旧时的清华学校有一特殊现象：职员的地位高于教员。这是由于学校归外交部管辖，校内的许多职员原本是外交部的官僚，其来头比一般教员要大，他们掌控着学校的实权，在工资和生活待遇上往往高过教师。当年校内的称谓乃是“职教员”，也可谓实至名归。罗家伦来校后发现，“职员人数过多，地位权力太大”，职员数比国内其他高校几乎多出一倍，职员薪金竟有每月四百元者，高于多数教授的收入。尤有甚者，作为“清华最高机关的评议会及各委员会，其中主要成员，大多为各部职员，而非各系教授”。从近代大学的“通例”来看，这无疑是本末倒置。他随即裁撤冗员，将职员数由九十五人减至七十二人，当年度职员薪水总额实际削减一万五千九百余元。与之相应，有效地改善教授待遇，一定幅度的上浮教师薪水，拟定正教授的薪俸以三百六十元至五百元为度。罗家伦意识到，“清华要想吸收一部分人才，势非亦改善教授待遇不可”。不仅如此，他在到校两个月后便召开了第一次教授会，同时选举评议员，以便组成新的评议会，从基本体制方面推进教授治校。经过这样一番转换，原先的“职教员”也就渐渐地改称“教职员”了。
冯友兰所说的罗氏在清华推行“军事化”失败得最彻底，是指罗家伦到校半年内对学生厉行军训，虎头蛇尾，最后不了了之的情况。罗氏在清华最终落得“恶名”，与这一败笔大有关联。清华的资金来源独特而雄厚，使得那个时代的该校学生每人每年要耗用校款约一千二百元，而同时期的北京大学和东南大学的学生每年耗用的校款仅约三百元，社会上视清华为“贵族学校”也就不奇怪了。罗家伦所提出的“平民化”，显然是有的放矢。然而，清华学生活跃而又具有实力，他们在罗家伦来校前夕晤谈时希望他“办学以学生为中心，尊重同学意见”，罗答称：“办学当然以学生为前提，同学正当意见极愿采纳，惟当避巴结学生之嫌。”所以对学生提出的“全体免除学费”的要求，他未能接受，主张“学费照收，收后保存，专用于津贴贫寒的优秀学生”。而事实上，罗到校后还是部分的满足了学生们的要求，将每年四十元的学费减为二十元。不过，即使这样，学生们似乎也并未领情，两年之后，校学生会代表大会进而要求“校务会议”（已暂无校长）将学费减至每年十元，甚至“请求毕业后不问成绩优劣，免除入学试验，径入研究院肄业”，致使维持局面的校务会议“殊穷于应付”。面对如此强硬的学生壁垒，罗家伦的厉行军训计划难免要一败涂地了。
迄今所见有关罗家伦在清华组织军训的记述，几乎都像是一幅漫画：校长、教务长等身着军装，足蹬马靴，指挥着一队队慵懒而不甚情愿的学生，稍息、立正、开步走！本来文绉绉的师生偏要模仿赳赳武者的威猛，看上去滑稽又荒唐。而实际上，这样的军训活动也确乎发生了“正戏反唱”的效果，非罗氏意料所及。当军训刚刚开始两周的时候，罗写给学校董事会的报告称：“大学实行军事训练，为全国教育会议通过的议案，也是政府教育的方针，同时又是清华学生的要求和家伦个人的主张。目的在养成学生守纪律，重秩序，整齐严肃，能令受命，坚忍笃实，急公好义的生活与品性。每周除操场演练、野外演习外，并授以军事学科。日常生活，亦略仿军营，分全校为四个队，每队设队长一人，上置大队长一人。队长与学生共同生活，早晚点名，按时作息。男生敬礼起居休假等，均须有一定规则。平时一律穿着制服，女生另亦有规定制服样式。家伦个人与教务长在校亦常着制服以为表率。”显然，罗家伦挟“国民革命”的余威，带着一路北伐的征尘，以少将军衔的身份入主清华园，在那“革命思潮澎湃之秋”，他还沉浸在“战场政治”的思维之中，自然要给处在“转型期”的清华师生注入某种活力。
可是，学校不同于军旅，学生有别于士兵。在今天的人们看来，作为大学校长的罗家伦竟犯下如此“低级错误”，殊不可解，这与他的恩师蔡元培在北大的一番作为实在是不可同日而语。然而，我们却惊异地发现，罗家伦在清华厉行军训的做法，与蔡元培的思想主张有着清晰的内在联系。且不说蔡先生在北大组建“学生军”的壮举，即在“北京大学的改革”实际上已经落幕，蔡远走欧洲的1924年冬，他在写给罗家伦等人的信中谈到“救国问题的根本解决之计”时，明确主张：“此事非普及平民教育，于普通简易教育中参入军事教育，不能收效。入手办法，只能先从在校学生训练起。若在校之教员、学生均了解此义而实行之，则由学校而推及商工农社会，十年二十年以后，或可达到目的。”在此，人们看到了蔡元培自清末以来一以贯之的军国民教育思想的底蕴。罗家伦所说的大学实行军训乃全国教育会议通过之议案，而此次会议的主席即是蔡元培。后人评说罗氏军训之举全在推行“党化教育”，多少有些简单化和偏于从政治评判上立意。
