顺治十一年（1654年）八月，顺治特加范文程荣衔太子太保，范文程上疏辞谢，同时自陈年老多病乞求退休。九月，顺治特降诏旨挽留并晋升范文程为太子太师，不久同意他退休。顺治因范文程是历经三朝的老臣，有大功于国家，对他礼遇甚厚：范文程患病时，顺治不仅亲自去探视，还亲自为他选药；并命画工到其家为他画像，藏之以宫内，至于赏赐御用之物更是数不胜数；因范文程身材高大，顺治为此曾多次命人特制衣服鞋帽赏他使用。康熙即位之后，范文程受命回沈阳祭告太宗的陵墓。范文程想起与太宗朝夕相共，哀痛不已，从此一病不起，康熙五年（1666年）八月去世，年七十。康熙皇帝亲自为他撰写了祭文，并遣礼部侍郎亲去祭祀，赐葬在怀柔红螺山，并立碑记绩，谥文肃，赐御书匾额“元辅高风”。
顺治九年（1652年），范文程被任命为议政大臣，这是在此之前汉人从未得到过的宠遇。之后他向顺治上奏请为“劾冯铨罢官诸臣疏”，并奏曰：“诸臣疏劾大臣，无非为君为国，皇上当思所爱惜之。”顺治接受了他的奏议，谕吏部：“原任科道官许作梅、李森先、桑芸、向玉轩、庄宪祖诸人内，系参冯铨降革者，俱起用。”
顺治十年（1653年）五月，顺治同范文程一起探讨如何治理国家的问题。范文程说：“大凡行善合天者，必君明臣良，交相惕警始克于天而济国事。若人主刚愎自用，谁复进言？势必谄谀者，献媚而日亲；忠鲠者，矢忠而日疏矣。如此难享太平矣！”这番话，实际上是针对过去多尔衮重用冯铨，独专朝政而发的。他所谓“行善合天”，无非是指统治者所实行的政策要顺民心，合潮流而已。这期间，他提出兴屯田，招抚流民，举人才，不论满汉新旧，不拘资格大小，不避亲疏恩怨等重要建议，多被采纳施行。
范文程对那些敢于直言不苟、秉公不阿的臣僚颇为关注。如当时著名谏臣魏象枢，在朝中“与诸大臣抗辩是非无少诎”，因而常常遭到权贵们的疾视，独范文程“心识之，曰：‘直哉，此我国家任事之臣也。’其后遇有诬公者，辄于众中剖析之，卒得白”。所以后来的大学士李蔚称道范文程“培养人才，保护善类，尤为注意”。
