拉藏汗将假达赖喇嘛解京时，奉谕旨，寻找真达赖喇嘛。于是他遵旨选立波克塔山之胡必尔汗伊喜嘉措为六世达赖喇嘛，迎至布达拉宫坐床，前后十一年之久。但西藏人民始终不承认，视之为假达赖喇嘛。表海众台吉亦不相信，另奉里塘的噶桑嘉措为六世达赖喇嘛。皇帝亲派内阁学士拉都浑率青海众台吉的使者到西藏调查。1709年，最后经皇帝批准，做出两项决定：第一，拉藏汗所立达赖喇嘛，确系真实，予以承认。因其年幼，暂不封号；第二，鉴于青海众台吉等与拉藏汗不睦，西藏事务，不便令拉藏汗独理，特遣侍郎赫寿前往西藏，协同拉藏汗办理事务。清廷设置驻藏大臣自此开始。第二年三月，康熙应拉藏、班禅、赫寿及诸寺喇嘛之请，封伊喜嘉措为达赖喇嘛，给予金册、金印。鉴于西藏形势比较混乱，五十二年正月，康熙以五世班禅胡土克图罗桑益喜为人安静，熟通经典，勤修贡职，决定“照封达赖喇嘛之例，给以印册，封为班禅额尔德尼”。“班禅额尔德尼”的封号自此始。班禅遣使进贡，与朝廷建立直接的联系。皇帝以册封达赖之例册封班禅，目的在于提高班禅地位，使之与达赖共主喇嘛教，协助拉藏汗管理西藏地方事务，安抚西藏人心，稳定形势。
第巴桑结死后，他的部下将希望寄托于新疆准噶尔部的策妄阿拉布坦，有的逃往该部投靠，有的给其写信，搬兵复仇。康熙三十六年，清政府消灭噶尔丹之后，因策妄阿拉布坦对朝廷敬慎有加，承认他为准噶尔部的首领，令他在阿尔泰山以西游牧。其实策妄也是个野心很大的分裂主义者，但当时势力尚弱，表面上对康熙伪装忠诚，实际上是想争取休养喘息之机。第巴桑结被杀之时，策妄阿拉布坦正在扩大势力，想重走噶尔丹兼并各部、分裂祖国的道路。他表面上通过与西藏的拉藏汗联姻的手段，先和拉藏汗的年纪很大的姐姐结了婚，并把自己前妻所生的女儿嫁给了拉藏汗之子丹衷，暗地里却叫丹衷到伊犁准噶尔部完婚，婚后又不让丹衷回西藏。丹衷一再要求与妻子回藏，策妄于1716年（康熙五十五年），便派兵护送丹衷夫妇回藏，拉藏汗率次子苏尔扎等亲临迎接。策妄暗派部将大策凌敦多布率军六千偷偷越过昆仑山，经过藏北天险腾格里山铁索桥潜入西藏，会合了护送丹衷夫妇的军队，袭杀了拉藏汗，随即攻进拉萨，联合西藏极少数反动贵族，囚禁了拉藏汗新立的达赖，占领了拉萨和西藏。准噶尔叛军在西藏到处烧杀抢掠，藏族同胞受到了深重的灾难。1718年（康熙五十七年）十月，康熙任命十四子允衤题为抚远大将军，统帅大军，指挥进藏平叛。这次平叛行动，受到了西藏人民的广泛支持。藏族同胞男女老幼扶携来迎，控诉准噶尔兵给他们带来的种种灾难，表达了当时西藏人民渴望和平安定和祖国统一，反对分裂叛乱的强烈愿望。四川清军在名将岳钟琪指挥下，攻入了拉萨，久受分裂势力欺压的喇嘛纷纷起来，揭露了101名通乱者，岳钟琪将其中为首的五名处死，幽禁了其余90多人，对胁从者赦免。藏族人民坚决拥护中央政府的平叛措施。
康熙末年安藏驱准后，西藏形势开始稳定，为了加强对西藏的管理，派满洲、蒙古及绿营兵，共四千名住藏，这是清朝政府在西藏驻兵之始。另一方面，任命阿尔布巴、康济鼐、隆布鼐、达赖喇嘛的总管扎尔鼐等四人为噶伦（政务官员），联合掌政，以康济鼐为首席噶伦，组成西藏地方政府，确立了五噶伦共管西藏政务的体制。新政府官员由中央任命，消除了和硕特部汗王的影响，并改变了第巴独揽大权的局面，调动了西藏各地区贵族的积极性。为了安定人心，清政府将住于西宁塔尔寺的噶桑嘉措正式册封为“弘法觉众第六世达赖喇嘛”，派兵护送入藏，于1720年（康熙五十九年）九月十五日，在拉萨布达拉宫举行了达赖坐床大典，确立了六世达赖喇嘛的正式职位，初步安定了西藏的政局。
