事也凑巧。正当马士英忙于应付左良玉的时候，左良玉突然呕血而死。左军遂停顿不前，“清君侧”也就不了了之。史可法迅速率军赶往扬州布防，但为时已晚。清军把扬州围得水泄不通。史可法率全城军民誓死抗战。由于实力过于悬殊，不久扬州被攻陷，史可法以身殉国。扬州一破，南京危在旦夕。5月19日，清军攻入南京。仅存一年零四天的弘光王朝在中国历史上被永远地抹掉了。
早在南京行将陷落之前，一片混乱。豪门富室、达官贵人纷纷卷起金银细软仓皇出逃。五月十一日黎明，钱谦益乘轿来到马士英家，准备商讨守城大计。但见马家门庭纷然，一派忙碌慌乱景象。不久，马士英便从屋里出来了。只见他小帽快鞋，一身便装。“想逃跑，胆小鬼！”钱谦益在心里暗骂一声，正要搭话，只见马士英向钱谦益一拱手，说：“惭愧，惭愧。我家有老母，看来不能随你一起殉国了。”随后，他带着他的老母和十几车金银财物，在四百多名家丁亲兵的簇拥下仓皇逃走。
由于马士英平日作恶多端，因此他不论走到哪里都遭到人们的唾骂和白眼。路人见了都像躲瘟神一样纷纷回避。逃至乡下，家家户户都赶紧关上大门，闭门不出。马士英连水都难讨到一杯，更别说吃饭问题了。他逃至广德府（今属安徽），知府赵景如坚决拒绝马士英入城。马士英苦苦哀求，但无济于事，只好指挥护卫攻破城门，才得以人城。
在处处遭受冷遇后，马士英又想投奔鲁王朱以海，遭到鲁王手下大臣的一致反对。于是他又转而投向盘踞在福建的另一个南明小朝廷隆武政权，但同样遭到拒绝。
马士英处处碰壁，在走投无路的情况下结束了罪恶的一生。关于马士英的死，史书上说法不一。一说他在方国安军队被击败后与阮大铖一起投降了清军，被斩于延平（今福建南平）城；一说他逃到台州（今浙江临海），躲进四明山削发为僧，终为清军俘获。清军剥掉他的皮，装上草，树立在路旁，供路人谴责、唾骂。不管怎样说，有一点是可以肯定的，即马士英未得善终。
马士英的一生，是“庸琐鄙夫，饕残恣恶”。他之所以能成为当时呼风唤雨的显赫人物，首先要归因于：明末朝政萎糜，纲纪崩坏的混乱政治局面给他提供了发迹的机遇。阮大铖因名挂逆案而备受朝野人士的唾骂和冷落，但他的落魄却成为马士英步入官场的跳板，使得马士英犹如插在牛粪堆上的一枝花而意外地受到青睐。然而深藏在内心的恶劣本质决定了马士英不是一个能给南明政权带来福音的救星，相反正是他加速了南明弘光政权的灭亡。马士英自从掌握了弘光朝大权后，就像一个输红了眼的赌徒一样已把自己押在了弘光政权上。他结党营私，残害忠良，搜刮民财，以满足他的权力欲和金钱欲，耗尽了弘光朝仅存的一点精气。弘光政权覆亡了，历史也宣判了他的死刑，马士英最终落得个遗臭万年的可耻下场。
张煌言
张煌言（1620年～1664年），字玄著，号苍水，浙江鄞县人，出身士绅家庭，是明末清初一位杰出的爱国将领，史学界素将他与郑成功、李定国并举，认为是抗清斗争后期涌现出来的三位最突出的爱国将领。
少年得志
张煌言11岁丧母，父亲到北京担任小官吏，一直把他带在身边。当时，满洲贵族的后金政权（后改称清朝）派兵绕道进入直隶。敌骑蹂躏当地人民的惨况，给张煌言幼小的心灵留下了深深的痕迹。由于明朝政治日益腐败，张煌言的父亲辞官回乡，课子读书，并请人教习武艺。张煌言16岁参加县试，加考骑射，他三箭皆中，与试者无不惊服。
据说张煌言年少时放荡不羁，喜好赌钱，赢了钱后就呼酒买醉。有一天，他喝醉了躺在社祠中，梦中有个神仙对他说：“君宜自爱，他日成大事者，君也。”张煌言从此感悟，开始努力读书。
