崇祯帝即位，杀魏忠贤，阉党事败。崇祯元年（1628年），徐光启官复原职，八月，充日讲官，经筵讲官，为天子师。崇祯二年，他又升为礼部左侍郎，三年升礼部尚书，已是朝廷重臣。这期间，徐光启对垦荒、练兵、盐政等方面都多所建白，但其主要精力则是用于修改历法。前此自从与传教士接触之后徐光启即留心天文历法。万历四十年（16l2年）就有入推荐由徐光启督修改历，末成。至此崇祯二年（1629年）五月朔日食，徐光启恢西法推算，其结果较钦天监为密，九月，朝廷决心改历，令徐光启主持。徐光启从编译西方天文历法书籍人手，同时制造仪器，精心观测，自崇祯四年（1631年）起，分五次进呈所编译的图书著作。这就是著名的《崇祯历书》，全书共46种，137卷。别人亲见并记述了他的这段生活，说他“扫室端坐，下笔不休，一榻无椎……冬不炉，夏不扇……推算纬度，昧爽细书，迄夜半乃罢。”（张溥为《农政全书》所写的序）这时，徐光启已70岁了，但其研究热情不减，亲自实践，目测笔书，融汇中西，不愧为一代科学家的风范。
崇祯五年（1632年）六月，徐光启以礼部尚书兼东阁大学土入阁，参予机要。“每日入值，手不停挥，百尔焦劳”，“归寓夜中，篝灯详绎，理其大纲，订其细节”，这正是他宰相兼科学家繁忙生活的写照。如此繁忙，不久，他就病倒了。这年十一月，加徐光启为太子少保。崇祯六年（1633年）八月，再加徐光启太子太保、文渊阁大学士兼礼部尚书，至此，他已是位极人臣了。十一月病危，仍奋力写作“力疾依榻，犹矻矻捉管了历书”，并嘱家属“速缮成《农书》进呈，以毕吾志”。可谓为科学研究，直至最后。十一月七日，一代哲入逝世，终年72岁，溢文定，墓地现存于上海徐家汇徐墓公园。
刘宗周
刘宗周（1578年～1645年），明代最后一位儒学大师，也是宋明理学（心学）的殿军。他著作甚多，内容复杂而晦涩。他开创的蕺山学派，在中国思想史特别是儒学史上影响很大。清初大儒黄宗羲、陈确、张履祥等都是这一学派的传人。刘宗周的思想学说还具有承先启后的作用。当代新儒家学者牟宗山甚至认为，刘宗周绝食而死后，中华民族的命脉和中华文化的命脉都发生了危机，这一危机延续至今。
仕途坎坷
刘宗周，初名宪章，字起东（一作启东），号念台，浙江山阴（今浙江绍兴）人。后因讲学于山阴县城北蕺山，学者尊称为蕺山先生。他出生后不满一岁，父亲就去世了，因此，自幼随母依养于外祖父章颖家中。
章颖字叔鲁，别号南洲，是当时浙东一带很有名气的儒者，精通《易》学。年青时期屡试不第，遂以讲学为生，与族兄章礼、章焕号称章氏三杰。他有一套独特的教学方法，故门生之中不乏擢高第、登显宦的人，如徐阶、陶望龄、周应中等著名学者和官僚都出自他的门下。
刘宗周受到外祖父的培育，学问日进。17岁时，又从鲁念彬学习制艺。由于他本人的努力，加上先生善于造就，只用了一年左右的时间，刘宗周的八股文就做得很好，为以后登第创造了条件。
万历二十五年（1597年），刘宗周考中了举人，4年以后，考取了进士。但因母亲去世，他没有受官。后来经人介绍，他又师从湖州德清学者许孚远。
次年（万历三十二年，1604年），刘宗周北上京师赴选，任行人司行人。路过德清，拜别许孚远，当时朝政黑暗，权臣当道，朋比为奸，排斥正人。万历皇帝昏庸腐朽，深居官中，服食炼丹，数十年不出，大明江山，已是“山雨欲来风满楼”之势。刘宗周任官不到一年，就以侍亲为由，告辞还乡。不久，外祖父、祖父相继去世，他承重守制，于居丧之暇，在大善寺僧舍延课生徒，以此为生。他闲居七年，贫病交加，敝衾破缶，衣食不继，往往靠借贷度日。但他足迹不至公庭，官吏有慕名造访的，他也拒而不见。
万历四十年（1612年），因人推荐，朝廷下诏恢复刘宗周行人司行人的旧职。在北上途中，路过无锡，拜访高攀龙。高与顾宪成都是当时的理学巨子，又是东林书院的创建人，天下士大夫仰之为泰山北斗。刘宗周在无锡短暂停留，与高相互切磋学问，有问学三书，一论居方寸，二论穷理，三论儒释异同与主敬之功。从此刘宗周论学更反躬近里，从事治心之功。
