文物及佛教圣物全部清理出地宫后，开始揭开地宫顶板，进行彻底的发掘。这之中，第二间石室中有白石灵帐，是工作的重点。为了保护其不受损坏，揭取顶板时，采用了沙袋保护法，防止石块脱落砸坏灵帐。揭开地宫顶板，白石灵帐的顶部暴露出来，发现帐身为圆筒状，其内也盛有文物。这与县志中的记载相符合，当时隆庆年间启开地宫的地点，应当就在灵帐之上。灵帐撤掉之后，队员又在底部发现金丝鞋、丝织品、钱币等，还发现一个铁质宝函。至此，地宫内已经空空荡荡，文物清理完毕。队员们紧张的身心终于得以放松，陆陆续续准备撤离。韩金科仍然走在最后，也许是出于对自己家乡文物的关心吧，又禁不住对最后一间石室壁上的壁画多看了两眼，感到颇有点像佛教密宗的仪式。他不觉又走近了一些，忽然感觉脚下泥土颇为松软，凭着直觉，他喊了一声：“等一等！”韩伟等人赶忙回来，很快发现这是一个很隐蔽的秘龛，龛很小，正好处在石室北壁正中之下，略呈正方形。刨去浮松的泥土，露出一件夹金织锦包裹的方形物，打开包裹看时，又是一件铁函。这件铁函盛装的是什么，为什么不放在石室中供奉，而要藏在秘龛之中？原来它的背后还有一个惊险的故事呢！其详情却要等打开宝函，知道里面所藏何物才可最终分明。
法门寺真身宝塔地宫的发掘工作，始于1987年2月28日，4月28日清理工作全部结束，正好是两个月的时间。虽然发掘规模不大，但出土文物数量众多，而且价值重大。法门寺真身宝塔地宫中出土的文物包括丝绸纺织品一宗，金银器121件，瓷器16件，琉璃器20件，此外还有钱币7万多枚，珠宝玉器、铜铁器及其他杂器若干。不难看出，地宫虽小，却是一座真正的文物宝库，将法门寺的发现与号称世界第八大奇迹秦始皇陵兵马俑的发现相比，亦非夸耀之词！
大唐宝物称卓绝
法门寺地宫出土的以佛指舍利为首的大批国宝级文物，其数量之多、品类之繁、质量之高、保存之完好，在中国考古史上是罕见的，是至今发现的唐代等级最高，历史背景清楚，纪年明确，历史、科学、艺术价值极高的珍贵文物，包括金银器、丝织品、琉璃器、秘色瓷、石刻等。
121件（组）金银器品类齐全，多有铭文，代表了唐代金银器的最高水平。这些金银器作为皇帝施舍的供品，是集中各地精粹或征召能工巧匠制作的，多数出自皇帝工艺作坊文思院。包括的造像和法器有菩萨像、香案、舍利棺椁、宝函、瑜伽瓶、锡杖、如意、钵盂等，日常生活用具有盆、盒、茶箩子、碗、碟、香炉、香囊、茶碾子、笼子、盐台、风炉灯、臂钏、掸子、棒钵、箸、匙、碟等。
地宫中室出土的鎏金银捧真身菩萨高21厘米，带莲座高38.5厘米，重1926克。菩萨头戴化佛花蔓冠，面容方圆，神情沉静，上身袒露，斜披帛，身上佩饰珍珠璎珞。菩萨双手捧镀金银匾荷叶形盘，单腿跪在莲台上。镀金银匾盘上錾文：“奉为睿文英武明德至仁大圣广孝皇帝，敬造捧真身菩萨永为供养。伏愿圣寿万春，圣枝万叶，八荒来服，四海无波。咸通十二年辛卯岁十一月十四日皇帝延庆日记。”这是唐代皇帝最后一次迎佛骨的见证，当时将佛指舍利迎入宫中，即放入此盘中。
