严格要求。一次，他在检查鲁迅的笔记时，发现了一处极不易察觉的错误。他便把笔记还给鲁迅，翻开一页，指着图，和蔼地说：
“你看，你将这条血管移动了一点位置。自然，这样一移，的确比较好看些，可是解剖图不是美术，实物是那么样的，我们没法改换它。现在我替你改好了，以后你要全照着黑板上的样画。”
鲁迅恭敬地答应了，心里却想：“图还是我画得不错；至于实物，我心里记住就是了。”
然而，这段教诲却令鲁迅久久不能忘怀。许多年以后，鲁迅成长为著名的文学家，回忆起当年的情景，藤野先生那严肃的面庞和饱含着关怀的话语仍历历在目。他那严谨认真的治学态度，仁厚博大的学者胸怀深深地影响着年轻的鲁迅。在仙台医专的两年里，藤野先生在学习、生活、心灵上给予了鲁迅各种无微不至的关怀。他的形象伫立在鲁迅心中最神圣的地方，在别后的岁月里，仍时时鼓舞鲁迅莫负厚望，竭力奋争。20多年以后，鲁迅满怀深情地写下了《藤野先生》一文，结尾写道：
每当夜间疲倦，正想偷懒时，仰面在灯光中瞥见他黑瘦的面貌，似乎正要说出抑扬顿挫的话来，便使我忽又良心发现。而且增加了勇气，于是又点上支烟，再继续写些为“正人君子”之流所深恶痛绝的文字。
在藤野先生的精心指导下，鲁迅第一学年取得了令人满意的成绩，总平均成绩在及格以上，名列全体142名学生中的第68名。这对一个外国学生来说，已经是很不容易的事了。
这个中等成绩使一些深受军国主义思想影响的日本学生心中愤愤不平，他们认为，“中国人是低能儿，能取得这样好的成绩吗？我们日本人都可能留级，周树人却顺利地升级了。一定是预先从藤野先生那里获得了考试题……”
一些歧视中国人的学生开始在背地里窃窃私语。一天，鲁迅同级的学生会干事来到鲁迅的房间里，要借用他的笔记。鲁迅对同学一向平易近人，便借给了他。没想到这位学生会干事打开笔记，随便翻了翻，当场就还给了他，什么也没说就走了。鲁迅心中暗自纳闷。
不久，鲁迅就接到了一封匿名信，第一句就是：“你改悔罢！”
当时正值日俄战争，一向主张和平的俄国沙皇向日本天皇写了一封信，信中引用了《圣经新约全书》上的这句训诫。相当一部分日本人对此感到不满。如今，却把它用到了给鲁迅的“训诫”中。这句警告之后，信中用大量篇幅诽谤鲁迅因为事先得到了藤野先生的指导，才取得了好成绩。
气愤无比的鲁迅突然想起了几天前召开全年级学生会议时，学生会干事在板上写通知，最后一句是“请全数到会勿漏为要”，而且在“漏”字下边特别加了一个着重号。鲁迅那时只觉得可笑，现在才恍然大悟，原来是在影射自己因为藤野先生“漏”了题才考得不错。
事实上，在第一学年的考试中鲁迅各科成绩均在及格以上，只有藤野先生教授的解剖学得了59分。这样低的成绩竟被认为是用不正常的方法偷窃来的，这不仅仅是对自己人格上的侮辱，而且是对全体中国人的歧视。作为一个贫弱国度的子民，是不可能受到别人的尊敬的。倔强而深爱着祖国的鲁迅遭受着精神上的打击和折磨。
鲁迅在极度寂寞和压抑中，想起自己刚来仙台时一口气读完的《黑奴吁天录》一书。那时，只知道同情美国黑人的解放斗争；今天，切身的遭遇使他联想起自己和清贫的祖国，不也一直在为获得起码的人格和国格的尊严而奋争吗？强烈的民族感情使他觉得与被压迫国家和民族之间息息相通。他特别喜欢俄国、捷克、波兰和巴尔干一些国家的文艺作品，从中了解到了民族解放斗争的热潮和国内下层人民的反抗生活。大量的阅读中，他体味到了优秀的文学作品对改造人的精神能够产生不可忽视的作用。
在紧张的学习和寂寞的生活中，鲁迅从来没有读死书，他始终热忱地关心着祖国革命运动的发展。在他学医的两年里，世界局势风云突变。日本在对俄战争中，取得了决定性的胜利，占领了中国东北大片领土。日本国内蔑视华人的风气愈来愈浓厚。大清帝国处于风雨飘摇之中。在中华民族生死存亡之际，无数仁人志士携起手来，共担历史重任。1905年8月，中国同盟会在东京成立，领导人民进行民主革命运动。从帝国主义手中收回筑路权、矿权、抵制洋货的革命斗争在中华大地上风起云涌。革命派报纸《民报》创刊后，大力宣传民主革命思想，它的热心读者鲁迅时刻关注着革命派与保皇派的《新民丛报》的激烈论争。1905年11月，浙江的光复会骨干分子陶成章、徐锡麟、范爱民、陈伯平、马宗汉等人为了准备起义，来到日本。鲁迅于一年前就已加入光复会东瀛分会，今天得到邀约后，特意从仙台赶到横滨迎接战友的到来。这一行动表明了鲁迅对光复会的坚决支持。
