努尔哈赤毒发身亡后，因其在世时并未指定何人接替汗位，而是建议诸王贝勒推举有德者居之，所以汗位的实际争夺者就只剩下了皇太极和大贝勒代善。
前面说过，大贝勒代善处处要优于皇太极，无奈因他与大妃有暖昧关系而声名狼藉，所以在推举汗位继承人时，诸王贝勒，包括代善的长子贝勒岳托都倾向皇太极，劝说代善放弃争位，而代善本身又宽厚老实，无意与兄弟争位。况且代善清楚地认识到：无论讲军事才能，战功和魄力都不如皇太极，所以他首先站出来劝说其他贝勒。在他的倡议下，诸王贝勒共同起草了一份劝进书，请求皇太极继位。素有谋略的皇太极惟恐登位后成为众矢之的，再三推辞，但因代善等坚持不已，最后终于答应继承汗位。时年皇太极35岁。
皇太极出生于1592年（明万历二十年），是努尔哈赤与叶赫那拉氏孟古所生，努尔哈赤一生最喜欢孟古，所以皇太极很小就得到努尔哈赤的钟爱。皇太极长到十二岁时，母亲那拉氏病死，年仅三十岁，皇太极是她留下的唯一后代。
皇太极在努尔哈赤诸子中排行第八，年长的褚英比他大十余岁。在父兄的关怀下，皇太极迅速成长起来，并经常跟随父兄出兵东征西杀，锻炼了军事才能，丰富了阅历，后因战功显赫而升为贝勒，成为八旗中镶白旗之主，成为重要的军事将领。
努尔哈赤宁远兵败后，眼看年事已高，褚英已被杀死，代善居长，而且努尔哈赤又有意传位于他，心怀计谋的皇太极并没有站出来公开与代善较量，而是采取了另一种看不到的手段。
传说当年代善在褚英死后被人们普遍认为将继承汗位，而且努尔哈赤也经常赐给他食物等以示恩宠。有一次皇太极偶然到代善房中，看到桌上放着一盘未动的熊掌，而熊掌在当时只有努尔哈赤和其宠爱的大妃才能吃到。不露声色的皇太极暗中派人侦察，得知是大妃送给代善的，共有两次。时值努尔哈赤小福晋德因泽与大妃争宠，皇太极便将此事秘密告诉了德因泽。德因泽在枕边告发大妃两次送熊掌给代善，而且还曾深夜出后院两三次到代善房中，努尔哈赤派扈尔汉等调查属实，对代善及大妃极为愤怒，但努尔哈赤不愿家丑外扬，借口大妃藏匿金银而将她赶出宫中，德因泽从而得宠。皇太极施一箭双雕之计，既将大贝勒代善弄得声名狼藉，离间了同努尔哈赤的关系，又使德因泽感恩戴德，并在努尔哈赤面前常说自己的好话，待努尔哈赤一死，皇太极实际上顺理成章地继承后金汗位。
1626年（天命十一年）九月一日，皇太极在沈阳故宫大政殿举行了庄严的即位典礼，接受群臣九叩之礼，改明年为天聪元年。在接受礼拜之后，皇太极又率诸贝勒向大贝勒代善、二贝勒阿敏、三贝勒莽古尔泰行三拜之礼，不以君臣之礼相待，这一举动使得离心的亲兄弟暂时拢到了一起，也表明皇太极能屈能伸，很有魄力。
清太宗皇太极登位之初面临的最大问题是如何解决日益尖锐的民族矛盾——努尔哈赤进占辽东后纵兵焚杀，引起当地汉人的极大愤怒，他们采取偷袭、投毒等手段来报复后金政权的高压政策。如果不及时解决，大起义势必就会在后金统治范围内爆发。
皇太极当政伊始便针对这种局面提出“治国的首要是安抚民众”。他宣布满、汉民众都是国家的臣民，一切像审判犯罪、征差徭役都与满人同样；另外，皇太极还实行“编户为民”的政策，将很多汉人从农奴的地位上解脱出来，而且对归降的汉人不杀、不辱，一律分配田地、房屋。
对汉族地主阶级，皇太极极力收买、重用，皇太极重用范文程等人就是很好的例子。皇太极对范文程的信赖甚至达到了凡是范起草的奏章均不用过目的程度。
