古瓦官寺位于南京中华门内西南隅的花露岗。寺始建于东晋兴宁二年（364），原为官府管理陶业之处，寺因而得名。开山为慧力法师。《梁高僧传》载：“释慧力，未知何许人。晋永和中，来游京师，常乞蔬食，苦行头陀修福。至晋兴宁中，启乞陶处为瓦官寺。”南朝梁代，就寺兴建瓦官阁，高二百四十尺（约合60米。《景定建康志》曰三百四十尺。），高耸入云，大江环前，“平旦影落江水，暮则返照入郭”，是当时建康登高远眺的绝好去处。有诗云：“云散便凝千里望，日斜常占半城阴”。可以想见当时形势。六朝时期，瓦官寺几经扩建，已成为规模宏大的江南名刹。东晋末年，瓦官寺已拥有上千僧众。
杨吴筑金陵城，瓦官寺匡入城内，更名为“吴兴寺”。南唐又改名为“升元寺”和“升元阁”。宋开宝八年（公元976年），宋朝南下军队破城，升元阁被焚毁。宋太平兴国五年（公元980年）复建寺院，命名“崇胜戒坛院”，同时筑“卢舍那佛阁”，高六七丈，里人仍呼其为升元阁。元朝，佛阁被毁，寺院亦被荒废。
明初，寺院原址一半改为骁骑仓，另一半并入徐魏公族园。嘉靖年间诏毁私刹，徐园旁私庙集庆庵以“瓦官寺”匾其庐而得免。万历十九年（公元1591年），僧圆梓募资赎地，重建寺院，亦名“瓦官寺”。祠部以两寺皆在瓦官寺旧址，遂称山上本寺为“上瓦官寺”；平地私庙为“下瓦官寺”。上瓦官寺殿左有凤凰台，南京状元焦竑更寺名为“凤游寺”，民间仍呼为上瓦官寺。清咸丰年间，上、下瓦官寺皆毁于兵燹。乱后虽有所恢复，规模远不如前。民国时上瓦官寺尚存，抗战初被日寇焚毁。下瓦官寺于“文革”期间被废。
1959年妙悟庵原房三进十八间，由南京市房产局代管，出租给南京绝缘材料厂。1964年，上瓦官寺被南京市第43中征用改建为校舍。2003年，绝缘材料厂将房产腾空，南京市佛协重建瓦官寺。自2003年7月起，在住持真慈大和尚和管理净全法师的主持下，开始了瓦官寺的筹划和重建。
