九月十一日，福建布政使向朝廷上报了荷兰入侵台湾一事，“西夷荷兰，去岁乘舟犯澎湖，为我守备力阻而去。今有夷酋科利恩者，携巨炮舰三艘，复寇台湾，裂地筑城。淮、德二王率部坚守，与之鏖战十日有余，大破贼军，虏其酋，获其舟。今奏请朝廷，以彰其事。”
周嘉谟收到折子，只以为是寻常的奏报，便没做票拟，放到了一旁。第二天，折子递到了天启桌上，“嚯，这俩王爷还有点本事哈。”天启提笔朱批：奖淮、德二王大鸟船各一艘，押夷酋入京。
荷兰人此时在远东的力量基本可以和西班牙平起平坐，但是荷兰和西班牙不同，他的财富来源是贸易，而非美洲的金矿银矿，西班牙殖民吕宋只是为了获得一个环球航线的中转站，建立一个虚无缥缈的“日不落帝国”。荷兰人渴望台湾却是为了垄断日本与中国的远洋贸易，按照荷兰东印度公司的设想，将来的“福摩萨总督区”将是远东最大的贸易集散地，所有来自中国和日本的货物都将在这里进行中转，然后沿着巽他海峡至好望角的航线返回荷兰本土，借此将葡萄牙、西班牙的东方贸易航线彻底碾碎。
荷兰人反复的入侵也给天启提了一个醒，“海上贸易该好好整顿一下了。”
万历天启时期的明朝官方外贸机构分为两大类，一类是市舶司，只接受朝贡贸易，原本有四处，分别是蓬莱市舶司，宁波市舶司，福州市舶司和广州市舶司，但由于倭寇问题，明朝宣布停止接受日本的朝贡，于是蓬莱市舶司和宁波市舶司先后关闭，仅留下福州市舶司和广州市舶司。但明朝的市舶司只负责接待朝贡国来的贡船，并不对民间贸易船舶开放，实际上是一种外交机构，而非贸易机构。另一类则是隆庆开关后，在福建月港（海澄港）设立的“督饷馆”，这是一个真正类似于海关的机构，负责查验船只货物，并按货征税，但税率并不固定，由福建布政使按“时令”拟定。和清朝类似，晚明的合法通商口岸也只有福建月港这一处，同时，朝廷还建立了许可证制度，只有取得了许可证才算是真正的合法海商，如果无证，即便是从月港出海，仍然算是走私，而朝廷每年发放的许可证仅仅才一百张，这对于整个大明朝的贸易需求而言，只能说是杯水车薪，但就是这一百艘船，一年缴纳的货税也能高达三万两，可见海洋贸易其中蕴含的可观利益。
所有这些问题的根源在于，现在的大明朝廷对于海洋贸易的思维，仍然是朝贡体系，内外通商必须要持有定额发放的关碟，这种计划体制严重制约了本国贸易的发展，也造成了走私商人的泛滥，特别是在葡萄牙人进驻澳门之后，粤海的走私商人几乎已经公开化，在葡澳当局的反复“公关”下，当地政府基本默许了这种行为。
这种野蛮生长的贸易体系，并没有使朝廷从中获益，反而让原本就纷乱的海疆更加复杂，然而此种局面恰恰是一些人愿意看见的，越是模糊的管理制度，越能给这些商人上下其手的空间，这其中牵涉到的利益争端，主要就来自于浙、闽、粤三地对于国内贸易垄断权的争夺，明朝正史当中，这个权利最终是由福建的郑芝龙一系夺得，而清朝收复台湾之后，康熙为了遏制闽海商人，同时也是为了报复，便转而去扶持粤海商人，将主要通商口岸定在了广州，当然这都是后话了。
九月十三日，天启皇帝发布了一道非常简短的圣旨：“撤回全部提举市舶司太监，裁撤市舶司，裁撤福建月港督饷馆。”圣旨一出，东南震动，百姓也好，官员也好，纷纷猜测，皇帝是不是又打算封海戒严了？而且这回的戒严也太厉害了些，不光老百姓的船不让出海，连市舶司都撤了，官家的船也不让出去了？