地宫中出土的3枚锡杖引人注目，特别是一枚四轮12环金花银锡杖，长1.96米，堪称稀世珍宝。锡杖又名“声杖”或“鸣杖”，是佛教礼仪中不可缺少的法器。四轮12环金花银锡杖是迄今所见形制最宏伟、工艺最高超的“锡杖之王”。细长的杖身遍体装饰鎏金纹，在凸起的一周仰莲瓣下錾刻出栩栩如生的12缘觉僧。杖首由垂直相交的两个银丝桃形轮组成。轮顶承仰莲流云束腰双层座，座上托置智慧珠一枚。轮四面套雕金花金环12枚。
法门寺出土鎏金提梁银笼
法门寺出土鎏金龟形银盒
出土的金属茶具配置齐全，对研究唐代饮茶史有着重要意义。唐人饮用的成茶为团茶，经过蒸、捣、拍、焙、穿、封6道工序，做成茶饼。金银丝结条笼子和鎏金镂空飞鸿毯路纹银笼子就是贮器。烹煮茶前，要先将茶团饼碾成茶末，鎏金鸿雁流云纹银茶碾子和鎏金仙人驾鹤纹茶罗子就是供碾茶、筛茶之用。出土的还有银盐台、银风炉、银箸、鎏金银龟盒等。这些茶具设计巧妙，工艺精致，是唐僖宗所供奉的。
鎏金仰莲瓣荷叶圈足银碗，高8厘米，口径16厘米，底足径11.2厘米，重233克。造型奇特，整体为一朵莲花形状。碗壁模压两层莲瓣，莲瓣形成口沿。圈足巧妙地翻卷作6片荷叶。工艺为模冲成型，再施以鎏金。
地宫出土的丝织品丰富多彩。数量极大，达千件以上。种类繁多，基本囊括了唐代绫、罗、绢、锦、绣、印花贴金、描金、捻金、织金等品类花色。唐代丝织工艺水平极高，地宫所出更是皇家所用的上品。最引人注目的是几件蹙金绣织品，这是为捧身菩萨特制的衣物模型。其中的蹙金短袖上衣，衣长6.5厘米，袖长14.1厘米，领、袖边缘用捻金线盘钉绣出折枝花饰样，每朵花蕊缀珠一颗，为典型的唐代仕女短袖上衣式样。蹙金绣拜垫长7.5厘米，宽7.1厘米，以两圈金线绣出边框，每边边框中为3朵如意金云；拜垫中心是一大朵盛开的莲花，花蕊以无数同心圆金线组成，蕊外又以金线绣出3层莲花瓣。蹙金绣是以捻金线在织物表面盘成图案，然后用其他丝线把捻线固定，这种绣品是国内首次发现的实物，弥足珍贵。
出土的十几件“秘色瓷”是突破性的重大发现，解决了千余年来的大悬案。关于“秘色瓷”，前人误以为是五代吴越钱氏所烧，这次出土的实物使人们了解到“秘色瓷”就是越窑中的精品，是唐五代宫廷用瓷。出土者包括瓶、碗、盘、碟等用具，釉质晶莹润澈，釉层有透明感，釉色纯正，多为青绿及湖绿色。其中的八棱净水瓶，造型别致，晶莹玉润，瓶高21.5厘米，最大腹径11厘米，口径2.2厘米，细长的颈和腹壁突出八棱的瓶体统一为一体，和谐优美。
出土的20件琉璃器皿是中国和西亚文化交流的物证。中国古代长期从西方输入琉璃制品，价格昂贵，只有王公显贵才能使用，传世品也不多。这20件琉璃器有盘、碟、碗、瓶、托等类，多是伊斯兰琉璃器。贴花盘口细颈琉璃瓶，高21厘米，腹径16厘米，为淡黄色琉璃，瓶体在细颈以下直到瓶底部，装饰着凸棱、黑色琉璃圆饼、多用几何形、淡黄色圆饼、小葫芦状黑色饰物共5层饰物，贴饰繁复，工艺讲究。
