今以余之教言之：始之以立本以明人伦也；既明人伦以立本矣，则必继之以入门以明心法也；既明心法以入门矣，则必终之以极则以体太虚也。故人伦未明，而曰我能明心法者，未也；心法未明，而曰我能体太虚者，未也。故教之所当先者先之，而先其所不得不先也；教之所当后者后之，而后其所不得不后也。
林兆恩非常清楚地指出，所谓三教合一并不是说三教本来是一致的，换句话说，就“道”的角度而言三教是一致的，这不是林兆恩所要强调的三教合一的内涵。在林兆恩看来，所谓三教合一就是要三纲、四民等儒家的纲常伦理来纠正释、道二教所存在的偏狭，使得人人有“常道”、“常业”。常道，就是儒家的纲常伦理。常业，就是士、农、工、商四民之业。在这里，林兆恩的倾向性也是非常清楚的，就是要将三教归儒，而儒则是要归孔子之儒。
余每以释典所载，悉皆心身性命之微、不可使知之道，殆与孔氏之儒虽不异，而曰以此可以治天下、国家、使民由之者，不亦妄耶？今以孔氏之教所可使由者言之：始自伏羲、神农、黄帝、而尧、而舜、而汤、而文武，夫妇之别、父子之仁、君臣之义，三纲五常，无不毕具。又况精微之至，尽之于《易》；政事之宜，尽之于《书》；性情之正，尽之于《诗》；节文之著，尽之于《礼》；赏罚之明，尽之于《春秋》。以正朝廷，以正百官，以正万民，至于行兵治赋，亮采导河，而所谓世间法者，殆有不可得而胜纪者。不惟宏纲懿范，既极明备而足述。虽至威仪缛节，亦且昭晰而可观。故从古以来之所以治天下国家者，真有不能外于孔氏之教矣。若释氏之神机妙用，乃所谓出世间法也，而变通宜民之下，施之中国故不为滞，亦岂能不籍经纶于《易》、《书》、《诗》、《礼》、《春秋》，因政于尧、舜、禹、汤、文武者哉？此余倡教之大都，宗孔之本旨也。
大道浑沦，未始有名。今既名“儒”、名“道”、名“释”，名焉既有，道日以支。纵有圣人者出，岂其能复返太朴，复归无名哉？故不得已而曰“三教合一”者，盖合而一之以孔子之儒，以存儒者既有之名尔。是虽不能复返太朴之无名以媲德上古，而同文同伦之风，庶乎俗无殊尚，人无异教，不诡不僻，殆非叔季之世所能及也。
这样，林兆恩在这里的思路也就非常清楚了，他的三教合一是针对于当时社会上儒、道、释三教之间以及三教内部纷争不断，是非不止的局面。强调三教从本源上来说都是一致的，都是体现“道”的基本要求，是本“一”，针对了现实的局面。林兆恩的三教合一强调的是要用儒家的三纲、四业来纠正二氏的弊端，以儒家的伦理纲常作为其教之“本”，在此道德基础之上，再强调心身性命的修炼（入门），对虚空本体的追求（极则）。于是，在三教归儒，儒归孔子的形式下，在日常人伦的实践基础上，林兆恩完成了其三教合一系统建构。这个系统，后来林兆恩的得意弟子卢文辉有非常明确的概括：或问何以谓之三教之正宗也？文辉乃窃三教先生本旨而语之曰：“其所谓三教之正宗者，非他也，心身性命之要道也，三纲五常之至德也，士农工商之常业也。统而宗之，岂非其所谓万世无弊之可宗者正宗耶？”故徒知心身性命之要道，而不知有所谓三纲五常、士农工商，则道非其道矣。或徒知三纲五常之至德，而不知有所谓心身性命、三纲五常，则德非其德矣。或徒知士农工商之常业，而不知有所谓心身性命、三纲五常，则业非其业矣。而心身性命，而三纲五常，而士农工商，而合而一之，此乃先生三教正宗之本旨也。
按照卢文辉的概括，林兆恩三教合一的宗教思想基本上包括三个方面的内容：心身性命之要道，三纲五常之至德，士农工商之常业。这三者是构成其宗教思想的基本核心，是一个统一的整体，不可或缺的。对于林兆恩的三一教而言，三者具有同等重要的意义。