雍正继位后，于元年把留守驻藏的部队撤回内地，只在四川的察木多（今西藏自治区昌都）留少量军队驻守，放宽了对西藏的控制。雍正五年，便发生了阿尔布巴叛乱。
雍正初年，执政西藏的五噶伦内部矛盾逐渐尖锐起来。五名噶伦中，一派是后藏贵族康济鼐和颇罗鼐，另一派是前藏贵族阿尔布巴、隆布鼐和扎尔鼐。七世达赖的父亲索南达站在前藏贵族一边。雍正四年，清政府宣布西藏政务以康济鼐为“总理”，阿尔布巴为“协理”的谕令，并向七世达赖喇嘛告明赏赐地方事，表示希望康济鼐与佛父索南达一同进京觐见。这就更引起了以阿尔布巴为首的前藏贵族的不满，加剧了前后藏噶伦之间的矛盾。佛父索南达对此也深感不满。雍正得知后，对西藏的政局甚为担忧。雍正五年正月，正式任命内阁学士僧格和副都统马喇为驻藏大臣，赴藏宣布谕旨，并调解西藏贵族之间内部纠纷。阿尔布巴等人在驻藏大臣抵藏之前，就已经提前得知了这一消息，遂决定在驻藏大臣抵藏之前铲除康济鼐和颇罗鼐二人，造成由他们一伙控制西藏局势的既成事实，迫使清政府承认。经过一番密谋之后，六月借众噶伦议事之机，在大昭寺中将康济鼐和他的仆从用乱刀杀死。公开发动了武装叛乱。接着，又派兵进攻后藏的颇罗鼐。颇罗鼐奋起反击，击败了阿尔布巴叛军，阿尔布巴等皆为颇罗鼐擒获。清廷此时已派左都御史查郎阿率兵赴藏平乱，而驻藏大臣也赶到了拉萨。清政府下令处决了阿尔布巴等叛乱头目，封颇罗鼐为贝子，代替康济鼐，总理前后藏事务。
阿尔布巴叛乱以后，清朝进一步加强了对西藏的控制和管理。清朝一方面将西藏政务委于颇罗鼐一人总理，另一方面，又在西藏正式设立驻藏大臣办事衙门，派遣驻藏大臣二人，分驻前后藏，协助颇罗鼐处理政务，并留川、陕兵各一千驻守西藏。驻藏大臣是清政府派驻西藏的代表，是清中央政府与西藏地方政府联系的桥梁。这时的驻藏大臣主要是管理清军、稳定政局，并协助地方政府处理政务。这与乾隆后期的驻藏大臣和达赖喇嘛共管西藏政务制度不同，但却是这一制度的开端。清朝在西藏屡经叛乱后，终于作出直接派遣常驻高级官员，建立办事机构，驻守军队的果断措施，从而加强了对西藏地方的施政，也有利于多民族统一国家的巩固。
在派遣驻藏大臣的同时，清朝中央政府还决定将七世达赖喇嘛父子移往内地，以绝后患。清兵入藏平叛前，七世达赖正在前藏众噶伦的控制下，其父则和阿尔布巴等结成死党。父子二人都卷入了这一事件。倘若阿尔布巴挟持达赖投奔准噶尔，共同作乱，其后果不堪设想。至此，清政府决定将达赖喇嘛父子迁往内地。雍正六年十一月二十四日，七世达赖父子在清军保护下离开拉萨，移往里塘。里塘原归属前藏。雍正六年，雍正帝下令在里塘、巴塘等地建立宣慰司，划归四川管辖。同时，又设维西、中甸二厅，划归云南省。通过达赖移住里塘和巴塘及里塘行政区划的划定，清政府一方面安定了人心，断除了达赖和西藏共同作乱的后患，另一方面明确了西藏地方的辖区范围。直到今天，川、滇二省的藏族地区仍沿袭着1728年清朝划定的界限，这无疑是有积极意义的。