对于蒙古，皇太极亦采取怀柔政策。以传统的联姻方式来达到争取蒙古的目的。皇太极及其子侄都娶蒙古人为妻，皇太极的孝端文皇后、孝庄文皇后、宸妃都是蒙古科尔沁人；同时，后金的公主、郡主也有很多远嫁蒙古王公。
皇太极登基后采取的一系列政策，不仅平息了民族矛盾，而且后金的经济也迅速发展起来。
针对努尔哈赤当政时国家政权处于草创阶段，官制不完备的情况，皇太极着手改革。
即位之初，皇太极吸收许多新人参与八旗的管理，在原有的八旗主（固山额真）之外又增加了两名佐管大臣和两名调遣大臣；1629年（天聪三年）四月，皇太极设文馆，翻译汉文典籍、记注本朝政事；天聪十年改文馆为内三院：内国史院、内秘书院、内弘文院，分别负责记录起居、书信来往、政令起草和颁布制度等。六月，更定内三院官制：内国史院设大学士一人，学士二人；内秘书院大学士二人，学士一人；内弘文院大学士一人，学士二人。大学士权力很大，相当于以前的宰相，他们可以直接参与国家大政方针的制定，掌握国家机密。内三院的设置实际上已经取代了努尔哈赤所建八和硕贝勒“共议国政”的体制。
1631年（天聪五年）七月，皇太极按中国历代封建皇朝行政组织，设立吏、户、礼、兵、刑、工六部，由贝勒充任各部主持，下设承政负责事务。1636年（崇德元年），太宗皇太极又设都察院，直接对皇帝负责，都察各部（都察院相当于现在的纪律检查委员会）。1638年（崇德三年）七月，设理藩院，负责少数民族事务。这样，清太宗皇太极仿照明制建立起完整的统一官制，使后金政权完全脱离了奴隶制的色彩，完成了向封建国家的过渡。
皇太极即位时，后金政权已经基本上控制了整个辽东半岛，他在正确分析了形势、力量对比后，对臣下说：“南朝（明朝）虽用兵已很长时间，位倾国之财于一隅之地还是很强大的，我认为时间未到，不能强求攻之，对他们只有讲和和自己巩固的策略，等到我国更加富足，兵力更强大再乘机进攻，到那时才可以长驱直入，现在巩固自己的实力是上策；蒙古人向来没有什么法纪可言，而且蒙古人胸无大志，都只不过想贪些小便宜，只要施以小恩小惠便可以驾驭他们；对东面的朝鲜，他们地处偏僻，国无财富，而且君臣之间恪守礼节，我们可以与他们交往，但他们可以放在一边，不用顾虑。”
1627年（天聪元年）五月，后金征朝鲜凯旋而归，皇太极得知明朝正在加紧修筑锦州诸城，便意识到一旦这些军事要地修缮完整，便似一道巨大的障碍，于是他决定亲自率兵出征，力图在这些城池完工之前一举攻克。
十一日，后金兵临锦州城下，四面合围，皇太极先命后金兵扫清了大凌河等周围的城堡。然后派人劝守军投降，见无答复，遂下令攻城。城中总兵赵率教亲自督战，战斗打得很激烈，从早晨七八点钟一直打到晚上七八点钟，锦州城下到处都是后金兵的尸体。皇太极一连进攻了十四天，还是没有攻下锦州。于是皇太极留部分守兵围攻，率大军奔宁远而来。名将袁崇焕坐镇宁远，皇太极命八旗兵进攻在城外两里的祖大寿，两军在旷野上展开了激战。城上，袁崇焕命人放射大炮，这场战斗延续到第二天，明军的枪炮威力得到发挥，后金损失惨重，连贝勒济尔哈朗等都身中枪伤。皇太极只好下令再回师锦州。
六月四日，皇太极督兵攻城，战斗延至傍晚，八旗兵死伤无计其数，皇太极见久攻不下，下令班师回沈阳。