而三一教的基本教义也就是在此基础上才形成的。简单地说，就是以“心身性命”为基础，以“三纲五常”为根本，以“归儒宗孔”为宗旨，以“士农工商”为媒介，以“立本”、“入门”、“极则”为修行途径的儒、释、道三教合一的宗教体系。而对于在现实发展中的三一教而言，纲常伦理的强调是其最为突出的表现，这也是三一教在民间发展中带给人们的一个基本的印象。从这个角度来说，三一教实际上是以宗教的形式，以民间作为依据，实践了儒家的伦理道德。在这里，儒家的伦理道德成为了对三一教的门人最基本的要求。这一点，实际上林兆恩在其对道、释二教的批判中也明确表明了：夫人生于天地之间，孰有切于孝道之大、人伦之常哉？孝道之大、人伦之常者，布帛椒粟也。天下之人，有可以弃布帛而遗椒粟者乎？夫既不可以弃布帛而遗椒粟，抑岂可以弃孝道之大而遗人伦之常者乎？盖人也者，人之也。人道之大，莫逾三纲，故谓之人者，以群道释而人之也。伦也者，伦之也。而君臣之，而父子之，而夫妇之，以群道释而伦之也。
所以，我们可以很明显地看出，在林兆恩这里，虽然强调了心身性命、三纲五常、归儒宗孔等，但是，对于林兆恩来说，最为重要的是纲常伦理，这也就是他所说的“立本”，只有立好了本，解决好了世间的人伦关系，人才有可能通达大道，明了心身性命的根本。从这个角度出发，我们可以将道德伦理的要求视为三一教最为根本的教义所在，也是三一教的基本宗旨所在。
第三节 三一教的神祇
任何宗教都是有着自己的神祇系统，有自己崇拜的偶像，作为一种民间宗教，三一教也不例外。在三一教的祠堂中，其所供奉的主坛神像都是教主林兆恩的坐像。林兆恩头戴三纲巾，脚履五常履，著三纲五常衣，两手拱太极，这也是标准的林兆恩神像。
任何一个宗教活动场所，只要他是三一教的，所奉祀的主神都是林兆恩。
林兆恩既是三一教的主神，也是三一教信仰神祇系统的核心。当然，除了主神之外，三一教还有其他的神祇。这些神祇主要有张三峰、卓晚春，以及教主的四大门徒卢文辉、林至敬、张洪都、朱逢时，称“四配”。在较大的三一教祠堂，神像的位次基本上是这样的，教主林兆恩居中，其左为张三峰，其右为卓晚春，这三尊像基本上是在大厅的中间。然后，厅的东西两侧面为“四配”，从左到右依次为林至敬、张洪都、卢文辉、朱逢时，以东山祖祠为例，其主厅（宗孔堂）为三一教的主殿，其神像位置如下：在这个神祇系统中，相互之间的关系也是非常明显的，“四配”为林氏的嫡传弟子，林兆恩死后主要是依靠这四个弟子继续传教，并且更为重要的是对林兆恩进行了神化，同时完善了三一教的制度了科仪，使得三一教不断地宗教化，这尤其是以林氏的得意弟子、被三一教徒称其为“夏午尼氏道统中一三教嫡传大宗师”的卢文辉最为突出。
卓晚春，莆田人，生于嘉靖年间，自号无山子，上阳子，时人称为“小仙”，林兆恩与之交往甚多，在当时有“卓狂林颠”之名，对林兆恩思想转变有着非常大的帮助。卓晚春对于林兆恩来说只是一座桥梁，经由他，林兆恩开始了其心身性命的修炼。而对于林兆恩的思想影响较大的，应该是张三峰。与张三峰的交往，《年谱》中有一则记载：“（隆庆）八年庚辰，先生六十四，春游鼓山，夏往武夷。……时张三峰真人晦其姓名曰桃文羽，来见先生剧谈玄秘，有玄歌、玄谭，先生悉录以付梓。”按照这则记载，张三峰当曾传修真要诀于林兆恩，而三峰丹法，按照记载，属于内丹派，提倡内丹修炼，因此，其所传于林的也应当是内丹修炼方法。这样，经由卓晚春而至张三峰，是林兆恩心性修炼之法完成的路径，也是其宗教思想确立的基础条件。因此，两者对于林兆恩与三一教而言，具有非常重要的意义，所以，作为三一教所奉祀的神祇，为后世三一教门人所敬奉，也是非常自然的。
