会上针对根据地问题、军事问题、土地革命路线问题展开了争论。毛泽东坚持认为，中央革命根据地从实践中形成的一整套路线和方针是正确的，是符合根据地实际情况的；几个中心县委书记也举出大量事实来支持毛泽东的看法。会议在贯彻“国际路线”的旗号下，通过了中央代表团起草的5个决议案。虽然在原则上肯定红军取得粉碎三次“围剿”的胜利，但重点是表示“完全同意”中央来信对中央苏区的批评，并从各方面加以展开。批评毛泽东坚持的从实际出发、反对本本主义是“狭隘经验论”；土地革命问题犯了富农路线；毛泽东主持起草的古田会议决议的党对军队的绝对领导是“党包办一切”。批评毛泽东、朱德提出的诱敌深入是保守主义、单纯防御路线，红军中目前存在游击主义，忽视阵地战、街市战。提出“要集中火力反对右倾”，不点名批评毛泽东为右倾机会主义。
会议根据临时中央的指示，设立中央革命军事委员会，取消红一方面军总司令和总政委、总前委书记的名义。这样，就把毛泽东排除在中央苏区红军的领导地位之外。这是在剥夺毛泽东的军权，是对毛泽东最沉重的打击。
尽管如此，以博古为首的中共临时中央仍认为赣南会议对毛泽东批判得很不够。1932年5月20日，临时中央在给中央苏区中央局的电报中，批评中央代表团在这次会议中没有完全贯彻中央的“进攻路线”和“反右倾”纲领。
尽管毛泽东在赣南会议上受到打击，但是在几天之后召开的宣告中华苏维埃共和国成立的中华苏维埃第一次全国代表大会上，毛泽东被选为中央执行委员会主席和人民委员会主席。这是由于毛泽东的成功在共产国际已经榜上有名，但是直到六届五中全会毛泽东才知道共产国际如此重视自己。此前苏区中央局曾致电中共中央，“望派一政治局委员，最好是工人同志来苏区主持中央政府工作”。其实，早在1931年2月酝酿时就初定毛泽东，当时是总书记向忠发推荐的。8月，又重申，根据全国有威信和在苏区工作的条件，再次确定为毛泽东；10月中旬，临时中央复电，毛泽东为人民委员会主席。这是由于毛泽东在党内和国际共产主义运动中已享有很高的声望，出于共产国际的信任。当然，主席只是政府首脑，一切还是由中共中央决定。
尽管毛泽东开始受到打击，失去对军队的领导权，但是毛泽东获选两个主席，也进一步提升了他的地位，在一定程度上有助于遵义会议后的东山再起。并且由此，毛泽东的主席称呼一直持续到逝世。
（四）攻打赣州，毛泽东反对，有人放言打开赣州再和毛泽东算账
早在1931年9月，中共临时中央高估革命形势，提出扩大苏区到中心城市。1932年1月，中共苏区中央局会议在瑞金举行，着重讨论中共临时中央提出的要红军攻打江西中心城市的问题。周恩来在到瑞金时，曾征求毛泽东对这个问题的意见。毛泽东根据国民党军队固守坚城和红军技术条件不具备等情况，说明红军不能去攻打中心城市。周恩来、朱德等同意这个意见，并致电临时中央，表示进攻中心城市有困难。临时中央复电：攻打城市不能动摇；如果不能打下南昌，至少要在抚州、吉安、赣州中选择一个城市攻打。1月9日，中央进一步作出《中央关于争取革命在一省与数省首先胜利的决议》，要求在新形势下夺取一两个城市。中央局多数成员根据临时中央的指示，主张打赣州。但是赣州是历史上有名的铁城，又三面环水，易守难攻，毛泽东继续表示反对。毛泽东又一次成为少数，他又建议可否听听前线指挥员的意见。项英说问过彭德怀，彭德怀认为如果蒋介石不来增援，可以打下。红军会议按照多数人意见，决定打赣州。这是苏区中央局执行中央“进攻路线”的 第一个军事行动。1月10日，中革军委发布攻取赣州的训令，任命彭德怀为前敌总指挥，中革军委政治部主任王稼祥等赴前线督战。有人在途中还谈道，打开赣州再和毛泽东算账。与此同时，毛泽东对日本侵华的形势判断上也与教条主义者有着分歧。在九一八事变后，博古教条主义坚持冒险主义和关门主义，反对一切帝国主义，武装保卫苏联。1932年1月中旬，毛泽东在瑞金叶坪主持召开中共苏区中央局主要成员会议，报告三次反“围剿”的情况和九一八事变后的全国形势。他谈道，日本帝国主义大举侵华势必引起全国的抗日高潮，国内阶级关系必将发生变化。中央代表团有的成员却指责说：“日本占领东北主要是为了进攻苏联，不作此估计就是右倾机会主义”，“我们必须提出武装保卫苏联”，否则“就是典型的右倾机会主义”。对毛泽东批评得很厉害，毛泽东只得沉默，导致会议记录员无法往下记，会议在中途更换了主持人。
