桑托斯港是拉丁美洲最大的港口，它的吞吐量近年来保持了惊人的增长速度，增幅超过了20%，体现出巴西强劲的经济发展势头。
20世纪90年代末，由于巴西出口到中国的货物激增，以及巴西在拉丁美洲举足轻重的经济地位（经济总量占拉丁美洲国民生产总值的26%），尽管桑托斯港一期工程的招标价比其他港口高，仍吸引了不少国际港口和航运巨头，比如和记黄埔码头集团、新加坡港务集团、迪拜世界港口集团和马士基集团。
目前，桑托斯港口管理局计划扩建一个30公顷的集装箱码头，同时再建一个45公顷的集装箱码头。
随着巴西出口贸易量的不断向上攀升，该国最大的集装箱枢纽港桑托斯港的集装箱吞吐量，已经超过了阿根廷的布宜诺斯艾利斯港，成为南美洲集装箱港口的龙头老大。
但是，港口集装箱吞吐量猛增，却暴露出桑托斯港和巴西其他港口存在的一系列问题和隐患：码头设备陈旧，基础设施不足，装卸工具落后等等。据专家估计，桑托斯港和其他巴西港口的这些固有问题在短时间内将无法彻底解决，这对于正在迅猛发展经济的巴西无疑是一个沉重的打击。预计巴西港口的集装箱吞吐量仍将以20%-30%的年增长率继续向上攀升，2010年桑托斯港的年吞吐量将会达到到300万标准箱，这对于桑托斯港无疑是一个重压。
桑托斯港的码头线长达13千米，港口码头总面积达到500万平方米。但是，港口码头的发展却受到了过去20年间急剧扩大的桑托斯市内建筑和迅速蔓延的贫民简易房屋的严重阻碍。不少贫民简易房屋竟然渗入到了港区的集装箱堆场。本来用于扩建铁路线和高速公路预留的大片土地被居民房屋所占据，使通往桑托斯港的铁路和公路网络一时难以扩建、延伸和发展。来往于桑托斯港的集装箱火车，在穿过杂乱无章、行人乱走、儿童成群的贫民居住区的时候，不得不鸣号慢速前进，严重影响了桑托斯港口的集装箱正常装卸。桑托斯港口曾多次向巴西政府提出请求，要求早日拆迁这些违章建筑。但是，由于国内政治的原因，这些请求至今没有获得肯定答复。
拉丁美洲的港口经济学家指出，桑托斯港所以会遇到如此棘手的问题，关键是政府在过去几年进行城市建设时缺乏远见，违章建筑管理失控，港口土地管理法规不够健全。因此，当巴西政府采取货币贬值政策，促使巴西生产的汽车备件、鸡肉、猪肉、牛肉、糖、皮革、果汁、大豆等大量出口时，基础设施多年不变的桑托斯港就难以招架了。
总人口超过2000万的圣保罗市，每年要进口占全国总量26％的集装箱货物，出口占总全国总量28%的集装箱货物，都是从桑托斯港进出的。据估计，在2004年仅仅圣保罗市就大约有400亿美元的集装箱货物要从桑托斯港通过。
时至今日，巴西政府交通部才看到更新和扩建包括桑托斯港在内的各大巴西港口已成燃眉之急。巴西总统已批准拨款3．1亿美元，投资更新和扩建具有战略意义的桑托斯港的码头、公路和铁路等基础设施。另外再拨款6000万美元，开挖连通桑托斯港口T-37集装箱码头和圣保罗市铁路网络的隧道，这条铁路隧道的开通，必将大幅度提升桑托斯港的集装箱吞吐量。
目前，开发扩建桑托斯港的计划有：（1）把位于桑托斯海湾左面海岸的TGG粮食码头改建成3个集装箱码头。（2）把桑托斯海湾右面海岸的巴那比-巴格瑞斯地区开发为新的集装箱码头港区，从根本上解决同在右岸的桑托斯港集装箱码头和杂货码头场地紧缺的困难。（3）把同属于圣保罗州的圣赛巴斯迪亚杂货港，扩建成桑托斯港集装箱码头的一部分。（4）建造桑托斯港与圣保罗市联网的环港高速公路和铁路，缓和桑托斯港与圣保罗市之间的交通拥堵问题。
巴西政府打算通过吸收外资、民资，以聚集桑托斯港开发扩建工程所需要的大部分资金。巴西总统卢拉曾访问中国、日本等亚洲国家，与这些国家的有关部门积极讨论参与桑托斯港和巴西其他港口集装箱码头的投资、融资和控股开发的可能性。
桑托斯港确实需要大批外国投资商前来开发和扩建，但在巴西的外资投资、外资融资和外资控股法规还没有健全和到位之前，外商进入巴西参与投资扩建和新建集装箱码头的设想是难以实现的。因此，巴西政府必须率先拿出大批专项资金，以表明扩建桑托斯港的决心，同时，在集装箱港口码头的投资政策上要给予外资优惠，外资才会近悦远来。
桑托斯港集装箱码头在20世纪末的更新扩建工程完成之前，集装箱搬运费率曾高达每标准箱500-600美元，让不少远洋承运人望而却步。2000年以后，桑托斯港的集装箱搬运费率降至每标准箱190美元，该港的班轮新客户逐年增多，其中有以色列的以星航运、德国的汉堡南美航运、法国的达飞航运、日本邮船等等。同时，桑托斯港集装箱码头的生产力也大幅度提高，以前每台集装箱桥吊的效率为每小时10吊，现在已经增加到每小时30吊。