释迦牟尼真身舍利闻世
舍利，是指佛身火化后的遗物。真身舍利又称“灵骨”或“金骨”，是佛教徒膜拜的至圣之物。
在法门寺地宫出土的宝物中，最激动人心的是4枚佛指舍利，这一无价之宝的面世堪称世界佛教界的一大盛事。
第一枚佛指舍利原供奉在地宫后室正中的八重宝函内。八重宝函最外一重由檀香木制成，第二重为鎏金盝顶四天王宝函，第三重为素面盝顶银宝函，第四重为鎏金如来说法银函，第五重钝金鎏顶六臂观音宝函，第六重为金筐宝钿珍珠装金宝函，第七重为金筐宝钿珍珠珷玞石宝函，第八重为纯金亭式小塔——四门塔。1987年5月5日凌晨，考古工作者揭开四门塔后，第一枚佛指舍利显露真容。佛指舍利呈管状，白色如玉，长40.3毫米，宽17毫米～20毫米。这天恰值释迦牟尼诞辰日旧历四月初八。
5月9日零时35分，在原供奉于地宫中室汉白玉灵帐中的两重宝函内，发现了第二枚玉质佛指舍利。
八重宝函中发现的佛骨经专家鉴定，系白玉制成，即平常所说的“影骨”，而佛的真身舍利何在？在接下来的工作中，队员们又在汉白玉灵帐中发现了一个秘藏的铁函！铁函锈蚀相当严重，开启相当费劲。打开后，其中又有一木函但已腐朽，木函内有丝织品重重包裹，揭开丝织品后，一件鎏金银棺赫然显现。打开银棺后，在其中又发现了一枚佛骨舍利，其色泽大小几乎与八重宝函中的相同。又一枚佛骨舍利面世了。这枚舍利经专家鉴定，为佛指骨舍利，也是“影骨”。文献中记载的佛祖真身舍利仍迟迟不肯展现其稀世灵光！
无奈之中，队员们又把注意力转到了后室地下小龛中出土的铁函上。这件铁函藏于地下，本身就说明其背后应有一段鲜为人知的故事，但唐皇室供奉舍利，建造地宫时，它仍被置于地下，不引人注意，又说明其身世并不十分显赫。因此，考古队员一直将其放置一侧，而先选取了位置显赫的八重宝函进行清理保护。
在久觅未果的情况下，这个铁函的清理才正式开始。这铁函的锈蚀程度亦很严重，好在其用锁扣封闭，截断锁扣后，开启它就轻而易举了。
铁函中的水晶棺最终开启后，一枚佛骨呈现在人们面前。灵骨呈乳黄色，上有裂纹，腊质感较强，还隐约可见零星霉点附于骨上。专家的鉴定结果还没出来，人们已经预感到，这正是文献中记载，考古队员梦寐以求，法门寺高僧昼思夜想的释迦牟尼真身舍利！这枚真身舍利的出世，立即令所有的影骨舍利黯然失色，它不仅仅在中国，在世界上也是独一无二的！世界各地的佛教信徒找寻了百年、千年，终于在中国，在陕西，在法门寺找到了！因此它不仅是一件珍贵的文物，更是佛教信徒崇拜的至高无上的圣物！
其后，考古队员又在阿育王塔的精舍中发现了第四枚佛舍利影骨。四枚佛骨舍利相继出世，一时间，法门寺上空祥云四集，百鸟鸣唱，关中名刹法门寺轰动了整个世界！
法门寺博物馆