会后不久，毛泽东就向苏区中央局请病假休养。中央同意他的请求，苏维埃临时中央政府的工作暂由项英负责。1月下旬，毛泽东带着警卫班到瑞金城郊的东华山古庙休养。
3月上旬，项英顶着小雨骑马从瑞金赶到东华山，告诉毛泽东红军攻打赣州失利，已处在腹背受敌的境地，将前线发来的急电交给毛泽东。
急电请毛泽东暂停休养，赶赴前线参加决策。毛泽东立刻带着警卫班下山，冒着风雨赶回瑞金，复电前线指挥部，提议启用刚起义的红五军团，以解红三军团之围。在预备队红五军团和红四军支援下，三军团脱离了险境。中央红军这次攻打赣州历时33天，城未攻下，伤亡达2000多人。
毛泽东到前线指挥部后，经过调查，提议苏区中央局在前线召开会议，讨论打赣州的经验教训和红军下一步的行动方针。3月中旬，苏区中央局扩大会议在赣县江口举行。毛泽东在会上指出，攻打赣州是错误的，红军主力要向敌人力量比较薄弱、党群众基础较好、地势有利的赣东北发展。但另一些人仍认为，红军还是要执行中央的“进攻路线”，要夺取中心城市，主张红军开到湖南去。会议否决了毛泽东的意见，也没有把部队开到湖南去，决定红军主力“夹赣江而下”，向北发展，相机夺取赣江流域的中心城市或较大城市；以红一、红五军团组成中路军，以红三军团、红十六军等组成西路军，分别作战；毛泽东以临时中央政府主席和中革军委委员身份率中路军北上。毛泽东依照敌情发生的变化，主张中路军改变行动方向，转向闽西。得到红一军团领导人林彪和聂荣臻的赞同。3月27日和28日，周恩来同意由毛泽东以中央政府主席身份率领东路军攻闽西的龙岩，并向东南方向发展，这对毛泽东是一个很大的支持。毛泽东策划，经中革军委同意批准，发动攻取龙岩、漳州的战役，取得了大胜。但是胜利并没有使毛泽东脱离被打击的命运。
（五）宁都会议毛泽东彻底失去军权
虽然毛泽东受到了打击，但是临时中央认为对毛泽东批评仍不够。当毛泽东率东路军进攻龙岩、漳州的时候，苏区中央局委员项英到上海，在4月11日向临时中央常委会报告了中央局在赣南会议前后的情况。临时中央批评中央苏区中央局的领导是脱离了布尔什维克路线的，是机会主义障碍路线的执行。赣南会议批评毛泽东的“狭隘经验论”是远远不够的，必须提到反对“机会主义”的路线高度。会后，临时中央甚至连续在4月14日和5月20日发出文件，严厉批评赣南会议和苏区中央局。项英带着临时中央的批评意见，从上海回到中央苏区。中共苏区中央局已经收到临时中央批评指示信和指示电，准备接受中央批评，并电告正在前线的毛泽东。
毛泽东接到来电后，断然认为：临时中央对形势的分析、党的任务的规定和对党内主要危险的判断，是同实际情况完全不符的。苏区中央局没有坚决顶住来自共产国际和临时中央的错误批评，根据中央指示作出决议说，目前事件的发展，更加证明了共产国际与中央分析的完全正确与中央局估量的绝对错误。中央局承认自去年三次战争胜利以来对于目前政治形势的估量，犯了极严重的一贯的右倾机会主义错误，表示要彻底纠正错误，实际上是赞同继续打击毛泽东的“右倾”。
毛泽东回到长汀，看见苏区中央局5月11日的决议，十分不满，而这个决议是在他没有出席的情况下作出的。他在9年后曾写道：“六月回到长汀，见了这个皇皇大文，茅塞为之顿启。知道是采的缺席裁判办法，一审终结，不许上诉的。”东路军回师后，红军编制作了调整，恢复红一方面军总部，仍辖红一、红三、红五这3个军团，周恩来兼任总司令、王稼祥兼任总政治部主任。毛泽东没有恢复总政治委员的职务，以中央政府主席的尴尬身份随红一方面军总部行动，扮演着无足轻重的角色。
