然而，康广仁等人的被捕使事情发生了意想不到的变化。步军统领衙门将捕获的康广仁、程式谷、钱维骥及王升、王贵、田叔等带到了步军统领衙门，关押在监舍中。这几个人的情况各不相同，对康有为的内幕也只是隐隐约约知道一些，心中有鬼，因而比较害怕，钱维骥流涕不止，寻死觅活，以为此次无论如何是跑不掉了；程式谷也觉得前景一片黯淡，必死无疑，只是他没有像钱维骥那样感到害怕。只有康广仁似乎比较从容，比较英雄，有大丈夫敢作敢为的气概，以为他们兄弟二人所作所为都是为了中国，为了大清。然而正是这种正义气概害了他自己，也害了他的那些同志兄弟。
可以想见，步军统领衙门真正要捉拿的是康有为，所以将康广仁几个人收监后不能不立即进行审讯，不能不追问康有为的去向。针对审讯者的提问，康广仁还算配合，因为按照他的估计，既然清廷现在还问他康有为到哪儿去了，就意味着他们并没有抓到康有为，就意味着康有为已经逃脱了荣禄的魔爪，可能已经平安抵达上海了。康有为是官报局督办，是钦差大臣，前往上海名正言顺，也是皇上的命令。
根据康广仁的供词，步军统领衙门怀疑康有为可能真的已经逃往天津了，估计潜藏在天津的租界里，并没有潜往上海。于是经协商，由北京提督府派遣数十名武装人员，于当天傍晚秘密前往天津，在紫竹林一带搜索，当然是一无所获。
言多必失，祸从口出。这个案件的后续发展再一次证明了这些俗话的正确性。
在当天和稍后几天的审讯中，没有材料说康广仁一言不发，相反却有传言称康广仁在第一天的审讯过程中竟就交代出了百数十人。言下之意，康广仁有变节求荣或出卖同志的嫌疑。
由于这一说法牵涉对康广仁等一大批维新志士的历史评价，所以多年来从没有人怀疑康广仁这一天究竟说了什么或做了什么，而他的这些言行又对后来的政治发展产生过怎样的影响。
我们不必设想康广仁会出卖同志，更不必去猜测他会变节求荣。但我们可以相信的一点是，在步军统领衙门的一系列审讯中，康广仁作为维新志士一定是侃侃而谈，甚至以毫不畏死的精神滔滔不绝，甚至带有几分炫耀也带有几分遗憾地谈到了他们的计划。他甚至会说，如果不是你们这些该死的动手早了一步，那么他们就可以获得成功，他们就可能已经劫制了那个守旧的、保守的、该死的老太后，可能已经将政权移交给了皇上。可惜的是，你们这些家伙仅仅早了一步，所以他们的计划就没有实现。
康广仁被审讯的情形虽然出于大胆假设，但是当我们不能证实康广仁在这一天一句话都没有说，而且又有传言说他“诬攀”百数十人，那么合理的解释，就是说他“诬攀”百数十人可能并不是康广仁的真实意思，更不是其主观企图，但他在这一系列的审讯中肯定讲了他们的全部计划或者是计划中的一部分，至少更可以肯定的是康广仁在审讯过程中的交待不论出于什么目的，都使清廷最高政治层感到吃惊，因为康广仁所说的这些事情至少有相当一部分是清廷原本并不知道或并不掌握的。
即便康广仁真的什么也没有说，那么康有为的门人程式谷、钱维骥及仆人王升、王贵、田叔等人或许多少讲了他们所知道的一些活动，尽管他们不一定知道计划的详尽情形，但他们一定知道康有为经常与哪些人来往。或许是他们讲清了所能知道的事情，所以步军统领衙门仅仅将他们关押了一天，在整个案子并没有了结的时候，就将他们释放了。
于是，康广仁被捕后形势急剧变化，康有为所策划的那些阴谋逐渐浮现，清廷的打击范围越来越大，目标越来越准确。也正是从这个意义上说，不管康广仁在被捕后说了什么，他的那些说法都或多或少泄露了康有为的秘密，其效应有点像瞿秋白“多余的话”。
康广仁的被捕改变了历史进程，打乱了康有为的部署，也扰乱了清廷的政治日程。刚刚兴致勃勃回到颐和园的皇太后，于当天晚上又匆匆忙忙从颐和园赶回城里，据说抵达宫中的时候已在9月21日（八月初六日）深夜或22日（八月初七日）凌晨时分。与此同时，朝廷又下令内阁加强对禁城内外、西苑、颐和园三处的警戒力量，认真巡缉，禁止闲杂人等任意出入。这显然是因为知道了康有为等人策划的武装包围颐和园的阴谋。
第一批抓捕
