两次竞选失败让默克尔和基民盟都陷入危机之中，政治要员的纷纷离去让默克尔的处境更加艰难。但默克尔迎难直上，最终得到了梦寐已久的总理之位。
在不断涌现的争端中历练
无论是什么样的政坛职务，当选并不是目标的达到，而是新任务的开始，是去解决随之而来的一系列问题，施罗德和默克尔也不能例外。
施罗德登台之后大张旗鼓开展的就业计划宣告失败，给政府处理政治事务带来了不小的压力。之后的阻力更是一个接着一个，对于条件不够完善的卡车收费制度以及其他改革计划，政府不但迎来了一堆反对声，经济上的损失也不是一笔小数目。与此同时，联盟党在内政问题的处理上也并非得心应手，各种争端不断涌现到默克尔眼前。
在需要为国内政治问题分担责任时，默克尔带领的联盟党确实做到了，联盟党与执政党的关系也日渐亲密。不过，下面的各个州并不那么配合，因为他们的立场在于自己的权益是否得到了保障。作为领头羊，联盟党会制定一系列政治发展策略，不过，将权利看得很重的各州州长不会轻易接受这种安排，也不希望执政党的大手随意地伸到自己的地盘上。
为了解决这些问题，联盟党多次安排会议，希望积极主动地促进州长与党的融合，不过，州长们并不买账，他们总是有理由推掉会议，以一种躲避的态度来面对这些大家要共同面对的问题。当大家不在同一个立场时，就容易催生出小团体。比如，黑森州州长和北威州的一名议员相互联合，出示了一个有关缩减补助和津贴的规定，这事让北威州的州长非常生气。
对于这样一种局面，默克尔也显得束手无策，她没法参与其中，做旁观者又不太合适，只得试着主持局面了。为何默克尔会陷入这样左右为难的情况之中呢？
首先，作为基民盟党主席，默克尔要保住自己的党派，争取不被执政党和其他的兄弟党派攻击。要想在执政党的领导下赢得一片生存之地，最基本也最直接的方式就是支持施罗德新官上任后采取的改革政策，虽说她内心并不想帮助施罗德获取政治成果。
其次，这样的情况只限于默克尔没有帮手的情况下。默克尔要想有足够的力量与州长们相抗衡，需要一个强有力的帮手。幸运的是，默克尔身边确实有这样一个人，那就是施托伊伯。作为之前的总理候选人之一，施托伊伯本身的形象就代表着党派之间的调和统一。与施托伊伯站在一条战线，默克尔的形象也会大大提升。
与此同时，施罗德政府提出了新的减税改革方案。2003年春天，施罗德将改革方案中的一步提前了一年推行。7月份，默克尔和施托伊伯在给施罗德的信中表达了对这个政策的支持，同时，也表达了对“贷款来解决减税问题”的反对。施罗德用了很大的力气好不容易才将医疗改革实施下去，不过，这其中不免有反对和妥协的情绪，这些都会在之后的政治活动中爆发。其他改革方案的通过也是如此，一轮一轮的投票和对抗之后，年底前终于将劳动力问题和退休制度等相关政策施行了下去。
此后不久，基民盟内部又爆发了首起裁撤党员事件，这在当时无疑引发了众多议论。
事件的主角叫作马丁·霍曼，这位联邦议员发表了一番关于德国民族和犹太人是否犯罪的言辞，宗教的敏感性加上言论的粗鲁给基民盟的领导班子带来了很大的震动，当然，处在风口浪尖的除了霍曼，还有一人，就是基民盟主席默克尔。
默克尔随即做出回应。第一步，先让议会党内和霍曼同属一个地方、同样信奉天主教的议员们表明自己的立场，同时向社会各界致歉，也就是要表明霍曼的言辞仅仅是他一个人的观点，并非议会党内一群人的态度。第二步，奉劝霍曼辞去联邦委员的工作，勒令禁止霍曼发布纳粹党执政期间的劳工赔偿事宜。
在各方面的压力之下，霍曼表示将三缄其口，不再发表与此相关的言论。不过，他没能遵守自己的承诺，也把自己推入了一个尴尬的境地。原来，没过多久，霍曼就接受了德国一家重要电视台栏目的访问，并且将之前引发大震动的言论又重申了一遍。
在此次访问中，霍曼的表现可谓变本加厉。他再三强调，在过去的战争中，犯罪的并不只是德国民族。单从党的性质和纲领来看，纳粹党甚至在很多地方与布尔什维克党非常相似，比如两个党都坚持无神论，比如两个党都没有将宗教纳入党的纲领里。因而将纳粹党一竿子打翻是不正确的。此外，犯罪的又不是只有纳粹党一个，难道犹太人就没有错吗？在他看来，犹太人也同样有错，他们与德国的十月革命有着说不清的关系。因而单单将罪过纳粹党身上是不对的，犹太人也应该为他们做的付出代价。