宁锦苦战，后金损失惨重，也使皇太极认识到光斗还不够。于是他采纳范文程的建议，巧使“反间计”，除掉心腹大患——袁崇焕。
也许冥冥之中注定，皇太极南进的后顾之忧——在辽东沿海各岛屿屯兵的原李成梁部将毛文龙被袁崇焕设计杀掉。毛文龙被杀是因为他屯兵辽东各岛屿，虚报军饷，而且他与魏忠贤关系甚密，魏被崇祯杀掉后，袁崇焕秘密与金议和，而皇太极提出杀毛文龙可以议和，加上袁崇焕在任宁远巡抚时与毛不和，朝廷又厌恶毛虚报军饷早有除掉之意。所以，袁在1629年（天命三年）以发饷犒劳军士的名义来到双岛，将毛骗到山上杀之。
毛文龙被袁擅杀，使皇太极除去了后顾之忧，袁崇焕又遭国人的不理解，皇太极实施反间计的时机成熟。
1629年（天聪三年）十月，皇太极采取大胆而冒险的军事行动：绕开宁锦防线，取道内蒙古从山海关以西的喜峰口进入塞内，这一大胆的军事行动是在说服了众贝勒、王大臣之后采取的。后金兵一路势如破竹，连下马兰峪、汉儿庄、潘家口、洪山口诸城，大军直奔北京。袁崇焕得知军情后，率兵急驰蓟州，而皇太极却避开其锋，向西绕开蓟州西进，袁尾随追赶。后金兵连下玉田、三河、番河，进驻通州，距京师不过百里。
十一月十六日，袁崇焕率部到北京，后金兵也到了京师城下，皇太极命后金兵攻打德胜门。京城舆论大哗，都传言袁崇焕引导后金兵进攻京师，因为袁曾与后金秘密议和，其实袁是想以此计拖住后金，积蓄力量而后战，谁成想这倒成了舆论的口实。
袁到京后，多次请求允许其部进城休息而未获准，一向深信他的崇祯帝此时已起了疑心。
是夜，在皇太极的授意之下，参战高鸿中、鲍承先回到关押明两名太监的营帐，故意小声交谈，说：“今天撤兵是大汗的计策，刚才大汗召见了袁营出来的两个人，说了很长时间的话，听说是大汗与袁巡抚有密约，此事很快就会成功。”两人的谈话被其中一人假装睡觉的太监听到，以为是特大秘密。在第二天被故意放跑之后，面见崇祯帝将此事汇报。崇祯本来就疑心很大，听到密报后便不再有任何怀疑。于十二月一日，以“议饷”的名义召袁崇焕、满桂、祖大寿进宫，质问袁为何擅杀毛文龙、后金兵为何进到北京而又不进攻，袁一时无法分辩，于是崇祯下令将袁下狱。魏忠贤余党乘机攻讦袁，上疏请求杀袁，而官民百姓不明真相，误认为袁崇焕通敌，竟无一人求情。次年八月，袁崇焕被处以磔刑，即俗语所说的千刀万剐，死得极惨。传说当时袁死时很多人都争食其肉，以泄心中愤恨。
袁下狱后，其部将祖大寿惊异，率兵东走山海关，袁军听说此事走散一万余人。后金兵乘机攻城，北京城眼看就要被攻下，皇太极却下令撤兵。众贝勒不明白其中含义，皇太极笑着对众人说：“我取此城易如反掌，但得之容易守卫难，南国（明朝）疆域还很多，不是一朝一夕就可攻破的，还不如回去再训练我们的部队，待时机成熟再来吧。”
十二月末，皇太极留下一封致崇祯的请和信后，率兵回沈阳。
皇太极率兵进围北京，使得后金兵取得了长途行军、作战的经验，增强了逐鹿中原的信心，除掉了心腹大患袁崇焕，一举多得。可怜一代名将袁崇焕惨死于反间计，直到清兵入关前，人们还普遍认为袁是通敌，死有余辜。清入关后，在修太宗实录时真相大白，袁崇焕冤死才得以昭雪。而皇太极卓越的军事才能和宏大的魄力在这次巧使“连环计”中表现得淋漓尽致。
袁崇焕被囚禁后，明政府起用大学士孙承宗督理辽东军务，孙上任伊始便很快地收复了被皇太极攻占的永平、遵化、滦州、迁安关内四城。并于崇祯四年出巡山海关，派总兵祖大寿修复大、小凌河防线。