公元1642年，张煌言考中举人，还没有来得及去京会试，国内形势就发生了急剧的变化。这一年，明朝军队在松山（锦州附近）和清军决战，再吃败仗，洪承畴投降满清，山海关外土地全部丧失。紧接着，1644年春，李自成率农民起义军攻取北京。清军在明朝山海关守将吴三桂的指引下入关，击溃李自成农民军，攻陷北京，建立起中国历史上最后一个封建皇朝--大清帝国，然后清军挥戈南指，铁骑长驱直入，践踏中原大地，民族矛盾成为主要矛盾。年仅26岁的张煌言听说后，“愤不欲生”，为了挽救民族危难，毅然投笔从戎，开始了抗清的战斗生涯。
当清兵入据北京之初，明朝一些官员在南京拥立福王朱由崧为帝，建立了南明小朝廷。但它仅仅存在了一年时间，就被清朝灭掉。清兵趁势进犯浙江。浙江人民没有屈服，各地纷纷起义，保卫家乡。张煌言参加了宁波举义，并迎鲁王朱以海来绍兴监国。与鲁王政权建立的同时，唐王朱聿键也被福建军阀郑芝龙拥立称帝。1646年，清兵进犯闽浙，郑芝龙降清，唐王被俘，绝食而死。张煌言匆忙辞别父亲妻儿，追随鲁王泛海出走。
出生入死
鲁王在福建长垣再建临时政权，声威复震。奉鲁王之命，张煌言与定西侯张名振重返浙东，招集散亡，筹建军队，并图收复长江下游地区。这时候，南明最后一个皇帝永历政权桂王朱由榔的军队，正在西南与清兵战斗。原张献忠部将李定国率军队攻克桂林之后，又攻入湖南，在衡州大败清兵，准备顺长江东下，特地约会张煌言东西夹击。
1654年十二月，张煌言一战攻克崇明，然后与张名振溯江直上，在镇江登陆，并在镇江西北的金山驻扎了几天。但由于西南方面军队未按约定时候赶到，只好暂时撤回崇明岛。两个月后，清兵大部分调离南京去迎战李定国，长江下游兵力薄弱。张煌言决定再攻南京，一路攻打重镇镇江，他自己则直捣南京。但由于福建郑成功方面的主力没有出动接应，同时，镇江方面的战斗失利，张煌言在战略上既处于不利地位，只得放弃攻城，撤回舟山。
这之前天下的局势是：李定国率军八万东出广西，下桂林，又攻入湖南、广东，“两蹶名王，天下震动”；同时，孙可望派刘文秀出击四川，克复川南；张煌言此时也接受了永历封号，也发动了攻势。按照实现计划，三方应该在长江会师，假若实现的话，江南一举可以收复。十分可惜，这次以钱谦益为核心精心策划的大行动失败了！
郑成功不出兵是因为有他自己的小算盘，而西南方面军队迟迟不到，则是因为这时候永历政权正忙着搞内部争斗。孙可望大权在握，逐渐滋长称帝之心，挟永历朝廷以自重。永历帝如坐危城，为了自保，与朝臣合谋，偏偏在这个东西会师的关键时刻，两次召李定国统兵入卫。于是本来要赶去与张煌言会师的李定国从湖南匆匆回师广东，但不料永历帝谋泄，孙可望派人到安龙问罪，意图找出每一个参与策划以及与李定国联系的人；但永历皇帝禀性难移，不愿承认他自己的责任。于是孙可望将十八名朝臣下狱、杀害，这就是南明史上有名的“十八先生之狱”。这一史事，《明史》、《清史稿》和《永历实录》、《安龙纪事》等历史著作均有记载。在这种情况下，孙可望为了保护自己的利益，自然也不会派刘文秀出师援助张煌言。
不久，李定国和郑成功在广东会师的计划也失败了，于是他率军亲赴安龙，打算从孙可望的控制下救出永历帝朱由榔。孙可望派人阻截李定国军北上，甚至下令“凡定国必过之地尽焚刍粮，以绝其归路”。1656年，李定国拥永历帝至云南，次年又大败孙可望，孙可望势穷降清。孙可望降清后，云贵虚实尽为清军所知。1658年，吴三桂率清军攻入云南。次年初，下昆明，永历帝出逃缅甸。李定国率全军设伏于磨盘山，企图一举歼灭敌人追兵，结果因内奸泄密失败。
如此，自己人跟自己人斗了个翻天覆地，真是“亲者痛，仇者快”！纵观南明历史，这样的事情真是数不胜数。就这样，钱谦益等人精心策划的长江会师计划由于南明政权内各怀心思，各自为战，忙于内耗，不幸而失败了。
张煌言两次进军长江，尽管都不得已撤退，却极大地鼓舞了人民的抗清斗志。第二年，张名振“中毒卒，遗言以所部属煌言”（《清史·卷224·张煌言传》）。当时传闻纷纷，都说张名振之死是由郑成功下毒所致，“名振遇毒，议者皆咎成功，以故失浙海将士心”。