当时东林党人与朝中大臣互相攻讦，形同水火。刘宗周上《修正学以淑人心以培养国家元气疏》，指出当时廷臣日趋争竞，党同伐异之风行，而人心日下，土习日险。他希望朝廷化偏党而归于荡平，不必以门户分邪正。这篇奏疏对当时的党争作了持正的分析，不全以东林党人为是，也不全以东林党的政敌为非。但朝中党派倾向已很明显，刘宗周在前疏中发明顾宪成之学，被认为同情东林党。他鉴于群小在位，党祸将兴，就申文吏部，请给假放归。这时江西巡抚韩浚上疏弹劾刘宗周，比之为少正卯，说他“行伪言坚”，足以乱天下而有余，乞赐尚方加诛，以为惑世诬民之戒。归于顾，刘廷元又相继对他进行攻击。于是他踏上了归乡之路。解官后，刘宗周的心情反而觉得轻松。他早就想潜心学问，摆落世事的缠绕。
刘宗周家居三年。这期间，他的学术思想日渐成熟，名声远扬。而这时明朝的内忧外患也越来越严重，东北的满洲日益强大，明军连年失利；朝中则党争不已，政治腐败。刘宗周虽身在江湖，但还是心系魏阙，不在其位，并非不谋其政。
明熹宗即位，登用东林党人，刘宗周被起用为礼部仪制司添注主事。这时熹宗乳母客氏、近侍魏忠贤干预朝政，刘宗周上疏参劾。疏入，传旨廷杖六十，幸得叶向高相救获免。当时上书者多请逐客氏，而纠弹魏忠贤，则自刘宗周始。后来魏忠贤大兴党祸，扰乱国家，刘宗周不幸而言中。天启三年（1623年），刘宗周升为尚宝少卿，旋告归。
独自讲学
刘宗周被革职后，闲居讲学达四年之久。在这一时期，明代闭祸达到顶峰。东林、首善等讲学书院被毁，并榜东林党人姓名于天下。很多士大夫被削籍为民、逮捕入狱甚至被处死，知识界遭受到空前浩劫。天启五年（1625年）七月，杨涟、左光斗、袁化中、魏大中、周朝瑞、顾大章等“六君子”先后被魏忠贤掠杀于镇抚司狱中。这六人之中，有好几位都是刘宗周的密友。刘宗周知道他们的死讯，以悲愤的心情写了一篇《吊六君子赋》。随后，密友高攀龙自沉于止水，黄尊素也被杀害。刘宗周本人也被列入了黑名单。不久熹宗崩，信王朱由检嗣位，改元崇祯，大赦天下，解除了党禁，斥逐阉党，为死难者恢复名誉，给还削籍诸臣官诰。刘宗周才幸免于难，被起用为顺天府尹。崇祯即位之初，即欲改弦更张，励精图治，朝政出现了一些新气象，明朝的社稷似乎有了一线新希望。刘宗周饱含热情，来到北京，上《面恩预矢责难之义以致君尧舜疏》，希望崇祯“超然远览，以尧舜之学，行尧舜之道”，崇祯认为这是迂阔之言。崇祯求治心急，人才、饷粮、流寇、边患等常萦绕在心，希望群臣能拿出一些行之有效的具体措施。刘宗周却认为这些都是刑名之术，近于功利，人主应以仁义为本。因议论不合，他只作了一年顺天府尹，就告病回乡，与陶爽龄成立“证人社”，会集同志讲学。会期定于每月的三日这天，辰集午散。刘宗周撰定《证人社约》，分为学撤、会仪、约言、约戒四部分，作为证人社的章程。后来刘宗周将证人社历次会讲编为《证人社语录》。
这以后，刘宗周又独自讲学，先后著《第一义》等说，辑《乡约小相编》、《刘氏宗约》、《圣学宗要》，著《证人小谱》，又辑《孔孟合壁》、《五子连珠》等书，一方面对程朱陆王的学说进行筛选，另一方面继续自己独立的思考和学术活动，完善自己的哲学思想。
崇祯九年（1636年），朝廷诏升刘宗周为工部左侍郎。此时东北满洲已建国号为清，日益强大；明王朝内部人民起义已经如火如荼，江山已摇摇欲坠，崇祯求治的希望化为泡影。刘宗周多年赋闲，对明王朝的痼疾了解得很清楚。冰冻三日，非一日之寒，急功近利，是无法解决国家的根本问题的。他希望能从皇帝本人做起，先修德治心，亲近儒臣，这才是为治的根本。他向崇祯上《痛切时艰直陈转乱为治之机以仰纾宵旰疏》，历数从前弊政，请崇祯帝更调化瑟。他说：
抑臣闻之，有天德者然后可以语王道，其要在于惧独。故圣人之道，非事事而求之也。臣愿皇上视朝之暇，时近儒臣，听政之余，益被经史，日讲求二帝三王之学，求其独体而慎之，则中和位育，庶几不远于此而得之。
