按育种目标，作物群落育种可分为：产量育种、品质育种、效益育种、和谐育种等。
一、产量育种
作物的产量是作物的个体、群体或群落的产品数量。可分主产品产量和副产品产量。一般产量是指主产品产量，如小麦子粒产量、棉花皮棉产量和苜蓿的生物产量。作物产量是作物栽培的目的，是作物育种的主体目标。从国民经济和人民生活对作物产品的需要来讲，仍然是产品数量不足，特别是粮食作物，增加产量始终是作物生产的基本任务。
（一）产量育种的目标
根据国民经济发展的需要，作物群落产量育种的目标是高产稳产超高产。高产指的是在一定条件下，培育的新品种高于当地对照品种的产量。一般用生物统计方法，以达到增产显著或十分显著为标准。超高产当前在国内外尚没有严格的定义和统一标准。1980年，日本曾制定15年育成的超级稻增产50%的指标。1989年，国际水稻研究所培育超级稻增产20%～25%。1996年我国农业部立项的“中国超级稻”育种计划提出2001～2005年增产30%。这些指标都是群体的超高产指标，而作物群落超高产育种目标则从来没有，各地可以根据群落种类和实际情况，制定适宜的指标。
1.高产形态
（1）高产块根
根是植物吸收水分和养料的器官。除了提供作物生长发育所需水分和养料之外，也是一些作物贮存淀粉和糖类的地方，如甘薯和甜菜的块根等。栽培这些作物目的是为了收获它们的块根，育种目标是高产优质的块根产量。一般在收获时，直接计算单株块根鲜重，计算单产，甘薯增加切干率，甜菜测定含糖量。一般甘薯高产双亲的后代，个体平均鲜薯产量也高；高产与中产的两亲和中产双亲的后代，则次之；中产与低产双亲和低产双亲最低。因此，甘薯杂交育种应选高产类型作亲本。切干率具有加性效应，一般杂种第一代的切干率接近两亲的平均数。所以，低切干率的双亲的后代，切干率也低。高切干率的双亲，其后代切干率也高。选配高产和高切干率类型的组合，获得鲜薯和薯干高产后代的机会也愈大。
根的性状与其他器官性状有着密切的关系。“根深叶茂”，根系庞大不仅对茎叶生长有关而且对于种子多少和大小有间接影响。所以，一般作物根的优良性状也可作为产量育种的间接目标。
（2）高产茎秆
一些作物如大麻和甘蔗等都是以茎产量为主要育种目标。麻类作物收获麻茎，沤制韧皮纤维，一般来讲，麻类茎高茎粗，纤维长而多，产量高。同时，在要求茎高茎粗的同时，以少分枝性状为优，因为麻类分枝多，焦梢多，拉力小，影响纤维品质。
甘蔗的茎高茎粗也是一个优良性状。甘蔗是一个糖料作物，要求茎汁中有效糖分高，如果茎高茎粗，单位面积产糖更高。
（3）高产叶
叶是植物的重要的营养器官，主要功能是进行光合作用，制造有机养料。收获叶的作物主要有烟草、茶和油菜（菜用）等，它们的叶更成为栽培和育种的目的物。烟叶中含有尼古丁等，茶叶中含有茶素和茶单宁，这些物质对人体具有兴奋作用。由于烟叶和茶叶都是一种嗜好品，要求品质高，不可单纯要求高产，更不可不顾品质而追求超高产。20世纪50年代，曾培育多叶型品种，单株叶数达百余片，然而叶大深绿，生长期过长，易感病，虽然比栽培品种增产，而因品质差，以后就被淘汰。所以烟草育种原则上，在保证品质的前提下，达到高产稳产的目标。
叶提供作物有机营养物质，它的性状好坏，严重影响着作物的生长发育，最终影响着块根、茎秆和种子产量。一般作物产量育种，除了有关产量构成因素的器官作为主要目标外，应把叶的优良性状作为辅助目标。
（4）高产果实
