“我真的来到了....？”
战国时期，各个忍者族群仅仅受雇于人，没有固定的组织、国家。当时的忍者为了存活，甚至连姓氏都不能随便透露。忍者和平民的平均寿命只有30岁左右，导致平均寿命大幅度下降的原因即是：连小孩子也要上战场拼命！
回到各自家族的营地后，双方开始了各自的修行，经过坚持不懈的努力，使斑与泉奈熟练掌握火遁忍术，两人同时开启了万花筒写轮眼。天资聪慧的柱间开发出木遁秘术，他的弟弟扉间则开发出了时空间忍术·飞雷神，并掌握水遁忍术，以此与宇智波一族势不两立。
数十年过后，斑与泉奈；柱间与扉间四人逐渐长大成人，他们终于破关而出，与此同时，田岛与佛间相继去世。斑与柱间接替田岛与佛间的位置成为两大家族的族长。此后，千手一族以柱间、扉间兄弟二人为首，宇智波一族以斑、泉奈兄弟二人为领头，他们率领着各自的族人不停地相互战斗。
这场战斗中，斑的弟弟泉奈以万花筒写轮眼的力量击杀了数不清的敌军，号称「毫无破绽」的强敌，为宇智波一族建立了许多战功。
而柱间的弟弟扉间以无人能及的速度威震忍界，享有「忍界第一神速」之名。
斑与泉奈作为宇智波一族的王牌，他们想和千手一族的王牌柱间与扉间一决胜负，之后斑与柱间先后展开了激烈的剑术与木遁抵消火遁的决斗。与此同时，泉奈与扉间也先后展开着激烈的剑术、幻术·写轮眼、体术以及火遁抵消水遁的决斗。
两大家族势均力敌，难分高下，直到后来的一次战斗中，千手扉间瞅准泉奈自以为得手的瞬间，手持武士刀使用「飞雷神斩」以迅雷不及掩耳的速度一刀打中泉奈的要害。
从未战败过的泉奈因大意而被扉间打伤，斑看到弟弟泉奈被重创，连忙赶到将弟弟泉奈扶起，当柱间对斑说出希望两族合作的话时，斑的弟弟泉奈对此事极力反对，斑因此拒绝了柱间的话，随后斑带着弟弟泉奈撤退，在场的宇智波忍者也因此向柱间与扉间缴械投降了。
在这场战斗中，扉间将两大家族势均力敌、难分高下的战况引向宇智波一族寡不敌众的局面，奠定了千手一族的胜利。
由于斑的弟弟泉奈伤势过重，导致无法治愈。临死前，他将自己的双眼献给了哥哥，让斑继承自己的力量守护宇智波，而斑也因此开启了永恒万花筒写轮眼。
斑在获得了永恒万花筒写轮眼的同时，性格也大为变化，原本的一个善良、开朗的斑，变成了一个狠毒，内心封闭的另一个人，即使后面千手与宇智波的关心有所改善，但失去了泉奈的斑却无论如何也无法面对后面的一切困难，不满自己的兄弟为什么要一再地死去。
开启永恒万花筒写轮眼
尽管更多的族人选择了屈服，但身负仇恨的斑仍旧坚持抵抗到底，为了守护对弟弟的承诺，宇智波斑向千手柱间宣战，经过一天一夜的战斗后，斑初次战败。当柱间再度祈求两族合作时，斑要求千手柱间自杀，或者杀死千手柱间的弟弟千手扉间，才愿投降。大义的柱间毅然选择自杀，斑被柱间的行为所感动。
不久后最强大的两大家族联手创立木叶隐村，其余四国纷纷效仿火之国的做法，组建各自的忍者组织，就此开启了五国一统忍界的时代，柱间与斑终于完成了儿时的梦想。
从战乱时代两个忍者家族以命相搏彼此视仇，到宇智波和千手联盟，建成忍者的桃源乡，为追求和平而诞生的忍村，这就是木叶忍村。
终结谷之战结束后，宇智波族内却逐渐显露出对于千手独霸木叶的不满。一部分族人开始争夺木叶的重要职务----火影，企图瓦解千手一族独霸木叶的局面。千手以及其他族群更是对宇智波斑的叛乱行为耿耿于怀；对宇智波丧失信任、隔阂与日俱增。千手扉间为了避免祸起萧墙、同时又不能对宇智波赶尽杀绝。遂成立木叶警务部队，主要职务均由宇智波族人担任；这既是表达对宇智波的信任，也同时可以观察宇智波的一举一动。自此之后，宇智波族在木叶的名望、权力达到顶峰。
宇智波一族虽被木叶委以重任，但全族却越来越远离权利核心。族内对木叶高层颇为不满，作为族长的宇智波富岳计划政变，篡夺火影之位。宇智波止水本想以别天神阻止这场叛乱，不料团藏并不信任他，反而把止水的右眼夺走。止水为防最后一只左眼再落入团藏之手，将左眼送给鼬，嘱托鼬要为守护村子使用它，之后止水假装带着左眼投南贺河自尽。宇智波富岳命令暗部分队长宇智波鼬深入木叶高层，打探机密。
鼬亦不忍村内忍者互相残杀，将宇智波政变计划透露给木叶高层。三代火影猿飞日斩希望通过谈判和宇智波达成和解，而时任暗部长官的志村团藏却准备一举歼灭宇智波一族，团藏以佐助相要挟。最终鼬决定配合面具男（实为宇智波带土）歼灭全族，但要求团藏放过佐助。灭族之后，鼬以间谍身份加入晓组织，继续为木叶打探情报暗中守护木叶。而在灭族过程中，志村团藏、宇智波带土分别收集了大量写轮眼。这也为后来团藏、带土使用伊邪那岐埋下伏笔。
第四次忍界大战结束后，宇智波佐助重回木叶，宇智波一族再次成为村子的一员。后来春野樱和宇智波佐助成为夫妻，两人生下一女——宇智波佐良娜。
十多年后，佐助成为了木叶高层一员，在五影会议中拥有举足轻重的地位，被鸣人称为“另一个火影”。从外传中秋道蝶蝶和佐良娜的对话来看，此时的宇智波一族虽然只剩佐助一人，但已重新融入了村子并被他人认可为精英一族。宇智波佐良娜和漩涡博人、三月一起作为木叶新时代的主角而活跃着。
“而我真的来到了这个名为火影的世界？我...难道...可以..”
“改变这个历史？”
“我究竟.....”