刘宗周向崇祯推销自己的“慎独”之学，崇祯帝当然不会感兴趣。这位后来的亡国之君急求向往的是如果打退清兵，平息内乱，如何筹集军饷，解决财政危机。他认为刘宗周的话是迂阔无用的陈词滥调。疏中刘宗周对他的所作所为加以批评，这位刚愎自用的皇帝不想再听逆耳之言，龙颜大怒，传谕内阁，想加以重处。后来他又想，刘宗周素有清名，不妨放他一马，我也乐得一个能容直言的名声。刘宗周才得以平安过关。也许作名儒比作名臣容易一些，刘宗周入朝后，很有些勉为其难。他在给儿子刘伯的信中说：
勉强拜命，真如牵羊人屠肆耳。及既拜命，则不便再容易抽身，只得以老病之身许之君父，意欲得当以报君恩，以了生平耿耿之怀，是以有前日之疏。
既然入了朝廷；食了君家的俸禄，就要为朝廷分忧。但犯颜直言吧，人家认为迂阔，不高兴，不说吧，又对不起自己作为孔孟之徒的良心。刘宗周就是以这种心情，勉强入仕。他始终认为，人心为祸之烈，皇帝躬亲庶务之非，必须自去其聪明，慎独用贤，昭世教以正人心，崇儒重道，始可救衰亡于万一。但他对国家大事的关切，得不到皇帝的赏识。这时有人上疏说“刘宗周才谓不足而道学有余，主治未获经纶之益，甄士殊多砥砺之功”，于是刘宗周再次告病求归。行至德州，上《微臣身切时艰敢因去国之辙恭申慰悃兼附刍荛之献疏》，极言贤奸颠倒，任用匪人之祸，崇祯大怒，降旨：“刘宗周明系比私敌政，颠倒是非，姑著革职为民！”
政治上的失意，却换来了学术上的丰收。刘宗周从宦海漩涡之中解脱出来，将更多的时间投入讲学与著述之中。在他的学术主张中，“诚意”、“慎独”始终占据了重要地位。但直到这时，他才把自己关于《大学》“诚意”、《中庸》“已发”、“未发”的学说向学者系统地公开，刘宗周的哲学思想已臻于定型。
崇祯十一年（1638年），刘宗周完成了《阳明先生传信录》一书的删定。他做这项工作的目的，是要纠正王学末流之弊，故选录他认为功夫最切近、最合于王阳明早年笃实精神的部分，并加了按语，反复辨析，澄清混乱。早在天启六、七年间，刘宗周就辑过《皇明道统录》一书，共七卷，体裁仿朱熹《名臣言行录》，首记平生行履，次抄语录，末附断语，褒贬俱出独见。该书对当世推为大儒的薛（王宣）、陈献章、罗钦顺、王畿等人都有贬词，而对曹端、胡居仁、陈选、蔡清、王守仁、吕（木冉）诸人无间言。当时他特别推崇王阳明，说：
先生承绝学于词章训治之后，一反求诸心而得其所性之觉日良知，因示人以求端用力之要日致良知。良知为知，见知不囿于闻见；致良知为行，见行不滞于方隅。即知即行，即心即物，即静即动，即体即用，即功夫，即本体，即上即下，无之不一，以救学者支离眩骛务华而绝根之病，可谓震霆启寐，烈耀破迷，自孔孟以来，未有若此之深切著明者也。
但是，因王阳明的学说与朱熹之说不无抵牾，且极力表章陆九渊，故有人疑“良知”之说或出于禅。刘宗周虽然承认阳明之学“从《五经》中印证过来，其为廓然圣路无疑”，但又说：“特其急于明道，往往将向上一几，轻于指点，启后学躐等之弊有之”。由于王阳明语焉不详，后学之人曲解了他的意思流入禅学，这在阳明弟子王畿（龙溪）那里表现得尤为明显。刘宗周批评说：“至龙溪直把良知作佛性看，悬空期个悟，终成玩弄光景，虽谓之操戈入室可也。”操戈入室，指入禅门之室。如关于有名的“四句教”，刘宗周认为考之《阳明集》中并不经见，为阳明的未定之见，平日虽曾说过这样的话，但未敢笔于书以滋学者之惑。至王畿始云“四有之说，猥犯支离”，势必进之四无而后快。刘宗周批评说：
既无善恶，又何有心意知物？终必进之无心无意无知无物而后玄。如此，则致良知三字著在何处？
王畿“四无”说，认为“心是无善无恶的心，意是无善无恶的意”，将心中本来具有的“意”的至善品格抹杀了，只剩下一个空寂虚无的心，这样，就堕入了禅学，使“致良知”三字没有了着落。
刘宗周虽然没有过多地对王阳明进行正面批评，但他认为王阳明在有些问题上语焉不详可能导致后学者误入歧途。因此，他极力辨解王阳明“似禅而非禅”。王阳明主张“看喜怒哀乐未发前气象”本身没有错，这正是儒家修养的正途，错的是他不知先天有止，却叫人在念起念灭时用为善去恶之力，终非究竟一着，故失之粗。