清华军训这出“喜剧”的主要节目乃清晨六时开始的早操，最初学生们尚觉得新鲜有趣，可是冬季来临，夜长日短，受训者也就不胜其苦。校方宣布，早操无故缺勤记小过一次，三次小过为一次大过，三次大过便要开除。据说，已经被北师大录取的张岱年仰慕清华之名，投考进入清华，偏偏遇上严格的军训，不堪辛苦，改奔北师大去也。在同学中具有“名士”做派的沈有鼎起居散漫，早操缺勤累计已达八次，临界开除之际，忽传早操取消了，有如得了“大赦”一般。罗家伦的军训实在推行不下去，勉强硬撑了两个月，只得草草收场，不了了之。这样的结果，使得罗校长在学生中的声名增添了不少负面效应，以至被视为其后来遭驱逐的一个“远因”。
与在军训问题上不得不“妥协”相反，罗家伦在清华上演的一幕“大戏”——基金妥善保管和“专辖废董”抗争中则经过顽强地高层运作，以元气淋漓的表现而大获成功。1929年4月，清华大学董事会否决了罗家伦提交的学校发展规划和相关预算，罗断然辞职，其辞呈中抱怨：“清华为教育、外交两部所共管，已有两姑之间难于为妇之苦，今更加以董事会，则一国三公，更有吾谁适从之叹矣。”很明显，清华的这种特殊管理体制已经构成学校发展的瓶颈，必须从根本上加以破除。在这一点上，校长、教师和学生的诉求完全一致，师生的代表从侧翼助阵，而中心攻坚的角色则非校长罗家伦莫属。他已下定决心：“要以我的辞职，换取清华基金的安全与独立，和清华隶属关系的正规化。”他首先于辞职当日，在上海各大报章发表长篇谈话，向社会各界披露权威的会计师事务所对清华基金的查账结果，其舞弊、贪污和流失的严重情况，引起朝野震惊。行政院急令教育、外交两部会商此事。会前，罗家伦向美国驻华公使通报清华基金的实情，进而提议该基金由中美人士合组的中华教育文化基金董事会代管，主权属于清华，支配权归属教育部。这样，即使基金摆脱了长期由外交部官僚把持的局面，也避免了基金由校长支配所带来的误解，对此美国公使欣然认同。于是，两部会商顺利通过了这个方案。至于促成清华专辖教育部，罗家伦意识到，在行政院会议上，教育、外交两部的部长为避免争持，极可能采取折中办法而于事无补。为此，他巧妙地绕过行政院，向教育、外交两部部长均不出席的更高一级的国务会议成员戴季陶、陈果夫说项，由二人联名提案，罗又事先争得蒋介石、谭组庵、孙科三位与会大员的首肯，致使清华专辖教育部的议案在会上一举通过。至此，两部共管所产生的清华董事会也不复存在。
对于自己所采取的这种“非常手段”，后来罗家伦曾有一番自白：“老于人情世故的人，开始就决不这样做。但是我不知道什么顾忌，人家对我的仇恨我不管，我为的是清华的前途，学术的前途。”不难看出，这是一个有担当、勇于任事的人所说出的话。难怪教育部长蒋梦麟在挽留罗氏请辞的训令中称“似此实心任事之员，实属不易多见”。就是后来执意反罗的清华学生在公开发表的文件中也不得不承认：罗氏“想要办一个完善的清华的诚心，我们不能说他没有”。从罗家伦上演的这一幕“大戏”的结果而言，最大的赢家除了清华自身，大概当属教育部了。由两部共管变为一部专辖自不必说，代管清华基金的中华教育文化基金董事会在1929年初业已完成了改组，其正、副董事长分别是蔡元培、蒋梦麟，而主导该基金会事务的则是胡适、任鸿隽等留美学者。民国教育界的主流力量，实际上促成了清华大学“体制上的回归”，而罗家伦无疑立下了汗马功劳。还在罗就任清华校长前几日，蔡元培曾致函给他，就治校方略发表意见说：“鄙意清华最好逐渐改为研究院，必不得已而保存大学，亦当以文理两科为限，若遍设各科，不特每年经费不敷开支，而且北平已有较完备之大学，决无需乎重复也。惟收束自当以渐耳。”此一方略是否高明和可行姑且不论，从中显现出罗氏背后的支撑力量却是再清楚不过了。
当然，理顺清华的体制并不必然意味着该校日后能够成为一流学府，更重要的是修炼“内功”，而这恰是罗家伦复职后一年时间里所孜孜以求的目标。据清华学生1930年的记述：“我们看到罗氏回校后到现在一年之内，建筑方面有生物馆、图书馆、气象台和学生宿舍的落成。教授方面，好的也聘了好多位，在数量上较以前是多了。课程方面比以前多了很多，经费方面总数虽较以前还少，但图书仪器的费用增加了很多”。令人惋惜的是，罗氏的办学进程因政治风云的突变而戛然终止。中原大战阎锡山控制北平，清华园驱罗风潮骤然而起，以罗的惯有风格与学生形成对立，局面遂无法挽回。
如果说罗家伦在清华卓有建树却不见容于当时校内师生的诡异现象，与他在（原）中央大学担任校长十年获致好评所形成的明显反差的话，那么同样值得注意的是，罗家伦执掌中央大学“功成名就”之后辞离这所最高学府的情形，也是充满了内心落寞和带有几分悲情色彩！
