1515年至1516年，麦哲伦迁到奥波尔托居住。每天他闲来无事，常同那些到过南方海洋的水手、海员和船长们促膝交谈，经常出没于档案室，翻阅所有库存的最秘密的海岸图，罗盘地图。最近又数次查阅巴西的测程记事和航海日志等资料。看得出来，他将重振旗鼓。
麦哲伦新结识了一位名叫路易·法利罗的朋友。从性格来看，法利罗与麦哲伦的孤僻、沉默寡言截然不同，但他们两人很快结成了莫逆之交。由于麦哲伦的最大癖好是游历神秘莫测的海洋，实地勘查世界各地；而法利罗则热衷于探讨有关地球和天体的抽象知识，是个地道的理论家，十足的书生。因此可以说，他们两人结为好友，实际上是一个实干家同一个理论家的结合，在知识上可以互补。这种互相补充，犹如抽象思维补充实践知识，思想意识成为行动的指南，相得益彰，在事业上可以产生良好的效果。
麦哲伦把东方“香料群岛”（马鲁古群岛）的情况告诉了法利罗，并同他商量：怎样通过新线路，怎样从西方，而不是从东方直抵群岛。法利罗从理论上研究了麦哲伦的新航行路线，还根据海图查对过的资料，以证实麦哲伦的设想是正确的。于是，他们开始研究方案，并同心协力付诸实施。
1542年以来，从欧洲无论向西或向东航行，都显示着地图学说的正确性，麦哲伦密切注意着这些发现。其中他特别重视列什波亚关于海峡的发现，以及贝格依姆的地图上明明白白画着的海峡位置（尽管古来航行证明这个海峡只是深入陆地的圣马提阿斯湾。地图把海峡的位置画在北边了），这使得麦哲伦下定向西航行的决心，也增强了航行必定胜利的信心。就在此时，麦哲伦突然满怀信心地宣称：“大西洋和太平洋之间有一个海峡，我对此深信不疑，而且我还知道它的位置。请给我一支舰队，我将告诉你们海峡在哪里，并且我要从西到东环绕整个地球一周。”
在这之前，麦哲伦没有找到过海峡，关于海峡的情况他是从国王的秘密档案库里，从贝格依姆绘制的地图上看到的。据资料证实，在16世纪初，确实有几支葡萄牙探险队勘查了巴西海岸，还可能勘查过阿根廷海岸，只有他们可能见过海峡。但是长期以来，各国由于商业竞争关系，都不愿泄露探险成果。麦哲伦在查阅资料时，还发现了一本用劣等纸张印刷的“德国”小册子，名叫“巴西大陆新闻副本”，这是16世纪初奥格斯堡最大的维利泽尔商行的一个葡萄牙代理人，从葡萄牙寄来的。报告中说：
有一艘葡萄牙船在南纬40°左右发现并绕过了一个“类似好望角”的海岬，还说海岬那边有一条横贯东西的宽阔海峡，很像直布罗陀，由一个海伸向另一个海，因此去“香料群岛”再没有比这条航路更近便的了。
这份报告明确地提出了大西洋和太平洋之间是彼此相连的。事实说明：后来麦哲伦环球航行的成功，与他在准备阶段充分利用前人留下的资料是分不开的。
麦哲伦的航行计划，是绕过美洲，再向西渡过“大南海”（太平洋），驶向摩鹿加群岛，在拟定计划的时候，法利罗也热心参加了工作。为了推算距离，他们努力研究地球的经度，他们把马六甲与摩鹿加群岛之间的距离往长估了一些，而相对低估了“大南海”的宽度。这给后来的航行带来了一定的麻烦。
在拟定计划的时候，麦哲伦给居留在干那底岛（香料群岛中的一个小岛）的老朋友谢兰去信说：
“不久，我又可以和你见面了，如果不取道葡萄牙人所探得的路程，便取道‘西班牙人’探得的道路，而我的事业实有向那面出发的必要哩。”
这里可以看出，麦哲伦环球航行的愿望十分迫切了。