谷类作物的收获物称为子粒，实际上是颖果。特别是水稻的稻谷更包括内外颖、果皮、种皮和米粒。水稻高产就要求谷多谷重谷优。麦类的颖果包括果皮、种皮、胚乳和胚，麦类高产就要求粒多粒重粒优。其他玉米、高粱和谷子等谷类作物也是一样，高产果实同样是追求的育种目标。
（5）高产种子
种子是植物有性繁殖器官，也是含淀粉、糖类和脂肪等营养物质较多部分。所以，成为油料和棉花等作物的栽培目的物。它们的单株产量构成因素，油料作物为单株果数（荚数、角数、蒴数）、每果子数和粒重（千粒重、百粒重）。棉花为单株铃数，每铃子数和衣指（百粒种子纤维重）或单株铃数、铃重和衣分。所以，以收获种子为目的的作物，具有高产种子对于超高产意义重大；种子增加的数量越多，越高产；特别是各因素协同增加更是育种者殷切的期望。
2.高产生理
（1）高光效
光合作用是作物的利用阳光制造有机物所特有的功能。光合作用效率高，生产有机物当然就多，因此进行高光效育种，以提高作物的光能利用率和生产率。为此一方面培育CO2补偿点较低的品种和C4作物；一方面改变作物株型和叶姿势以及增加叶绿素含量。特别要指出，在作物群落育种中，在培育处于群落高位的，高光效阳性作物品种的同时，还要培育处于较低位群体的低CO2补偿点的耐阴作物品种，以提高作物群落的整体产量。
（2）高吸收
作物所需要的矿物养料，主要是通过根系，吸收土壤矿物溶液而进入体内的。吸收的多少和快慢都会影响作物的产量。与高光效一样，高吸收同样是产量育种的目标。高吸收主要由根的形态和吸收性能所决定。一般来讲，作物的根系庞大，分布的深而广，且吸收能力强，则作物吸收矿物养料量大速度快。培育高吸收和高光效性能是增加作物生产量的2个重要方面，是产量育种的两项重要任务。
（3）适熟性
作物有早熟、晚熟和生长期长短之分。在群体育种中，一般在高产优质的前提下，要求生长期短和早熟的品种。在群落育种中，不仅如此，还要根据群体组合特点，能够早熟晚熟兼顾，生长期长短搭配，以充分利用一年之中有限的生长季节。
（二）产量育种技术
作物产量属于数量性状，它的遗传由数个基因所控制。它的特点：①表现为连续的，例如谷类作物产量高低不可明确地划分一些不同的组别，只能用统计学方法进行分析；②容易受环境条件如土壤水分和养料和其他相关性状如抗逆性等影响；③作物产量是一个综合性的性状，除了有关构成因素之外，根、茎、叶营养器官的性状，也都能影响产量的高低。由于以上原因，产量育种以常规育种为主要方法。
1.系统育种
系统育种是从单株综合性状中优中选优，非常适合于产量育种。在进行选株时，要注意生态条件的一致性，避开优越的条件和边缘效应影响的地方。在综合性状良好的前提下，注意多穗多花，多果多子，子大子重和薯多薯重的植株。有关产量构成因素的性状好，产量也相应提高。
2.杂交育种
杂交育种也是一个适于产量育种的常用方法。并可克服系统育种难以克服的高产与优质的矛盾。采用单交技术能够将亲本的优良性状组合在一起；采用复交和回交可以把多亲本的优良性状集合起来，并把父本性状更多的转移给后代。特别是进行远缘杂交或杂种优势利用，往往能够获得具有特优性状的杂交种和新种，提升产量达到一个新水平。
杂交育种提高产量，母本选择综合性状好的材料，父本选择某一产量因素特别优异的材料，并且可以父本作轮回亲本进行回交，在母本的性状的基础上，增添更加高产和超高产性状。这样进行产量育种容易收到良好的效果。为了提高杂交育种的成功率，可以改进杂交技术，如聚合回交法和限制性系谱法等，以克服杂交育种的某些不足之处。
在改进产量育种的某些优良性状时，也可以采用基因工程和细胞工程等。在进行这些育种技术时，必须要目标明确，程序严谨，保证基因重组成功。
