病毒的发现是从烟草花叶病毒的研究开始的。
在病毒大家庭中，烟草花叶病毒有着特殊的地位。无论是病毒的发现，还是后来对病毒的深入研究，烟草花叶病毒都是病毒学工作者的主要研究对象，起着与众不同的作用。
1886年，德国人麦尔把患有花叶病的烟草植株的叶片加水碾碎，提取出汁液注射到健康烟草的叶脉中，结果健康的烟草也患上花叶病了，实验证明这种病是可以传染的。通过对叶子和土壤的分析，麦尔指出烟草花叶病是由细菌引起的。
1892年，俄国的伊万诺夫斯基将麦尔的试验再进行了一次，证实了烟草花叶病是由细菌引起的，而且进一步发现，患病烟草植株的叶片汁液，通过细菌过滤器后，细菌已经被过滤的情况下，健康的烟草植株还是能发生花叶病。这种现象起码可以说明，治病的病原不是细菌，但伊万诺夫斯基将其解释为是由于细菌产生的毒素而引起。生活在巴斯德的细菌致病说的极盛时代，伊万诺夫斯基没有仔细进一步思考这种现象发生的原因，从而错失了一次获得重大发现的机会。
1898年，荷兰细菌学家贝杰林克在实验中同样证实了麦尔的结论，他在实验的时候也出现了与伊万诺夫斯基一样的情况，他发现烟草花叶病病原能够通过细菌过滤器。但贝杰林克想得更深入，他把烟草花叶病株的汁液置于琼脂凝胶块的表面，发现感染烟草花叶病的物质在凝胶中以适度的速度扩散，而细菌仍滞留于琼脂的表面。在这个实验中，贝杰林克敏锐地觉察到引起烟草花叶病的致病因子有着与细菌不同的特点，并且随后总结出三个特点：能通过细菌过滤器；仅能在感染的细胞内繁殖；在体外非生命物质中不能生长。根据这几个特点他提出这种致病因子不是细菌，而是一种新的物质，称为“有感染性的活的流质”，并将这种第一次出现在人类视野中的事物取名叫病毒，拉丁名叫“Virus”，神奇的病毒自此“诞生”了。
几乎是同时，德国细菌学家费罗施和勒夫勒在研究牛口蹄疫时发现，引起牛口蹄疫的病原也可以通过细菌过滤器，从而再次证明病毒是真实存在的。
