乾隆十五年，反叛者反动兵变，擒住策旺多尔济那扎勒，将他挖去双目后送往阿克苏囚禁。喇嘛达尔扎随后被拥戴为准噶尔部台吉（台吉是汉语“太子”的音译，在蒙古部中意为汗的接班人）。
喇嘛达尔扎掌权之后，将忠于策旺多尔济那扎勒的部落分赏给拥立有功的部下。有不堪被分割的萨喇尔，率部出逃投奔清廷，并得到优待。喇嘛达尔扎命令实力人物达瓦齐，出兵追杀萨喇尔。但达瓦齐并未遵命，反与萨喇尔部相处甚好，与喇嘛达尔扎的矛盾则开始激化。达瓦齐是准噶尔部名将大策凌敦多布之孙，兵强马壮，割据一方，本来就有争雄之心。
就在准噶尔部内讧不已时，一个人物走上了前台，此人来历颇为传奇。
当年准噶尔部策妄阿拉布坦为夺取西藏，引诱和硕特部拉藏汗的长子噶尔丹丹衷来伊犁与自己的女儿成亲。在谋取西藏失败后，策妄阿拉布坦杀掉噶尔丹丹衷，将女儿改嫁到辉特部。不想女儿此时已怀孕，生下了噶尔丹丹衷的遗腹子，即阿睦尔撒纳。
阿睦尔撒纳出生时，满身鲜血，当时人皆云其为复仇而来，后来果然导致了准噶尔部的覆灭。阿睦尔撒纳成人后，继承了辉特部，也加入了准噶尔部争雄的行列。（自土尔扈特部西迁伏尔加河后，辉特部取代土尔扈特成为卫拉特四部之一）
阿睦尔撒纳虽然出身显赫，但到底不是准噶尔部人，故而他捧出噶尔丹策零的幼子策妄达什，准备拥戴他为准噶尔台吉。二人的密谋被喇嘛达尔札发觉，提前下手，杀掉了策妄达什，阿睦尔撒纳仓惶出逃，投奔达瓦齐。
在阿睦尔撒纳怂恿下，达瓦齐起兵，旋即战败，部落被分割，亲信被囚禁在伊犁，阿睦尔撒纳与达瓦齐狼狈出逃哈萨克。在喇嘛达尔扎的威胁下，哈萨克迫不得已，准备将二人交出。不想阿睦尔撒纳、达瓦齐提前得到消息，逃出哈萨克境内。俄国人对出逃到哈萨克的达瓦齐、阿睦尔撒纳倒是感兴趣，派人到哈萨克接近二人，企图将他们诱至俄国境内，作为干涉准噶尔的筹码。俄国人到达哈萨克时，达瓦齐、阿睦尔撒纳却已逃走。
阿睦尔撒纳善行险着，就在所有人以为他已山穷水尽时，他突然潜回自己的领地塔尔巴哈台，杀死顶替自己的兄长，夺回被分割的部下及游牧地。此时二人仍处于险境，喇嘛达尔扎一旦得悉阿睦尔撒纳夺回部落的消息，必调遣大军前来进攻。危急之下，阿睦尔撒纳与达瓦齐二人如输光了的赌徒，决定铤而走险，拼死一搏。二人挑选出精兵一千五百人，携带口粮，日夜兼程，由山路绕道直奔伊犁。
在内应的策应下，乾隆十七年（1752）年十一月，奇兵突入伊犁，直扑喇嘛达尔扎大帐。喇嘛达尔扎正围着火炉，拥妾饮酒，哪想到奇兵突入，当即被杀。攻下伊犁后，达瓦齐成为新的准噶尔部台吉。
达瓦齐上位后，终日饮酒，事务荒废，搞得准噶尔部鸡飞狗跳，人人哀怨。不久又有部落起来反叛，将达瓦齐赶下台。在阿睦尔撒纳的支持下，达瓦齐才重新登上台吉之位。
借着两次拥立之功，阿睦尔撒纳开始扩张势力。阿睦尔撒纳本是和硕特拉藏汗之孙，成长在辉特部，通过联姻又控制了杜尔伯特部。卫拉特四部中，阿睦尔撒纳控制了三部，自恃实力雄厚，瞧不起无能的达瓦齐。二人关系破裂，内战又起。