户部尚书毕自严闻听圣旨，大为震惊，于九月十四日急切入宫要求面圣。
“蝉以暑热急躁，卿以何故急躁？”魏忠贤正剥着荔枝放到盘里，天启一边吃一边说。乾清宫里这会儿又多了三台风扇，六个小太监轮流摇臂，徐徐清风吹来，倒是消得几分暑气。
“臣为国朝而急！”毕自严看着天启这般纨绔的样子，顿时气不打一处来，连磕头都忘记了，直挺挺地站在那儿瞪着前面的两个人。
天启看着他，噗嗤一下笑出来，“毕大人这意思是，朕又做错事儿了？”
魏忠贤站在一旁，挤眉弄眼地朝毕自严使眼色，“毕大人，拜！”毕自严愣了一下，这才反应过来，赶紧撩衣服往下跪，天启看他这个样子又是一乐，摆摆手，“算了算了，你就站着说吧。”
“谢万岁。”毕自严抠了抠脑门，有点尴尬，“敢问万岁，为何突然下旨裁撤市舶司？”
“没用的东西，留着干嘛？朝廷再有钱也不能养一堆闲人吧。”哧溜一声，天启吞了一颗荔枝，嘎吱嘎吱嚼着，汁水四溢。
“那万岁为何又裁撤督饷馆？隆庆当年，多少仁人志士上书建言才换得这一口商港，而今万岁一不问朝堂，二不问百姓，恣意而为，可知又有多少良家一夜沦为娼盗！”毕自严越说越激动，越来越大声，就差拍桌子摔板凳了。
“啧，恣意而为……好一个恣意而为。”天启刚拿起一颗荔枝，转手又放下了，“毕大人家乡何处？”
“臣祖居淄川。”天启突然问这么一句，毕自严有些摸不着头脑。
“噢，淄川，那就是在山东了，你说你一个山东人，怎么对闽地这么上心呢？”天启琢磨着，按说这毕自严应该是个齐党，福建又是东林党人的地盘，他干嘛来凑这个热闹。
“万岁，臣是朝廷的户部尚书，不是山东的尚书，开关通海，利国利民，此不为哪一家之劝言，乃是为全天下之劝言！”
天启听完他的话，点点头，“你倒是大度，可惜，你的好意，那些人可不买账。”天启伸手把放在桌角的几本奏折扔到了毕自严的面前，毕自严赶紧弯腰从地上捡了起来，“这些都是督议院弹劾你的折子，如今，大家都觉得是你毕自严撺掇朕裁撤市舶司和督饷馆的，说你目光短浅，不知海利，不通海情，不该坐这户部尚书的位子呢。”
毕自严翻着奏折，气得手哆嗦，“一派胡言，一派胡言！臣忠心为国，夙夜忧寐，天可怜见！请万岁明察！”
天启冲他摆摆手，“朕知道，你是个有公心的人，朕给你看这些只是给你提个醒，这朝廷里想要你命的人可不少。”
毕自严闻言，立刻跪倒在地叩首，“忠君爱国，臣无所畏，即使狼狈身死，亦为后人殷鉴。”
“八月份的时候，江西临川有人结社集会，声势浩大，这事儿你听说了么？”
天启又是没头没脑一句话，让毕自严感觉莫名其妙，“回万岁，臣略有耳闻，据说是一帮学子，自称复古学社，提倡兴复古学，谈务实之风，还扬言要取东林而代之。”
天启点点头，“没错，这帮自称复社的人，来头可不小。”说着，天启又拿出几张纸，让魏忠贤递给毕自严，“这是朕昨晚刚拟定的海关税务总司章程，你拿去仔细读读，看看有什么不对的地方，注上去。”
毕自严接过那几张纸，毕恭毕敬地举着，“原来万岁早有谋划，臣唐突了。”
天启摇摇头，“朕登基以来，不敢称励精图治，但求无愧于天，自盐政案起，变法之事行之五六，每次阻拦者甚多，而支持者寥寥，此次事涉税政，牵连者不知几何，东林、复社乃是其中佼佼者，朕不想再来一次三藩之乱，所以只能徐徐图之，先撤旧关，以探从者口风，可行，则再立新关。”
“原来如此，万岁深谋远虑，臣不及也。”毕自严再一鞠躬，“容臣回去仔细琢磨，改日再报于万岁，以资正要。”