法门寺博物馆在法门寺西侧，主要由多功能厅和珍宝阁组成。多功能厅供接待、报告、会议和放映录像。珍宝阁是主体建筑，采用地宫出土文物中鎏金唐代舍利方塔的造型风格，共分三层，底层半地下室，是文物库房和研究室，周围汉白玉栏杆像洁白的绸带将整个建筑托出地面；由底层平台踏上30级花岗岩台阶，便步入二层、三层文物陈列厅。法门寺出土的文物，除部分在陕西历史博物馆收藏展出外，多数收藏在这里，并精选300多件展出。这所博物馆规模虽不大，但结构精巧，外观古朴庄严，雍容典雅，内部设施先进，功能齐备，是全国设备最先进的博物馆之一。
佛经
法门寺倒塌后，从废墟中发现原先珍藏在塔内的多种佛教经卷，包括宋版《毗卢大藏经》16卷，元代至和年间《普宁藏》579卷，《碛砂藏》36卷。宋刻《毗卢藏》存世极少，弥足珍贵。更珍贵的是元刻《普宁藏》，它原先只在山西崇善寺有前半部分，这里发现的是孤本。它们不仅为研究佛经提供了善本、孤本，而且对了解古代印刷技术演进提供了实物资料。
碑石
《大唐咸通启送岐阳真身志文》碑记载了佛舍利的由来，历述从元魏二年到唐咸通十四年间，关于法门寺的重大佛事、政治活动，寺、塔的修建情况，详述了最后一次迎送舍利的过程和有关人物。《监送真身使随真身供养道具及恩赐金银器衣物帐》碑开列奉献舍利的物品清单。这两块碑石均出土于地宫，碑面完好，除供历史研究外，也有较高书法艺术价值。
地宫中的石刻艺术品彩绘护法石狮后股着地，前足直立，仰首挺胸，张目怒视。与唐陵石刻相比，这对护法狮更着重强调了神态的刻画：双目圆睁，锁眉至额，张嘴露齿，跃跃欲搏。
丝织品
唐懿宗、僖宗、惠安皇太后、昭仪、晋国夫人等共奉赠袈裟、袄、鞋、冠、裙、拜垫等各种丝织品700多件。这批织品的质地与织造技术，远远超出以往任何发现。按织造技术说，有锦、绫、罗、纱、绢、绣等种类；加工技术有蹙金绣、蹙平绣、贴金绣、贴金加绣、绣加绣金等；印染技术有镂花版印花、凸版印花、描金绘花、木版人物画等。其中大红罗地蹙金绣袈裟、蹙金绣大团花拜垫均为织金锦。这种神奇的技术虽在汉代已见于记载，但在这里首次发现实物之前，许多人感到难以置信。锦上的鎏金丝，是以丝线作芯，用比头发还细的金丝一圈圈缠绕而成，金线直径平均0.1毫米，最细处0.06毫米，技艺巧夺天工。据说，现在也只能制出0.2毫米粗的捻金丝。观赏这些珍贵的丝织品，不禁使人想起杜甫的诗句：“绣罗衣裳照暮春，蹙金孔雀银麒麟。”唐代淑女佳人着锦披纱，翩翩起舞的倩影，似乎出现在眼前。
瓷器
这批瓷器有瓶、盘、碗、碟等器皿，全是唐僖宗赠献的秘色瓷。秘色瓷名称早见于记载，指古代名窑进贡朝廷的特殊精品，其釉药配方、制作工艺严格保密，因此，过去对它的产生年代、产地、色泽等众说纷纭。法门寺地宫的发现揭开了这个千古之谜。这批罕见的秘色瓷有几个特点：一是专用于皇家，庶民百姓不得僭用；二是产于南方越窑，专为皇宫进贡生产；三是釉色以青绿为主，通体施釉，釉色清丽晶莹，柔润均匀，釉质有透明感，个别器皿施黄釉，显得金光灿烂。瓷器外胶以黑漆，上扣金银镂孔簇花飞鸟，足沿与唇沿带银扣；四是造型硕大，规整稳健，胎质细腻，釉色均匀。总之，它们是唐代瓷器工业的高精尖产品，充分反映了当时的最高工艺水平。
琉璃器