以上这些是三一教的基本神祇，但是，作为一种民间宗教，三一教在其演变的历史当中，并非只有以上这些神祇。比如，目前在莆田地区已久有影响的，自认是继承卢文辉一系的卢门，在他们的神祇系统里面，除了传统的三一教教主、张、卓以及四配之外，还信奉老子、孔子、释迦，以及弥勒佛。尊奉孔、老、释迦，是因为三者乃是儒道释三教的创始人，尊弥勒佛，是因为在卢文辉、陈衷瑜、董史一系的《林子本行实录》中，林氏的降生是应合了“弥勒降生”的预言，并且称林兆恩最后“果证弥勒”。
此外，由于民间宗教的特殊性，民间宗教主要面向的是普通百姓，而对于普通百姓来说祈福禳灾、风调雨顺、五谷丰登、全家平安才是他们最为关心的事情，是他们信仰宗教的根本的出发点和归宿。从这一点出发，只要是神祇，只要能够护佑他们，给他们带来福果，都是可以信奉的。因此，对于很多三一教的门人，他们信仰的神祇极大地综合了道、释二教，我们通常所见的如来佛、观世音菩萨、玉皇大帝、太上老君、城隍，甚至是齐天大圣、佘太君、穆桂英等等，都出现在其中，这也表明了其信仰的复杂性和功利性。当然，这些并非是三一教作为一种宗教形态所尊奉的基本神祇，只是三一教在民间发展过程当中所产生的信仰形态的变异。
第四节 三一教的节日
宗教节日对于宗教信徒来说是非常神圣的，因为这个时间对于该宗教的形成和发展而言具有极为重要的意义。世界上大凡宗教，都有着其自身的节日，而在这些节日里，宗教徒总是以自己的方式举行着庆典仪式，这是他们宗教信仰的一部分。对于三一教门来说，也是有着自己的节日。三一教的节日，大致可以分为两类：一是教主的纪念日；二是因教主生前的义举而来的节日。就前者而言，有两个：一为每年农历的正月十四日，是林兆恩去世的日子；一为每年农历的七月十六日，是林兆恩出生的日期。对于后者来说也有两个，林兆恩生前因其毁家纾难而抗击倭患，为在倭患和瘟疫中死去的人们超度，提供救济。在门人看来这是普度众生的日子，因此每年的农历九月底到十月初，三一教都会有一个“普度节”。此外，在农历每年年底（十二月二十五左右）还会有一个“普施节”，向附近的困难民众施与衣物、钱款等，以帮助解决其生活上的难处。这四个节日，在三一教都是非常隆重的，形成了传统的，因此被称之为“四大节”。
当然，除了以上大节之外，三一教还有其他的一些节日，比如每年农历三月十六，祭祀卓晚春；八月十八日，祭祀张三峰；十一月初三，祭祀卢文辉。实际上，只要是神祇的祀日，都会有相应的仪式，这样一来，由于三一教在民间的发展过程中，如前文所言，所信奉的神祇比较复杂，随之而来的是大节之外，小节也是不断。根据笔者所接触到的由三一教卢门陈德清所提供的材料中，他们一年中所要祭祀的大、小节日大致有近20个。
当然，如前面所言，并不是每一个节日对于三一教的意义都是一样的。目前，在莆田地区，除了四大节会举行比较隆重的仪式和比较统一的活动之外，其余的小节一般都只是以简单的祭祀为主，基本的范围限于各祠堂，甚至是门人在家自己祭祀。而四大节的时候，尤其是林兆恩的生日和逝世日，莆田的东山祖祠和仙游的林龙江纪念馆都会举行比较隆重的仪式来纪念，每年的这个时候，全世界的信众都会到这两个地方来朝拜教主（以东山祖祠为主），这也是整个三一教中最为盛大的两个节日。“普施”和“普度”则是由三一教祠堂开展，基本上是以祠堂为单位进行。
除了这些固定的大节、小节之外，三一教还有一些非常固定的教团活动，比如，每天早、晚三一教的祠堂都会安排人点香、诵经，每月的朔望之日，全堂门人都要到堂诵经，这是林兆恩在世时强调的“朔望之会”。另外，还有一些定期的季会和月会活动，不定期的会道和经典学习、庆祝活动等等。目前，这些节日的相关活动，在莆田地区还是被完整地保留，并且以比较严格的节庆仪式执行。