二、品质育种
作物品种的品质亦是作物育种的主要目标之一，特别是经济作物对产品品质要求更高。一般作物的产量提高到一定水平后，品质育种就显得更重要了，像我国水稻、玉米、小麦和棉花的单产屡创全国或世界最高纪录，对于这些作物的品质均提出新的高要求，品质育种已成为更加重要的工作了。
（一）品质育种目标
品质育种的目标是优质，也就是在高额产量的前提下，要求作物产品品质优良。由于作物收获物的种类和用途大不相同，有的收种子、有的收块根、有的收叶、有的收纤维，甚至还分韧皮纤维、叶纤维和种子纤维，收获物繁多，各有各的用途。因此，人们对于其品质的项目和标准都有具体的要求。总的来说作物产品品质可分为内在品质、外在品质和加工品质。
1.内在品质
作物产品的内在品质是指产品内部的成分的多少和好坏。例如小麦的糖类，蛋白质、脂肪和矿物质的含量；棉花皮棉中的纤维素含量及有害糖含量；以及甜菜块根中的糖分和有害非糖物质（甜菜碱、钠盐和果胶等）的含量都是品质的内容。一般来说，有益成分含量高，品质优；有害成分含量高则品质低。
2.外在品质
作为商品，作物产品的外在品质也很重要。“货卖一张皮”，市场上都很重视外在品质。它包括外观和手感等，如小麦的子粒颜色，甘薯块根的大小和形状以及烟叶的大小形状、颜色厚度、组织手感等。这些外在品质对于产品的深加工和直接使用都有关系。
3.加工品质
加工品质是指对作物产品在工业加工中的性能的综合表现。如小麦的出粉率、灰分含量和面筋含量以及棉花的纤维长度、细度和强度等。加工品质是提高以农产品为原料的工业品的质量的必要条件。
以上各种品质，在有些作物考种中，都有一定的项目、标准和考种的方法，并且可参考作物产品的商品检验的项目和分级标准，以提高作物产品的商品质量。
（二）品质育种技术
品质育种同样以常规育种为主，应用系统育种、杂交育种和诱变育种。在研究清楚品质的遗传规律和控制品质的基因机制的情况下，也可以进行细胞工程和基因工程技术，更有目的有步骤地提高性状的质量。
三、效益育种
前面已经提到，效益可分为经济效益、生态效益和社会效益。其中经济效益受市场的商品价格影响很大，并且也决定于产品质量的优劣。因此，经济效益和社会效益与作物育种很少发生直接关系，而生态效益却成为特别是作物群落育种的重要目标。
生态效益育种目标是高效和抗御不良生态环境。生态效益育种包括培育增氮释磷和抗逆性品种。一些作物具有与固氮微生物共生的特性，如豆科作物与根瘤菌共生，绿萍与固氮蓝藻共生；也有能分泌有机酸解释难溶性磷化合物。提高作物的增氮释磷能力也是作物效益育种任务。
作物经常发生病害和虫害，影响作物的产量和品质甚至死亡绝收。作物的病虫是作物的生态环境灾害。1950年我国小麦曾发生一次条锈病，估计要损失60亿kg粮食。所以，小麦引种一般都要先看它是否抗锈病，甚至把抗锈都作为小麦良种的先决条件。棉铃虫是棉花的重要害虫，严重影响棉花产量。1992年，棉铃虫大发生，北方棉区皮棉减产达8000万kg，经济损失达50亿元。因此，作物抗病虫性成为作物群落育种的重要目标。作物的抗逆性在一些地区也是一个重要辅助目标。例如高纬度地区，抗寒抗冻的性状就很重要。在一些丘陵旱薄地，少雨缺肥，作物的抗旱耐瘠性也很重要。抗病育种是经济有效又无公害的方法，因此，抗病育种成为各地的迫切要求。抗虫育种也是一样，不仅效果好而且节约成本，避免药害和污染。转基因抗虫棉培育成功，到2000年底，推广面累计37万hm2，创经济效益7.7亿元，减少农药用量达80%。其他抗虫水稻和抗虫玉米等也在推广应用。