皇太后匆匆赶回宫中最主要的原因，应该是康广仁被捕后所交代的问题，这个突然出现的惊天大案在康广仁最初表述后，或许并不被审讯者所相信，大约随着康广仁越说越细越准确，由不得审讯者不信，于是引起了朝廷的警觉，引起皇上的注意。皇上一方面差人前往颐和园请回皇太后，一方面下令加强警卫以防止意外，同时，皇上肯定也非常自责与不安，为自己任人失察而懊悔不迭。
如果康广仁所说的都是事实的话，那么皇上必然负有不可推卸的失察责任，所以我们相信当皇上获知康广仁在审讯中交待的那些内容时，特别是当他得知康有为等人竟然背着他而又以他的名义搞什么谋围颐和园、劫制皇太后的阴谋后，皇上真的是跳到黄河也洗不清，因为他确实与康有为这些人有过单独接触，他确实曾经不顾许多大臣的反对而格外青睐这些政治新锐。现在，他出于最本能的保护自己的反应，也只有像杨崇伊奏折所提醒的那样，恭请皇太后再次出而训政，借此稳定大局。这不是怎样减轻自己失察责任的问题，而是自己在过去一百天中可能还是没有完全听从老佛爷的话，终于还是上了政治小人的当。不得已，皇上只好请亲爸爸再出江湖。因此我们看到，尽管皇太后在这一天已轻松愉快“驾幸颐和园”，然而皇上却又发布了一个使很多研究者多年来弄不明白的恭请皇太后训政的上谕：
谕内阁。现在国事艰难，庶务待理。朕勤劳宵旰，日综万机，兢业之余，时虞丛脞。恭溯同治年间以来，慈禧端佑康颐昭豫庄诚寿恭钦献崇熙皇太后两次垂帘听政，办理朝政，宏济时艰，无不尽美尽善。因念宗社为重，再三吁恳慈恩训政。仰蒙俯如所请，此乃天下臣民之福。由今日始，在便殿办事。本月初八日，朕率王大臣在勤政殿行礼。一切应行礼节，著各该衙门敬谨预备。
这才是皇太后匆匆返回宫中的根本原因。
皇太后是大清王朝至高无上的统治者，她与皇儿虽然没有直接的血缘关系，但几十年的养育之恩，不论是皇太后还是皇上，都看得很重。他们之间或许因为这层关系显得拘谨和客气，皇上大约不会像亲生子在老佛爷面前任性或撒娇，所谓的“亲爸爸”大约也不会真的像亲娘那样对待皇儿。然而，几十年的相互尊重、客客气气被康广仁的交代彻底粉碎。根据康广仁的交代，康有为的阴谋，就是诛杀荣禄、派兵包围颐和园、劫制皇太后。这一行动的直接受益者，当然就是皇上，就是这个不是亲生胜似亲生的皇儿。所以，当皇太后刚刚听到这个交代时，她心中的悲痛、胸中的愤怒可想而知。她隐约觉得这毕竟不是自己的亲生子，所以才会发生这样的事情。如果皇上是自己的亲生子，如果皇上就是那个不争气的同治帝，这样的事情会发生吗？皇太后对皇上的信任与期待轰然倒塌，她突然有一种难以言说的悲哀。
皇太后的愤怒悲伤溢于言表，返回宫中的皇太后立即在便殿召集御前会议，庆亲王、端王、军机御前大臣跪于右，皇上跪于左，皇太后并设朱杖家法于座前，疾声厉色责问皇上：
天下者，乃祖宗之天下，你这个孩子怎敢这样不听话，这样任意妄为？诸臣者，皆我多年选拔，精心培养，特意留下来辅佐你治理天下，你怎敢这样任意不用，怎敢一意孤行只听那些叛逆蛊惑，变乱典型？康有为究竟算个什么东西，竟然在你眼里那么重要，竟然那么值得信任？康有为之法，究竟在哪儿比祖宗之法强，竟然使你这样昏了头？
骂完了皇上，皇太后转身再骂那些大臣：
皇帝年幼无知，办了一些错事，你们这样人为什么不能够冒死力谏？你们真的以为我放手不管，会看着他亡国败家？我早知道他不足以承大业，只是因为时事多艰，不易轻举妄动，只得留心稽查管束。我虽人在颐和园，而心时时在朝廷。我惟恐有奸人蛊惑带坏了皇上，所以常常叮嘱你们这些大臣要尽忠报国，要犯颜直谏，要做皇上的诤友，不要做佞臣做奸臣做滑头，万不可因皇上不肖便不肯尽心国事。可是你们究竟做得怎样，你们能够问心无愧吗？
或许是皇太后的指责太过明显，或许是刚毅对皇上久有成见，落井下石，他马上站出来辩解，实际上是将皇上推向绝境。刚毅表示，我们这些大臣也不能说从来没有表示看法，只是屡次哭谏，每加谴斥。所以很多意见也就说了白说，等于没说。
