沈约感叹道:
“真是物是人非，斗转星移。祖惕将军对前赵立有大功，与朕也是惺惺相惜。祖云虽有叛逃前秦之罪，但也有情非得已之由，何况他曾立下汗马功劳。今日，爱卿作为祖氏传人，在数学上有如此惊世建树，足以告慰先人。今赐你良田美宅，好生娶妻生子，绵续祖家香火，也算是对祖惕、祖云将军的慰藉吧！”祖冲含泪拜谢。不久，沈约下令建造太学院，专门供养、培训科学家，整理撰写科学典籍，祖冲担任首位院长。
丞相谢志认为，太学院中有些科学家研究的东西不够实用，不能用于农田水利，建议从太学院中除名。沈约斥责道：
“科学的实用未必都在今时，可能在未来甚至万世之后，不可因其在今世无用就去除，应鼓励不同方向的研究，给予有天赋的科学家必要的生活财资，让其专心研究。”沈约下旨，要求成立不同学科的论坛和分类制作典籍，供科学家发表传播研究成果。
在沈约统治期间，地理知识的传播和地图绘制得到较大发展。随着阿拉伯和波斯的旅行家、商人带来世界各地的信息，地理学在晋国蓬勃兴起，并采用了阿拉伯资料中关于中原以外其他地区的资料。晋国绘制的世界地图以阿拉伯资料为基础，对世界各地的标写相当准确。此外，与鼓励和吸引科学家一样，沈约注意保护神职人员和艺术家，鼓励世界各地的艺术在晋国传播。
晋国内各种思想相互辩论，只要其不鼓动谋反或是严重削弱朝廷统治，沈约一般听之任之。竟陵侯萧子良，精信佛教，常聚会名僧，讲论佛典，同时在鸡笼山西邸官舍礼贤纳士，交游宾客，聚会文学名士。这些名士多为佛门信徒，笃信因果报应，唯有范缜对这此嗤之以鼻，大唱反调，竟称无佛。以竟陵侯萧子良为首的佛门信徒与范缜展开了一场大论战。萧子良问范缜说：
“你不信因果报应说，那么为什么会有富贵贫贱之分？”范缜答道：
“人生如同树上的花同时开放，随风飘落，有的花瓣由于风拂帘帷而飘落在厅屋内，留在茵席上；有的花瓣则因篱笆的遮挡而掉进粪坑中。殿下就犹如留在茵席上的花瓣，下官就是落于粪坑中的花瓣。贵贱虽然不同，但哪有什么因果报应呢？”萧子良不以为然，但驳不倒范缜这番有理有据的答辩，无言以对。
经过这次交锋后，范缜认为有必要将自己的观点加以系统整理和阐述，于是写出了《神灭论》一文，提出“形存神存，形谢神灭”的无神论观点。文章甫一问世，士林争相传抄，朝野一片哗然。萧子良调集众僧名士，软硬兼施，轮番围攻范缜。佛门信徒太原名士王琰，借儒家孝道为武器，撰文立著，企图让范缜无法回答，就带着嘲讽的口吻道：
“哎呀！范先生，你竟然不知道你祖先的神灵在什么地方！”范缜则反问：
“哎呀！王先生，你既然知道你祖先的神灵在什么地方，怎么不自杀去追随祖先的神灵呢？”这一反问，倒使王琰哑口无言，败下阵来。萧子良上奏沈约，请求斥责范缜。沈约道：
“春秋战国有百家争鸣之盛况，今我朝远迈前代，反而无求同存异之雅量？爱卿若不服其论，尽可在论坛上与之相辨，不可以权力压制。”萧子良自得作罢。
一日，一个自称米亚的人携十三名弟子前来拜见沈约，希望传播圣西教。沈约笑道：
“我大晋有各种教派传播，例如佛教道教广为流传，各自井水不犯河水，都是为了和乐百姓，稳定社会。”米亚道：
“圣西教当然也会和乐百姓，稳定社会。我教曾在北方魏国民间传道，虽发展迅速，却被魏皇猜忌，予以禁止。我等想向魏皇解释，解除误会，奈何魏国朝政被丞相把持。他因与我的私人恩怨，处处掣肘，不让我们面见魏皇，我们只能出走魏国。我等千里迢迢，来到晋国，希望先说服皇上支持我教，再行传道，以免重蹈魏国之覆辙。”沈约微笑道：
“不妨说说贵教的教义。”米亚道：
“圣西教的教义可归纳为两个字博爱。博爱分为两个方面：爱圣西神和爱人如己。”沈约点点头，示意继续。米亚接着道：
“除了圣西神以外你不可有别的神；不可为自己雕刻和敬拜偶像；当孝敬父母；不可杀人；不可奸淫；不可偷盗；不可作假证陷害人；不可贪恋别人妻子和财物。人的生命是有限的，但人的灵魂会因信仰而重生，并可得圣西神的拯救而获永生，在天国里得永福。人若不信或不思悔改，就会受到圣西神的永罚，要在地狱里受煎熬。”米亚清清嗓子，总结道：
“总之，圣西教是严格的一神教，只承认圣西神是最高的神，反对多神崇拜和偶像崇拜。爱人如己是圣西教徒日常生活的基本准则，它的要求是：人应该自我完善，应该严于律己，宽以待人，应该忍耐、宽恕，要爱仇敌，并从爱仇敌进而反对暴力反抗。只有做到上述要求，才能达到博爱的最高境界爱人如己。”沈约思考良久，缓缓道：
“贵教宣扬爱人如己确实有助于和乐百姓，稳定社会，这很好。但是，贵教坚持“一个神”的说法，反对承认其他神灵，让朕不安。在中土传统看法中，神灵并不是只能生而为神的，高超的道德和行为可以让一个普通人成为神灵。决定一个人是否高贵，是否能得到福报的原因是高贵的品德和行为，一个善良佛教徒可以升天，一个善良的道教徒可以升天，同样的，善良的圣西教徒，包括善良的无神论者都可以升天。但根据圣西教的说法，如果一个人不信仰圣西教，那么不管他有多少善行，作多大的好事也无法升天。这恐怕会引起其他教派不满，造成教派民众间的冲突。另外，我中土民众素有慎终追远，纪念祖宗的习俗，民间也有万物有灵，给著名人物，例如孔子、关羽等封神膜拜的传统。贵教却要求信徒不能祭拜祖宗，不能膜拜其他神灵，这违背了中土人士的习俗，恐会引起传统士民的不满，带来社会震荡。贵教能放弃只承认圣西神为唯一神，反对其它神灵和偶像崇拜这一条吗？”米亚坚决摇头，明示不可放弃。