这番话就是让默克尔等基民盟领导人头疼的言辞，没想到被霍曼公之于众。另外，在记者穷追不舍的逼问下，霍曼还在专访现场展示了向他表示支持的信件，其中有一封竟然来自联邦政府的将军，随着电视节目的播放，这名将军被国防部长训斥并勒令早退。
对此，默克尔的处理态度是，将霍曼开出议会党。周围人议论声一片，很显然，大家认为这样处理太轻了，默克尔应该将霍曼踢出基民盟。在默克尔看来，虽然霍曼的言辞过于粗鲁，在党内有时候太过执拗，但大部分情况下他还是没什么问题的。
但是，当默克尔将这个决定上呈给联邦众议院后，并没有得到批准。在副议长看来，一个联邦议员既然已经不是议会党的一分子，还依然属于基民盟的话，情理上都说不过去。最终，再加上舆论和媒体的压力，默克尔只能做唯一的决定，那就是撤销霍曼基民盟党员的身份。
当时，撤销霍曼党籍的事情，并没有得到党内所有人的赞同，默克尔在党内的对手们也将这件事全部推到了她的身上。然而，尽管引起了不小的风波，随着基民盟党代会的到来，这件事便渐渐远离了人们的视线。
基民盟“一号人物”
2003年，基民盟将在莱比锡召开党代会。党代会的时间还没到，默克尔就已经开始为自己在党代会上地位的崛起造势了。党代会召开前的两个月，默克尔来到柏林历史博物馆的政治论坛，发表了一场慷慨激昂的演说，题目叫作《德国的未来在哪里》。默克尔在这场演说中将自己的主席风度展现得淋漓尽致而又恰到好处。
“假如没有默克尔，您觉得基民盟缺失的是什么？”
“我。”
这是一个记者曾经提问默克尔的问题，她的回答只有一个字。
默克尔用这个作为演讲的开场，她说世界上没有假如，这件事情绝对不会发生在她身上。一开场，默克尔便为整个演讲注入了自信和气势，处处彰显着她身上独特的领导人魅力。默克尔为这次的演说做足了功课，论坛的相关人员也非常配合。场上默克尔胸有成竹，场下坐着的是许多联盟党的重要人士，这些人都听得专心致志，因为在他们看来，默克尔成为2006年总理候选人的可能性最大。
施罗德曾公开批评联盟党封锁改革政策的做法，演讲中，默克尔对总理的这一说法进行了反驳。她表示，联盟党从未也不会采取封锁的政策，对于改革，也会以公正公平的态度进行处理，而且，她不担心大家彼此之间有争执，因为这可能是一个好政策诞生的契机。期间，默克尔表达了对勃兰特的欣赏，她觉得根据勃兰特、科尔和阿登纳提供的政治策略，德国也许会达到统一的状态。
在这次演讲中，默克尔将自己的主张作为重点进行阐述。比如对于统一德国的看法，比如向社会推广一种新的价值观叫作“与时俱进和公正高效”——这是在“公平、合作和自由”3个传统价值观根基上发展出来的。默克尔认为这3个传统价值观是人类本能而又天然的需求，随着时代和社会的发展和变化，价值观的外在表现也在发生着变化，但万变不离其宗，自由是一切的源泉，是所有价值观的重中之重，这是默克尔的生命信仰，也是她处理党内政务时最优考虑的问题。
演讲中，默克尔还提前汇报了基民盟党代会将会重点讨论的议案，那就是关于德国目前的政策改革和计划问题。
12月1日，基民盟党代会如期举行。首先被提及的改革议案是由德国前总理赫尔佐克手下的议员们提出的全民社会保障问题，民众的保险将改革成保费的形式。议案通过，并会在德国完全执行。
此外，值得关注的就是现在基民盟和基社盟的关系。当天，施托伊伯也提出了有关税收的改革意见，但是从与会人员的掌声持续时间来看——鼓掌时间仅持续了一分钟，而2002年的党代会掌声时间是这次的几倍——施托伊伯并没有受到太大的欢迎。不过，施托伊伯并不觉得这是自己的问题，他认为这是上面的意思，而参会者只是在用这种方式迎合上面的需要。
事情是不是像他想的那样呢？其实基民盟内部确实对施托伊伯和基社盟有些意见，尤其在泽霍夫公开指责基民盟发布的一系列政治决策后，这种愤怒的情绪更加强烈。对于会场上的气氛，除了当事人，最为敏感的还有一部分人，那就是媒体。很快，掌声稀疏的事情就登上了部分刊物，还把这看作是基民盟对于施托伊伯的不尊重。基社盟秘书长也对这件事做出回应，态度就是谴责“基民盟太不成熟了”。
实际上，早有人看出了这其中的奥秘。基民盟的人只是想通过这种方式告诉巴伐利亚州，州长施托伊伯的总理候选人时代已经远去了。这不是党代会上才出现的想法，在这之前，施托伊伯的力量已日渐微弱，人们心里已经把默克尔与施罗德放在了同等重要的位置上。