革命浪潮激涌翻腾，战友们纷纷采取革命行动，关注着祖国前途和命运的鲁迅早已无法专心致志地躲在仙台学医；自己的亲身经历使他无法忍受日本、军国主义者对中国人人格的侮辱。身在异国的鲁迅保持着沉默，他仿佛在积蓄着什么……
第二学年，学校增添了细菌学课程。上课时，老师用幻灯片来显示细菌，当第一个段落已完而尚未到下课时间的时候，老师便放一些时事或风景片。鲁迅和同学们坐在黑暗中，静静地欣赏着。突然，银幕上出现了一个中国人，鲁迅顿时睁大了双眼。只见这个衣衫不整的同胞被五花大绑，走在一群耀武扬威的日本军人中间。原来，他是给俄国人做奸细，将被斩首。日本人把中国古老的“杀一儆百”的理论反过来用以对付中国人。幻灯片特意用大幅画面表示周围观看斩首的一群中国人。他们个个面无表情，麻木而茫然，仿佛眼前发生的事情与自己毫无关系……
就在这时，鲁迅的耳边响起了一阵欢呼声：“万岁！”教室里立即弥漫起浓郁的军国主义气氛。置身于这一片高亢的欢呼声中的鲁迅如坐针毡，他心中又气又恨。他气愤的是，日本军人如此残酷地屠杀中国人民并以此为乐；他又为自己的同胞受人鱼肉却浑然不觉、麻木不仁而愤恨。他的心再也无法平静。远离友人的鲁迅寝食难安，他经常独自走进山林，或者一个人躺在校园的草坪上，望着异国的青山，他想起祖国的秀丽河山正在蒙受着耻辱，正在从她那一道道深深的伤口中流淌出汩汩鲜血……风卷浓云翻腾在碧蓝的天空，他想起祖国大地上正激涌着一阵阵革命的浪潮……自己自从少年时代受人白眼，到南京初步接触新思想，直到在日本求学，领受日本人的蔑视，那封“你改悔罢！”的匿名信，又到今天，亲眼看到了国人的麻木。往日就像一幅幅画面重新映现在他的眼前，“寄意寒星荃不察，我以我血荐轩辕”的诗句又回响在耳边。如何拯救病弱的祖国呢？医学真的能促进中国社会的改革吗？同胞们麻木的神情像一支利剑击碎了鲁迅“医学救国”的美梦。他清醒地意识到：医学对于中国，并非第一要紧的事。凡是愚弱的国民，即使体格如何健全，如何茁壮，也只能做毫无意义的示众的材料和看客，病死多少是不必以为不幸的。所以，我们的第一要义是改变他们的精神，而善于改变精神的，当然要首推文艺了。于是，鲁迅下定决心，投身于文艺运动。
放春假时，他照例来到东京看望好友许寿裳，把自己的打算告诉了好朋友：
“我决计退学了，想学文艺。中国的呆子、坏呆子，岂是医学所能治疗的么？”
1905年6月，鲁迅勉强学到了第二学年的终结。他来到了两年以来一直无微不至地关心着自己的藤野先生的家中，把自己将中途放弃医学、离开仙台的想法告诉了他。藤野先生听了以后，脸色有点悲哀，似乎想说什么话，但终于没有说。看着藤野先生这副又失望又悲哀的样子，鲁迅心中颇有些不忍，为了安慰藤野先生，他赶紧撒谎道：“我想去学生物学，先生教给我的学问，也还有用的。”藤野先生一下子信以为真。但他仍叹息着，把自己的一张照片赠送给这个不知何时才能再相见的心爱的学生，在背面写上“惜别藤野谨呈周君”的题词。“惜别”一词正是师生二人共同心情的生动写照。鲁迅一直珍藏着这张照片，后来把它挂在了北京寓所桌对面的东墙上。多年以后，仍时时地凝视着尊师的照片，上面那黑瘦的面貌仿佛在时刻鼓励自己不懈地用笔战斗下去。他由衷地说：“在我所认为的我师之中，他是最使我感激、给我鼓励的一个。”
1906年6月，鲁迅离开仙台，去东京开始新的人生旅程。在途经水户时，他特意下车瞻仰了明朝末年的学者、反清志士朱舜水的遗迹，实现了自己的多年夙愿。决定弃医从文，是鲁迅人生路途上又一次具有决定性意义的转折。就在他磨刀砺剑要大干一场的时候，“终身大事”降临到了他的头上，一场无奈的婚姻给他年轻的心灵，也给他的一生蒙上了一层浓郁的阴影。