皇太极得知此事后，急忙调兵遣将，亲率各旗兵来攻。八月初，后金兵包转了正在修复中的大凌河，明军仓促闭门拒战。皇太极吸取了以往攻坚时死伤惨重的教训，命令后金兵扎营五十余里，挖沟壕，将大凌河团团围住，围而不攻，并将从明军手中缴获的大炮架于通往锦州的大道上，阻截明援军。
到了十月，各路明援军被后金兵所退，大凌河城中粮草断绝，开始杀战马，抢吃死人肉而勉强度日，这期间，皇太极多次写信和放回明军俘虏劝祖大寿投降。
十一月初，祖大寿在同皇太极接触后，派自己的子侄留后金为人质而降，后请求智取锦州而带二十多人回到了锦州。皇太极收降了张存仁等数十名明将，将大凌河城完全摧毁，基本上消灭了关外明军的精锐，凯旋回沈阳。
大凌河战役后，皇太极马不停蹄地率军亲征蒙古。漠南蒙古林丹汗昏于酒色，对各部索求无厌，早已离心离德，各部纷纷要求后金出兵，加之林丹汗曾向努尔哈赤示威，而且漠南蒙古对后金的后方始终是巨大威胁，所以皇太极在基本上消灭明在关外的兵力之后，转向漠南蒙古。皇太极前后三次用兵察哈尔，林丹汗在第二次被追击时出天花病死，其万额哲在第三次被追击主动来降，并献上了元朝的传国玉玺，察哈尔部漠南蒙古被后金统一。
在用兵蒙古的同时，皇太极接受以往强用武力的教训，派人前往黑龙江流域，招降各部。到了1634年（天聪八年），连强大的索伦部都归降了后金，整个黑龙江流域尽归后金。
皇太极在不到十年的时间里，统一了漠南蒙古和黑龙江流域，改革了官制，后金的经济也因无战火而迅速发展，而且意外地得到了传国玉玺，于是顺天应人，称帝上尊号便顺理成章地摆上了日程。
1635年（天聪九年），八旗诸贝勒做出决议，请皇太极应“天命”，定尊号，皇太极再次拒绝。他的侄子贝勒萨哈廉看破皇太极的心事，带头上书誓词表示忠心，其他贝勒争先效仿。
1636年（天聪十年）三月，外藩蒙古十六部四十九贝勒联合聚集沈阳请求皇太极上尊号，都元帅孔有德、总兵耿仲明、尚可喜等也请皇太极上尊号。四月五日，多尔衮代表满洲捧表文、土谢图济农巴达礼代表蒙古捧表文，孔有德代表汉官捧表文，共同请求皇太极上尊号，皇太极到此时才欣然接受。
天聪十年四月开始，皇太极正式即皇帝位，受“宽温仁圣皇帝”的尊号，改元崇德，定国号大清。对于清号来源，清朝实录没有作任何说明。最为流行的解释是“清”与“金”为一音之转。这两个字在汉字写法上不同，而在满语里发音却无区别。皇太极开辟了清朝历史的新纪元，他是名副其实的清朝第一个皇帝。
四月十一日，皇太极举行了盛大而隆重的登基即位仪式。第二天，来到太庙追尊先祖，奉父努尔哈赤为皇帝，庙号太祖，其陵称福陵，尊母为皇后。
四月二十三日，清太宗皇太极加封臣属：大贝勒代善封为和硕礼亲王、贝勒济尔哈朗为和硕郑亲王、多尔衮为和硕睿亲王、多铎为和硕豫亲王、豪格为和硕肃亲王、岳托为和硕成亲王……孔有德为恭顺王、耿仲明为怀顺王、尚可喜为智顺王……
太宗登上了皇帝的宝座，日子并非好过。由于后金的迅速发展，在统治集团内部出现了新旧权贵，他们追求享乐，贪图钱财，毫无进取之心，逐渐在统治集团中形成风气，太宗曾多次在公开场合教训过些人，但都未收到预想的效果。而且因国家权力分散在各宗室贵族手中，甚至出现敢于向君主挑战的事情，如果不打击这股势力，皇权也将不保。