媒体也听到了风声，开始对此大加宣传：默克尔用实际行动打消了人们对她的不信任；之前很少有人觉得她能够掌控一个党派，如今再没有人这样说。
对于这次的党代会，默克尔还设立了一个目标，那就是让基民盟拥有新的政治纲要，让全党内外呈现焕然一新的状态。很显然，她做到了。在媒体眼中，默克尔终于成为基民盟的“一号人物”，成为俯视全党的人。
基民盟党代会在默克尔的政治生涯中就像是一座里程碑，在这次会议上，人们开始认可她，包括她的领导力和政治观点。不过，这次的会议也加重了基民盟和基社盟之间的不合，特别是围绕减税和全民福利的相关政策的问题。
给两个党派带来最大影响的是有关税收的议案，媒体称两党都有各自的看法，但一直摇摆不定，不够坚定是造成后来分歧的主要原因。在基民盟的党代会上通过的三级式收税模式将会更加简单和新颖，以前的免税政策中总是有一些例外情况，这次会议上取消了这些情况。同时，这种新模式下取得的税收成果将被重新循环利用到这个模式中。
没过多长时间，基社盟也发布了新的税收议案，但其新颖性不足，因为它是执政党红绿政府议案的一个延续。2004年3月，两党经过协商，在双方税收政策的基础上达成了一致的意见，出台了双方都认可的税收议案。
不过，后来两党关于全民福利问题的争执又引发了迈尔茨对默克尔的不满，原因就在于迈尔茨提出的议案在基民盟上被批示通过，但是在后来与基社盟的协商中，迈尔茨的想法和政策基本没有出现在协商后的税收议案中，迈尔茨将此视为默克尔对他的抛弃。
不管怎样，如今联盟党内的局势基本已经完全掌握在默克尔手中，此时的默克尔无须看别人的脸色，无须拉拢某个帮手。这也许是不经意间的成就，也许是准备许久的结果。总之，在一次次的失败和打击中，默克尔一点点积累着经验，一步步走向心之向往的地方。
基民盟里走出了联邦总统
随着默克尔成为基民盟的“一号人物”，基民盟2004年的发展形势也一片大好。2月29日，冯·波伊斯特带领基民盟参加汉堡的城市大选，结果一出，震惊四座，选票增长率达到20%——这是史无前例的。毫无悬念，基民盟无须和别的党派共同执政，成为汉堡城的独立领导者。
与之相比，施罗德带领的社民党形势却每况愈下。大选中施罗德关于解决失业问题的承诺并没能兑现，由此引发了选民流失，社民党支持率急剧下降。情况紧急，为了更好地专注于总理事务，施罗德虽然已做社民党主席5年，但也不得不辞去这一职位。
随着德国新一轮联邦总统的选举，联盟党和社民党也展开了新一轮的对决。在德国，联邦总统虽然在权力上不及政府首脑国家总理，毕竟也是国家元首，是德国权力的象征和代表，能够影响之后国家政治结构，因此各党派还是会为竞选联邦总统不遗余力。在提名总统候选人的过程中，默克尔费尽了心机。当时榜上有名的候选人有这么几位：
朔伊布勒，默克尔的副手，在2003年前任总统劳在位时就被看作是最可能的总统继承人。2004年，他被邀请参加基社盟内部年度会议，在此次会议上得到了普遍的支持，但还没有被正式推选。
在总统候选人中，施托伊伯最看好的就是朔伊布勒，他认为朔伊布勒有智慧也有勇气带领国家走向光明大道。而科赫和迈尔茨都公开表示支持朔伊布勒成为总统候选人，所以，连朔伊布勒都认为默克尔将他提名为总统候选人是板上钉钉的事情。如果不这样，默克尔将面临党内各方施加的巨大压力。
但让朔伊布勒没想到的是，默克尔迟迟没找他谈话，这让他等得有些不耐烦了。2004年2月，朔伊布勒和默克尔一起到土耳其访问，他认为默克尔一定会抓住这个机会和他谈一谈的。但是，令朔伊布勒万万没想到的是，默克尔竟然从头到尾没和他有这方面的交谈。就像媒体评论的那样，默克尔不能作什么承诺，因为她要给自己留一条路。
福格尔，图林根州州长，阿登纳基金会的主席。一直以来，他对总统这一职位的热情似乎就毫无缩减。一开始，他就做了非常充足的准备，比如向默克尔施压，让他成为基金会的主席，颇有破釜沉舟之势。但是从目前的情况来看，福格尔的年龄将很可能成为当选总统的最大阻碍。德国法律规定，总统的任期为5年，而福格尔现在已经72岁高龄了。
维斯特维勒，自民党主席，也是总统候选人之一。作为主席，他一参选自民党内就不再有人敢推荐党内的其他人，因为那样的话就意味着想要与主席的势力相抗衡。对于联盟党提出的上述两个候选人，维斯特维勒并不同意。