公元1658年，永历帝朱由榔自西南遣使，封郑成功为延平郡王、招讨大将军，张煌言为东阁大学士兼兵部尚书。于是，闽浙两处加紧备战，共图大举。1659年春，清兵分三路攻入云南。为了牵制清兵，保住永历朝廷，再图恢复，张煌言驰书郑成功，请他火速出兵，北入长江。五月，郑成功率十七万精兵出发。张煌言率领本部将士六千人，与郑成功会师，并充任先头部队，挺进长江口。
瓜州地处运河与长江交汇处，是清兵南下增援的要路。在这里，清兵设下拦江铁锁，两岸又设西洋大炮数百门。狭窄的江面上，清兵还扎就巨大的木筏，筏上建筑城堡，浮泛水面，称做“木浮营”。真是水下鱼难过，天上鸟难飞。张煌言率军担当突破江面封锁的任务，郑成功则派陆军去夺取江岸炮台。潜水士兵截断了拦江铁锁，张煌言立即指挥舰队进攻。这时，两岸炮台发炮如雨，清兵的木浮营也从水面顺流而下，万箭齐发。张煌言命令自己所乘的舰船直冲向前，将士们见此情景，更加拼力死战，一举夺下三座木浮营，江岸炮台的清兵竞相溃逃。随后，郑成功大军开到，全歼守敌，攻克瓜州。一时江浙大地憾动，湘赣鲁豫等省志士纷纷前来联系，准备响应。清廷上下震惊，顺治帝甚至准备“东还”了。
瓜州大捷后，郑成功率陆军攻取镇江，以阻遏敌人增援。张煌言则带水军直捣南京北面的观音门。不久，镇江克复。张煌言闻讯后，一面写信要郑成功加速从陆路直趋南京，以争取时间；一面命令部队昼夜行军，赶赴南京。六月二十八日，张煌言的水军抵达观音门。
当时，南京守备疲弱，士兵情绪低落。这时，如果郑成功大军及时赶到，南京一攻即破。可惜郑成功仍取道水路，行进迟缓，而清兵却从滇黔方面撤回一部分兵力，日夜兼程赶来，攻城良机终于失去。五天以后，郑成功大军抵达南京城下。这时，张煌言派往上游的部队已攻取江浦城。芜湖的清将也请求投降。芜湖，是沿江关键重镇。郑成功请张煌言驻军芜湖，经营上游军事。
七月初七，张煌言抵达芜湖。他分兵四路：东出溧阳，西镇池州，北取和州，南入宁国。自己则驻节芜湖，总理军务。长江两岸人民热望故国的军队，已有十五年了。张煌言这次率军到来，百姓争相传告，喜悦万分。地方官员也纷纷归顺投诚。旬日之间，光复城池竟达四府三州二十四县。部下水陆军也增至万余人。这时，湘赣鲁豫等省志士，纷纷前来联系，或提供敌军情报，或约期起兵响应。张煌言面对这一连串辉煌胜利，更是无比欣慰。他日夜部署诸军，拟直取九江，打通与滇黔联系的道路。一时江淮半壁为之震动。就在这时，郑成功大军在南京遭受了严重挫折。原来张、郑分手后，郑成功疏于警戒，误中敌人缓兵之计。他没有分兵攻取周围城邑，而只是屯兵南京城外，静候清兵投降。七月二十三日，守城清兵倾城而出，发动突然袭击。郑成功仓促接战失利，大将余新、甘辉被俘，士兵伤亡惨重。
南京战败消息传到芜湖，张煌言立即写信给郑成功，要他切勿全军东撤，只要坚守镇江，自己还可保有上游各城，“天下事尚可图也”。可是，这封信已经无法送达了。郑成功在突遭失利之后，已放弃镇江，并撤出驻长江流域的军队，回师金、厦去了。
郑成功军队既撤，清兵便专一对付张煌言。张煌言孤军深入，兵少粮缺，陷入极端危险的境地，最后全军溃散。张煌言身边只剩下一个僮仆，在各地百姓们的掩护下，他辗转跋涉二千余里，花了大半年的时间，才脱险回到浙东。随后，张煌言一面重整军队，一面总结经验教训，写下了《北征得失纪略》一文。1660年，张煌言率部回到临门。
这时，清廷企图乘张煌言和郑成功新败之际，一举消灭浙闽抗清力量。于是分兵数路继续扫荡。他们逮捕了张煌言的妻子和儿子，接着，下令沿海居民一律迁入距海三十里以内的地区，严禁舟船出海，企图断绝人民群众与抗清队伍的联系。
