风暴、寒冷和饥饿以及渺茫的海峡探索，造成了海员们的抱怨甚至对抗。在4艘西班牙人当船长的舰船上，他们利用海员的这种不满情绪，开始阴谋反对麦哲伦。他们提出的口号：增加口粮，掉转船头回家去，不再寻找毫无踪影的海峡了。
面对这些挑衅，麦哲伦的回答是坚定的，他必须履行与西班牙国王签署的协定，遵照国王的命令，在没有找到海峡以前，决不能半途而废。至于口粮，他表示只要不浪费粮食，有计划地供应，完全可以保证需要。因此，麦哲伦要求海员们拿出勇气，去克服困难，同时也答应把国王的赏金发给大家。
但这样的解释和劝说，并没能阻止事变的发生，相反，海员们的反感情绪更加严重了。
1520年4月1日，这天正是基督教复活节前的礼拜日。麦哲伦邀请一些船长、舵手和其他重要工作人员上岸举行弥撒（天主教每个礼拜例行的宗教仪式），事后又请他们到旗舰上共进午餐。大部分船长和舵手都应邀上岸了，只有缅多萨、凯萨达和缅多萨看守的罪犯卡尔塔海纳没有上岸。
西班牙船长的阴谋叛乱计划，事先经过周密的考虑，招待中又非常谨慎。当天晚上，凯萨达和卡尔塔海纳带领了30名武装人员，把小艇悄悄驶近沉睡的“圣安东尼奥”号，夜间，船上没有值班人员，谁也没有想到在这荒无人烟的海湾会有敌人来袭击？
以卡尔塔海纳和科卡为首的叛乱分子，从小艇登上软梯爬到“圣安东尼奥”号船上，由曾在这只船上工作过的军官摸黑带路，直接来到船长室。麦斯基塔船长还在睡梦之中，持枪拿刀的歹徒就包围了他的船舱，瞬间被戴上手铐，送进文书的小屋关了起来。歹徒们惊动了熟睡的舵手埃洛里亚卡，他翻身起床，发现事情不妙，便厉声质问凯萨达：
“为什么半夜到别人舰上来？”
凯萨达一声不响，用手中的尖刀向他猛刺了6刀，埃洛里亚卡顷刻间倒在血泊里。一会儿“圣安东尼奥”号上的所有葡萄牙人都被戴上了手铐，全船人员被解除了武装，凯萨达强迫“圣安东尼奥”的船长麦斯基塔归顺他们，把该船的指挥权交给埃里卡诺。然后，卡尔塔海纳、凯萨达和科卡等叛乱头目放心地回到各自的船上，以便指挥战斗。
就这样，舰队的5只船有3只被凯萨达、卡尔塔海纳和缅多萨等人控制了，它们是“圣安东尼奥”号、“康塞普逊”号、“维多利亚”号。还剩下“特里尼达”号和“圣地亚哥”号未被叛乱分子夺去，形成了三对二的局面。但“圣地亚哥”号是一只小船，算不上一个战斗单位，所以确切地说，是三比一，形势十分严峻。
第二天清晨，麦哲伦像往常一样，命令船员开始日常工作。每天第一件事是从“特里尼达”号派小艇上岸，把当天各船需要的烧柴和饮水运回来。同过去一样，小艇先驶近“圣安东尼奥”号，从船上派出几个水兵后上岸，但今天却一反常态，当小艇驶近“圣安东尼奥”号时，大船没有放下软梯，也没有一个水兵露面。于是，小艇上的水兵大喊大叫，让船长赶快派人来取货。这时大船上的船员才小声地告诉他们说：
“‘圣安东尼奥’号已经不归麦哲伦指挥了，而听命于凯萨达船长了。”
水手们听了非常惊讶，急忙将小艇划回旗舰，报告上将麦哲伦知道。
麦哲伦听完汇报，立刻明白了，“圣安东尼奥”号已经落入叛乱分子手中。但他还不知道其他船只的情况。因此，立即派小艇到各舰船走一趟，摸摸底。小艇飞快地划了一圈，回来作了详细报告，看来还控制在麦哲伦手里的舰船只剩下“特里尼达”号和“圣地亚哥”号了。
麦哲伦几年来为之呕心沥血的事业，竟毁于一夜之间。如何收拾这次叛乱呢？在这船只从未到过的汪洋大海上，何处去寻找援助呢？麦哲伦沉着冷静地思索着，摆在面前只有两条路：一是放弃长期为之奋斗的事业，放弃正确的主张，向西班牙船长妥协，让他们来指挥，掉转船头把舰队开回西班牙，去享受安逸的生活。二是坚持正确的方向和主张，孤注一掷，同西班牙叛乱分子斗争，设法给他们有力的还击，迫使他们投降。二者必取其一。
4月2日，叛乱分子通知麦哲伦说：他们已经控制了3只船和附属的小艇，同时送交了一份“呈文”，要求麦哲伦到“圣安东尼奥”号上商讨关于国王命令所规定的事项。至此，事变正式爆发了。
麦哲伦做了详细地反击计划和部署。首先扣留送“呈文”的小艇和水手。这个举动有两个目的：其一，一旦发生武装冲击，可削弱叛乱分子的力量；其二，增加了他调遣的船只。这个举动震惊了所有叛乱分子，对事态的发展产生了决定性的影响。