愤怒的皇太后无心于刚毅的辩解，她继续指责皇上说，变乱祖宗，臣下犯者，你知道是什么罪行吗？究竟是祖宗重要，还是那个康有为重要？康有为说的那些鬼话你从不怀疑，你就是看不上祖宗之法，就是要行康有为之法，你怎么就这样不争气，就这样糊涂？
听了皇太后的指责和追问，皇上不得不小心翼翼地表示，这固然是我个人太糊涂，同时也是洋人欺人太甚，洋人逼迫太急，我个人心里无私无欲，唯一的想法不外乎就是保存国脉，通融试用西法，并不敢完全听信康有为的那些办法。
皇上的辩解并没有减轻皇太后的愤怒，因为皇太后真正在意的除了康有为之法，还有康有为的谋反，于是皇太后接过皇上的话说，难道祖宗不如西法，鬼子反重于祖宗？而且，康有为叛逆，图谋于我，加害于我，难道你真的不知道，难道你还替他回护？
从这段对话，我们可以得出这样几点认识：（一） 皇上真的不知道康有为的阴谋；（二） 皇太后有自己的情报系统，较皇上先知道康有为的这些阴谋，即先知道康广仁等人的交代；（三） 皇太后之所以先于皇上知道康广仁的交代和康有为的阴谋，是因为那些审讯者和相当层级的决策者因为这些交代涉及皇上，皇上似乎成为案中人，因而只能越过皇上将这些情报直接报告皇太后；（四） 这些人之所以这样做，是因为康广仁在交代中明白表示他们的事业是正义的，目标就是为了让皇太后真正还政于皇上。康广仁大约还会说他们手中有皇上的密诏，有皇上的手令，因而无意中，这就将皇上卷入了案件中；（五） 康广仁之所以这样说，是因为他的哥哥康有为就是这样告诉他的，他虽然可能没有见过皇上的密诏，但他确实通过康有为知道有这件事。
通过皇太后的哭诉和指责，皇上渐渐明白事情的原委，渐渐知道自己确实被康有为等人出卖了，因为他确实没有介入这些阴谋，因为康有为等人确实是打着他的旗号。最重要的是，他也曾有一个密诏交给杨锐，尽管那个密诏完全可以公开，并没有什么阴谋，可是哪能说得清？皇上被康有为这个阴谋吓得魂飞胆丧，面对老佛爷的愤怒，皇上根本不知如何应对。皇太后接着厉声指责，你究竟是一般的知道，还是他们的同谋？
皇上颤栗答称知道。
皇太后闻言更加愤恨，立即表示，既然知道康有为谋反，为什么还要将其放走？
对于皇太后的指责，皇上大约也是不明所以，不过他此时已经猜到康有为已经离开北京，但不是以钦差大臣的身份前往，而是一种潜逃。于是皇上毫不犹豫地回答，对康有为当然不会放过，这就下令追捕缉拿。于是朝廷根据各方面的情报特别是康广仁等人的交代，大致推算出康有为的逃亡路线，迅速电寄荣禄，通知他工部候补主事康有为现经降旨革职拿办。据步军统领衙门奏称，该革员业已出京，难免不由天津航海逃脱，因此朝廷命令荣禄迅速派员前往天津火车站及塘沽一带严密查拿，并命登莱道李希杰、上海道蔡钧及明保等，于轮船抵达各自属地时，立即捕获，决不能让康有为潜逃至租界，寻求外国保护。
在采取了必要的防范措施诸如追捕康有为，加强对北京重要目标的防守外，还有一个重要的内容是继续弄清康有为阴谋的全部，弄清究竟有哪些人涉案，并随时将这些涉案人员予以控制或直接逮捕。大约在9月22日（八月初七日）这一天，皇太后主要的事情就是这些，她心中最不能放下的还是那个往常如此老实听话的小皇帝，何以在康有为等人的影响变成现在这个样子，何以能够忍心对自己的亲爸爸下毒手？
对于皇太后的指责和追究，皇上心中坦然，但他也有说不清的地方。他确实没有介入康有为的这些阴谋，而且事实上他也是这些阴谋的受害者，然而康广仁等人的交代毕竟说是受到皇上的指使或暗示，而皇上是否有这样的指使与暗示，就不是皇上一个人可以说得清楚，必须由康有为前来对质。现在康有为跑了，皇上只能满腹委屈，真是跳到黄河也洗不清了。
无私自无畏。皇上没有介入这些阴谋，也并不完全需要证据，逻辑的推理和大臣们的证明，都很容易证实皇上对皇太后的忠诚，都可以反证皇上不会加害于皇太后。皇太后拿着从南海会馆搜出来的那些奏章说帖及信件逐一盘问，内有杨锐、林旭等转述皇上催康有为迅速离京的函件或笔记。皇太后问皇上，这究竟是什么意思？