8月上旬，毛泽东在兴国出席中共苏区中央局会议，主张设在后方的中央局“不要干涉前方的军事行动”。会议决定在前方组成由周恩来任主席，毛泽东、朱德、王稼祥为成员的最高军事会议，负责决定前方的行动方针和作战计划，毛泽东任红一方面军总政治委员。会后，中革军委正式发布命令，任毛泽东为红一方面军总政委。但是，苏区中央局并没停止对前方的军事指挥的干涉。当前线没有听从中央局的错误干涉时，中央局便决定在前线召开中央局全体会议。
1932年10月3日至8日，苏区中央局全体会议在宁都召开，史称宁都会议。出席会议的有任弼时、项英、顾作霖、邓发、周恩来、毛泽东、朱德、王稼祥，刘伯承列席。会议展开了激烈的争论，接受中共临时中央的批评，开始了中央局从未有过的反右倾斗争。争论的焦点是前线的作战方针问题。毛泽东不同意红军无条件地离开苏区出击强敌。据王稼祥回忆：中央局一些成员根据临时中央的指示，批评前方“表现对革命胜利与红军力量估量不足”，“有以准备为中心的观念，泽东表现最多”。会上指责毛泽东对“夺取中心城市”方针的“消极怠工”，是“上山主义”、“东北路线”，把他提出的“诱敌深入”方针，指责为“守株待兔”、“专去等待敌人进攻的右倾主义危险”。把毛泽东对临时中央的反批评斥为不尊重党领导机关与组织观念的错误。会上有人提出把毛泽东召回后方，专负中央政府工作责任，由周恩来负战争领导的总责。周恩来替毛泽东说了不少好话。朱德、王稼祥也不同意毛泽东离开红军领导岗位。但多数与会者认为，毛泽东“承认与了解错误不够，如他主持战争，在政治与行动上容易发生错误”。毛泽东因不能取得中央局的全权信任，坚决不赞成由他“负指挥战争全责”。会议最后通过周恩来提议中的毛泽东“仍留前方助理”的意见，同时批准毛泽东“暂时请病假，必要时到前方”。
毛泽东和王稼祥谈道：算了吧，我们是少数，还是服从多数吧！向给他送别的周恩来表示：前方军事急需，何时电召便何时来。会后，毛泽东到长汀福音医院疗养。
开会期间，临时中央因为周恩来、毛泽东、朱德、王稼祥等前方领导一再不贯彻执行临时中央和中央局的指示，也将罪名加在毛泽东头上。10月6日，中共临时中央常委会指责毛泽东分散工作的观点是保守退却，不能容许的，应该和他作坚决斗争。提出毛泽东可调回后方做苏维埃工作，并立即给苏区中央局去电。具体情况是，博古批评毛泽东和周恩来，说毛泽东“分散工作的观点，我是坚决反对的。在这里泽东又表现他一贯的观念，同时伍豪不能将自己的正确路线与自己的权威与之作坚决斗争，而表示没有办法，又暴露一次调和以至投降的弱点。泽东的观点是保守、退却。”同时还强调：“我以为应该作坚决的斗争，但不一定指出泽东名字，而与他的倾向在党内作积极的斗争，这因为要估计到泽东在苏区红军中的威信。”张闻天表示：“泽东可调回后方做苏维埃工作。”这时候张闻天还是站在博古一方的。
10月10日，临时中央电示苏区中央局，要积极采取进攻策略，具体进攻方向由中央局根据进攻的策略讨论，并与毛泽东取得一致意见，同意现在召回毛泽东，公开批评他的错误观点，批评方法是说服教育，并继续引导他参加领导机关工作。指示到达时，宁都会议已经结束，毛泽东已离开前线回到后方。留在宁都的中央局委员继续开会，根据临时中央来电，决定毛泽东回后方主持临时中央政府工作，红一方面军总政治委员一职由周恩来代理。12日，中革军委通令全军，工农红军第一方面军兼总政治委员毛泽东，为了苏维埃工作的需要，暂回中央政府主持一切工作，所遗总政治委员一职，由周恩来来代理。26日，中共临时中央正式任命周恩来兼任红一方面军总政治委员。这样，毛泽东彻底失去了军权。