驻藏大臣的设立，加强了清政府对西藏的管辖，同时，由于颇罗鼐管理藏务，尽心竭力，恪尽忠诚，积极维护国家的统一，使西藏地区保持了二十余年的稳定。
1747年（乾隆十二年），颇罗鼐病故，其次子珠尔墨特那木扎勒承袭其父的郡王爵位，但珠尔墨特那木扎勒一反其父之所为，企图独揽大权，与达赖喇嘛发生冲突，袭杀了忠于中央政府的哥哥，阴谋驱逐驻藏大臣，私通书与准噶尔。清廷忍无可忍，乃密令新任驻藏大臣傅清与另一驻藏大臣拉布敦赶到拉萨，必诛珠尔墨特。这时，西藏的形势已十分危急，叛乱迫在眉睫，傅清与拉布敦商议，与其束手待毙，不如诱杀珠尔墨特。二大臣以有圣旨召珠尔墨特至驻藏大臣衙门议事为名，将珠尔墨特引至楼上，将他杀死。但由于手下无兵，他们随即被贼党包围而殉国。乾隆命令四川总督策楞、提督岳钟琪率军入藏平叛。当清军攻进拉萨时，七世达赖喇嘛和西藏僧俗人员已很快平定了这次叛乱。为了纪念傅清与拉布敦，于北京和拉萨建立“双忠祠”，以表彰两位驻藏大臣维护国家统一的功绩。
清政府从这次事件总结了历史的经验教训，珠尔墨特之所以敢发动叛乱，就在于西藏封建农奴主权力过大，容易利用蒙藏地区共同的宗教信仰，和准噶尔上层反动势力互相呼应，为害边疆。要巩固对西藏的统治，必须改革西藏的政治、宗教制度，扩大驻藏大臣的职权，限制西藏上层首领的权力。废除了西藏郡王的封授，实施驻藏大臣、达赖、班禅“互参制”，由达赖管理康（喀木）、卫（前藏）两地，班禅管理藏（后藏）、阿里两地；在达赖下面设置噶厦（议事官），噶厦由四名噶隆组成，遇有军务要事，遵达赖喇嘛与驻藏大臣旨意行事。这样一来，提高了驻藏大臣的地位和职权，确定了达赖喇嘛是受中央王朝册命，必须执行皇帝意旨的西藏政治首领，提高了中央对西藏事务的直接控制权力。
西藏人民和大多数宗教领袖在历次平叛战争中都表现了热爱祖国、拥护中央政府、要求国家统一和民族联合、反对分裂叛乱的强烈意愿。当乾隆中期，清政府安定了西藏局势、巩固了在西藏的统治地位后，著名的爱国西藏佛教领袖班禅六世为了表达对乾隆皇帝和中央政府的崇敬感激之情，加强藏、汉、满之间的友谊和文化交流，决定在乾隆七旬“万寿”节前，去承德和北京觐见乾隆皇帝，并给内地的汉、满、蒙等各族僧俗人民讲授藏传的佛教经学。
乾隆皇帝听到班禅六世大师要前来祝寿讲经，非常高兴。为了隆重接待这位西藏爱国宗教首领，乾隆预先命令仿照班禅六世在西藏住持的后藏扎什伦布寺的形式，在承德避暑山庄以北修建了须弥福寿之庙（“须弥福寿”是“扎什伦布”的汉文意思），供班禅六世休息、讲经。为了在班禅六世来觐见时能用藏语和他交谈，已能讲汉语、满语、蒙古语、回语的七十高龄的乾隆皇帝，又学会了藏语。1780年（乾隆四十五年）七月，班禅六世一行经万里跋涉，从西南边陲的日喀则到达了热河承德。乾隆皇帝在避暑山庄隆重地接见了班禅六世，并用藏语和班禅六世进行了长时间的亲切交谈。班禅六世一行在宏伟的须弥福寿庙住下来，一大批佛学子弟在须弥福寿庙跟班禅六世学习佛经。之后班禅六世到北京，在西黄寺讲经和休息。乾隆皇帝赐给他大批的钱财物资，黄金数十万，宝冠、念珠、晶玉钵、镂金袈裟、磁茗等数不胜数。当年十一月，西藏爱国宗教领袖班禅六世因患天花在北京不幸去世。乾隆极为悲痛。第二年春，当班禅六世的舍利（骨灰）金龛送回西藏，乾隆亲至西黄寺点香送行。班禅六世的入觐，进一步密切了中央王朝和西藏上层领袖之间的联系，促进了汉藏人民间的经济文化交流，有利于西藏局势的稳定和国家统一的巩固。