乾隆十八年，阿睦尔撒纳连续击败达瓦齐，眼看胜利就在眼前。不想达瓦齐得到了回部的支持，重整兵马，于乾隆十九年击败阿睦尔撒纳。阿睦尔撒纳无奈之下，率部落二万余人，于七月初八日投奔清廷。
阿睦尔撒纳与达瓦齐尚未分出胜负时，乾隆已考虑到阿睦尔撒纳要来投降，早早安排了官兵接应，至于其部众的安排，柴米油盐等事务，无不考虑妥当。对于战败后来投奔的阿睦尔撒纳，乾隆极为欢喜，草原英雄，终入吾彀中矣。
乾隆得意地对军机大臣们道，只要阿睦尔撒纳前来投诚，那么就是“朕之臣仆”，又命令前线统兵将领舒赫德，凡军事事宜都要与他商量。乾隆迫不及待地想见到阿睦尔撒纳，让他先行出发，到避暑山庄等自己。从京师到避暑山庄，沿途共六站。为了早日见到阿睦尔撒纳，乾隆命改作三站。得知乾隆要召见之后，阿睦尔撒纳连续驰马三日，飞赴热河避暑山庄。
在避暑山庄，阿睦尔撒纳见到乾隆时，行蒙古抱见礼，乾隆从容应对，并一起较量了骑射功夫。乾隆用蒙古语询问了准噶尔内乱经过，并就进军伊犁听取了阿睦尔撒纳的意见。阿睦尔撒纳就乾隆准备秋季用兵的计划提出了自己的看法。一般认为，秋高马肥，利于用兵，阿睦尔撒纳则认为，“我马肥，彼亦马肥”，不若改在春季用兵，乘其不备，对方不能远遁，可一战取胜。至用兵时，乾隆听取了阿睦尔撒纳的意见，改在春季用兵。宴席结束后，阿睦尔撒纳对乾隆极为叹服，惊叹道：“真天人也。”
从避暑山庄到京师，乾隆频繁宴请阿睦尔撒纳，二人情谊日见深厚。然而，这阿睦尔撒纳终究是山野猛虎，草原雄鹰，而不是皇帝的笼中臣仆。阿睦尔撒纳刚来降时，时任参赞大臣舒赫德就认为此人不可信任，将来必要反叛，请乾隆将其软禁，并将其部移居戈壁。不想此时乾隆迷上了阿睦尔撒纳，对舒赫德的建议大为恼火，将他降到军中做了一个骑兵。待阿睦尔撒纳复叛之后，舒赫德方复原职。
乾隆十九年十月，乾隆决定对准噶尔用兵。此次用兵的考虑，一是准噶尔部长期内耗，实力不振。二是大批准噶尔人投奔清廷，这些人对达瓦齐痛恨在心，又熟悉准噶尔地形，可用作攻击达瓦齐的前锋。三是边疆长期内乱，大批部落出逃到中国境内，造成了无数纷扰，故而需一劳永逸地解决边疆问题。
就对准噶尔用兵，乾隆召集满汉王公大臣商量。在会议上，出于康熙、雍正两朝用兵多次，仍未能解决准噶尔部的前车之鉴，多数王公大臣不主张用兵。但首席军机大臣傅恒力主用兵，认为准噶尔部经康、雍二朝未能解决，始终是心腹大患。此时适逢准噶尔内乱，又有大批准噶尔人来投奔，应抓住时机，当机立断，立刻用兵。乾隆也同意傅恒的意见，决定对准噶尔用兵。为了此次用兵，乾隆还打破了军机处不用武将的惯例，命盛京将军阿兰泰暂在军机处行走。
至于此次用兵的理由，则是达瓦齐并非噶尔丹策零的后裔。乾隆在诏书中声讨了达瓦齐辜负噶尔丹之恩，断其后嗣，夺其基业，“朕尚为不平”。其实，准噶尔的内乱与乾隆何干呢。再说，噶尔丹一系，与清皇室堪为世仇。现在乾隆挺身而出，说是要为噶尔丹策零复仇，估计乾隆自己也不信这套说辞。