接着，麦哲伦派保安官埃斯比诺沙带领6名武装人员，暗地乘小艇去“维多利亚”号，给船长缅多萨送回信。当埃斯比诺沙的送信小艇接近“维多利亚”号时，叛乱分子站在装备精良的舰船上，安然自得，对小艇的行为毫无疑心。心想小艇上无非六七人，能将载有60名荷枪实弹的水手如何，如果动起干戈来，岂不是鸡蛋碰石头吗？更何况还有数门大炮威武耸立，正等待他们的来临。其实这些叛乱分子哪能料到，来者不善，善者不来。这7个人身上都藏有兵器，埃斯比诺沙领有特殊任务。小艇靠近大船后，7名兵士缓步登上舰船，埃斯比诺交给缅多萨一份请帖，邀请他到旗舰上去谈判。
缅多萨一面读着回信一面冷笑道：“啊！不，你骗不了我。”接着这傲慢的冷冷笑声突然变成嘶哑喘气声了，因为保安官埃斯比诺沙的匕首刺进了他的咽喉，他的性命就这样结束了。
同时，麦哲伦又派杜亚脱·巴尔波查，带15名全副武装的士兵乘另一只小船赶来，登上了“维多利亚”号。此时，全船人员正被埃斯比诺沙一剑刺死缅多萨的事件惊呆了，杜亚脱·巴尔波查的15名战士立刻夺取了船上的指挥权，强占了每一个岗位。惊魂未定的水兵们呆若木鸡，听从调遣。舰船起锚扬帆，朝旗舰驶去，接受上将的检阅和指令。
现在“特里尼达”号、“维多利亚”号和“圣地亚哥”号3艘船，紧紧地靠在一起，他们包围了通往大海的出口，使叛乱分子无法逃跑。麦哲伦已经由原来的2∶3，改变成3∶2，形势已有了转机。此刻，摆在叛乱分子面前的出路只有3条：逃跑、反抗和不战而降。逃跑已无出路，3艘船已封锁了海湾的出口，反抗已无力量，兵力折损，锐气大减。惊魂未定的水手们也不愿追随凯萨达顽抗到底。
4月3日，即叛乱的第三天，天还没有亮，凯萨达和卡尔塔海纳想把“圣安东尼奥”号和“康塞普逊”号驶向大海。但是，当“圣安东尼奥”号刚一起锚，还没来得及张帆，就和旗舰撞在一起，旗舰上的船员们从梦中惊醒，迅速转动炮口，一时大炮齐鸣，打得“圣安东尼奥”号遍体是伤，危在瞬间。通过喊话，船员们投降了，表示愿意继续拥护麦哲伦。
麦哲伦吩咐把凯萨达、科加以及其他叛乱分子扣押起来，又派人登上“康塞普逊”号逮捕了卡尔塔海纳等人。同时，把被囚禁的拥护麦哲伦的人解放出来，那些禁锢麦哲伦忠实战友的镣铐，现在却给叛乱船长们带上了。
根据航海和军事法令，必须严惩犯罪分子，怎样惩罚呢？麦哲伦踌躇了。虽然国王曾授予他行使审判和生杀的权力，但是这些叛乱分子是国王信任的人。如果按照军事法令，全队有五分之一的船员都必须处以绞刑，这么多的人被处死了，谁来干活？继续航行必须受阻，但又必须严惩叛乱分子，否则麦哲伦就没有权威了。必须处理好这一矛盾，既保持力重，又树立权威。
麦哲伦决定：杀1人，流放2人，争取一批人。凯萨达船长杀死了麦哲伦忠实的舵手埃洛里亚卡，罪该一死。审判开始了，按照诉讼程序，请来了几位司书，见证人的证词都一一作了记录。就像在正式法庭上一样，开庭审判，麦斯基塔为执行主席。他首先宣布凯萨达杀人谋反的罪行，接着上将麦哲伦对他作出判决：判处凯萨达死刑，立即执行。但为了对西班牙贵族的宽大处理，将绞刑改为斩首。
在这远离大陆，没有人烟的海面上，谁来执行死刑呢？船员们恐怕都不肯当刽子手。最后想到了凯萨达的仆人——莫里诺。本来莫里诺参加杀害埃洛里亚卡，应该处以死刑。但是，如果他同意去斩凯萨达的首，可免于死罪。在二者必居其一的条件下，莫里诺选择了刽子手，以保全自己的性命。凯萨达就这样被处死了。
卡尔诺海纳是这次叛乱的主谋，他对麦哲伦的仇恨最深，因此，他和一个整天煽动不满情绪的神父，也被判决有罪，但麦哲伦没有在死刑判决书上签字。因为卡尔塔海纳是国王亲自委派的舰队督察，同他是平起平坐的，他不忍心看到卡尔塔海纳死在刽子手的刽刀之下。同时，麦哲伦是一个虔诚的基督教徒，不愿违背教规，杀死神父。但是要给这两个罪魁祸首戴上镣铐，等舰队扬帆起航后，给他们带上酒和食物，留放在荒无人烟的圣胡利安湾的海岸上，以后是死是活，就听天由命了。
其他应该定为死罪的40多人，因为船上还需要他们去干活，同时为了不引起其他船员的反感，所以采取了宽大为怀的策略，免于死刑。
麦哲伦对上述叛乱分子的判决是对、是错，似乎没有人提起，在当时的审判记录中，也只字未提被告人的辩护。只是后来，逃跑回国的西班牙船长控告麦哲伦，说他好像奖赏给刺杀缅多萨（叛乱头目之一）的保安人员，和其他随从人员12杜卡特（钱币单位名称），并把两个被杀的贵族的全部财物送给他们了。这些指控是否属实，很难对证。