班禅六世去世后，发生了在英国殖民势力支持下的廓尔喀（今尼泊尔）封建主大规模入侵西藏的事件。乾隆派遣军队迅速击溃了入侵中国领土的廓尔喀侵略军，将外国侵略势力逐出西藏。这次入侵事件，虽然取得胜利，但也暴露出一些问题。为了进一步巩固西藏的边防和限制大农奴主势力对西藏政局的控制，推行了一系列制度上的改革。1792年（乾隆五十七年），颁行“金奔巴”（藏语称瓶为“奔巴”）掣签制。原来达赖、班禅和大小呼土克图的“灵童”转世时，经常受到一批反动大农奴主操纵，他们贿赂掌有作法权认定灵童的护法神，选择本族亲贵为呼毕尔罕，成为内争不休和产生祸乱的根源。乾隆总结了过去的经验教训，决定在拉萨大昭寺内供存一尊金奔巴瓶，今后遇到寻认灵童时，将灵童名字及出生年月，用满、汉、藏三种文字写于象牙签上，放进瓶内，祈祷七日，然后由各呼土克图和驻藏大臣在大昭寺释迦佛像前正式认定。假若找到的灵童仅有一名，亦须有一个有灵童名字的象牙签和一个没有名字的象牙签共同放入瓶内。若抽出无名字的象牙签，就不能认定已寻得的儿童，而要另外寻找。达赖喇嘛和班禅额尔德尼也一样，亦须将他们的名字用满、汉、藏三种文字写在象牙签上，同样进行……再呈报皇帝批准，方才有效。金瓶掣签制度建立后，得到了当时的八世达赖和七世班禅的衷心拥护。当乾隆派人将金瓶送到拉萨时，八世达赖亲自走下布达拉宫迎接，并由衷感谢乾隆皇帝。七世班禅也感激道：此次钦差大人远送金奔巴瓶来藏，全为保护黄教，又蒙特赏哈达，传旨赐问，实在感激天恩，无可图报，惟有率领众喇嘛，虔诵万寿经，祝诞圣寿。清进一步加强了中央政府对西藏的控制。
1792年（乾隆五十七年），清廷命福康安会同八世达赖、七世班禅等共同筹议西藏善后章程。从当年十月起，经前后会商共提出102条款，第二年，经清政府修订为29条，正式颁布执行，这就是著名的《钦定西藏章程）。章程详细地规定了西藏的政治、宗教、经济、军事、司法、对外关系等方面的最高法律。《章程》除明确规定了“金奔巴掣签外”，还明确规定，驻藏大臣督办藏内事务，由驻藏大臣掌握四噶隆组成的行政会议，其地位与达赖喇嘛、班禅额尔德尼平等；自噶隆以下各级地方官员及管事喇嘛都属驻藏大臣管辖；大小官员的任命，由驻藏大臣和达赖喇嘛挑选；驻藏大臣有专责统辖军队部署边防之权；驻藏大臣有管理贸易之权，如外商出入西藏，必须持有驻藏大臣签署的执照；驻藏大臣有设铸钱局，铸造带有“乾隆通宝”字样的西藏银币，等等。
通过《钦定西藏章程》的实行，乾隆对西藏的各种制度实行了一次全面的改革。从此，达赖、班禅继承人的确定权掌握在中央政府手中，西藏地方与中央政府的关系更加紧密，中央政府对西藏的管理、控制和守卫能力大大加强。从乾隆晚期到清代灭亡的一百多年期间，尽管英国殖民势力一再对西藏进行觊觎和侵犯，但西藏内部的局势一直是稳定的，中国中央政府对西藏一直保持着牢固的控制和管理的权力，奠定了我国今天西南边疆版图的基础。
