一日，谢志身感不适，三个月不能亲临朝政。恒玄道：
“丞相身体不适，长期难以主政，理应换身体康健大臣接替，否则危害社稷。”恒玄亲信魏符趁机奏道：
“恒大人有再造国家之功，这样的功臣不能执掌相位，天下不服。”一时间，群臣纷纷附议。赵皇无奈，只得同意恒玄担任丞相。谢志不服，本欲强行出朝，以示自己身体并无大碍，足以主政。沈约劝道：
“如今，恒玄势大，丞相之位，志在必得，你若强行阻止，必被其视为肉中之刺，早晚拔之。你不如借此病，自然交出相位，保全颜面。恒玄亦会感激，暂时不会对兄不利。”谢志无奈，只好继续称病，并上书推荐恒玄接掌相位。恒玄特意上门探视谢志，感谢其推荐自己为相。
恒玄执掌相位后，一直想建立威望，却没得到机会。他原本想北伐建威，但秦国虽亡，各个诸侯仍然联合抗赵，一时之间，北伐难有起色。江南士族中不少人认为恒玄虽有军功，却无相才，很多人还是属意沈约或谢志未来重掌相位。恒玄心中十分懊恼。
一日，恒玄得报，身患怪病，无法说话的废太子康王杨弘竟然痊愈了，心中大喜，这可是建立威望的绝佳时机。太子杨启是在其兄杨弘身患怪病的情况下，得到权臣祖云的支持，荣登太子之位的。祖云战败身死，但杨启还是保住了太子之位。不过，不少南方士族还是觉得杨启过于强干，难以控制，不喜欢他将来承接帝位，奈何只有他一人身体康健，也就无人敢提废太子之事。
如今，废太子杨弘既然痊愈，恒玄立即提出废夺杨启太子之位，但要废掉太子总需找一个说得过去的理由，而杨启任太子以来，一直礼敬权臣，谨慎守道，无甚过错。恒玄便以床笫之事诬之，说杨启早就有不举的毛病，与相龙、计好、朱灵宝三名男宠大搞不伦之恋，还称杨启太子妃田氏所生的三个儿子其实是这三个男宠的骨血，现杨启欲建储立王，倾移皇基。同时，恒玄派人把这些话传播到民间，一时朝野议论纷纷，莫能审其虚实。
南方士族早就想废太子了，听闻恒玄这番说辞，心中虽也疑惑，但还是全力支持恒玄废夺杨启太子之位。次年，桓玄统帅大军进入建康，派人把已经以皇帝名义写好的诏书送呈赵皇，赵皇无奈，被迫签字赞同废立之举。于是，桓玄集百官于朝堂，宣示赵皇的废立诏令。废杨启为益王，由康王杨弘重掌太子位。
桓玄还派散骑侍郎刘亨逼杨启即刻离开太子府。时值仲秋，天气还比较暖和，杨启著白恰单衣，步下西堂，乘犊车出太子府。诸官拜辞，莫不歔欷。桓选命令部下带领数百兵士押送杨启回到原益王府，过了一年再降其为海西县公。
杨启就这样主动地配合桓温，老老实实地因不举病症而病退了。一年后，有人突然来到他的住地，称有皇上密诏，奉迎他起事还东宫复太子位。不知是有人想用他这位废太子作幌子来行非常之事，还是桓玄叫人来有意试探他，但杨启不为所动，坦然道:
“我得罪于此，幸蒙朝廷宽宥，怎敢妄动。假如皇上有诏使我复位，应有宫使来，怎么只有你一人无凭无据来此，定是你们想作乱。”于是，来人匆忙而去。这以后，杨启更是深虑横祸，乃杜塞聪明，无思无虑，整日饮酒作乐。如有姬妾生下孩子，随即派人将孩子淹死，以证实自己是真正的不举。由此，杨启期望自己能勉强得以善终。
恒玄势力日渐增强，屡有取代赵皇的试探之举。赵皇忧虑，问计沈约。沈约叹道：“如今恒玄已经完全掌控朝政，所辖兵力也远胜于我，沈系朝臣兵马只能勉强自保和保全陛下皇族人身安全，再无力助阵陛下掌控朝纲。陛下想重掌朝政，只能试试韩裕。”
沈约从此称病，不再上朝，淡出朝堂。恒玄趁势部署重兵，强力压制唯一能与他抗衡的韩裕。韩裕审时度势，暂投桓玄以行韬晦。由于韩裕屡建军功，颇有声望，故桓玄也不敢小视他，任命他为虎贲将军。韩裕接受任命当日，恒玄道：
“韩裕，气度不凡，是人中豪杰。”恒玄对韩裕款待备至，恩宠有加。桓玄的妻子刘氏颇能识人。她多次对其夫说：
“韩裕行止有龙势虎志，看问题不同凡响，不会久居人下，宜尽早除之。”桓玄却道：“我欲荡平中原，非此人不行，怎好杀他？等关陇平定，再作计议。”刘氏道：
“纵然如此，也应试探他是否真心归顺，愿助君成事。”恒玄深以为然，宴请韩裕，席间暗藏刀斧手，若确定韩裕难以降服，立即杀之，以绝后患。韩裕带了少数随从赴宴，隐隐看到刀枪的反光，暗道不妙。恒玄笑道：
“韩将军对皇上治国之道如何看？”韩裕没想到恒玄问的如此直接，若在平时，自然含混敷衍，但此时若没有令恒玄满意的答复，恐怕再走不出这个院子了。韩裕知道自己下面的说辞日后可能会被人用来攻讦自己，但也只能度过眼前难关再说。韩裕道：
“皇上治国过于软弱，既不能使百姓富足，也不能使国家强盛，绝非明君。”恒玄眼光一亮，笑道：
“那将军以为如何劝谏皇上才好？”恒玄道：
“皇上脾性如此，无法改变。为国为民，需另立明主。丞相有力挽狂澜之功，应取而代之，臣愿为马前卒，助丞相收复故土，恢复汉族昔日荣光。”恒玄对韩裕如此直白的劝进之言很是满意，接着道：
“可惜朝堂中不是每个人都像将军这么想，比如沈约、谢志、于信等老臣。”韩裕道:
“谢志、于信并无太多兵马，不足为虑。惟有沈约，手掌重兵，又颇有声望，实乃大患。但如今，他实力大不如前，不是丞相对手，所以称病，淡出朝政。只要严密监视压制，沈约难以阻挡丞相称帝。若是沈约敢于轻举妄动，臣愿为先锋征讨之。”恒玄哈哈大笑：
“将军果然见解独到，国之柱石。”恒玄礼送韩裕出府。不久，韩裕全力投靠恒玄的消息在朝间风传。
