昆山华藏寺由位于昆山马鞍山原慧聚寺子院演变而来。慧聚寺，建于梁代天监十年（公元511年）。吴兴沙门慧向为该寺之开山。慧向，为梁武帝萧衍之师。梁武帝赐铁香炉、丝绣佛像，又赐田二顷、山一座、木千枝。
慧向初来昆山时，因放锡禅坐于马鞍山胁石室，以二虎为侍，思欲立精舍而不能。相传当夜，风雨暴作，林木怒号，朴斫之声闻于远近，人皆怪之。翌日，黎明时刻，殿基成，台阶基石砌就，是山神之助。初建时，有大殿、小殿。至唐武宗会昌间（公元841—846年），诏毁天下佛宇，慧聚寺亦遭其难。
北宋宣和间（公元1119—1125年），由信法师将马鞍山东北麓之慧聚寺子院改建为十方贤者讲寺，并易名为“华藏讲寺”。南宋淳祐戊申之秋（公元1248年）由僧良拱复建大佛阁，名为“神运大雄氏殿”。明洪武十三年（公元１３８０年），僧大雅将“华藏讲寺”从马鞍山北麓移建于西山之巅。明万历二十二年（公元1594年）僧寂默重建山门和天王殿。
在山顶有一凌霄塔，又名至尊多宝塔，一说由慧向建于梁天监十年(公元511年)，一说建于唐代。元大德三年（公元1299年），僧延福、希范重建该塔。明万历三十二年（公元1604年），僧寂默重修凌霄塔成七层。
清康熙四十四年（公元1705年）春，康熙皇帝巡幸马鞍山，并登文笔峰，作诗留题。知县将其址改建为“皇亭”，右为圆聚山房，转西为三官殿，称小云台，又有真武殿居文笔峰巅，旁为地藏殿，其侧为文星殿，其前为春风亭。百里楼前左偏为含秀山房，中有半隐藏楼，其东为圆静庵，后改葺为观音殿，其西为问龙阁，其景美不可胜。
清咸丰十年（公元1860年），除凌霄塔外，均毁于兵。
民国二十三年（公元 1934年），邑人重修凌霄塔，不料修至第七层时，“八一三”事变爆发，后塔遭日机轰炸，塔受损。民国二十六年（公元1937年），日侵华，山寺被炸，山被日军所占。胜利后僧人搭建平房三间，一直维持到1949年解放。
1992年6月，昆山市人民政府批准重建华藏寺，地址在马鞍山南麓翠微阁西，用地面积五亩。1997年8月，华藏寺再次易地重建于马鞍山之南、马鞍山路之北、亭林公园西大门之东，建筑面积3000平方米。2001年10月华藏寺竣工。2004年6月5日举行开光庆典，由秋风大和尚致答谢词。寺院前有横跨在小溪上的伯生桥，寺院楼宇俱宋代建筑风貌，巍巍壮观，屋顶为金黄色的琉璃瓦，有天王殿、大雄宝殿、观音殿、地藏殿等，规模宏大。
