实际上，有效市场假说存在着严重缺陷。这种观点的一些支持者认为，尽管市场行为是随意的，但这种随意性在某种程度上也是可控的，因为股价围绕其内在价值的波动趋势呈典型的钟形曲线分布，波动区间内会有小的价格变化和间或出现的较大价格变化，但不会出现巨大的变化。可是，即便股市在本质上可以体现出这种“受控式随意性”，但人们还是很容易受到非理性的狂热或绝望情绪所影响。因此，末端变平的传统的钟形曲线在股市中实际上具备了所谓的“肥尾”特征，表现为极端价格变化的出现频率高于人们原来的看法。
1999年股市的严重泡沫以及1929年、1987年和2008年出现的巨大恐慌充分说明，半强式和强式有效市场假说是根本不可能的，因为股票价格已经严重脱离了所有典型的内在价值评估结果。不过，弱式有效市场假说还是有一定的道理，它一方面提出随意性的观点，但同时也承认市场有时候也存在定价的无效率。
从许多方面来看，“内在价值”在21世纪似乎是个荒诞不经的概念。大部 分关于有效市场的学术研究基本上都源自20世纪五六十年代的芝加哥大学。米尔顿·弗里德曼等人在此传播的观点被称为“新古典经济学”是有原因的，学派认为，在充满理性的、自然神论的宇宙中，人人都像亚当·斯密所说的那样，被无形的巨手引导着不断去追求个人利益最大化。从这个角度来看，新古典经济学派代表了社会科学和自然科学中思想的停滞不前。早在19世纪，从尼采大声宣布“上帝已死”的那一天起，各种形式永恒的柏拉图式“价值”概念就已经形成了。进入20世纪，价值演变为完全主观化和世俗的观念。到弗洛伊德和陀斯妥耶夫斯基时代，人类总是按照个人利益最大化的目标理性行动的看法早已作古，两次世界大战毫无意义地灭绝数百万条生命更是对这种观点的莫大讽刺。合理效用到底指的是什么呢？即使在自然科学中，爱因斯坦的量子力学和海森堡原理也早已说明，人类并不是生活在由可客观衡量的固定价值构成的秩序化世界中。既然连自然科学家都难以确定物质的最小单位是波还是粒子，经济学家又怎能用某种内在的数字价值来解释股票市场这样瞬息万变和反复无常的事物呢？最近，美联储前主席保罗·沃克尔在《纽约书评》（New York Review of Books）上发表了一篇文章，讨论了借用新古典科学法分析高度人文化的金融行业时存在的问题。文章称：“当前金融创新过程中存在一个基本缺陷，即认为可以将研究数学和物理学的思维方式直接应用到市场中。重复行为方式的调查和正态分布曲线的运算都属于物理学的研究范围，但金融市场并不是自然力量变化的结果，而是受人类现象驱动的，其中包括的影响因素有很多，如群体行为效应、起伏不定的情绪、政治角度的干预以及各种不确定性。”4
实际上，就连基本股票分析理论的创始人本·格雷厄姆（Ben Graham）和大卫·多德（David Dodd）（两人在1934年的重要作品《有价证券分析》（Security Analysis）中参与定义了内在价值的概念）也很清楚人类的非理性情绪是如何不断影响股票价格的。在这本书中，有一段内容的标题为“内在价值和市场价格之间的关系”，两人写道：“…换言之，市场并不是称重机，无法依照每只股票的具体性质用一种精确客观的方式记录其价值。我们认为市场其实更像一台投票机，无数个人投资者通过它做出自己既带几分理性又带几分情绪的选择。”5然而让人哭笑不得是，资金管理者往往把这段话错误地引用成：“短期来看股市就像投票机，但长期来看却是称重机。”这可真称得上是谬之千里了。股票市场永远都是投票器，决定投票结果的是投资者对价值主观的、充满个人情绪的判断。
