当教会的腐败渐渐成为一种常态，受其统治的国家和人民生活在水深火热之中。他们不仅要应对王权的压迫，更要遭受来自教会的各种名目的搜刮与重税。深受苦难的百姓终于对教会失去信心，于是宗教改革与农民战争再次风行。
马丁·路德改革
1483年，马丁·路德出生于德国一矿业主家庭，早年接触过人文主义和德国神秘主义，逐步确立了“因信称义”的宗教学说。1517年，按当时神学辩论会的传统，路德在维滕堡万圣教堂大门上贴了“九十五条论纲”，在德国引起强烈的反响，使各阶层长期以来对罗马教廷神权统治的不满情绪更加激化。1520年6月15日教皇颁布敕令，以破门律警告路德。但路德得到德国境内各城市的支持，又发表了《致德意志基督教贵族公开书》、《教皇的巴比伦之囚》、《论基督徒的自由》三大宗教改革论著，主张在教会内进行根本性改革，从理论上阐明因信称义的教义。同年12月10日，他在维滕堡当众烧毁教皇的敕令，公开与罗马教廷决裂。路德发起的宗教改革运动席卷欧洲，对罗马天主教在西欧的封建神权统治给予了毁灭性的打击。
闵采尔领导的农民战争
1524～1525年爆发的德意志农民战争是德国农民反对封建压迫的一次规模最大的农民起义，波及范围遍及德国整个西南部和中部地区，它是德国宗教改革运动的重要组成部分。代表农民和城市贫民利益的托马斯·闵采尔学说，是农民起义的思想基础。托马斯·闵采尔本人也是德国农民战争领袖，直接领导了萨克森·图林根的农民起义，并于1525年3月在起义中心米尔豪森成立了革命政府。但是农民运动本身所具有的自发性和行动不统一的弱点，使得各个地区的起义军都是孤军奋战，无法联合起来形成一个统一的联盟，所以最终都被镇压者逐个击破。1525年5月15日，在弗兰肯豪森附近进行的一场战斗中，闵采尔受伤被俘，于5月27日被处死。5月25日，米尔豪森陷落，图林根起义被镇压。从此，德意志农民战争急剧衰落，并最终被完全镇压。
加尔文改革
加尔文和路德一样，宣扬教徒“因信得救”，否认罗马教会的权威，反对天主教的教阶制和繁文缛节。加尔文教自视为唯一的合法教派，排斥其他教派，对农民和平民教派持敌对态度，加尔文还曾建议市议会以异端罪名，处死了50多名其他教派的教徒。1555年以后，加尔文通过宗教活动和政治活动在欧洲各国传播新教教义。他招揽大批意大利、英国、西班牙、荷兰、德国及波兰的逃亡者到日内瓦，后来又纷纷返回本国宣传新教教义。并同倾向于新教的各国政府建立关系。日内瓦逐步成为新教长老宗国际中心，号称“新教的罗马”，加尔文被称为新教的教皇。