各种作物对水分都有一定的要求，过度缺水即出现干旱现象，造成作物旱害，轻则凋萎干枯，重则旱死。当水分过多时，又对作物不利，造成涝害。作物的形态结构和生理功能不同，它们的抗旱性和抗涝性有强有弱。为了作物群落高产稳产，根据需要和条件把抗旱或抗涝作为育种的辅助目标是十分必要的。
在温度偏低、气候寒冷的地区，需要培育抗寒耐冻的品种，以抗寒性作为其育种目标。宁夏农林科学院作物所培育出春麦区种植的抗寒冬小麦5088号。在中等温度环境下生长发育的作物，如果遇到超过35℃以上的高温，就受到伤害。在低纬地带，为了满足生产需要，引种喜冷植物或中生植物，应当以作物的抗热性为目标，进一步培育当地适宜的优良品种。
总的来讲，我国土壤缺氮少磷，不能满足高产作物的要求。在增肥和节肥的同时，积极培育少肥耐瘠，高产优质的作物品种，特别在一些缺肥贫困地区，不失为一项积极有效的增产途径。
对于处在群落上部的高秆作物，更希望培育高光效品种。可是对于处在群落下部的作物，需要为它培育CO2补偿点低的耐阴品种，以配合高秆作物，充分利用群落下部弱光照的环境。所以，在这种情况下，耐阴亦成为作物群落育种的特殊目标。
配合效益育种目标，育种技术可采用系统育种、杂交育种和诱变育种，同时也可应用转基因技术进行抗虫育种和抗病育种，以提高作物群落整体效益。
四、和谐育种
和谐是对群落品种集的一种特殊要求。在群落中的各个群体只有和谐伴生才能高产优质。和谐育种应该以品种融洽、适应环境和技术配合为目标。三者之中，品种融洽是主体，不然，品种之间互克互斥，种不到一起，群落根本组建不起来，就谈不上环境适应和技术配合。只有在品种融洽之后，再要求适应环境，组合配套技术。群落品种集的和谐是群落组建的基本原则，是作物群落育种目标的前提。
品种融洽以相利为基础，能互利互惠最好，退一步对某方有利而对另一方无利无害，达到偏利，也是一种优良的品种集。融洽的品种集不可互害互克，不然，就会严重地影响群落整体产量和品质，失去其应用的价值。例如，棉姜群落，棉花为姜遮光防晒，姜为棉花提供通风透光的条件。适应环境的品种集中的品种能够在相同的环境生长，能够充分利用生态条件。例如，小麦棉花群落中2种作物都适合在河南省棉区中生长，同时，小麦在冬春夏季节，棉花在春夏秋节季生长，适合套种在一起。技术配合是指各群体的栽培技术措施相辅相成而不互相影响。例如，玉米大豆群落。所以，它们同是和谐育种不可缺少的内容。
和谐育种应用引种、系统育种和杂交育种等技术，在明确需要改良的性状和具备技术条件的情况下，可进行细胞工程和基因工程技术。不管何种技术，田间试验始终都以品种集为对象相比较，以鉴定出和谐的品种组合。
此外尚有一些作物群落育种辅助目标，它们在某些作物群落和一些地区也是十分需要的。
作物群落栽培比起群体栽培更加复杂和费工，特别在降低成本、提高经济效益方面，需要机械化作业。所以在群落育种中配合机械化，培育适管和适收品种，例如生长整齐、植株紧凑、易收获不落粒的品种。有些作物在产品收获后不能全部应用，需储存一定时期，或出省出口，因而在储藏和运输期间具有适当休眠、抗霉烂和耐压碰的特性。在农作物中，谷子耐储藏而甘薯不耐储藏。在群落中组合有园艺作物，它们的产品更需要有耐储藏和耐搬运的特性。以上这些辅助目标在有些作物，在有些地区，都是生产上不同程度地对作物性状的要求。研究和应用这些性状已成为作物育种特别是群落育种的新课题。