在这个相对主义的时代，唯一可以衡量的是那些处于封闭系统中的价值，也就是说一个事物的价值只能通过和它相对比的事物来体现。所以，你可以说微软的股票比亚马逊、股市大盘和国库券相对便宜，或者说比它的历史价格便宜，但是，你不能说微软的股票绝对便宜。在如今后现代无神论的世界观中，微软作为一个公司已经没有特定的内在价值概念了（就连微软所谓的贴现现金流估价模型也完全依据利率和税率相对的变化值确定，而这些利率和税率又是由非理性的人设计的）。此外，从符号学（有效市场假说支持者似乎忽略了这项有一百多年历史的研究方向）的角度来看，微软股票这个“能指”和微软公司这个“所指”之间存在着永久差距。最后造成的结果是，微软的订单符号“MSFT”只是一个字母组合，在不同股东眼中象征着不同的含义，“MSFT”所代表的早已不是比尔·盖茨和他的软件公司。而且，比尔·盖茨及其软件公司的“内涵”也处于不断变化之中，因此根本不存在可以用内在价值衡量的永恒的柏拉图式的微软“形式”。或许古希腊哲学家赫拉克利特的一句格言能更好地概括内涵和形式之间的关系：“人不能两次踏进同一条河流。”
也就是说，在一个封闭式的系统中，人们可以通过套利交易的手段利用市场相对存在的无效率来获利。当市场中定价较高的股票被抛空或赌跌时，定价较低的股票就会有人争购，最终，如果市场能够理性运作（可能性很小），价格差被弥补，套利者获得利润。与此类似，在封闭式的股票市场系统内，博格“成本决定假说”背后的逻辑也是套利交易观点，因此其结论也是无可辩驳的。原因在于，股票市场中最大的一个无效率因素即资金管理公司向投资者收取的高额费用。在一个由全体投资人集体构成的封闭式的股票市场中，当扣除管理和交易成本后，积极投资管理者的平均回报肯定会低于市场回报。因此，在先锋公司指数基金20个基点的费率和其他基金平均200个基点的费率（包括管理和交易在内的总成本）之间会形成180个基点的相对分摊。这个分摊和普遍流传的有效市场论或内在价值论等错误观点毫无关系，只不过是封闭系统内简单的数学问题而已。而且，只要其他公司仍按证券法规定继续收取投资管理费用，这种成本费率差异的分摊就仍会存在。从这个角度来看，实际上先锋公司和博格执行的是成本套利交易。
有效市场假说和后现代主义思想的共同点是随意性概念，但两者在随意性是否合理以及股票价格变化是否沿内在价值呈钟形曲线运动等问题上出现了分歧。在这个方面，弱式有效市场假说在解释金融问题时是一个进步，成为21世纪的主流观点；而强式有效市场假说由于过于强调合理性，其观点已经退回到了18世纪的水平。
虽然全力支持指数化概念，但博格也承认有些积极投资管理者也会为基金管理过程增加价值。他认为，大多数情况下这些管理者不是运气特别好就是具备投资的天分，例如沃伦·巴菲特、彼得·林奇、迈克尔·普莱斯和先锋公司的约翰·内夫等。不过，总体上来说，博格仍认为超越市场是一种徒劳无益的行为。他说：“指数基金其实就是怀疑论的产物，它不相信任何金融管理者可以超越市场。有谁能挑出未来十年只涨不跌的股票基金？这根本不可能！”在这种情况下，最佳投资策略就是维持股市总收益水平，然后利用指数基金低成本的优势战胜竞争对手，实现相对较高的净收益。
但是，博格的这些观点在传统的主动型基金管理者看来无异于异端邪说，他们认为投资共同基金从始至终只有一个理由，那就是实现收益最大化，而不是跟着市场上下波动。虽然备受嘲笑和奚落，指数基金最终还是成功地成为流行产品。先锋500指数基金自推出之后每年都实现了净现金流入，截至1986年年底资产达到5亿美元，此时已是该基金推出后的第十个年头。同年，康联投资集团（Colonial）推出了业界第二只指数基金（由于设有惩罚性溢价且费率较高，这只基金失去了匹配指数的能力，1990年停止经营）。1988年，富达和德莱弗斯公司也先后推出了自己的指数基金产品。
刚推出指数基金时，博格称其是“一个艺术成就而非商业成功”。但是，20世纪90年代，当投资者注意到指数基金的表现优于其他产品后，这种情况发生了改变。根据晨星基金调查公司的统计，从1985年一直到1999年年底，先锋500指数基金的总回报率达到了1 204%，远高于大盘股混合基金类886%的平均回报率。慢慢地，这只基金的资产开始变得越来越大，1988年突破10亿美元，90年代初达到18亿美元，1995年增至94亿美元，2000年3月跃升到1 070亿美元。
1个月之后，先锋500指数终于超过老对手富达麦哲伦基金，成为全球资产最大的共同基金。
