按照史料记载，明朝弘治十二年（1500年）至1949年的450年间，鄱阳湖共发生大、小洪水189次。1931年，长江中下游大雨累月不止，长江和鄱阳湖洪水遭遇，鄱阳湖发生全流域特大洪水，湖滨十几个县“尽成泽国”，“湖港尸横，灾民无栖身之所，逃荒觅食者不计其数，惨不忍睹”。根据江西省民政厅调查统计，1931年大洪水淹没良田36.5万公顷，淹没房屋8.83万间，受灾人口180万人，死亡3628人，损失银元8450万元。
1949年至2005年，湖区发生超警戒水位（吴凇基面19米）的洪水33次，水位超过20米较大洪水有19次，水位超过21米大洪水年份有1954年、1983年、1995年、1996年、1998年、1999年。1954年长江、鄱阳湖发生全流域特大洪水，除南昌富大有堤、波阳宛子玎、湖口黄茅潭圩等10余座圩堤外，其余圩堤全部溃决。沿湖各县均遭水淹没，南浔铁路中断100多天，冲毁路基4千多米。沿江滨湖受灾人口160多万人，淹没农田16.2万公顷。
1998年，鄱阳湖发生继1954年后又一次特大洪水。湖区各水文、水位站先后出现有记录以来最高水位，星子站8月2日水位达22.52米（吴凇基面）。鄱阳湖及五河尾闾地区，受灾乡镇461个，自然村庄9190个，受灾人口578万人，倒塌房屋63.1万间，毁坏房屋71.3万间，利用各种措施防洪抢险保护耕地3330公顷。667—3330公顷圩堤溃决20处。当年，党中央、国务院号召，全党全军、全国各族人民，共同奋战，防洪抢险，武警战士不怕牺牲，浴血奋战，挽救了人民的生命和财产。灾后民政部又拨款重建家园，使灾民能安居乐业。
2.旱 灾
史料记载，明朝弘治十二年（1500年）至1949年间，湖区共出现严重旱灾119次，其中特大旱灾24次。1934年，湖区53万公顷农田受灾，早稻颗粒无收，晚稻无法栽种，损失稻谷80×104吨。1949年至2005年，湖区发生6次大旱灾，分别在1963年、1966年、1967年、1978年、1992年和2004年，其中尤以1978年为重，干旱持续时间长达107天，80%以上的蓄水工程干涸，34.7万公顷农作物受灾，8万公顷水稻颗粒无收，损失粮食40×104吨。
2003年以来，随着鄱阳湖水位的下降，水量急剧减少，旱情连年不断，沿湖城乡供水困难。2006年秋冬季，环鄱阳湖区258万亩农田灌溉困难，受灾面积210万亩。2007年冬季，湖区600万亩农作物受旱。
3.风雹灾
⑴鄱阳湖区的风雹灾一般发生于冬春寒潮和夏季雷雨期间为多。1994年4月6日下午至次日凌晨，龙卷风夹着特大冰雹（最大直径15厘米）袭击了都昌、星子、湖口、永修沿湖50多个乡镇，100多个村委会，倒塌房屋、损坏房屋无数，受灾农田几万亩。死亡数人受伤80余人。直接经济损失20多万元。
⑵水面风灾。老爷庙地段为鄱阳湖咽喉地带，该地带风速大，水文地理环境复杂，号称鄱阳湖“魔鬼三角”。千百年来由于怪风的袭击，大小船只在此折桅覆舟、葬身湖底者不计其数，历年过往船只必须停靠庙前，宰鸡焚香祈求王爷保佑平安。因此老爷庙香火鼎盛，声名远播，当地的信男善女趋之若鹜，过往船家朝拜祭庙的习俗沿袭至今。
4.血吸虫灾
湖区历史上有钉螺面积14万公顷，疫区范围遍及11个县的149个乡镇，受血吸虫病威胁的达250多万人。根据南昌、进贤、新建、都昌、永修、星子、鄱阳、余干沿湖8县不完全统计，解放前30年间，有344个村庄，15027户村民因血吸虫病猖獗流行而毁灭。血吸虫病俗称“大肚子病”又称“泡肚病”。解放前历代统治者只顾对老百姓敲骨吸髓，毫不关心人民疾苦，对严重流行的血吸虫病不加防治，任其蔓延扩散。至使鄱阳湖地区，大多数村庄“千村霹雳人遗失，万户萧疏鬼唱歌”。