乾隆二十年（1755）正月，军机处策划了对准噶尔用兵的计划：北路由定边左副将军阿睦尔撒纳带领前哨先行进剿，西路由定边右副将军萨喇尔带领前哨先行进剿。若两路合并，则由阿睦尔撒纳负责。北路以班第为主将，西路以永常为主将，带兵在后策应。此次用兵，以蒙古降兵为前锋。
二月，清军出兵，直指伊犁（伊犁本名为伊里，意为光明显达。在被纳入清王朝的版图之后，伊里被改称伊犁，意为犁庭扫穴，师行神速）。
阿睦尔撒纳带兵前行，一路上旧部不断前来投奔，其他准噶尔部看到阿睦尔撒纳得到清廷力挺，知道达瓦齐必败，也就归附了阿睦尔撒纳。此次出征，一路上长驱直入，基本上做到了兵不血刃。达瓦齐调集兵马抵抗，不想前线将领纷纷投降，清军很快进入伊犁。
乾隆对于达瓦齐极为关注，军机处也特意通知前线将领，千万不可大意，使达瓦齐脱逃。接连兵败之后，达瓦齐率领亲兵近万人退守到伊犁南部的格登山，依山扎营，准备做最后的血战。达瓦齐的最后努力，却被二十五人轻松击溃。
五月二十三日夜，清军派出以阿玉锡为首的三名军官，带领二十二名准噶尔降兵前往格登山查探山路，以备天明时进攻。不想此二十五人自恃骁勇，乘着夜色直扑达瓦齐大营，纵横决荡，来回冲击。达瓦齐军就如同一个充满了气的气球，外表庞大，实质虚弱，被锋芒一刺，立刻泄气，全军不战自溃，彼此践踏。至黎明时，有七千人向此二十五人投降。达瓦齐带了二千人逃至天山南麓时，被维吾尔部擒住解到清军大营，随后被押送至北京。
阿玉锡本是准噶尔部的一名下级军官，以骁勇而闻名，犯了事要被处以砍去手臂的酷刑，就出逃了清廷。乾隆听说他有空手夺枪的骁勇，就将他调过来担任御前侍卫。此战中，阿玉锡随军出征伊犁，立下大功。战事平息后，阿玉锡备享殊荣，被乾隆命入京进觐，列入平定准噶尔五十功臣，悬画像于紫光阁，又由郎世宁绘《阿玉锡持矛荡寇图》，作为嘉奖。今伊犁昭苏县边界线格登山上仍矗立着乾隆亲自撰文的《平定准噶尔勒铭格登山之碑》，书写了阿玉锡等人的壮举。
此战中，清军意外地拿获了一个逃窜已久的敌人，这就是原和硕特部亲王罗布藏丹津。罗布藏丹津于雍正二年在青海发动叛乱，失败后逃往伊犁。为了追索他，雍正发动了远征准噶尔的战役，却未能将罗布藏丹津拿获。不想二十六年后，雍正的儿子乾隆，将这个宿敌擒住。
达瓦齐被解送北京后，得到乾隆特赦，被封为亲王，又择宗室女许配给他为妻，后终老于京师。罗布藏丹津也被乾隆免除死罪，并赏给房屋，授其二子为侍卫，也老死于北京。
过惯了草原快马飞鹰生活的达瓦齐，在京生活百无聊赖，每日无聊时，取乐的法子就是驱赶鹅鸭到池塘中。看着鹅鸭们在小小的池塘中扑腾，达瓦齐是否生出同样无奈之感？在军机处担任章京的赵翼近距离观察了达瓦齐，并记下了达瓦齐的外貌与性格，达瓦齐“体极肥，面大于盘，腰腹十围，膻气不可近”。这达瓦齐虽长得肥胖，体味浓烈，倒也乖巧。乾隆一次木兰行猎，下马时没有座椅，站着等候时，扈从的达瓦齐捧出一堆落叶，请乾隆上坐休息，“上大笑，赏银币以宠之。”
经过康熙、雍正、乾隆三代帝王持续不断的努力，天山南北终于被纳入了天朝版图。但故事并未终结。