建国以后，党和政府关心群众，对血吸虫病区追踪调查，在解放前的近百年内，鄱阳湖一带瘟疫流行，查阅1941年《中华医学杂志》，上海雷氏德医学研究院，许邦宪、吴光伦述《吾国血吸虫病之大概》中曾报称：“江西鄱阳湖周围均为本病流行”。
例如：都昌县在解放前有81个村庄被毁灭，43个村庄接近毁灭，毁灭总户数3530多户，约15000余人被瘟神夺去了生命。如周溪镇泗山村委会原是“居住鄱湖边，钉螺在门前，有人便有病，无病空门庭”的严重流行疫区，这里的群众回忆约有4000余人死于血吸虫病。当地流传着一首民谣说：“泗山土坳川，单出大肚官，有女莫嫁泗山郎，嫁了一世守空房。”还有大屋场邵家村，过去最兴盛时期有360多户，1400多人，到建国时仅剩9户，23人。鉴于鄱阳湖如此严重的血吸虫病，党中央和毛主席非常重视，1956年下达了一定要消灭血吸虫病的指示，国家拨款免费医治血吸虫病患者。1958年7月1日，毛主席写下了七律二首《送瘟神》。此后，全国各级政府大力宣传，发动群众大打一场一定要消灭血吸虫病的人民战争，沿湖12县血防工作人员，同时坚持执行国家的血吸虫病防治策略，始终保持艰苦奋斗的优良传统，几十年如一日，风雨无阻，走村串户，检病、查病、送医、送药上门，坚持不懈地为疫区群众服务。特别是改革开放以来，血防事业有了辉煌的发展，各地血防站添置了各种现代化先进医疗器械，培养了大量的血防科技骨干，控制了鄱阳湖血吸虫病的传播和流行。由于各地血防工作人员的努力，政府的重视，为保障疫区人民的身体健康，广大湖区血防医务人员将会铸造更大辉煌，使血吸虫病这个令人厌恶的“病名”，将在鄱阳湖区永远消失。
（四）三峡工程确实改变了鄱阳湖的“江湖”格局
1.对鄱阳湖水位的影响。每年9月至10月份是三峡水库常态蓄水期。正值鄱阳湖五河进入枯水季。三峡减泄使鄱阳湖不能得到长江上游的补水。由于入江口水位降低，致使出湖流量加大，减少湖泊蓄水量，导致鄱阳湖枯水期提前。经分析，对湖口水位的影响是降1.81m到2.32m，对星子水位的影响是1.67m到2.14m，以2008年为例，三峡水库减泄的一个月，星子水位比常态多下降2.18m。10m水位较无三峡影响提前60天左右。
2.对鄱阳湖水量影响。按现行调度原则，三峡减泄期间，长江中下游干流与鄱阳湖出湖后的控制站大通站流量，丰水年减少16.3%，平均每年减少19%，枯水年减少29%。经2008年还原分析，11月1日，实测水位9.72m，湖体相应水量8.2亿m3；还原后常态水位11.9m，湖体相应水量17.5亿m3，三峡减泄致使湖区50%的水量提前出湖入江，严重影响枯水期鄱阳湖生产、生活和生态环境，还影响湖区对长江的正常补水。
3.对鄱阳湖水质影响。鄱阳湖出湖水量增大，湖体水量锐减，致使水体自净能力下降，水质逐月有所下降，近年湖区10月至12月III类水站7.7%至33.3%，劣III类水占66.7%至92.3%，注入长江出湖水质在10月至11月由III类降为IV类，12月下降为V类。三峡运行改变了鄱阳湖与长江的“江湖”格局，还表现在鄱阳湖入长江口处，三峡蓄水提前，长江的水与鄱阳湖的水有一个很清晰的分界线，江水很浊而湖水很清。如今所看到的现象则是反过来的，鄱阳湖水很浊而长江水很清澈。
4.鄱阳湖超低水位的影响
鄱湖水位连创新低，造成沿湖城镇居民取、用水困难，甚至低鄱阳湖枯水水域形势图于取引水口设计高度，严重影响城镇居民饮水安全和正常生产、生活。南昌市主要供水厂青云水厂原设计枯水位15.38m，而赣鄱南昌站水位连创新低，至少13.27m，比水厂最低取水高度还低2.11m。2008年12月，赣鄱地区受降雨偏少，河湖水位偏低的影响，地下水位下降，鄱阳湖周边农村群众也出现了不同程度的因干旱临时饮水困难。