达尔齐覆灭之后，最大的得益者乃是阿睦尔撒纳。阿睦尔撒纳进驻伊犁后，独断专行，私用噶尔丹策零小红钤记，不用清廷所颁给的副将军印。阿睦尔撒纳派出党羽到天山南北、青海各地活动，又与西藏喇嘛勾结，预备统一蒙古各部。
平心而论，乾隆对阿睦尔撒纳不可谓不厚，授其双亲王，这是前所未有的恩宠。得悉阿睦尔撒纳有叛意后，被伤透了心的乾隆暗中布置，欲将他擒来问罪。乾隆二十年七月，乾隆对军机大臣们道：“据前方班第多次密奏，阿睦尔撒纳负恩狂悖，须密行擒拿。”
至于如何擒拿，军机大臣们给出了意见，那就是屡试不爽的鸿门宴，请君入瓮。一方面，乾隆密旨在伊犁前方的班第，提防阿睦尔撒纳；另一方面，则派喀尔喀亲王喀琳沁多尔济去迎接阿睦尔撒纳前往热河朝觐乾隆。
八月十九日，行至乌隆古河时，阿睦尔撒纳借口去查看自己的游牧地，让喀尔喀亲王先行，自己则逃逸而去。
临行前阿睦尔撒纳道：“阿某非不臣，但中国寡信。今入其境，如驱牛羊入市，大丈夫当自立事业，安肯延颈待戮？”
此话自有一定道理，牛羊的命运是入市，而草原的雄鹰如何甘于寄人篱下？阿睦尔撒纳逃出后，他的部下随即在伊犁发动叛乱。此时清军主力已撤回，留在伊犁的五百人全部战死，守将班第自杀。忠于清廷的萨喇尔带兵突围途中也被擒住，送往伊犁囚禁。
清廷随即重新封了卫拉特四部，并调动军队入天山作战。乾隆二十一年，清军攻入伊犁。乾隆对准噶尔部叛而复降，降而复叛之举极为恼怒，令前线将领对准噶尔部“必应全行剿灭，不得更流余孽”。在清军入伊犁的战役中，对各地准噶尔部进行了血腥屠杀。遇到准噶尔部民众时，清军将壮丁赶出，全数斩杀，妇孺则运入内地赏军，多死于途中，“于是厄鲁特之种类尽矣”。
阿睦尔撒纳战败后逃至哈萨克，得到哈萨克玉兹汗阿布赉的保护，此后又在各地持续发动叛乱。对于抓捕阿睦尔撒纳，乾隆极其急切，但他也十分忧虑。乾隆二十一年八月，在给军机大臣的谕旨中，他指出，暂时不宜深入哈萨克。十月，在与军机大臣们会商之后，乾隆决定从前方清军中抽调精锐，“往袭阿布赉，使贼不得安宁”。命令虽下，但深入千里，追击一人，且要与哈萨克这样的强敌作战，前线将领对此阳奉阴违，一直拖到次年，仍然未能抓获阿睦尔撒纳。
乾隆二十二年（1757），清廷下定决心，务必要将阿睦尔撒纳擒拿归案，派出精锐在边界线上四处搜捕。清廷派出使者前往哈萨克，要求阿布赉将阿睦尔撒纳交出。顶不住天朝的压力，此年七月底，阿布赉准备擒住阿睦尔撒纳，交给清政府。不想事前收取马匹时被阿睦尔撒纳看出苗头，带领侍卫八人盗马夜奔而去。
对于阿睦尔撒纳来说，此时是山穷水尽，走投无路。但他却找到了一条生路，出逃前往俄国西伯利亚。阿睦尔撒纳逃至俄国后，得到俄方的庇护与优待，被藏在一个名为库杜斯克的酒厂中。阿睦尔撒纳以为有俄国的支持，旋会再起，不想在俄国患上了天花，在九月二十一日病死。
阿睦尔撒纳死后，俄方隐瞒了他的死讯，并拒绝了清廷的追索要求。后来无法掩盖阿睦尔撒纳逃俄的事实，又伪称阿睦尔撒纳在渡过额尔齐斯河时淹死。清军组织了大量人力在额尔齐斯河上打捞尸体，自然是一无所获。次年，在清国的强硬抗议下，俄国才将阿睦尔撒纳的尸体交出。
